| PDB & PDBsumデータ | 抗生物質（英名，系統） |
| ●β-ラクタム系 |
| 1fxvのChain B 同PDBsumデータ1fxv_PNN → ペニシリンGを含む生体分子のSITE例 |
ペニシリン（penicillin G，β-ラクタム系／ペニシリン系） |
| 3huo 同PDBsumデータ3huo_PNN |
同上 |
| 3kp2 同PDBsumデータ3kp2_PNN |
同上 |
| 1uof ※Fe含む 同PDBsumデータ1uof_PNN |
同上 |
| 3ndg 同PDBsumデータ3ndg_7EP ※メチシリンはbound form（結合型） |
メチシリン（methicillin，β-ラクタム系／ペニシリン系） |
| 4fh2 同PDBsumデータ4fh2_0RN |
スルバクタム（sulbactam，β-ラクタム系） |
| ●アミノグリコシド系 |
| 1m4iのChain A 同PDBsumデータ1m4i_KAN |
カナマイシン（kanamycin A，アミノグリコシド系） |
| 1byj 同PDBsumデータ1byj_GE1-GE2-GE3 |
ゲンタマイシン（gentamicin，アミノグリコシド系） |
| 1ei2のModel 1 同PDBsumデータ1ei2_NMY |
ネオマイシン（neomycin B，アミノグリコシド系） |
| ●アミノヌクレオシド系 |
| 5nc5 PUY（puromycin）選択 同PDBsumデータ5nc5_PUY_lp → Jmolトピック |
ピューロマイシン（puromycin，アミノヌクレオシド系） |
| ●オキサゾリジノン系 |
| 4k7qの3量体（Chain A×3） 同PDBsumデータ4k7q_ZLD |
リネゾリド（linezolid，オキサゾリジノン系） |
| 4wfaのChain X ZLD（linezolid）選択 《注：約3MB》 同PDBsumデータ4wfa_ZLD_lp |
同上 |
| ●カルバペネム系 |
| 1ll5のChain A 同PDBsumデータ1ll5_IM2 ※イミペネムはopen form |
イミペネム（imipenem〈open form〉，カルバペネム系） |
| 3bfgのChain A 同PDBsumデータ3bfg_MER ※メロペネムはbound form（結合型） → Jmolトピック |
メロペネム（meropenem，カルバペネム系） |
| ●キノロン系／ニューキノロン系 |
| キノロン系参考データ 1kse |
ニューキノロン系の例；シプロフロキサシン（ciprofloxacin） |
| ●グリコペプチド系 |
| 1pnvのChain B 同PDBsumデータ1pnv_VAN |
バンコマイシン（vancomycin，グリコペプチド系） |
| ●クロラムフェニコール系 |
| 1cla 同PDBsumデータ1cla_CLM |
クロラムフェニコール（chloramphenicol，クロラムフェニコール系） |
| ●ケトライド系 |
| 《 略 》（オリジナル1p9x） 《注：約4MB》 同PDBsumデータ1p9x_TEL |
テリスロマイシン（telithromycin，ケトライド系） |
| ●ストレプトグラミン系 |
| 2z2p 同PDBsumデータ2z2p_MHW-THR-DBB-PRO-MHU-MHV-004 MHW-THR-DBB-PRO-MHU-MHV-004＋Mg選択 DOL（dalfopristin）選択 同PDBsumデータ2z2p_DOL |
キヌプリスチン（quinupristin，ストレプトグラミン系；PDBデータにはダルホプリスチン〈dalfopristin〉含む） |
| 1mrlのChain A 同PDBsumデータ1mrl_DOL |
ダルホプリスチン（dalfopristin，ストレプトグラミン系） |
| ●セフェム系 |
| 4kou C04（cefixime）選択 同PDBsumデータ4kou_C04（cefixime；硫酸イオンと1,2-ethanediol含む） |
セフィキシム（cefixime，セフェム系／第3世代セファロスポリン） → Jmolトピック |
| ●テトラサイクリン系 |
| 4v2g CTC（chlortetracycline）選択 同PDBsumデータ4v2g_CTC（chlortetracycline；Mg含む） 同4v2g_ITC（isochlortetracycline；イソクロルテトラサイクリン） |
クロルテトラサイクリン（chlortetracycline，テトラサイクリン系） |
| 3egzの8量体（Chain A・B×4） 同PDBsumデータ3egz_CTC |
同上 |
| ●マクロライド系 |
| 1m1kのChain A 《注：約3MB》 同PDBsumデータ1m1k_ZIT_lp |
アジスロマイシン（azithromycin，マクロライド系） |
| 1nwyのChain C・Q・Z 《α炭素のみ》 ※PDBsumデータにはリガンドのみ |
同上 |
| 3aoc 同PDBsumデータ3aoc_ERY → Jmolトピック[1]・[2]（別データ） |
エリスロマイシン（erythromycin，マクロライド系） |
エリスロマイシン参考データ 1oxa
（前駆体の6-deoxyerythronolide B 含む） |
同上 |
| ●リンコマイシン系 |
| 4wh5のChain A 3QB（lincomycin）選択 同PDBsumデータ4wh5_3QB |
リンコマイシン（lincomycin，リンコマイシン系；Mg含む） |
| ●その他（未分類，新規抗生物質や同候補など） |
| 2gfx* 同PDBsumデータ2gfx_PMN |
プラテンシマイシン（platensimycin，新規抗生物質候補） |
| 5jnq TUM（tunicamycin）選択 同PDBsumデータ5jnq_TUM |
チュニカマイシン（tunicamycin；糖鎖合成阻害薬） …分子表示略 |
| 5uhg 同PDBsumデータ5uhg_RFP → Jmolトピック |
リファンピシン（rifampicin；リファンピン rifampin，RNA合成阻害による抗結核作用など） |
| ■その他 |
| 1dsrのModel 1 [Peptide Antibiotic] |
| 1mqzのModel 1 [Lantibiotic] |
| 1o83のChain B・D* [Peptide Antibiotic] |