- Crystal structure of a CRISPR RNA-guided surveillance complex bound to a ssDNA target（Science Magazine，2014/08/14）
- ゲノムDNAを自在に切断する"はさみ"のかたち ～Cas9タンパク質の構造解明～（東京大学，2014/02/14）
- CRISPR - Wikipedia
- 別トピック（本サイト）
［CRISPR - Wikipedia］
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バックボーン 二次構造 DNA/RNA（ATGCU，backbone） 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 DNA/RNA選択 DNA選択 DNA/RNA backbone選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
4qyz（空間充填がcrRNA，小さめの球表示が標的ssDNA）
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●アミノ色表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
●疎水性インデックス順
ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
●有機概念図I/O値順（特性基 R）
ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
●等電点順
ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG
アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！
- A new antibiotic kills pathogens without detectable resistance（Nature，2015/01/07）
- 創薬： 二重に作用する強力な抗生物質テイクソバクチン（Nature ハイライト，2015/01/22）
- 米研究チーム MRSAに効果の抗生物質発見（NHK，2015/01/08）
- 耐性出にくい抗生物質を発見 欧米チーム新手法（日経，2015/01/08） ※“細菌の遺伝子が変異した場合でも、外側の層は変わりにくく、層を壊す薬剤には耐性が出にくいと考えられる。似たメカニズムの抗菌薬バンコマイシンは耐性菌が出るのに30年かかった”。
- 新たな抗生物質を画期的手法で開発、耐性菌問題に突破口か（AFPBB News，2015/01/08） ※“テイクソバクチンは、細菌の細胞外壁を構成する脂肪分子と結合することで効力を発揮”。
- Digging Up New Antibiotics（NIH，2015/01/13）
- Microbe found in grassy field contains powerful antibiotic（Science/AAAS，2015/01/07）
- Antibiotics: US discovery labelled 'game-changer' for medicine（BBC，2015/01/07）
- 抗生物質データ集メニュー（本サイト）
［Teixobactin - Wikipedia］
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テイクソバクチン（テキソバクチン，teixobactin） ※参考：バンコマイシン（vancomycin） ※参考（バンコマイシンが結合したPDBデータ例）：1pnvのChain B（TDP-epi-vancosaminyltransferase GtfA；バンコマイシンが結合） 同PDBsumデータ1pnv_vancomycin$（リガンド名変更；MLU-OMZ-ASN-GHP-GHP-OMY-3FG → VAN） バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
テイクソバクチン（テキソバクチン，teixobactin）
- 生物時計の振動発生に関わるタンパク質の構造とそのメカニズム（SPring-8）
- 最後の時計遺伝子見つかる －精神機能などの高次機能と概日リズムとの関係解明のカギに－（理研，2014/04/16）
- 生物時計の振動発生に関わるタンパク質の構造を解明－ 生物時計の分子メカニズムの解明に新たな知見 （SPring-8，2004/05/31）
