- Nature beats chemists at their own game: Living cells are coaxed into using silicon to make material for TV and computer screens （Daily Mail，2016/11/24）
- Structural Basis for Antibody Catalysis of a Cationic Cyclization Reaction（Journal of Molecular Biology，2003/09/23） ※下掲1nd0の論文
- 有機ケイ素化合物 - Wikipedia
- 生体分子の構成元素（本サイト）
［Immunoglobulin G - Wikipedia］
|
|
1nd0のChain A-D（免疫グロブリンIgG2a） 同PDBsumデータ1nd0_DP4$ Si選択 ※参考： ダイヤモンド，石英（水晶），窒化ガリウム，塩化ナトリウムの結晶構造の同時表示 バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
1nd0のChain A-D（免疫グロブリンIgG2a）とそのPDBsumデータ
-
●アミノ色表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
●疎水性インデックス順
ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
●有機概念図I/O値順（特性基 R）
ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
●等電点順
ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG
アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！
［Programmed cell death protein 1 - Wikipedia，PD-L1 - Wikipedia］
|
|
3bik（PD-1/PD-L1複合体） Chain C（PD-1））選択 ※参考： 5ggrのChain A・B・Y（ニボルマブのFabが結合したPD-1） Chain Y（PD-1））選択 ｜ 5ggq（ニボルマブのFab） → 別トピック[1]｜[2]（本庶佑さん2018年ノーベル医学生理学賞受賞） バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］3bik（PD-L1が結合したPD-1） ［左］5ggr（ニボルマブ〈商品名 オプジーボ〉のFabが結合したPD-1） → 別トピック[1]｜[2]（本庶佑さん2018年ノーベル医学生理学賞受賞）
- “Catalytic machine” ※5ckk
- “Megaportal” ※5ijn（掲載略）・5ijo …次トピックに再掲
- “‘Sizzling hot’ drug target” ※5edu（以下に）・5eef・5eei・5eek・5eem・5een・5ef7・5ef8・5efb・5efg・5efh・5efj・5efk・5efn〔以上Hai, Y.らによる〕，5g0f・5g0g・5g0h・5g0i（以下に）・5g0j〔以上Miyake, Y.らによる〕
|
|
5ckk（DNA触媒） 5ijoの208量体（Chain A-Z×8，α炭素のみ；核膜孔複合体 ） …次トピックに再掲 5eduのChain A（ヒストンデアセチラーゼ6〈HDAC6〉；trichostatin A〈トリコスタチンA〉が結合） TSN（trichostatin A）選択 ｜ 5g0iのChain A（ヒストンデアセチラーゼ6〈HDAC6〉；nexturastat Aが結合） N4R（nexturastat A）選択 バックボーン 二次構造 ｜ DNA/RNA（ATGCU，backbone） 全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） （*印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
5ckk（DNA触媒）
- Molecular architecture of the inner ring scaffold of the human nuclear pore complex（Science，2016/04/15）
- Architecture of the symmetric core of the nuclear pore（Science，2016/04/15）
- The Nuclear Pore Complex（University of Illinois at Urbana-Champaign）
- 核膜・核膜孔複合体の構造構築 - 理化学研究所
- 核膜孔複合体（大阪大学大学院生命機能研究科）
- 核膜孔 - Wikipedia
- 別トピック（本サイト）
［Nuclear pore - Wikipedia，PD-L1 - Wikipedia］
|
|
バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） （*印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
5ijoの208量体（Chain A-Z×8，α炭素のみ；核膜孔複合体）
- P2X受容体別研究（P2X4受容体）
