- K2P channel gating mechanisms revealed by structures of TREK-2 and a complex with Prozac（Science，2015/03/13）
- 参考（フルオキセチン関連記事例）：うつに新たなルートの治療手段か、米国研究では「危険ドラッグ」がヒントあぶりだす 抗うつ薬SSRIが効きにくい幸せホルモン不足に克服の道（Medエッジ，2015/03/10）
- カリウムチャネル - 脳科学辞典
- カリウムチャネル - Wikipedia ｜ 選択的セロトニン再取り込み阻害薬
- イオンチャネルタンパク質の例（本サイト） ｜ 膜タンパク質データ集メニュー ｜ 抗うつ剤の分類 ｜ 別トピック
［Potassium channel - Wikipedia，KCNK10 - Wikipedia，Seproxetine - Wikipedia］
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4xdkのChain A・B（two-pore domainカリウム（K2P）チャネル） 405（S-体）選択 408（R-体）選択 K選択 同PDBsumデータ4xdk_408[606(A)]$ 4xdk_405[607(A)]$ (R)-ノルフルオキセチン（Rnorfluoxetine） (S)-ノルフルオキセチン（(S)-norfluoxetine；セプロキセチン seproxetine） ノルフルオキセチンの(R)-体と(S)-体の同時表示 フルオキセチン（fluoxetine） バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
K2Pカリウムチャネル4xdkのChain A・B（ノルフルオキセチン〈norfluoxetine〉の(R)-体と(S)-体は重なり合っている）と各PDBsumデータ
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●アミノ色表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
●疎水性インデックス順
ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
●有機概念図I/O値順（特性基 R）
ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
●等電点順
ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG
アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！
- 参考（SQ109関連記事例）：新しい抗結核薬開発の現状 - World Focus（感染症等情報）
- シャーガス病 - Wikipedia
※クルーズトリパノソーマはシャーガス病の原因となる。
［SQ109 - Wikipedia，Trypanosoma cruzi - Wikipedia，Farnesyl-diphosphate farnesyltransferase - Wikipedia］
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3wsaのChain A（結核薬SQ109が結合したクルーズトリパノソーマのスクアレン合成酵素） 同PDBsumデータ3wsa_RWZ$ SQ109 バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
結核薬SQ109が結合したクルーズトリパノソーマのスクアレン合成酵素3wsaのPDBsumデータ
初期表示はセチリジン（cetirizine；(R)-体と(S)-体）の同時表示）
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空間充填 球棒 球30％ 球60％ スティック 針金 背景・黒 灰 白 紺 |
メチルエフェドリン（methylephedrine；異性体あり） サルブタモール（salbutamol；異性体あり） ロキソプロフェン（loxoprofen；異性体あり） → 別トピック テノホビル（テノフォビル，tenofovir；フマル酸テノホビルが抗HIV薬） → HIVとエイズ オセルタミビル（oseltamivir） ｜ GS4071（オセルタミビルが変化した薬効成分） → インフルエンザ情報 ｜ GS4071を含むノイラミニダーゼのSITE例 エスシタロプラム（escitalopram，MLD-55） ｜ セロトニン（serotonin） → 抗うつ剤の分類 ピオグリタゾン（pioglitazone） → 日本発の医薬品 ベンダムスチン（bendamustine） フェノフィブラート（fenofibrate） ソリフェナシン（solifenacin） セレコキシブ（celecoxib） セチリジン（cetirizine；上が(R)-体で下が(S)-体） ｜ ヒスタミン（histamine） エルロチニブ（erlotinib） → 話題の制がん剤・抗がん剤 ｜ 関連タンパク質例 コルヒチン（colchicine） → 別トピック ペメトレキセド（pemetrexed） → 話題の制がん剤・抗がん剤 ｜ 葉酸（folate，ビタミンM） → 水溶性ビタミンと脂溶性ビタミン ベンゼン） → 日本発の医薬品 ラロキシフェン（raloxifene） ｜ 17β-エストラジオール（17β-Estradiol） → 性ホルモン - ステロイドホルモンの生合成と代謝 ｜ 多様なリガンドを含むエストロゲン受容体および関連受容体等のSITE比較 ロスバスタチン（rosuvastatin） ｜ メバロン酸（mevalonic acid） → 日本発の医薬品 ※その他の掲載分子： エタノール（ethanol） ベンゼン（benzene） アスピリン（Aspirin，アセチルサリチル酸） |
ベンダムスチン（bendamustine）
- グルカゴン - Wikipedia ｜ Gタンパク質共役受容体
- 2019-2020年のグルカゴン関連ニュースから
- GPCR - 2012年ノーベル化学賞（本サイト） ｜ 別トピック
［Glucagon receptor - Wikipedia，Glucagon - Wikipedia］
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4ers（グルカゴン受容体；抗体Fab領域が結合）
A鎖（グルカゴン受容体）選択 4l6r（グルカゴン受容体；GPCR） 1kx6のModel 1（グルカゴン） → Journal of Molecular Biology論文（1983/10/05） 1gcn（グルカゴン） バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］グルカゴン（glucagon）1kx6のModel 1 ［中］同1gcn ［右］抗体Fab領域が結合したグルカゴン受容体4ers
グルカゴンのアミノ酸配列（PDB 1KX6・1GCN共通）
His
Ser
Gln
Gly
Thr
Phe
Thr
Ser
Asp
Tyr
Ser
Lys
Tyr
Leu
Asp
Ser
Arg
Arg
Ala
Gln
Asp
Phe
Val
Gln
Trp
Leu
Met
Asn
Thr
