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2014年は世界結晶年！
6（251-300） ｜ 7（301-350） ｜ 8（351-400）
001. プラバスタチン（pravastatin）
002. PDBデータ 2b7fのChain A・B・I（HTLV-1ウイルスのプロテアーゼ）
003. PDBデータ 2zuo[4. 23MB]（タンパク質ボルトの部分構造；First entry, chain A-M）
004. パロキセチン（paroxetine）
005. シクロプロプ-2-エンカルボン酸（cycloprop-2-enecarboxylic acid）
006. PDBデータ 2znl（インフルエンザウイルスのRNAポリメラーゼPA-PB1サブユニット） ∥ 3a1g（同 PB1-PB2サブユニット）｜ Chain A・B ∥ T-705（RNAポリメラーゼ阻害剤） ∥ CS-8958（ノイラミニダーゼ阻害剤） ｜ ペラミビル（peramivir；ノイラミニダーゼ阻害剤）
007. PDBデータ 3d90（プロゲステロン受容体）
008. PDBデータ 1Q84（アセチルコリンエステラーゼ）
009. PDBデータ 2zxe（ナトリウム・カリウムポンプ）
010. トランスフルトリン（transfluthrin）
011. PDBデータ 2zye（阻害剤KNI-272が結合したHIV-1プロテアーゼ）
012. PDBデータ 1nn2（ノイラミニダーゼ，neuraminidase） 同PQSによる4量体
013. PDBデータ 2iga（プロトカテキュ酸ジオキシゲナーゼ） 同PDBsumデータ 2iga_FE2
014. PDBデータ 2v0zのChain C（高血圧治療薬アリスキレンが結合したレニン） 同PDBsumデータ 2v0z_C41
015. PDBデータ 3giw（ロスマンフォールド）
016. アラキドン酸（arachidonic acid）
017. PDBデータ 1gt0（Oct4・Sox2・DNA 複合体の例）
018. 代替フロンの一種HCFC（ハイドロクロロフルオロカーボン）の例：HCFC-123
019. PDBデータ 2zw3（ヒト由来ギャップ結合チャネル）
020. テトラヒドロカンナビノール（tetrahydrocannabinol，Δ9-THC）
021. MDMA
022. PDBデータ 3gj2のChain A（光活性化型GFP；2009/03/24 RCSB PDB公開）
023. PDBデータ 2z5r（フェリチン，ferritin） 同PQSによる24量体
024. PDBデータ 3cs9のChain A（ニロチニブ結合チロシンキナーゼ） 同PDBsumデータ 3cs9_NIL ∥ PDBデータ 3g5d（ダサチニブ結合チロシンキナーゼ） 同PDBsumデータ 3g5d_1N1
025. 1,2,4-トリメチルベンゼン（1,2,4-trimethylbenzene）
026. フラーレン（fullerene，C60）
027. PDBデータ 2d57（アクアポリン4） 同PQSによる4量体
028. PDBデータ 2rogのModel 1（TTHA1718，in living E. coli cells） PDBデータ 2roeのModel 1（TTHA1718，in vitro）
029. PDBデータ 2frvのChain S・L（ニッケル-鉄ヒドロゲナーゼ） 同PDBsumデータ 2frv_Ni
030. キノリン酸（quinolinic acid） キノリン酸を含むPDBデータ 1qap（キノリン酸ホスホリボシルトランスフェラーゼ QPRT） 同PDBsumデータ 1qap_NTM
031. CS-8958（臨床試験中） ｜ ペラミビル（peramivir） ペラミビルを含むPDBデータ 2f10（参考） ｜ T-705（臨床試験中）
032. ビマトプロスト（bimatoprost） ビマトプロストを含むPDBデータ 2f38
033. PDBデータ 2v84（梅毒トレポネーマ Treponema pallidum のリポタンパク質）
034. サルコシン（sarcosine）
035. PDBデータ 1wua（アメフラシ由来アプリロニンAとアクチンとの複合体構造） ｜ アプリロニンA（aplyronine A）
036. PDBデータ 3ebj（鳥インフルエンザ，RNAポリメラーゼのPAサブユニット） ｜ A鎖
037. PDBデータ 2w69（インフルエンザ，キャップスナッチング〔cap-snatching〕） ｜ A鎖
038. PDBデータ 2p1p（オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ） ｜ PDBsumデータ 2p1p_IAC ｜ インドール酢酸（IAA，オーキシンの例）
039. PDBデータ 1xj9（ペプチド核酸〔PNA〕） ｜ 参考：別の研究グループによるデータ例 1pnn（PNA/DNA）
040. 白リン（white phosphorus，P4）
041. 2,2'-ビピリジン（別名2,2'-ジピリジル）
042. ヒアルロン酸（hyaluronic acid，繰り返し単位） ｜ PDBデータ3hya（ヒアルロン酸 8mer）
043. PDBデータ 1jb0中のP700形成ヘテロ2量体例（CL1 1011, CL1 1021, His680A, His660B）
044. PDBデータ 2jp9のModel 1（WT-1〔WT1〕結合DNA，Zinc Finger）
