- New protein structures to aid rational drug design（ScienceDaily，2022/05/17）
- Protein Structures To Aid Rational Drug Design（Technology Networks，2022/05/18）
- プロテインキナーゼ - Wikipedia ｜ インゲノール 3-アンゲラート
［Protein kinase C - Wikipedia，Ingenol mebutate - Wikipedia］
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7ko6（プロテインキナーゼC） 同PDBsumデータ7ko6_lp$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
インゲノール 3-アンゲラートが結合したプロテインキナーゼC（PKC）7ko6とそのPDBsumデータ
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●アミノ色表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
●疎水性インデックス順
ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
●有機概念図I/O値順（特性基 R）
ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
●等電点順
ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG
アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！
- PPAR関連別研究：Functional and Structural Insights into Human PPARα/δ/γ Subtype Selectivity of Bezafibrate, Fenofibric Acid, and Pemafibrate（Antioxidants，2023/07/29） [NEW!] ※2023/08/09公開8huk・8hul・8hum（下掲）・8hun・8huo・8hup・8huq
- PPAR - Wikipedia ｜ PPARγ
- PPARγ：バイオキーワード集 - 羊土社
- PPAR - 薬学用語解説
- ペマフィブラート - KEGG DRUG
- 別トピック（本サイト；PPARγ）
［Peroxisome proliferator-activated receptor - Wikipedia，Pemafibrate - Wikipedia］
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7wgq（ペマフィブラート〈pemafibrate〉が結合したPPARγ） 同PDBsumデータ7wgq_lp$ 8hum（アゴニストのラニフィブラノール〈lanifibranor〉が結合したPPARγ） 同PDBsumデータ8hum_lp$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
ペマフィブラート（pemafibrate）が結合したPPARγ7wgqとそのPDBsumデータ
アゴニストのラニフィブラノール（lanifibranor）が結合したPPARγ8humとそのPDBsumデータ
- Molecular basis for the initiation of DNA primer synthesis（Nature，2022/05/04）
- The initiation of DNA synthesis in molecular detail（Nature Research Briefing，2022/05/04）
- DNAプライマーゼ - Wikipedia ｜ DNAポリメラーゼ
- DNAとRNAのいろいろな姿（本サイト） ｜ CRISPR関連生体分子データ
［Primase - Wikipedia，DNA polymerase - Wikipedia］
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7qazのChain B・D（プライマーゼ-ポリメラーゼとDNA鎖の複合体） DZ4（ligand DZ4）選択 同PDBsumデータ7qazB_DZ4_lp$ バックボーン 二次構造 DNA/RNA（ATGCU，backbone） 全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
プライマーゼ-ポリメラーゼとDNA鎖の複合体7qazのChain B・DとそのPDBsumデータ
［Caveolin - Wikipedia］
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7sc0（カベオリン1）-サイトカイン受容体複合体） 残基番号54・71・72・73・74・79・85・112・116・120・128空間充填／α炭素ラベル表示 バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
カベオリン1（Cav1）7sc0；右の拡大図はScience Advances誌論文・Fig. 3BのR54・V71・I72・A73（Fig. 3のA72は間違い）・E54・E74・H79・W85・A112・G116・A120・W128を球表示
［KDM1A - Wikipedia］
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7vqu（リジン特異的ヒストン脱メチル化酵素1A） 7UQ選択 同PDBsumデータ7vqu_lp$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
リジン特異的ヒストン脱メチル化酵素1A（LSD1 / KDM1A）7vquとそのPDBsumデータ
［Pyruvate kinase - Wikipedia，PKM2 - Wikipedia］
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4fxfのChain A・D（乳がん治療薬のモノクローナル抗体トラスツズマブが結合したHER2） ATP選択 OXL（シュウ酸イオン）選択 FBP（フルクトース二リン酸）選択 バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
ピルビン酸キナーゼM2 4fxfのChain A・D
- First look at a small protein’s structure could advance treatments for epilepsy and other disorders（USC Dornsife，2022/06/08）
- First-ever elucidation of a small protein’s structure could signal help for those with epilepsy and other disorders（EurekAlert!，2022/06/08）
- First-ever elucidation of a small protein's structure could signal help for those with epilepsy and other disorders（ScienceDaily，2022/06/08）
［GABA transporter type 1 - Wikipedia，Tiagabine - Wikipedia］
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7sk2（チアガビンが結合したGABAトランスポーター1〈GAT1〉） 同PDBsumデータ7sk2_lp$ ※参考： → 20種類のアミノ酸 バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
チアガビン（tiagabine）が結合したGABAトランスポーター1（GAT1）7sk2とそのPDBsumデータ
- 気相刺激アッセイによるTrace amine-associated receptorsのトリメチルアミン応答解析（J-GLOBAL）
- UniProtKB - Q96RJ0 (TAAR1_HUMAN)
- 悪臭の正体（本サイト） ｜ GPCR - 2012年ノーベル化学賞 ｜ PDBsumサイトで入手したAlphaFold構造
［Trimethylamine - Wikipedia］
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アンモニア（ammonia；し尿のような臭い） トリメチルアミン（trimethylamine；腐った魚のような臭い） ※参考：トレースアミン関連受容体-1（TAAR1）のAlphaFold構造例：Q96RJ0_TAAR1（トレースアミン関連受容体-1〈TAAR1〉のAlphaFold構造例；UniProt accession Q96RJ0） → PDBsumサイトで入手 ［TAAR1 - Wikipedia］ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］トリメチルアミン（trimethylamine；腐った魚のような臭い）
［右］トレースアミン関連受容体-1（TAAR1）のAlphaFold構造例；UniProt accession Q96RJ0
- Structural Determination, Total Synthesis, and Biological Activity of Iezoside, a Highly Potent Ca2+-ATPase Inhibitor from the Marine Cyanobacterium Leptochromothrix valpauliae（Journal of the American Chemical Society，2022/06/08）
- 海洋シアノバクテリアから超強力な細胞増殖阻害物質を発見！（Chem-Station，2022/06/28）
- 話題の制がん剤・抗がん剤（本サイト）
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イエゾシド（iezoside） ※参考：Ca2+-ATPアーゼ（SERCA）構造例：3nal（タプシガルギン誘導体が結合したSERCA） 同PDBsumデータ3nal_DBK$ ［SERCA - Wikipedia，Thapsigargin - Wikipedia］ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］イエゾシド（iezoside）
［中・右］タプシガルギン誘導体が結合したCa2+-ATPアーゼ（SERCA）3nalとそのPDBsumデータ
- 構造生物学：ミトリボソームの組み立て過程（Nature ハイライト，2022/06/16） ※“ミトコンドリアリボソームの小サブユニット（SSU）の複数の形成中間体”
- 今月の分子 121: リボソーム（Ribosome）（PDBj，2010/01） ｜ Molecule of the Month（PDB）
- 鉄硫黄クラスターを含む生体分子のSITE例（本サイト）
［Mitochondrial ribosome - Wikipedia - Wikipedia］
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7pntのChain E・P（ミトリボソームの部分構造） 同PDBsumデータ7pntEP_lp$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
ミトリボソームの部分構造例7pntとそのPDBsumデータ（鉄硫黄クラスター）；Nature論文 Extended Data Fig. 6参照