- 生物時計による24時間リズム形成機構の制御をさぐる リン酸化による生物時計分子分解のメカニズム（産総研，2004/09/06）
- 試験管内で生物時計をつくる ～わずか３つの蛋白質が生命の時間を計る～（JST，2004/04/15）
- 最も強力な睡眠誘発作用をもたらすプロスタグランジンD2とは？（マイナビニュース，2014/10/15）
- 今月の分子 097: 概日体内時計たんぱく質（Circadian Clock Proteins）（PDBj，2008/01） ｜ Molecule of the Month（PDB）
- 神山 潤，「眠りを奪われた子どもたち」，岩波ブックレット(2004)
- 睡眠障害 - 厚生労働省
- 生物時計 - Wikipedia ｜ 概日リズム ※“松果体ではこの情報に応答してホルモンであるメラトニン (melatonin) を分泌する。メラトニン分泌は夜間に高く昼間に低い”。 ｜ 光療法
- KaiCの別トピック（本サイト） ｜ 抗うつ剤の分類／脳内物質例睡眠関連トピック例（スボレキサントが結合したオレキシン2（OX2）受容体） ｜
［KaiC - Wikipedia，Circadian rhythm - Wikipedia］
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1tf7（時計タンパク質KaiC） メラトニン（melatonin；“睡眠ホルモン”の例） セロトニン（serotonin；“覚醒ホルモン”の例） バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
- 『化学で「透明人間」になれますか?』本日発売（有機化学美術館・分館，2014/12/11）
- 各種お知らせ（同，2015/01/13） ※本トピックを紹介していただきました。
- 化学で「透明人間」になれますか? 人類の夢をかなえる最新研究15（Chem-Station，2014/12/22）
- 参考（下記紹介分子以外の本サイト参考コンテンツ例）：テロメア（p.35） ｜ コラーゲン（p.36） ｜ iPS細胞（p.44） ｜ カンナビノイド（p.115） ｜ ヒスタミン受容体（p.129） ｜ 水溶性ビタミンと脂溶性ビタミン（p.188） ｜ HIVとエイズ（p.215） ｜ インフルエンザ（p.218） ｜ エボラ出血熱（p.222） ｜ 抗がん剤開発と標的タンパク質（p.233～；グリベッグ，イレッサ，ハーセプチン） ｜ 地球温暖化（p.243） ｜ 光合成（p.253） ｜ ノーベル化学賞（p.257）
- 参考ニュース：「１回30円」の薬に知られざるがん治療効果を発見、岡山大学の慧眼 見直される「メトホルミン」という薬（Medエッジ，2015/02/13）
著者の佐藤健太郎さんにサイエンスカフェにいがた『国道って何だろう』（2015/01/24，ジュンク堂書店新潟店）でお話いただきます。
［Metformin - Wikipedia］
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空間充填 球棒 球30％ 球60％ スティック 針金 背景・黒 灰 白 紺 |
p.17 ハーバー＝ボッシュ法（アンモニア合成）：N2 ＋ 3 H2 → 2 NH3 … 窒素から見る生命の世界 p.41 レスベラトロール：レスベラトロール（resveratrol） p.43 ラパマイシン：ラパマイシン（rapamycin） … 話題の制がん剤・抗がん剤 p.44 メトホルミン：メトホルミン（metformin） p.54 ヒドラジン：ヒドラジン（hydrazine） p.60 ケブラー：ケブラー（Kevlar；商品名） … 代表的な高分子 p.78 アンドロステノン：アンドロステノン（androstenone） p.80 オキシトシン：オキシトシン（oxytocin；PDB 1NPOのB鎖） …オキシトシン p.108 テストステロン：テストステロン（oxytocin；PDB 1NPOのB鎖） …性ホルモン - ステロイドホルモンの生合成と代謝 p.111 フォルスコリン：フォルスコリン（forskolin） p.115 リモナバン：リモナバン（rimonabant） p.116 マジンドール：マジンドール（mazindol） ※異性体あり …危険ドラッグ ｜ アンフェタミン：d-アンフェタミン（dextroamphetamine） …ADHD薬 p.117 オルリスタット：オルリスタット（orlistat） → 別トピック p.127 ヒスタミン：ヒスタミン（histamine） p.131 ジフェンヒドラミン：ジフェンヒドラミン（diphenhydramine） p.140 DHA：ドコサヘキサエン酸（docosahexaenoic