- Structural insights into the allosteric inhibition of P2X4 receptors（Nature Communications，2023/10/13） ※2023/10/18公開8jv5（BX430結合，下掲）・8jv6（BAY-1797結合）
- Mechanistic insights into the selective targeting of P2X3 receptor by camlipixant antagonist（Journal of Biological Chemistry，2025/01/01） ※2025/03/20公開9bpc（下掲）・9bpd
- P2X受容体 - 脳科学辞典
［P2RX7 - Wikipedia - Wikipedia］
|
|
5u2hの3量体（Chain A×3；拮抗剤A804598が結合した陽イオンチャネルP2X7受容体） 同PDBsumデータ5u2h_7S1$ 7S1（A804598）選択 5u1x（拮抗剤JNJ47965567が結合した陽イオンチャネルP2X7受容体） 同PDBsumデータ5u1x_7RV$ 7RV（JNJ47965567）選択 8jv5のChain A（アンタゴニストBX430が結合したP2X4受容体） 同PDBsumデータ8jv5_lb$ 9bpcのChain A（アンタゴニストのカムリピキサント〈camlipixant〉が結合したP2X3受容体；cif→pdb変換） 同PDBsumデータ9bpc_lp$ ［Camlipixant - Wikipedia］ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 糖鎖別着色：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
5u2hの3量体（Chain A×3；拮抗剤A804598が結合した陽イオンチャネルP2X7受容体）
<
アンタゴニストBX430が結合したP2X4受容体8jv5のChain AとPDBsumデータ
<
アンタゴニストのカムリピキサント（camlipixant）が結合したP2X3受容体9bpcのChain AとPDBsumデータ
- The transcription factor EPAS1 links DOCK8 deficiency to atopic skin inflammation via IL-31 induction（Nature Communications，2017/01/09）
- 九大、アトピー性皮膚炎発症に関わる痒み物質の産生に重要なタンパク質を発見（日経，2017/01/09）
- アトピー性皮膚炎のかゆみ原因を特定 根治薬開発に期待（朝日，2017/01/09）
- 九大、アトピー性皮膚炎のかゆみを起こすタンパク質を発見 -作用機所も解明（マイナビニュース，2017/01/10）
- アトピー性皮膚炎の痒み物質IL-31産生をタンパク質「EPAS1」が誘導 －九大（QLifePro医療ニュース，2017/01/12）
- 別研究（佐賀大学による）
- アトピー性皮膚炎の痒みの原因を解明するとともに、その阻害剤を発見（佐賀大学，2023/01/10） ※“今回、アトピー性皮膚炎患者の皮膚組織で作られるペリオスチンが、知覚神経に作用して痒みを引き起こすとともに…”，“今後、CP4715をアトピー性皮膚炎の痒みに対する治療薬として開発することにより…”。CP4715の構造を下掲
- Periostin activates distinct modules of inflammation and itching downstream of the type 2 inflammation pathway（Cell Reports，2023/01/06）
- 佐賀大学 アトピー性皮膚炎のかゆみを抑制する化合物を発見（NHK，2023/01/10）
- アトピー性皮膚炎、かゆみの原因など解明 佐賀大など研究グループ 新薬開発へ（佐賀新聞，2023/01/10）
- アトピー性皮膚炎「かゆみ」正体解明 薬開発へ 佐賀大学（Yahoo!ニュース，2023/01/11）
- アトピーかゆみの仕組み、一つ解明 症状改善物質も発見、新薬開発へ（朝日，2023/01/14）
- アトピーのかゆみを阻害する化合物の発見に、狩野英孝さんらも反応→明治製菓が開発中で株価も変動？ (2ページ目) - Togetter（2023/01/11）
- 新規抗血栓剤 CP4715及びEF6265に関する米国メディシノバ社とのライセンス契約締結のお知らせ（Meiji Seika ファルマ，2006/11/01）
- ペリオスチン - Wikipedia
- 別研究（大阪大学蛋白質研究所による）
- 慢性アレルギー疾患に関わるヒスタミン受容体の構造解明 ―新規アトピー性皮膚炎・喘息治療薬の開発に貢献―（大阪大学蛋白質研究所，2023/10/23） ※“特にイメチットの結合によるPhe344の構造変化は、新たな空洞「Aromatic slot」を形成し…”，2023/10/25公開データ7yfc・7yfd。 → イメチット結合タンパク質（GPCR）
- Structural insights into the agonists binding and receptor selectivity of human histamine H4 receptor（Nature Communications，2023/10/20）