- アルツハイマー型認知症患者における認知機能変化を血液マーカーで測定（新潟大学，2015/04/03） [PDF]
- Reduced plasma desmosterol-to-cholesterol ratio and longitudinal cognitive decline in Alzheimer's disease（Alzheimer’s & Dementia: Diagnosis、 Assessment & Disease Monitoring，2015/03/31）
- 新潟大学とエーザイの共同研究成果を米国学術誌に発表 アルツハイマー型認知症患者における認知機能変化を血液マーカーで測定（エーザイ，2015/04/03）
- AD患者の認知機能と血中の脂質代謝物質デスモステロールが相関（QLifePro医療ニュース，2015/04/07）
- デスモステロール - Wikipedia
- アルツハイマー病治療薬（本サイト） ｜ 性ホルモン - ステロイドホルモンの生合成と代謝
［Desmosterol - Wikipedia］
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空間充填 球棒 球30％ 球60％ スティック 針金 背景・黒 灰 白 紺 |
デスモステロール（desmosterol） コレステロール（cholesterol） コレステロールとデスモステロールの同時表示 |
- 糖・脂質代謝に重要なアディポネクチン受容体の立体構造を解明 －メタボリックシンドローム・糖尿病の治療薬の開発へ前進－（理研，2015/04/09）
- Crystal structures of the human adiponectin receptors（Nature，2015/04/08）
- 立体構造解明、糖尿病新薬も＝善玉ホルモンの受容体─理研・東大 -（，2WSJ015/04/09）
- 糖・脂質代謝に関わるアディポネクチン受容体の立体構造を解明─理研（QLifePro 医療ニュース，2015/04/13）
- アディポネクチン - Wikipedia
- 参考：GPCR - 2012年ノーベル化学賞（本サイト）
［Adiponectini - Wikipedia］
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3wxvのChain A（アディポネクチン受容体1；AdipoR1） 同PDBsumデータ3wxv_ZN$ 3wxwのChain A（アディポネクチン受容体2；AdipoR2） 同PDBsumデータ3wxw_ZN（HOH 515(A)を追加）$* 水分子選択 バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
- Multinuclear metal-binding ability of a carotene（Nature Communications，2015/04/10）
- IMS、β-カロテン分子が多数の金属原子を挟み込む捕捉機能を持つことを確認（マイナビニュース，2015/04/16）
- モノはなぜ見える（本サイト） ｜ 水溶性ビタミンと脂溶性ビタミン
［beta-Carotene - Wikipedia］
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空間充填 球棒 球30％ 球60％ スティック 針金 背景・黒 灰 白 紺 |
β-カロテン（β-カロチン） ｜ 参考： 11-cis-レチナール，all-trnas-レチナール，11-cis-ビタミンA，all-trnas-ビタミンA，β-カロテンの同時表示 |
- Mechanisms of splicing-dependent trans-synaptic adhesion by PTPδ - IL1RAPL1/IL-1RAcP for synaptic differentiation（Nature Communications，2015/04/24）
- 神経発達障害に関わるタンパク質が神経細胞同士を適切につなぐ仕組みを解明－東大ら（QLifePro医療ニュース，2015/04/30）
［PTPRD - Wikipedia，IL1RAPL1 - Wikipedia］
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バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
- V-ATPase別研究例
- Rotation mechanism of Enterococcus hirae V1-ATPase based on asymmetric crystal structures（Nature，2013/01/13） ※2013/01/16公開データ3vr2・3vr3・3vr4・3vr5・3vr6
- 千葉大など、分子モーター「V型ATPase」の回転機構を詳細に解明（マイナビニュース，2013/01/16） ※2013/01/16公開データ3vr2
- Na+-V-ATPase inhibitor curbs VRE growth and unveils Na+ pathway structure（Nature Structural & Molecular Biology，2024/11/21） [NEW!] ※2024/10/09公開データ8wci（下掲）
- Rotation mechanism of Enterococcus hirae V1-ATPase based on asymmetric crystal structures（Nature，2013/01/13） ※2013/01/16公開データ3vr2・3vr3・3vr4・3vr5・3vr6
- 今月の分子 219: 液胞型ATPアーゼ（Vacuolar ATPase）（PDBj，2018/03） ｜ Molecule of the Month（PDB）
- 膜ATPase - 脂質と血栓の医学
- ATPアーゼ - Wikipedia
- 別トピック（本サイト）
［V-ATPase - Wikipedia］
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3j9t（V-ATPase） 2cyd（V-ATPaseのrotor ring） 3vr3（V1-ATPase〈A3B3複合体〉） 8wci（阻害剤V-161が結合したNa+輸送性V-ATPase 同PDBsumデータ8wci_W3K$ ｜ V-161 バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
V-ATPase 3j9t
左から 阻害剤V-161が結合したNa+輸送性V-ATPase 8wciとPDBsumデータ，V-161
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空間充填 球棒 球30％ 球60％ スティック 針金 背景・黒 灰 白 紺 |
基本骨格 2-amino-1-phenyl-propane-1-one（2-amino-1-phenyl-1-propanone）；異性体あり …●の部分が置換 参考： (S)-2-amino-1-phenyl-1-propanone（カチノン，cathinone） ［カチノン - Wikipedia］ 参考（指定済みの薬物例）： 4F-Octedrone（異性体あり；2014/12/25指定） |