045. ソラフェニブトシル酸塩（sorafenib tosylate；商品名 ネクサバール，Nexavar）
046. PDBデータ 2zsh（ジベレリン受容体；ジベレリンA3結合）
047. PDBデータ 3bla（DcpS）
048. メラミン（melamine）
049. テトラクロロエチレン（tetrachloroethylene，パークレン）
050. PDBデータ 2rh1（β2アドレナリンレセプター） 同PDBsumデータ 2rh1_CAU
051. (S)-サリドマイド ｜ (R)-サリドマイド
052. 2-アラキドノイルグリセロール（2-arachidonoylglycerol，2-AG）
053. PDBデータ 3l2t（PFV由来インテグラーゼ；阻害剤ラルテグラビル含む） ラルテグラビル（raltegravir，MK-0518） ∥ PDBデータ 3l2u（PFV由来インテグラーゼ；阻害剤elvitegravir含む） elvitegravir（GS-9137，JTK-303）
054. PDBデータ 3g61のChain A（P-糖タンパク質）
055. アトラジン（atrazine）
056. パラウアミン（Palau'amine）
057. PDBデータ 1ubq（ユビキチン）
058. アブシジン酸（abscisic acid，ABA） ∥ アブシジン酸を含むPDBデータ 3jrq（受容体とプロテインホスファターゼ2C） 同PDBsumデータ 3jrq_A8S
059. PDBデータ 1a5hのChain A・C（t-PA；組織プラスミノゲンアクチベーター）
061. [1]1pwc（ペニシリンG）｜[2]1hxb（サキナビル）｜[3]1mxk（ブレオマイシン）｜[4]1jff（タキソール）｜[5]2rh1（カラゾロール ｜[6]1pth（アスピリン）｜[7]1lpb；BOG・MUPは座標2種のうちAのみ（アルキルホスホネート阻害剤）｜[8]1hwkのChain A・B（アトルバスタチン）｜[9]2j0dのChain A（エリスロマイシン）
062. アトルバスタチン（atorvastatin） ∥ アトルバスタチンを含むPDBデータ 1hwkのChain A・B 同PDBsumデータ 1hwk_117
063. PDBデータ 1t2k（エンハンセオソーム，インターフェロン-βエンハンサー） 1t2k・2pi0・2o6g・2o61複合体
064. CS-8958
065. ペラミビル (peramivir） ∥ 参考：ペラミビルを含むPDBデータ例 2f10（ノイラミニダーゼ） 同PDBsumデータ 2f10_BCZ
066. PDBデータ 2aai（リシン，ricin）
067. PDBデータ 2wdi（70Sリボソーム；Ramakrishnanらによる） 4. 87MB
069. 1d66のChain D・E（DNA，2010年 寅年年賀バージョン）
070. シクロプロプ-2-エンカルボン酸（cycloprop-2-enecarboxylic acid）
071. PDBデータ 1fd9の2量体（レジオネラ感染症関連タンパク質；Model 2をChain A → Bに変更） 同・単量体
072. PDBデータ 2pne（不凍タンパク質，antifreeze protein）
073. シタグリプチン（sitagliptin） ∥ 参考：シタグリプチン類似阻害剤（C17H17F6N5O）を含むPDBsumデータ 2qoe_448
074. PDBデータ 3gbiの12量体（A-D鎖×3；人工設計DNA結晶）
075. PDBデータ 3a0rの4量体（A・B鎖×2；ヒスチジンキナーゼとレスポンスレギュレーターの複合体）
076. PDBデータ 1kf1（DNAのG-四重らせん構造；ヒトのテロメア反復配列はTTAGGG） ｜ 2r4g（テロメラーゼのRNA結合ドメイン，テトラヒメナ・サーモフィラ） ｜ 2feyのModel 1（テロメラーゼRNA，テトラヒメナ；"HO"原子削除）
077. PDBデータ 3b8eのChain A・B・G（Na-Kポンプ） ｜ 2zxe（同；再掲）
078. サリチル酸（salicylic acid）
079. 阻害薬コホルマイシン（coformycin）を含むアデノシンデアミナーゼのPDBデータ例 3ewc
080. グリシドール（glycidol；2,3-epoxy-1-propanol，異性体あり） ∥ 参考：ジアシルグリセロール（C10）を含むPDBデータ例2z9y（セラミド選別輸送タンパク質，CERT） 同PDBsumデータ 2z9y_DDR
081. ウミホタルルシフェリン（Vargula luciferin） 参考：ゲンジボタルルシフェラーゼのPDBデータ例 2d1t（変異体，赤色型）
082. 薬理色素NK-4（キノリン骨格3核シアニン系色素；２つのI-1は略）
083. 参考：P450 1A2（CYP1A2）のPDBデータ例 2hi4（α-ナフトフラボンを含む）
084. PDBデータ 1fo4（キサンチン酸化還元酵素，xanthine oxidoreductase）
086. ブチルカルビトール（butyl carbitol；ジエチレングリコールモノブチルエーテル，diethylene glycol monobutyl ether）
087. アミトリプチリン（amitriptyline，第1世代／三環系の例） アモキサピン（amoxapine，第2世代／三環系の例） マプロチリン（maprotiline，第2世代／四環系の例）
088. 二酸化塩素（chlorine dioxide）