- アトピー新薬／タクロリムス（本サイト） ｜ 別トピック（アトピー性皮膚炎外用薬タピナロフ）
PDBデータ 1p97のModel 1
［EPAS1 - Wikipedia］1p97のModel 1（EPAS1の構造例）
CP4715
※参考：タクロリムス（tacrolimus） → アトピー新薬／タクロリムス
※参考：タピナロフ（tapinarof） → 別トピック
バックボーン 二次構造
全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） （*印のみ）
空間充填 球棒 球60％ スティック 針金
アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色
酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
水素結合表示
背景・黒 灰 白 紺
EPAS1（endothelial PAS domain protein 1）の構造例1p97のModel 1
新規アトピー性皮膚炎治療薬CP4715（治療薬候補）とタピナロフ（tapinarof） - 新刊：Andy Brunning 著，高橋秀依・ 夏苅英昭 訳，「カリカリベーコンはどうして美味しいにおいなの？ 食べ物・飲み物にまつわるカガクのギモン」，化学同人(2016) ※一部化合物の分子モデルを以下に。
- Compound Interest ※以下の化合物名（英語）検索でブログ記事を参照できる場合あり ｜ Compound Interest - Facebook
- Why Does Bacon Smell So Good? - The Aroma of Bacon（Compound Interest，2014/04/16） ※“2,5-dimethylpyrazine, 2,3-dimethylpyrazine, 2-ethyl-5-methylpyrazine and 2-ethyl-3,5-dimethylpyrazine”の中から3分子を以下に初期表示（上掲書p.62）
- カリカリベーコンはどうして美味しいにおいなの？（Chem-Station，2016/12/21）
初期表示は2,5-ジメチルピラジン，2-エチル-3,5-ジメチルピラジン，2,3-ジメチルピラジンの同時表示
［Alkylpyrazine - Wikipedia］
空間充填 球棒 球30％ 球60％ スティック 針金
背景・黒 灰 白 紺
p.2β-カロテン（β-carotene） ｜ 11-cis-レチナール（11-cis-retinal） ｜ all-trans-レチナール（all-trans-retinal） ｜ 11-cis-レチナールとall-trans-レチナールの同時表示 …モノはなぜ見える
p.10クルクミン（curcumin） …カレーの色素・クルクミン
p.14キニーネ（quinine）
p.26テトロドトキシン（tetrodotoxin，TTX）
p.40ラウリル硫酸ナトリウム（sodium lauryl sulfate，SLS；ドデシル硫酸ナトリウム，sodium dodecyl sulfate，SDS） …界面活性剤の種類
p.46デカナール（decanal）
p.48(S)-サリドマイド（(S)-thalidomide） (R)-サリドマイド（(R)-thalidomide） 両分子同時表示
p.56アリイン（alliin） ｜ アリシン（allicin） …悪臭の正体
p.62 2,5-ジメチルピラジン，2-エチル-3,5-ジメチルピラジン，2,3-ジメチルピラジンの同時表示
p.68硫化水素（hydrogen sulfide） …悪臭の正体
p.74カプサイシン（capsaicin） …辛さと熱さ／カプサイシン
p.76(1R,2S,5R)-(-)-メントール（menthol；さわやかなハッカのにおい） …(-)-メントールと(+)-メントール
p.84トリプトファン（tryptophan） …アミノ酸 ｜ セロトニン（serotonin） ｜ メラトニン（melatonin） …抗うつ剤と神経伝達物質
p.90カフェイン（caffeine）
p.94タウリン（taurine，アミノエタンスルホン酸） → 別トピック
p.102ヒスタミン（histamine）
p.106オイゲノール (eugenol) …動く香り分子事典
p.108グルタミン酸（glutamic acid） …アミノ酸
p.110スクロース（ショ糖，sucrose） ｜ アスパルテーム（aspartame） ｜ スクラロース（sucralose） …甘味物質の秘密
p.124イソフムロン（isohumulone；異性体あり）
※他にも参照できる分子がありますのでトップページで検索してみてください。
- Compound Interest ※以下の化合物名（英語）検索でブログ記事を参照できる場合あり ｜ Compound Interest - Facebook
- 新しいカルボキシル化酵素の発見 －天然有機化合物の構造多様性を創出する新規生合成経路の解明－（理研，2017/01/17） ※5inf・5ing・5ini（これのみ下掲）
- A crotonyl-CoA reductase-carboxylase independent pathway for assembly of unusual alkylmalonyl-CoA polyketide synthase extender units（Nature Communications，2016/12/21）
