◆ １文字アミノ酸配列から各種HTMLデータを作成する秀丸マクロ ◆

→ ダウンロード（zip形式圧縮ファイル；2010/07/09更新） ←

※2024/08/26，amino_acid-base.macを追記（マクロ集には未収載）!! [NEW!]
※2010/07/09，pdb_mini3.macを追加しDL版更新!!
※2008/05/08，pdb_org01.macを追加しDL版更新 → 同マクロ利用データによるコンテンツ例
※2008/03/28，日本化学会第88春季年会で本マクロについてポスター発表（報告ページ参照）
※2007/09/17，amino_aaa.macを追加しダウンロード版更新!!
※2006/05/17，アミノ酸のコンホメーション選択性識別マクロ（2種類）を追加
※2006/05/09，一部改変
※2005/06/14，amino_bcaa.macを追加しダウンロード版更新
※2005/02/11，Aspの疎水性インデックス順表示色を訂正
※同，PDBデータのサイズを小さくするマクロを追加掲載
※同，秀丸エディタのマクロライブラリに登録 [旧版です!]
※作例：βバレル型膜タンパク質の疎水性インデックス値
※作例：ノイラミニダーゼ立体構造予測データベース（理研）のデータより


1qd5をアミノ酸塩基の性質別に着色した例；右から二次構造，アミノ酸色，極性・非極性区別，疎水性インデックス順
※PDB部分データリストで作成；アミノ酸の親水性・疎水性参照
※参考（膜貫通タンパク質や1qd5のもつβ-バレル構造に関する文献例）：「細胞の分子生物学 第4版」，pp.593-614

　本秀丸エディタ用マクロは，１文字表記のFASTA形式アミノ酸配列データから以下に示すようないろいろなHTML形式の表を作成するものです。改変して様々な利用が可能と思います。改変等をされた場合は，利用した関連情報と一緒に作者までご連絡くだされば，公開可能なものはこのページで紹介させていただきます。


本マクロで作成される表のセルの着色（マクロ改変で変更可）についてはアミノ酸の親水性・疎水性参照
※表を範囲指定してExcelにペーストしても色は保持される

●１文字表記のアミノ酸配列データの入手とマクロによる本加工について（PDBデータ1qd5を例に）

　Protein Data Bank (RCSB PDB)を利用して，1qd5でChime形式の分子モデルが参照できる。
　同ページの左側メニューの Sequence Details をクリックすると以下のような配列データを参照できる。50塩基ごとに区切られ，その下行にhelixなどの二次構造情報が付記されている。

　なお，二次構造情報は以下のように同じタンパク質でもデータソースによって異なるので注意する。


Sequence DetailsページのProtein Dossierをクリックして参照できる1qd5の二次構造情報（青矢印がβ-シート部分）

　また，PDBデータページ上段の [Display Files] → [FASTA - Sequence] をクリックすると以下のようなFASTA形式配列が表示される。なお，このデータを用いれば，SOSUI WWW Serverを利用して膜貫通部分が存在するかどうかシミュレーションすることもできる（PDBとSOSUIを利用した演習参照）。

　PDB形式データのヘッダには，以下の例のような二次構造情報が記載されている（1qd5のβ-シート部分の抜粋）

※参考：よくある質問（PDBj） ｜ PDBレコードの説明（簡易版）

　以上のような情報などから，HTML化したいデータ配列を作成する。以下は1qd5のβ-シート部分を抜き出したFASTA形式データ例である。

　このようなデータを作成したら（例えば単純に20配列ずつ区切るのでもよい），各マクロにより以下に列記するようなHTML形式データ等を自動で作成することができる。なお，間違ってマクロを使用した場合に備えて，データ末尾に元の１文字配列データを残すようにしてあるので，削除してからデータを拡張子htmlで保存すればブラウザで参照できる。また，アミノ酸記号以外はすべて空白セルに変換する設定になっている。これらはマクロ改変により修正可能である。