089. PDBデータ 2arv（アクチビンA，activin A）
090. PDBデータ 1aquのChain A（スルホトランスフェラーゼ，sulfotransferase）
091. アレンドロネート（alendronate；ビスフォスフォネート剤の例，アレンドロン酸） ｜ 参考：アレンドロネートを含むPDBデータ例2f92 同PDBsumデータ 2f92_AHD
092. エピガロカテキンガレート（epigallocatechin 3-gallate，EGCG） ｜ 参考：EGCGを含むPDBデータ例2kdhのModel 1 同データ中のEGCG原子情報を一部改変（HO→H） 同PDBsumデータ 2kdh_KDH_g（Model 1データをアップロードして生成）
093. PDBデータ2z5r（フェリチン；CdとPd含む） 同PQSによる24量体
094. PDBデータ 1m4hのChain A・C（β-セクレターゼ；阻害剤OM00-3含む） ｜ 2zhrのChain A・C（同；阻害剤OM99-2含む）
095. PDBデータ 1rw5のModel 1（プロラクチン〈乳汁分泌ホルモン〉，prolactin）
096. インドメタシン（indomethacin） ｜ インドメタシンを含むPDBデータ例3hwz
097. サリン（sarin） ｜ 参考：サリンがSer273に結合したPDBデータ3f96のChain A（血小板活性化因子アセチルヒドロラーゼ；修飾残基SGBは座標2種のうちAのみ）
098. PDBデータ 2k6bのModel 1（プログラム細胞死，PDCD5）
099. ホルムアルデヒド（formaldehyde）
100. DNA部分構造例
101. バレニクリン（varenicline） ※禁煙補助剤は酒石酸塩
102. ピリフルキナゾン（pyrifluquinazon）
103. PDBデータ 2xshのChain A-F（ビフェニルジオキシゲナーゼ；2,6-ジクロロビフェニル含む） ｜ 2xrxのChain A-F（同；ビフェニル含む）
104. PDBデータ 3agv（IgG，RNAアプタマー）
105. PDBデータ 1um2のChain A・C（エンドヌクレアーゼ，インテイン）
106. PDBデータ 1frpのChain A（AMPA型グルタミン酸受容体；AMPAが結合）
108. PDBデータ 1u8d（リボスイッチ）
109. PDBデータ 3ef7（透明帯構成タンパク質ZP3）
110. PDBデータ 3al0（グルタミン・トランスアミドソーム）
111. PDBデータ 3og7（B-Rafプロテインキナーゼ，阻害剤PLX4032結合）
112. PDBデータ 3ok9（HIV-1プロテアーゼ；阻害剤GRL-0519Aが結合，GRL-0519Aは座標2種のうちAのみ）
113. パクリタキセル (paclitaxel） ∥ 参考：パクリタキセルを含むPDBデータ例 1jff（チューブリン） 同PDBsumデータ 1jff_TA1 ∥ 同3edlの165量体（Chain ABDFG×33；AFがα-チューブリン，BGがβ-チューブリン，Dがキネシン-13モータードメイン） α炭素のみ（4. 00MB）
114. PDBデータ 2xp2（未分化リンパ腫キナーゼ（ALK），クリゾチニブ（PF-02341066）が結合）
115. PDBデータ 1imx（インスリン様成長因子，IGF-1）
116. カプトン（Kapton；ポリイミドの例）
117. PDBデータ 2xkk（トポイソメラーゼ；アシネトバクター・バウマニ由来〈A・C鎖〉，モキシフロキサシン 含む）
118. CS-8958（ラニナミビル，laninamivir）
119. PDBデータ 9icd（イソクエン酸脱水素酵素；2量体）
120. PDBデータ 3m6g（アクチン；lobophorolide 含む）
121. ムギネ酸（mugineic acid）
122. PDBデータ 3hvt（HIV-1逆転写酵素；阻害剤ネビラピン nevirapine 含む）
123. PDBデータ 3n45（ファルネシルピロリン酸合成酵素；阻害剤含む2量体／阻害剤はFBS_04とビスホスホネート系のゾレドロネート）
124. 酢酸ウリプリスタル（ulipristal acetate，ella）
125. PDBデータ 3adb（tRNASec・PSTK複合体）
126. ビタミンK2〈メナキノン〉の例；メナキノン-6
127. アンブロキサン（ambroxane）
128. PDBデータ 3bes（インターフェロンγ〈L鎖〉とエクトロメリアウイルスのインターフェロンγ結合タンパク質〈R鎖〉の複合体） ｜ 同8量体（Chain L・R×4）
129. PDBデータ 3ah8（Gタンパク質とYM-254890複合体） YM-254890のみ表示
130. PDBデータ 3ngb（HIV-1 gp120＋抗体VRC01） ｜ 同Chain A-C
131. PDBデータ 3l1e（クリスタリン；2量体）
132. ブチルブチレート（butyl butyrate；酪酸ブチル，ブタン酸ブチル）
133. オセルタミビル（リン酸塩が商品名タミフル） ｜ 17β-エストラジオール（天然エストロゲンの例） ｜ エチニルエストラジオール（合成エストロゲンの例） ｜ イブプロフェン（抗炎症薬） ｜ カルバマゼピン（抗てんかん剤）
134. PDBデータ 3mfi（DNAポリメラーゼη〔Polη〕；タンパク質A鎖は座標2種のうちAのみ） 同PDBsumデータ 3mfi_DTP（dATP＋チミン二量体＋DOC）