- 薬剤追跡・標的タンパク質同定に役立つタグを持つスタンボマイシン類を創製－理研（QLifePro医療ニュース，2017/01/19）
- アシルCoA - Wikipedia ｜ 補酵素A
PDBデータ 5ini（アシルCoAカルボキシラーゼ SamR0483）
［Acetyl-CoA carboxylase- Wikipedia，Coenzyme A - Wikipedia］5ini（アシルCoAカルボキシラーゼ SamR0483） 同PDBsumデータ5ini_HXC$
コエンザイムA（coenzyme A；CoA） → 抗生物質分子データ集
リベロマイシンA（reveromycin A） → 水溶性ビタミンと脂溶性ビタミン
バックボーン 二次構造
全選択 タンパク質選択 リガンド選択
空間充填 球棒 球60％ スティック 針金
アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色
酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
水素結合表示
背景・黒 灰 白 紺
5ini（アシルCoAカルボキシラーゼ SamR0483）とそのPDBsumデータ（リガンドはヘキサノイルCoA） - メチル水銀が血管内皮増殖因子の発現亢進により血液脳関門の障害を来すことを明らかにしました（新潟大学，2017/01/25） ※中和抗体が結合した血管内皮増殖因子（VEGF）構造例1bj1を以下に。
- Methylmercury Causes Blood-Brain Barrier Damage in Rats via Upregulation of Vascular Endothelial Growth Factor Expression（PLOS ONE，2017/01/24）
- 水俣病原因のメチル水銀、脳守る仕組み破壊（日経，2017/01/25）
- メチル水銀中毒の仕組み解明、水俣病の治療法開発へ 新潟大学（大学ジャーナルオンライン，2017/01/29）
- 血管内皮増殖因子関連別情報
- 血管内皮細胞増殖因子 - Wikipedia
- 水俣病（本サイト） ｜ 別トピック（血液脳関門）
PDBデータ 1bj1（中和抗体が結合した血管内皮増殖因子〈VEGF〉）
［Vascular endothelial growth factor - Wikipedia，Neutralizing antibody - Wikipedia］1bj1（中和抗体が結合したVEGF） Chain V・W（VEGF）選択
5t89（VegFを伴ったVegFRの活性型複合体） Chain V・W（VegF）選択 ［VEGFR1 - Wikipedia］
塩化メチル水銀
※参考（有機水銀分解酵素の例）：3f0p（有機水銀分解酵素〈アルキル水銀リアーゼ，EC.4.99.1.2〉MerBの例） 同PDBsumデータ 3f0p_HG（Hg追加）$ → バイオレメディエーションとファイトレメディエーション
バックボーン 二次構造
全選択 タンパク質選択 リガンド選択
空間充填 球棒 球60％ スティック 針金
アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色
酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
糖鎖別着色：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
水素結合表示
背景・黒 灰 白 紺
［左］中和抗体が結合した血管内皮増殖因子（VEGF）1bj1
［右］有機水銀分解酵素（アルキル水銀リアーゼ，EC.4.99.1.2）MerB 3f0pとPDBsumデータ
VegFを伴ったVegFRの活性型複合体5t89 - RCSB PDB 2017/01/25 新規公開データより：5h3o Structure of a eukaryotic cyclic nucleotide-gated channel
- Structure of a eukaryotic cyclic-nucleotide-gated channel（Nature Research，2017/01/18）
- 構造生物学： 環状ヌクレオチド依存性チャネルを見る（Nature ハイライト，2017/02/02）
- 飲食品の風味の低下は原因物質TCAによる嗅覚経路の遮断が理由 - 阪大など（マイナビニュース，2013/09/28）
- イオンチャネル - 脳科学辞典
- 環状ヌクレオチド感受性カチオンチャネル - meddic
PDBデータ 5h3o（真核生物の環状ヌクレオチド感受性チャネル）
［Cyclic nucleotide-gated ion channel - Wikipedia］
5h3o（真核生物の環状ヌクレオチド感受性チャネル） 同PDBsumデータ5h3o_PCG$
バックボーン 二次構造
全選択 タンパク質選択 リガンド選択
空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去
アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色
酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
糖鎖別着色：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
水素結合表示
背景・黒 灰 白 紺
5h3o（環状ヌクレオチド感受性チャネル）