ウニコナゾール（uniconazole）が結合したシトクロムP450，CYP90B1 6a16 およびそのPDBsumデータ（ウニコナゾールにH原子追加）

  
シトクロムc'-β 6hihとシトクロムP460 6hiu（何れもChain A），およびそれぞれのPDBsumデータ

PyMOLによる6hih・6hiu（何れもChain A）の重ね合わせデータの回転アニメgif

    
［左・中］Fe(6)-S(7)クラスター・Fe-S-Moクラスターを含むニトロゲナーゼ 6o7sのChain A・BおよびFe(6)-S(7)クラスターのPDBsumデータ
［右］同データのGADV仮説4アミノ酸（Val・Ala・Gly・Asp）強調表示

シトクロムP450構造例2hi4とその2hi4

初期表示はPDBデータ 2hi4（シトクロムP450構造例，P450 1A2）

バックボーン　二次構造 全選択　タンパク質選択　リガンド選択 GADV仮説4アミノ酸（Val・Ala・Gly・Asp）選択 空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去 アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色 リガンドの元素記号表示 酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別 疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 S-S結合表示（太）　S原子（Protein中）空間充填 ドット表面表示　α炭素ラベル表示　回転 背景・黒　灰　白　紺

p.15ほか DDT：p,p'-DDT　o,p'-DDT p.15・74ほか ポリ塩化ビフェニル（PCB）／p.28 ダイオキシン様PCB（コプラナーPCB）：3,3',4,4',5-PeCB（コプラナーPCBの例）　→ ダイオキシン類 p.16・7・801ほか ポリ臭化ジフェニルエーテル（PBDE）：デカブロモジフェニルエーテル（DBDE〈p.71〉；PBDEの例）　→ はっ水剤・難燃剤の生物体内蓄積性（PFOS類，PBDE類，HBCD，リン系難燃剤） p.28ほか PCDD：2,3,7,8-TCDD（PCDDの例）　→ ダイオキシン類 p.28ほか PCDF：2,3,7,8-TCDF（PCDFの例〈p.204ほか〉）　→ ダイオキシン類 p.33・72ほか HCH：HCH（リンデン，リンダン，lindane，γ-BHC）　→ 新規POPs p.34 クロルデン（CHL）：trans-クロルデン　cis-クロルデン　→ 環境ホルモン例 p.36 PCP：PCP（ペンタクロロフェノール）　→ 環境ホルモン例 p.36 CNP：CNP（クロルニトロフェン）　→ 農薬分子データ集 p.70ほか ノニルフェノール：4-ノニルフェノール（p-ノニルフェノール）〔分岐型の例〕　同〔直鎖〕　→ 環境ホルモン例 p.90・123・167ほか メチル水銀：塩化メチル水銀　→ 水俣病 ｜ 水銀Hgを含む生体分子のSITE例 p.149・204 ベンゾ[a]ピレン：ベンゾ[a]ピレン　※参考 代謝物 benzo[a]pyrene diol epoxide の例　→ 環境ホルモン例 ｜ 発がん性化合物と生体分子 p.168 アミノ酸／システイン／メチオニン：システイン（Cys）　メチオニン（Met）　→ アミノ酸 p.172ほか DHA（ドコサヘキサエン酸）／p.185ほか EPA（エイコサペンタエン酸）：DHA　EPA　→ 有機化合物の名前・基礎の基礎 p.192 ドーパミン：ドーパミン（ドパミン）　→ 抗うつ剤と神経伝達物質 p.195 フタル酸ジエチルヘキシル：フタル酸ジエチルヘキシル　→ 環境ホルモン例 p.195 ホルムアルデヒド：ホルムアルデヒド　→ 化学物質過敏症情報 p.205・222ほか CYP1A／シトクロムP450：2hi4（シトクロムP450構造例，P450 1A2）　BHF（2-phenyl-4H-benzo[h]chromen-4-one）選択　同2hi42hi4_BHF$　→ P450データ集メニュー　※参考 バイオレメディエーション p.220 イベルメクチン：イベルメクチンB1a　→ 別トピック p.233 ワルファリン（ワーファリン）：R-ワルファリン　S-ワルファリン　→ 別トピック p.233 ビタミンK：ビタミンK2の例（メナキノン-6）　→ 水溶性ビタミンと脂溶性ビタミン

  
［左］アンタゴニストZK200775（ファナパネル，fanapanel）が結合したAMPA受容体 3kg2　［右］同PDBsumデータ（他のAMPA受容体 1ftm・5jeiとの比較）