135. Liイオン内包フラーレンC60（Li@C60）
136. アログリプチン（alogliptin）
137. ラベプラゾールナトリウム（sodium rabeprazole） ｜ ラベプラゾール
138. PDBデータ 2zm8（ナイロンオリゴマー分解酵素；解像度は1. 55Å） 同PDBsumデータ 2zm8_ACA2（ナイロン6ダイマー）
139. PDBデータ 1yy9（EGF受容体；セツキシマブ〔cetuximab〕含む）
140. PDBデータ 1fpv（パルボウイルス，ネコ汎白血球減少症ウイルス） 60量体 α炭素のみ（1. 83MB）
141. PDBデータ 3aeq（光非依存性プロトクロロフィリド還元酵素）
142. ピラセタム（piracetam） ｜ メチルフェニデート（methylphenidate；塩酸塩がリタリン）
143. フェネチルアミン（phenethylamine）
144. PDBデータ 1cvn（コンカナバリンA） ｜ 同Chain A
145. ラメルテオン（ramelteon）
146. (R)-リナロール ｜ (S)-リナロール
147. PDBデータ 2zxo
148. ビタミンB1（vitamin B1；チアミン thiamine）
149. アドレナリン → 脳内物質例（抗うつ剤の分類 内） ∥ グルタミン酸ナトリウム（グルタミン酸モノナトリウム） グルタミン酸（Glu） → 20種類のアミノ酸 ∥ セルロース（レーヨンはセルロース繊維の一種）〈セロビオース単位〉 → 代表的な高分子
150. アトルバスタチン（atorvastatin）｜ アトルバスタチンを含むPDBデータ 1hwkのChain A・B 同PDBsumデータ 1hwk_117 ∥ ドネペジル（donepezil；塩酸ドネペジルが商品名アリセプト Aricept）
151. エリブリン（eribulin，E7389）
152. PDBデータ 3apo（ERdj5）
153. クマリン ∥ 参考：クマリンを含むPDBsumデータ例 2pwb_COU（プロテイナーゼK）
154. cis-ウイスキーラクトン trans-ウイスキーラクトン
155. PDBデータ 1melのChain A・L（ナノボディ〈単一ドメイン抗体〉；A鎖がナノボディ，L鎖はリゾチーム）
156. PDBデータ 2x8m（コリン結合タンパク質；抗コリン薬イプラトロピウム結合）
157. PDBデータ 3pqr（ロドプシン；Choeらによる） ∥ 2x72（同；Standfussらによる）
158. PDBデータ 2y3w（SAS-6）
159. PDBデータ 3aicのChain A（グルカンスクラーゼ〈GSase〉；阻害剤アカルボース結合） 同PDBsumデータ 3aic_ACR
160. PDBデータ 3pcvの3量体（Chain A×3；ロイコトリエンC4合成酵素） 同PDBsumデータ 3pcv_GTT
161. テトラシラシクロブタジエン（4つのEMind基結合）
162. ジフェンヒドラミン（diphenhydramine） ∥ 参考：ジフェンヒドラミンを含むPDBデータ 2aot（ヒスタミン-N-メチルトランスフェラーゼ） 同PDBsumデータ 2aot_2PM
163. PDBデータ 2om2のChain A・B（Gタンパク質Gαi1〈A鎖〉，RGS14〈B鎖〉）
164. PDBデータ 3os1の10量体（Chain ABCDT×2；プロトタイプ泡沫状ウイルス〈PFV〉のインテグラーゼとDNA） ｜ 1qs4のChain A（HIVウイルスのインテグラーゼ；阻害剤5CITEP含む）
165. オクタデシルジメチル(3-トリメトキシシリルプロピル)アンモニウムクロリド〔octadecyldimethyl(3-triethoxysilypropyl) ammonium chloride〕
166. テキサノール（Texanol〈2,2,4-trimethyl-1,3-pentanediol monoisobutyrate〉；異性体あり）
167. リバスチグミン（rivastigmine） ∥ 参考：リバスチグミンの脱離基のSITE例PDBsumデータ 1gqr_SAF（アセチルコリンエステラーゼ；SITEにEMMも含む）
168. PDBデータ 3alwの4量体（Chain A×4；麻疹ウイルスのヘマグルチニン，Form I）
169. バニリン（vanillin） ∥ 参考：バニリンを含むPDBsumデータ例 2vss_V55（PDBsumデータからアセチルCoA削除）
170. ペントバルビダール（pentobarbital）
171. PDBデータ 1xg0（集光性タンパク質フィコエリトリン〈フィコエリスリン〉） 同PDBsumデータ 1xg0_PEB
172. ロラタジン（loratadine）
173. PDBデータ 1mjv（細胞増殖因子A〈VEGF-A〉） // 参考：t-PA（組織プラスミノゲンアクチベーター）のPDBデータ例 1a5hのChain A・C
174. PDBデータ 1xk4のChain A-D（カルシウム結合タンパク質 カルプロテクチン；A・B鎖がS100A8，C・D鎖がS100A9）
175. PDBデータ 3pcq（好熱性シアノバクテリアBP-1の光合成光化学系I） 同36量体（Chain A-M・X×3；α炭素のみ）
176. PDBデータ 3eqm（アロマターゼ，P450 19A1；アンドロステンジオンが結合）
177. PDBデータ 3fcs（インテグリンαIIbβ3）