秀丸によるマクロ実行の例
※解凍したマクロ（*.mac）を秀丸のプログラムがあるフォルダ（通常は \Program Files\Hidemaru）に置いて利用


1gwlのSITE部分（全SITE情報のうちBMA近傍だけにしてTyr46追加；黄緑色が芳香族アミノ酸）
※参考：セルラーゼの話題（三重大学・苅田修一研究室）／セルロース結合モジュール（ドメイン）とは


●：αヘリックス選択性，■：βストランド選択性，▲：逆ターン選択性，━：HELIX（PDBデータのヘッダ），━：SHEET（同）

amino_2ndv.macで作成した表をExcelでグラフ化した例〔上〕と二次構造・コンホメーション選択性表示のアニメーション〔下〕
（PDBデータ1apsのModel 1の場合；スーパーフォールドの例であるαβサンドイッチ構造）
※参考：タンパク質二次構造予測（JST ゲノム解析ツール リンク集）


PDBデータ1c9eの二次構造とコンホメーション選択性表示のアニメーション（生体分子の構成元素で作成）

    (4b) PDBsumのLigand-SITE情報データを小さくすると同時に有機性・無機性を算出するマクロ／核酸用　　※pdb_org01_ATGCU.mac 

      
// HB情報を含むPDBsumデータを加工し有機概念図の有機性・無機性を計算するマクロ
// 　pdb_org01_ATGCU.mac（核酸データのみ用）
// 詳細： http://www.ecosci.jp/pdb/hm/macro_g1.html
// 有機概念図： http://www.ecosci.jp/ocd/

gofiletop;
searchdown "\\nATOM" , regular;
beginsel;
gofiletop;
delete;

searchdown "\\nCONECT" , regular;
	if ( result == true ) {
		beginsel;
	}
	else {
		gofiletop;
		searchdown "\\nMASTER" , regular;
		beginsel;
	}
searchdown "\z" , regular;
delete;

#line = y;
#n = #line;

gofiletop;
delete;
right 54;

beginrect;
moveto 82, #n;
delete;

gofiletop;

#nn = 0;
#b01 = 0;
#b02 = 0;
#b03 = 0;
#b04 = 0;
#b05 = 0;
#b06 = 0;
#no = 0;
#ni = 0;

while(1){
	searchdown "  P   ";
	if ( result == true ) {
	golinetop;
	selectline;
	$a = gettext(seltopx, seltopy, selendx, selendy);
	$b = midstr($a, 17, 3);
	if(($b=="  A") || ($b==" DA")) {#b01 = #b01 + 1;
		#no = #no + 100;
		#ni = #ni + 410;
		}
	else if(($b=="  T") || ($b==" DT")) {#b02 = #b02 + 1;
		#no = #no + 100;
		#ni = #ni + 282;
		}
	else if(($b=="  G") || ($b==" DG")) {#b03 = #b03 + 1;
		#no = #no + 100;
		#ni = #ni + 440;
		}
	else if(($b=="  C") || ($b==" DC")) {#b04 = #b04 + 1;
		#no = #no + 80;
		#ni = #ni + 287;
		}
	else if(($b=="  U") || ($b==" DU")) {#b05 = #b05 + 1;
		#no = #no + 80;
		#ni = #ni + 282;
		}
	else #b06 = #b06 + 1;
	escape;
	down 1;
	#nn = #nn +1;
	}
	else{
	break;
	}
	}

gofiletop;
	insert "# "+"\n";
	insert "# "+"\n";
	insert "# O(R) = "+str(#no)+"\n";
	insert "# I(R) = "+str(#ni)+"\n";
	insert "#    A = "+str(#b01)+"\n";
	insert "#    T = "+str(#b02)+"\n";
	insert "#    G = "+str(#b03)+"\n";
	insert "#    C = "+str(#b04)+"\n";
	insert "#    U = "+str(#b05)+"\n";
	insert "#  others = "+str(#b06)+"\n";

endmacro;

  
［左］ネオマイシン（neomycin B，アミノグリコシド系）が結合したRNA 1ei2のPDBsumデータ → 抗生物質を含むPDBデータ
［右］DNA・RNAの塩基部分の有機概念図

「分子の形と性質」学習帳 ｜ 「生活環境化学の部屋」ホームページ