  
左から　ZK200775ほか結合のAMPA受容体 7ldeとそのPDBsumデータ，ZK200775ほかが結合したAMPA受容体のLBD-TMD部分7rz5のChain AとそのPDBsumデータ

NBQX結合のAMPA受容体 7oceとそのPDBsumデータ

  
［左］HPTEが結合したエストロゲン関連受容体γ 6i62　［右］HPTE，ビスフェノールA・B・Eほかが結合したPDBsumデータ（下段右端は別トピック参照）

既報参考データ：ビスフェノール類を含むPDBsumデータ例（別トピック）

  
［左］スーパーオキシドディスムターゼ [Cu-Zn] 6a9oのChain E・F（スティック表示はGVIGIAQセグメント）
［右］スーパーオキシドディスムターゼのGVTGIAQセグメント 4nioの10量体（Chain A×10；別トピック参照）

初期表示は水分子

窒素　→ 窒素から見る生命の世界 酸素　→ エネルギーを考える - 燃焼 水　氷構造の例（n=28）　→ メタン，アンモニア，水 二酸化炭素　→ 二酸化炭素と水の分子振動｜気候変動と適応 エタノール　→ アルコールとフェノール 空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去 Jmol色　Rasmol色 ドット表面表示　元素記号表示　回転 背景・黒　灰　白　紺

初期表示20種類のアミノ酸（有機概念図I/O値順，pdb形式）

p.iiiほか コラーゲン：1bkv（コラーゲンの部分構造例）*　Gly選択　Pro選択　ヒドロキシPro選択　→ コラーゲンの例 p.iiiほか アミノ酸：アミノ酸20種全表示（有機概念図I/O値順，pdb形式） ｜ 同（mol形式） p.14ほか DNA：1d66のChain D・E（DNAの部分構造例） ｜ “四種類の物質”の構造 A-Tx2_G-Cx2　A-T_G-C（mol形式）　→ DNAとRNAのいろいろな姿 p.15 BRCA1：1jm7（BRCA1タンパク質〈腫瘍抑制タンパク質の1種〉の構造例）　［BRCA1 - Wikipedia］ p.18 HPV（ヒトパピローマウイルス）：5w1o（ヒトパピローマウイルスHPV16のL1カプソメア）　→ 分子モデルで見るノーベル賞｜別トピック　［Human papillomavirus infection - Wikipedia，HPV vaccine - Wikipedia］ p.27 インフルエンザ：オセルタミビル（商品名タミフル；抗インフルエンザ薬の例）　→ インフルエンザ情報 p.39 HIV：1hxw（エイズ薬例リトナビルが結合したHIVプロテアーゼ構造例）　→ HIVとエイズ p.54 ピロリ菌：1ji4（ピロリ菌の好中球活性化タンパク質の構造例）　→ 分子モデルで見るノーベル賞 p.101 ペニシリン：ペニシリンG（penicillin G）　→ 抗生物質分子データ集 ｜ ペニシリンGを含む生体分子のSITE例 p.127 ニトログリセリン：ニトログリセリン（nitroglycerin） p.168 グラフェン：グラフェン（graphene）　→ フラーレン p.174 メチル水銀：塩化メチル水銀（methylmercuric chloride）　→ 水銀Hgを含む生体分子のSITE例 （2019/07/27本トピック作成開始；今後も追加します） バックボーン　二次構造　DNA/RNA（ATGCU，backbone） 全選択　タンパク質選択　DNA/RNA選択　同backbone選択　DNA/RNA（ATGCU，backbone）　リガンド選択　水分子表示（*印のみ） GADV仮説4アミノ酸（Val・Ala・Gly・Asp）選択 空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去 アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色 リガンドの元素記号表示 酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別 疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 S-S結合表示（太）　S原子（Protein中）空間充填 ドット表面表示　α炭素ラベル表示　回転 背景・黒　灰　白　紺

  
［左］タンパク質中の20種類のアミノ酸（有機概念図I/O値順）　［右］コラーゲンの部分構造例1bkv（●：Gly　●：Pro　●：ヒドロキシPro）

  
左から グラニセトロン（granisetron）が結合した5-HT_3A受容体 6np0とそのPDBsumデータ，セロトニンが結合した5-HT_3A受容体 6dg8・6hin（別トピック）

参考図：5-HT_3A受容体のPDBsumデータ；左から5データはセロトニン（「亀-C-C-N」構造を有する）結合，右端はトロピセトロン（tropisetron）結合
→ 別トピック