acid，DHA） …有機化合物の名前・基礎の基礎 p.145 グルタミン酸：グルタミン酸（glutamic acid） …アミノ酸 ｜ メマンチン：メマンチン（memantine） …アルツハイマー病治療薬 p.146 ピラセタム：ピラセタム（piracetam） p.148 メチルフェニデート：メチルフェニデート（methylphenidate） ※塩酸塩がリタリン p.149 モダフィニル：(R)-モダフィニル（(R)-modafinil） ※別に(S)-体 p.175 アトロピン：アトロピン（atropine） …地下鉄サリン事件 ※異性体あり p.179 ルミガン（一般名 ビマトプロスト）：ビマトプロスト（bimatoprost） …プロスタグランジン分子データ集 p.180 バイアグラ（一般名 シルデナフィル）：シルデナフィル（sildenafil） …生活改善薬 p.181 ロドデノール：ロドデノール（rhododenol） …Jmolトピック p.183 ヒアルロン酸：ヒアルロン酸（hyaluronic acid） …糖タンパク質データ集 p.193 アナンダミド：アナンダミド（anandamide） ｜ マリファナ（大麻）：テトラヒドロカンナビノール（tetrahydrocannabinol，Δ9-THC；マリファナの有効成分） …危険ドラッグ p.195 イノシン酸：イノシン酸（inosinic acid） p.197 イボテン酸：イボテン酸（ibotenic acid） p.201 アスパルテーム：アスパルテーム（aspartame） …甘味物質の秘密 p.203 ネオテーム：ネオテーム（neotame） p.204 グルタチオン：グルタチオン（glutathione） p.211 カフェイン：カフェイン（caffeine） p.213 エフェドリン：エフェドリン（ephedrine） ｜ アセトアミノフェン：アセトアミノフェン（acetaminophen） ｜ ジフェンヒドラミン：ジフェンヒドラミン（diphenhydramine） p.214 アスピリン（一般名 アセチルサリチル酸）：アセチルサリチル酸（acetylsalicylic acid） p.217 ペニシリン：ペニシリンG（penicillin G） …抗生物質分子データ集 p.221 タミフル（一般名 オセルタミビル）：オセルタミビル（oseltamivir） …インフルエンザ p.222 リレンザ（一般名 ザナミビル）：ザナミビル（zanamivir） ｜ アビガン（一般名 ファビピラビル）：ファビピラビル（favipiravir，T-705） p.237 サリドマイド（thalidomide）：(S )-サリドマイド (R )-サリドマイド 両分子同時表示 p.247 二酸化炭素：二酸化炭素（carbon dioxide） …温室効果ガス ｜ メタン：メタン（methane） p.264 メタンハイドレート：メタンハイドレート（methanehydrate；構造例） …メタンハイドレート（水素結合表示・非表示はこちらのページで） |
- まつ毛フサフサ？国内初の薬 緑内障治療薬で「副作用」（朝日，2014/09/21） ※ビマトプロスト（bimatoprost；製品名「グラッシュビスタ」）。
- アラガンと塩野義 睫毛貧毛症治療薬グラッシュビスタを共同販売（ミクスOnline，2014/09/16） ※“プロスタグランジンF2α誘導体の作用により、不十分な睫毛の長さや太さ、濃さを改善”。
- FDA、アラガンの黄斑浮腫治療薬を承認―片頭痛治療薬は先送り（WSJ，2014/07/01） ※“緑内障・高眼圧症治療薬ビマトプロスト（一般名）の第2相臨床試験でも好結果が現れ…”。
- 緑内障・高眼圧症治療剤「ルミガン点眼液0.03％」を発売 千寿製薬（Q薬事日報，2009/10/19）
- KEGG DRUG: D02724
- がん増殖抑制物質（プロスタグランジンD2）合成促進酵素を用いた 新たな胃がん治療法を発見（大阪市立大学，2014/12/25）
- 最も強力な睡眠誘発作用をもたらすプロスタグランジンD2とは？（マイナビニュース，2014/10/15）
- 大腸がん抑える生理物質PGD2を発見（マイナビニュース，2014/06/05）
- ビマトプロスト - Wikipedia ｜ プロスタグランジン ｜ プロスタグランジン-Fシンターゼ
- プロスタグランジン（本サイト）
［Bimatoprost - Wikipedia，Prostaglandin-F synthase - Wikipedia］
