- Synthesis of a carbon nanobelt（Science，2017/04/14）
- Synthesis of a carbon nanobelt - 伊丹研究室 - 名古屋大学
- 名大、「カーボンナノベルト」初合成 単一構造のCNTに道（日刊工業新聞，2017/04/14）
- できた！ 夢のカーボンナノベルト 60年前に存在予言（朝日，2017/04/14）
- “夢の炭素分子”「カーボンナノベルト」合成 名古屋大が世界初（ITmedia，2017/04/14）
- 「夢の筒状炭素分子」の合成に成功 名古屋大グループが世界初（マイナビニュース，2017/04/17）
- 名大、新炭素分子を合成 電子材料に期待（日経，2017/04/16）
- カーボンナノベルトの合成に成功、カーボンナノチューブ実用化への道を拓く 名古屋大学（大学ジャーナルオンライン，2017/04/22）
- カーボンナノベルト合成成功！（有機化学美術館・分館，2017/04/15）
- Winmostar: Modeling of a Carbon Nanobelt - YouTube
- フラーレン（本サイト）
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カーボンナノベルト（carbon nanobelt）の構造例（還数12） カーボンナノチューブ（アームチェア型の例） → フラーレン ※参考（CNBの部分構造例としてアントラセンまたはフェナントレン，および関連構造フラーレンを含むPDBデータ例；ただしアントラセンとフェナントレンは平板構造） 2hmm（アントラセン〈anthracene〉が結合したナフタレン-1,2-ジオキシゲナーゼ） AN3（アントラセン）選択 FES（Fe2S2クラスター）選択 同PDBsumデータ 2hmm_AN3$ ［Naphthalene 1,2-dioxygenase - Wikipedia］ 2hmk（フェナントレン〈phenanthrene〉が結合したナフタレン-1,2-ジオキシゲナーゼ） PEY（フェナントレン）選択 同PDBsumデータ 2hmk_PEY$ 5et3の4量体（Chain A・B×2；フラーレン（fullerene，C60）結合デノボデザインペプチド） 同PDBsumデータ5et3_60C [101(A)] ｜ 5hknのPDBsumデータ5hkn_60C [101(B)] ｜ 5hkrのPDBsumデータ5hkr_60C [101(B)] → 別トピック バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
カーボンナノベルト（carbon nanobelt，CNB；還数12）の計算構造例
［左］アントラセンが結合したナフタレン-1,2-ジオキシゲナーゼ2hmm ［中］参考PDBsumデータ ［右］フラーレン結合デノボデザインペプチド5et3のPDBsumデータ
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●アミノ色表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
●疎水性インデックス順
ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
●有機概念図I/O値順（特性基 R）
ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
●等電点順
ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG
アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！
- 細胞内における硫黄修飾の新たな反応機構を解明 －ミトコンドリア機能制御の研究に手がかり－（産総研，2017/04/25）
- Biochemical and structural characterization of oxygen-sensitive 2-thiouridine synthesis catalyzed by an iron-sulfur protein TtuA（PNAS，2017/04/21）
- 鉄硫黄タンパク質 - Wikipedia
- 鉄硫黄クラスターを含む生体分子のSITE例（本サイト） ｜ 別トピック
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5b4e（鉄硫黄クラスタータンパク質TtuA） SF4（Fe4S4クラスター）選択 同PDBsumデータ 5b4e_SF4$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
鉄硫黄クラスタータンパク質TtuA 5b4eとそのPDBsumデータ（他のFe4S4クラスターとの比較参照）
- Crystal structure of vitamin D hydroxylase cytochrome P450 105A1 (R84A mutant) in complex with 1,25-dihydroxyvitamin D2（Biochemical and Biophysical Research Communications，2017/04/29）