178. PDBデータ 2f10（ノイラミニダーゼ；ペラミビル〈peramivir〉含む） 同PDBsumデータ 2f10_BCZ
179. フルベンジアミド（flubendiamide）
180. PDBデータ 1e79（ATP合成酵素 F1部分；ミトコンドリア由来） 同PDBsumデータ 1e79_ATP
181. PDBデータ 3id5（リボソームタンパク質L7AeとRNA；C・G鎖がL7Ae） 同Chain C・D
182. PDBデータ 3nkr（オートタキシン）
183. ロキソプロフェン（loxoprofen；異性体あり）
184. イミダクロプリド（imidacloprid） ∥ PDBデータ 3c79（アセチルコリン結合タンパク質；ネオニコチノイド系農薬イミダクロプリドが結合）
185. PDBデータ 3po7のChain A（モノアミンオキシダーゼB；ゾニサミドが結合）
186. PDBデータ 1om4（神経性一酸化窒素合成酵素）
187. PDBデータ 3py4（ラクトペルオキシダーゼ；アセトアミノフェン含む）
188. PDBデータ 1gtcのModel 1（DNA-RNAハイブリッド，岡崎フラグメント；重複座標データ削除）
189. トリニトラミド（trinitramide）
190. キサントプテリン（xanthopterin）
191. コウミン（koumine）
192. PDBデータ 2j25（イミグルセラーゼ）
193. PDBデータ 3aih（レクチンOS-9）
194. PDBデータ 3ahq（ヒト由来ジスルフィド結合形成酸化酵素Ero1）
195. テトラブロモビスフェノールA（tetrabromobisphenol A）
196. PDBデータ 1yhu（ヘモグロビン；チューブワーム由来） ∥ 1jhd（ATPスルフリラーゼ；チューブワームに共生する硫黄酸化細菌由来）
197. PDBデータ 1kacの6量体（Chain AB×3；アデノウイルス）
198. スフィンゴシン-1-リン酸（sphingosine-1-phosphate，S1P）
199. DNA部分構造のPをAsに変更したデータ（座標はそのまま；As型DNAの模擬構造） ｜ 1d66Chain D・Eの同様変更データ
200. 3aoiのChain A-E・P・Q・X（RNAポリメラーゼ，Gfh1，DNA，RNA）
201. PDBデータ 3j0j（ATPアーゼ；主鎖のみ）
202. PDBデータ 1ri1（mRNAのキャップ形成，メチルトランスフェラーゼ）
203. フムロン（humulone）
204. オレアノール酸（oleanolic acid）
205. PDBデータ 1eve（アセチルコリンエステラーゼ；塩酸ドネペジルが結合） 同PDBsumデータ 1eve_E20
206. PDBデータ 3ciy（Toll様受容体；二重らせんRNAを含む）
207. PDBデータ 1npo（ニューロフィジンII〈ニューロフィシンII〉；B鎖は結合しているオキシトシン） 同B鎖（オキシトシン） 同PDBsumデータ 1npo_oxytocin
208. PDBデータ 3arc（光合成光化学系II） 同PDBsumデータ 3arc_OEX
209. PDBデータ 1oxr（ホスホリパーゼA2；アスピリンが結合） 同PDBsumデータ 1oxr_AIN
210. PDBデータ 3m9sのChain 1-9・H・L-N・R（複合体I；H・L-N・R鎖はアミノ酸種別不明）
211. PDBデータ 3sqgのChain A-C（メタン分解酵素）
212. PDBデータ 3aod（多剤排出タンパク質AcrB） 同PDBsumデータ 3aod_RFP（リファンピシン）
213. ヒドロキシメチルローダミングリーン（HMRG）
214. PDBデータ 3aon（V型ATPase）
215. PDBデータ 3r1mの8量体（FBPアルドラーゼ／ホスファターゼのアルドラーゼ状態，Chain A×8；α炭素のみ） 同PDBsumデータ 3r1m_13P（アルドラーゼ状態；DHAP結合） ∥ PDBsumデータ 3r1m_13P（ホスファターゼ状態；FBP結合）
216. PDBデータ 3ayx（酸素耐性膜結合型[NiFe]ヒドロゲナーゼ；鉄硫黄クラスター含む） 同PDBsumデータ 3ayx_F4S（
H2-reduced condition） ∥ PDBsumデータ 3ayy_SF3（ferricyanide-oxidized condition）
217. PDBデータ 3zux（ナトリウム依存性胆汁酸輸送体〈ASBT，コレステロール調節タンパク質〉；タウロコール酸含む） 同PDBsumデータ 3zux_TCH（LDA含む）
218. PDBデータ 1t3g（インターロイキン1受容体アクセサリータンパク質1のTIRドメイン）
219. PDBデータ 3pe4のChain A・B（O-GlcNAc転移酵素）
220. PDBデータ 8cel（セルラーゼTrCel7A〈理論モデル〉；グルコース9量体が結合） 同PDBsumデータ 8cel_GLC9
221. PDBデータ 9pap（パパイン）
222. PDBデータ 1j8cのModel 1（ユビキリン2〈UBQLN2，ubiquilin 2〉）
223. PDBデータ 3og7（B-Rafプロテインキナーゼ；阻害剤ベムラフェニブが結合） 同PDBsumデータ 3og7_032
224. PDBデータ 2xkw（PPAR-γ；糖尿病治療薬ピオグリタゾンが結合） 同PDBsumデータ 2xkw_P1B