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2f38（ビマトプロストが結合したプロスタグランジンF合成酵素） 同PDBsumデータ 2f38_15M（NADP結合）$ 15M（ビマトプロスト）選択 ビマトプロスト（bimatoprost） バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
- Contributions of Ionic Interactions and Protein Dynamics to Cytochrome P450 2D6 (CYP2D6)Substrate and Inhibitor Binding（Biological Chemistry，2015/01/01）
- 発酵食品の脂肪酸、食品の苦み抑制 -東大が解明（日刊工業新聞，2014/04/04）
- キニーネ - Wikipedia ※“パーキンはキニーネを合成することはできなかったが、研究途中で最初の合成染料モーブを発見”。 ｜ モーブ ｜ マラリア ｜ トニックウォーター
- P450データ集メニュー（本サイト） ｜ 染料の種類
［Cytochrome P450 - Wikipedia，Quinine - Wikipedia］
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4wnvのChain A（キニーネが結合したシトクロムP450 2D6） 同PDBsumデータ4wnv_QI9$ QI9（キニーネ）選択 キニーネ（quinine） ※参考（モーブ〈mauve；モーベイン，mauveine〉の構造例）：モーベインA〈mauveine A〉 モーベインB〈mauveine B〉 ｜ キニーネとモーベインA・Bの同時表示 バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 A鎖（IL-18）選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］「GoogleドライブとChem3D for iPad／RCSB PDB Mobileで分子を見る」によるキニーネとモーベインA・Bの同時表示
［右］キニーネ（quinine）が結合したシトクロムP450 2D6 4wnvのPDBsumデータ
- 2015年は国際光年！ - Togetterまとめ
- 2015年は国際光年！（本サイト） ｜ 2014年は世界結晶年！（様々な結晶構造） ｜ 分子モデルで見るノーベル賞（GaN）
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ダイヤモンド，石英（水晶），窒化ガリウム，塩化ナトリウムの結晶構造の同時表示 水（氷，雪）・塩化ナトリウムの結晶構造とスクロース・グルタミン酸ナトリウムの同時表示 水（氷，雪）の結晶構造のみ表示水素結合着色表示 金（Au）・銀（Ag）・銅（Cu）の結晶構造同時表示 ｜ 金（Au） 銀（Ag） 銅（Cu） 参考（Siを含むPDBデータ例）：1nd0のChain A-D（免疫グロブリンIgG2a） 同PDBsumデータ1nd0_DP4$ Si選択 → 別トピック バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
2014年は世界結晶年！（様々な結晶構造）
- Hydrogens detected by subatomic resolution protein crystallography in a [NiFe] hydrogenase（NATURE，2015/01/26）
- 兵庫県立大など、酵素「ヒドロゲナーゼ」の水素分解反応を捕捉－燃料電池開発に弾み（日刊工業新聞，2015/01/29）
- 水素分解の酵素、メカニズムを解明 燃料電池に応用期待（神戸新聞，2015/01/27）
- 参考：燃料電池車を低コスト化…水素から電子を取り出す“スイッチ”を解明 奈良先端大など（産経，2014/10/24）
- 参考：九大、阿蘇山から発見した水素酵素「S-77」を燃料電池のアノード電極に応用（マイナビニュース，2014/06/06）
- 参考：酸素耐性膜結合型[NiFe]ヒドロゲナーゼのX線結晶構造解析－水素エネルギー利用に向けた基礎科学研究－（SPring-8，2011/10/17）
- 参考：小江誠司教授、松本崇弘助教の論文が『ChemCatChem』誌に掲載され、その表紙を飾りました！（九州大学，2009/06/05）
- 参考：水素を発生させる酵素を作り上げるタンパク質群の立体構造の解明（京都大学，2007/07/06） ※解明構造は2z1dほか
- 松本崇弘・小江誠司，『【解説】新しい水素活性化触媒──［NiFe］ヒドロゲナーゼに学ぶ水素からの電子抽出』，「化学」，2013年8月号 ※図3の［NiFe］ヒドロゲナーゼPDBデータ2FRVを下掲。
- 今月の分子 No.111 - ヒドロゲナーゼ（Hydrogenase）（PDBj，2009/03） ｜ Molecule of the Month（PDB）
- 燃料電池の先をゆくタンパク質（PDBjの「今月の分子」）（こども省，2009/03/08）
- ヒドロゲナーゼ - Wikipedia
- 鉄硫黄クラスター／Fe4S4，Fe2S2，Fe3S4等を含む生体分子のSITE例（本サイト） ｜ 他のヒドロゲナーゼ関連トピック ｜ 別トピック
［Hydrogenase - Wikipedia］
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4u9h（[NiFe]ヒドロゲナーゼ） 同PDBsumデータ4u9h_NWN$ NWN（[NiFe]活性部位）選択 ※参考（他の[NiFe]ヒドロゲナーゼ構造例） 2frvのChain S・L*（［NiFe］ヒドロゲナーゼ） 同PDBsumデータ2frv_FCO-O$ 同PDBsumデータ 2frv_Ni$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］4u9h（大きい球棒表示が[NiFe]活性部位）
［右］PDBsumデータの比較（4u9h_NWNと2frv_FCO-O；アミノ酸のSを黄色で表示）
- 『新しい免疫入門』 自然免疫から自然炎症まで 審良静男・黒崎知博＝著（現代ビジネス，2014/12/18）
- 今月の分子 No.143 - Toll様受容体（Toll-like Receptors）（PDBj，2011/11） ｜ Molecule of the Month（PDB）
- Toll様受容体（本サイト）
- 4qdhについて：Crystal structure of the C‐terminal domain of mouse TLR9（Proteins，2014/03/30）
- 4o2bについて：The Novel Microtubule-Destabilizing Drug BAL27862 Binds to the Colchicine Site of Tubulin with Distinct Effects on Microtubule Organization（Journal of Molecular Biology，2014/04/17）
［Toll-like receptor - Wikipedia］
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4qdh（Toll様受容体9） 4o2b（コルヒチンが結合したチューブリン） 同PDBsumデータ 4o2b_LOC$ LOC（コルヒチン）選択 コルヒチン（colchicine） ［Colchicine - Wikipedia］ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 Leu選択 BCAA球表示（Leu Ile Val） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
- （ののちゃんのDO科学）ビールの苦みってなに？（朝日，2015/01/31）
- ビールのホップに含まれる成分が、脳の認知能力を向上させる（ただし若者のみ）（ライフハッカー，2014/10/07）
- 【クローズアップ】#011 ビール原料に、動脈硬化を予防する効果のある成分（いいねhokudai，2013/03/06）
- ホップの苦味成分を作る遺伝子を発見（京都大学，2012/12/27）
- サッポロ、ホップの苦み成分にRSウイルス感染予防効果があることを発見（マイナビニュース，2012/12/06）
- ビール原料より動脈硬化予防効果成分を発見 ～天然物で世界初、CETP阻害によるHDLコレステロール上昇～（サッポロビール，2012/11/19）
- ビール原料「ホップ」の成分に動脈硬化予防効果 - サッポロと北大が確認（マイナビニュース，2012/11/19）
- ビールの主役ホップの健康効果が脚光、血糖値やがん抑制にも期待（ナショナル ジオグラフィック，2024/11/04） [NEW!] ※“研究者らが特に注目しているのは「キサントフモール」と呼ばれるポリフェノール”。
- 本間善夫・川端 潤，「パソコンで見る動く分子事典」，講談社ブルーバックス(2007) ※p.143にコラム『ビールの泡とイソフムロン』（イソフムロンの構造は以下と異なります）。
- ホップ - Wikipedia ｜ フムロン
［Xanthohumol - Wikipedia］
［左］キサントフモール（xanthohumol）
［右］フムロン（humulone）とイソフムロン（isohumulone；異性体あり）の同時表示