225. PDBデータ 3pmq（外膜デカヘムシトクロームc MtrF） デカヘムとSITE部分（PDBsumデータ: 3pmq_HEC 670(A) ～ 3pmq_HEC 679(A) ）
226. PDBデータ 3axy（フロリゲン活性化複合体〈Hd3a-14-3-3-OsFD1複合体〉；Hd3aがフロリゲン〈A・B・G・H鎖〉） Chain B・D・F・G・I・K Chain B（Hd3a，フロリゲン）
227. PDBデータ 2xow（ロンボイドプロテアーゼGlpG；阻害剤が結合） 同PDBsumデータ 2xow_ISM
228. PDBデータ 3os3（MAPキナーゼキナーゼ1；MEK阻害剤CH4858061が結合
229. PDBデータ 3rvyの4量体（Chain AB×2；Na+チャネル）
230. PDBデータ 1u6b（RNA〈スプライシング〉，リボヌクレオタンパク質）
231. PDBデータ 1vth（DNA；ダウノマイシン〈daunomycin〉が結合）
232. PDBデータ 1bht（肝細胞増殖因子）
233. PDBデータ 3pt6のChain A・C・I（DNAメチラーゼ）
234. PDBデータ 3am6のChain A（ロドプシン，光駆動型プロトンポンプ
235. プランクスタリン（pranksterin） ※この化合物の取り扱いには十分注意してください！
236. アルクチゲニン（arctigenin）
237. PDBデータ 3rze（ヒスタミンH1受容体；ドキセピン含む（5EHとD7Vの2構造重ね合わせ）） 5EH（3E体）消去 D7V（3Z体）消去 同PDBsumデータ 3rze_5EH-D7V 5EH（3E体）のみ表示 D7V（3Z体）のみ表示
238. PDBデータ 2yfjのChain A-F（ビフェニルジオキシゲナーゼ；ジベンゾフランと鉄硫黄クラスター含む） 同PDBsumデータ 2yfj_1IT
239. PDBデータ 3aicのChain A（グルカンスクラーゼ〈GSase〉；阻害剤アカルボース結合） 同PDBsumデータ 3aic_ACR ※Vol. 4にも掲載
240. PDBデータ 1jsu（サイクリン依存性キナーゼ2〈A鎖〉／サイクリンA〈B鎖〉／不定形タンパク質p27〈C鎖〉）
241. PDBデータ 3q6xのChain A（NDM-1；加水分解したアンピシリンが結合）
242. PDBデータ 3ay1（主鎖のみ，アミノ酸種別不記載）（ダイニン）
243. PDBデータ 3oswのChain A（ペルオキシソーム増殖剤活性化受容体γ；テトラブロモビスフェノールAが結合） 同PDBsumデータ 3osw_XDI ∥ 3pbaのChain A（同；テトラブロモビスフェノールA一硫酸塩が結合）
244. PDBsumデータ 2wqy_FeS_3（コハク酸デヒドロゲナーゼのフラボタンパク質サブユニットの鉄硫黄クラスター；Fe2S2，Fe4S4，Fe3S4の3種類）
245. PDBデータ 3mg0（プロテアソーム；骨髄腫治療ボルテゾミブが結合） 同PDBsumデータ 3mg0_BO2
246. PDBデータ 1qnu（O157の志賀毒素様毒素）
247. PDBデータ 2xp2（未分化リンパ腫キナーゼ（ALK）；クリゾチニブ（PF-02341066）が結合） 同PDBsumデータ 2xp2_VGH
248. PDBデータ 3h1j（シトクロムbc1） 同PDBsumデータ 3h1j_FES
249. PDBデータ 3av6（DNAメチルトランスフェアーゼ1，Dnmt1；S-アデノシルメチオニン結合） 同PDBsumデータ 3av6_SAM
250. PDBデータ 2ere（調節タンパク質Leu3-DNA複合体）
251. PDBデータ 3th5（Rac1〈Rhoファミリーの低分子量Gタンパク質；野生型〉）
252. PDBデータ 3vr3（V1-ATPase〈A3B3複合体〉）
253. ラパチニブ（lapatinib） ∥ PDBデータ 3bbt（チロシンキナーゼErbB4；ラパチニブが結合）
254. PDBデータ 3iyr（転移伝令RNA）
255. スクアレン・コレステロール・テトラヒマノール・ホパノイド例の同時表示 ｜ スクアレン ｜ コレステロール ｜ テトラヒマノール ｜ ホパノイドの例
256. テルペンドールE（terpendole E）
257. Cs検出用蛍光プローブ（NIMS開発）
258. PDBデータ 3sldのChain A・C（ノロウイルスのカプシド）
259. PDBデータ 3oz2（ジゲラニルゲラニルグリセロリン脂質レダクターゼ） 同PDBsumデータ 3oz2_OZ2
260. PDBデータ 3i0g（糖転移酵素） 同PDBsumデータ 3i0g_UDP-GAL ∥ PDBデータ 1lzi（糖転移酵素） 同PDBsumデータ 1lzi_UDP（UDP-GAL）
261. PDBデータ 1mg4（Dclk1；ダブルコルチン様キナーゼ1〈N末端ドメイン〉）
262. 2lnlのModel 1（ケモカイン受容体CXCR1；IL-8A受容体の別名）
263. PDBデータ 3myrのChain A・B（Ni-Feヒドロゲナーゼ） 同PDBsumデータ 3myr_NFV（[Ni-Fe]活性中心）
264. チゲサイクリン（tigecycline） ∥ アビソマイシンC（abyssomicin C）
265. PDBデータ 1db1（ビタミンD受容体） 同PDBsumデータ 1db1_VDX（1,25-ジヒドロキシビタミンD3）
266. PDBデータ 1h2s（センソリーロドプシンII） Chain A
267. PDBデータ 3sn6（β2アドレナリン受容体（β2AR）-Gsタンパク質複合体；GPCR） ∥ 3pqr（メタロドプシンII）
268. PDBデータ 4dvy（ピロリ菌がんタンパク質CagA）
269. PDBデータ 4fb2のChain A（P450）
270. オフタルミン酸 （ophthalmic acid, ophthalmate）
271. PDBデータ 1gruのChain O～U（分子シャペロンのGroES；1gruからGroEL部分を除いたもの） ∥ テプレノン（teprenone；セルベックスの一般名）
272. キサントマチン（xanthommatin，還元型；異性体あり）
273. (+)-フクゲチン（(+)-fukugetin）
274. PDBデータ 2dts（IgG1抗体のFcフラグメント；フコース低減〈ポテリジェント〉） フコース低減PDBsumデータ 2dts_01（NAG-NAG-BMA-MAN-MAN-NAG） ∥ フコース含むPDBsumデータ 3ave_01（NAG-NAG-BMA-MAN-NAG-MAN-NAG-FUC）（アミノ酸の結合表示不調）
275. フェブキソスタット（febuxostat）
276. PDBデータ 4e99（血清アルブミン；パーフルオロオクタンスルホン酸含む） 同PDBsumデータ 4e99_P8S（パーフルオロオクタンスルホン酸）
277. PDBデータ 3u5zのChain A-J（T4ファージのスライディングクランプ，クランプローダー）
278. PDBデータ 3min（ニトロゲナーゼ） 同PDBsumデータ 3min_CLF（8Fe-7Sクラスター） 同PDBsumデータ 3min_HCA-CFM（[MoFe]コファクター）
279. PDBデータ 4dkl（μオピオイド受容体） ｜ PDBデータ 2rh1（アドレナリン受容体）
280. ヘキサメチレンテトラミン（hexamethylenetetramine） | ホルムアルデヒド（formaldehyde）
281. PDBデータ 2yflのChain A-F（ビフェニルジオキシゲナーゼ；2-クロロベンゾフラン〈ダイオキシン類〉，鉄硫黄クラスターFe2S2含む） 同PDBsumデータ 2yfl_DC4
282. PDBデータ 2fk0のChain A-F（H5N1インフルエンザウイルスのヘマグルチニン） Chain A・B
283. PDBデータ 3sn6（β2アドレナリン受容体（β2AR）-Gsタンパク質複合体；GPCR） 同PDBsumデータ 3sn6_P0G
284. PDBデータ 1ewkのChain A（代謝型グルタミン酸受容体；グルタミン酸が結合） 同PDBsumデータ 1ewk_G39
285. PDBデータ 2az5のChain A・B（TNF-α〈腫瘍壊死因子α〉；阻害剤含む）
286. PDBデータ 5p21（Rasタンパク質）
287. PDBデータ 2hu4のChain A（N1ノイラミニダーゼ；オセルタミビル〈タミフル〉の活性代謝物GS4071が結合） 同PDBsumデータ 2hu4_G39
288. PDBデータ 3vkhのChain A・C（ダイニン）
289. PDBデータ 4dww（ナットウキナーゼ）
290. PDBデータ 1e79（ATP合成酵素 F1サブユニット；ミトコンドリア由来） 同D鎖 同PDBsumデータ 1e79_ATP
291. PDBデータ 1f88のChain A（ウシロドプシン）
292. カプロン酸エチル（ethyl caproate；ヘキサン酸エチル ethyl hexanoate）
293. PDBデータ 3u6y（Alba2-DNA複合体）
294. PDBデータ 3rze（ヒスタミンH1受容体；ドキセピン含む（5EHとD7Vの2構造重ね合わせ）） 5EH（3E体）消去 D7V（3Z体）消去 同PDBsumデータ 3rze_5EH-D7V 5EH（3E体）のみ表示 D7V（3Z体）のみ表示
295. PDBデータ 3ciy（Toll様受容体；二重らせんRNAを含む）
296. PDBデータ 1l8t（アミノグリコシドホスホトランスフェラーゼ；カナマイシンAが結合）
297. エベロリムス（everolimus）
298. PDBデータ 3vg9（アデノシンA2a受容体と抗体フラグメントFabの複合体）
299. PDBデータ 3ayg（一酸化窒素レダクターゼ）
300. PDBデータ 3ug9の2量体（チャネルロドプシン，光駆動性陽イオンチャネル） 同PDBsumデータ 3ug9_RET 同 3ug9_RETs（3ug9_RETにGlu162追加）
1f88 A鎖のアミノ酸配列（有機概念図I/O値順，特性基 R） ※1文字アミノ酸配列から各種HTMLデータを作成する秀丸マクロで作成
| Met | Asn | Gly | Thr | Glu | Gly | Pro | Asn | Phe | Tyr | Val | Pro | Phe | Ser | Asn | Lys | Thr | Gly | Val | Val | Arg | Ser | Pro | Phe | Glu |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Ala | Pro | Gln | Tyr | Tyr | Leu | Ala | Glu | Pro | Trp | Gln | Phe | Ser | Met | Leu | Ala | Ala | Tyr | Met | Phe | Leu | Leu | Ile | Met | Leu |
| Gly | Phe | Pro | Ile | Asn | Phe | Leu | Thr | Leu | Tyr | Val | Thr | Val | Gln | His | Lys | Lys | Leu | Arg | Thr | Pro | Leu | Asn | Tyr | Ile |
| Leu | Leu | Asn | Leu | Ala | Val | Ala | Asp | Leu | Phe | Met | Val | Phe | Gly | Gly | Phe | Thr | Thr | Thr | Leu | Tyr | Thr | Ser | Leu | His |
| Gly | Tyr | Phe | Val | Phe | Gly | Pro | Thr | Gly | Cys | Asn | Leu | Glu | Gly | Phe | Phe | Ala | Thr | Leu | Gly | Gly | Glu | Ile | Ala | Leu |
| Trp | Ser | Leu | Val | Val | Leu | Ala | Ile | Glu | Arg | Tyr | Val | Val | Val | Cys | Lys | Pro | Met | Ser | Asn | Phe | Arg | Phe | Gly | Glu |
| Asn | His | Ala | Ile | Met | Gly | Val | Ala | Phe | Thr | Trp | Val | Met | Ala | Leu | Ala | Cys | Ala | Ala | Pro | Pro | Leu | Val | Gly | Trp |
| Ser | Arg | Tyr | Ile | Pro | Glu | Gly | Met | Gln | Cys | Ser | Cys | Gly | Ile | Asp | Tyr | Tyr | Thr | Pro | His | Glu | Glu | Thr | Asn | Asn |
| Glu | Ser | Phe | Val | Ile | Tyr | Met | Phe | Val | Val | His | Phe | Ile | Ile | Pro | Leu | Ile | Val | Ile | Phe | Phe | Cys | Tyr | Gly | Gln |
| Leu | Val | Phe | Thr | Val | Lys | Glu | Ala | Ala | Ala | Gln | Gln | Gln | Glu | Ser | Ala | Thr | Thr | Gln | Lys | Ala | Glu | Lys | Glu | Val |
| Thr | Arg | Met | Val | Ile | Ile | Met | Val | Ile | Ala | Phe | Leu | Ile | Cys | Trp | Leu | Pro | Tyr | Ala | Gly | Val | Ala | Phe | Tyr | Ile |
| Phe | Thr | His | Gln | Gly | Ser | Asp | Phe | Gly | Pro | Ile | Phe | Met | Thr | Ile | Pro | Ala | Phe | Phe | Ala | Lys | Thr | Ser | Ala | Val |
| Tyr | Asn | Pro | Val | Ile | Tyr | Ile | Met | Met | Asn | Lys | Gln | Phe | Arg | Asn | Cys | Met | Val | Thr | Thr | Leu | Cys | Cys | Gly | Lys |
| Asn | Pro | Leu | Gly | Asp | Asp | Glu | Ala | Ser | Thr | Thr | Val | Ser | Lys | Thr | Glu | Thr | Ser | Gln | Val | Ala | Pro | Ala |
301. MBP（monobutyl phthalate ；フタル酸ジブチルの代謝物） MEHHP（mono(2-ethyl-5-hydroxyhexyl) phthalate；異性体あり，フタル酸ジエチルヘキシルの代謝物） MEOHP（mono(2-ethyl-5-oxohexyl) phthalate；異性体あり，フタル酸ジエチルヘキシルの代謝物）
302. PDBデータ 1BNA（B-DNA）
303. PDBデータ 1eer（エリスロポエチンと受容体）
304. PDBデータ 4l6r（GPCR，グルカゴン受容体）
305. PDBデータ 4k5y（GPCR，コルチコトロピン放出因子受容体；阻害剤CP-376395が結合） 同PDBsumデータ 4k5y_1Q5（CP-376395）
306. “生物界で見られる4種類のテトラピロール”（岩波「科学」2013年7月号コラム，p. 723図を参考に）
351. PDBデータ 1dfj（リボヌクレアーゼA；阻害剤が結合）
352. フマル酸ジメチル（dimethyl fumarate） ｜ ソフォスブビル（sofosbuvir）
353. PDBデータ 4n6h（δオピオイド受容体，GPCR；ナルトリンドールが結合）
354. PDBデータ 4cas（光合成反応中心；シトクロムCサブユニット〈A鎖〉ほか）
355. 塚崎朝子，「新薬に挑んだ日本人科学者たち」，講談社ブルーバックス(2013) より