- P450データ集メニュー（本サイト） ｜ 水溶性ビタミンと脂溶性ビタミン
［Cytochrome P450 - Wikipedia，Ergocalciferol - Wikipedia］
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5x7e（1α,25-ジヒドロキシビタミンD2が結合したシトクロムP450） 7ZU（1α,25-ジヒドロキシビタミンD2）選択 同PDBsumデータ 5x7e_7ZU$ ビタミンD2（エルゴカルシフェロール，ergocalciferol） ∥ ビタミンD3（コレカルシフェロール，cholecalciferol） ｜ 同 活性型（カルシトリオール，calcitriol） ※参考（他のビタミンD類が結合したP450構造例）： 3czhのChain A（ビタミンD2が結合したP450） 同PDBsumデータ 3czh_D2V$ 3c6gのChain B（ビタミンD3が結合したP450） 同PDBsumデータ 3c6g_VD3$ 2zbz（1α,25-ジヒドロキシビタミンD3が結合したP450） 同PDBsumデータ 2zbz_VDX$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］1α,25-ジヒドロキシビタミンD2が結合したシトクロムP450 5x7e
［右］ビタミンD類が結合したP450のPDBsumデータ例
- Protein-phospholipid interplay revealed with crystals of a calcium pump（Nature，2017/05/03）
- 初めて解像された膜蛋白質と燐脂質の相互作用のダイナミクス（SPring-8，2017/05/04） ※“特に、ともに膜の厚さに影響を与えることがわかっていたリジン・アルギニンとトリプトファンとは明確に異なった役割を持ち…”。
- Cover Story: 動きを捉えた画像：カルシウムポンプが揺れ動くさなかの脂質二重層を結晶学的手法で捉える（Nature ハイライト，2017/05/11）
- 東京大学、世界最新の技術で創薬のブレークスルーに貢献（大学ジャーナルオンライン，2017/05/12）
- カルシウムポンプ蛋白質のゲートの開閉機構を解明（SPring-8，2004/09/30）
- 051: カルシウムポンプ（Calcium Pump） - 今月の分子（PDBj，2004/03）
- カルシウムCaを含む生体分子のSITE例（本サイト）
［Calcium pump - Wikipedia，Calcium ATPase - Wikipedia］
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5xa8（リン脂質，AlF4-，ADP，Ca2+が結合したカルシウムポンプ） PCW（リン脂質）選択 同PDBsumデータ5xa8_PCW[1017(A)] 同PDBsumデータ5xa8_ALF（AlF4-） 5xa7（リン脂質，Ca2+が結合したカルシウムポンプ） ※他のカルシウムポンプ構造例 1su4（Ca2+が結合したカルシウムポンプ） バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 Lys・Arg（リシン・アルギニン）選択 Trp（トリプトファン）選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
左からリン脂質，AlF4-，ADP，Ca2+が結合したカルシウムポンプ5xa8とそのリン脂質部分の例（Lys，Argのドット表面表示），およびPDBsumデータ（リン脂質とAlF4-）
※中央の図の右側はSPring-8プレスリリース（2017/05/04）参照
- Structural basis for perception of diverse chemical substances by T1r taste receptors（Nature Communications，2017/05/24）
- 味を感知する受容体のセンサー領域の立体構造を初めて解明（岡山大学，2017/05/24）
- 味を感知する受容体のセンサー領域の立体構造を初めて解明（SPring-8，2017/05/25）
- 岡山大など、味覚を感知する受容体のセンサー領域の立体構造を解明（マイナビニュース，2017/05/25）
- 岡山大など 味覚受容体 立体構造の全容解明（化学工業日報，2017/05/24）
- 下掲5x2m引用の別研究例：Chloride ions evoke taste sensations by binding to the extracellular ligand-binding domain of sweet/umami taste receptors（eLife，2023/02/28）
- 下掲5x2m・5x2p・5x2n利用の計算化学研究例：味覚受容体タンパクとリガンドの相互作用に関する分子動力学シミュレーション（JCCJ，2023/04/14）
- 生理学：頭足類は吸盤の化学触覚受容体で化学物質を感じる（Nature Japan，2023/04/13）
- 味覚受容体関連研究
- Cover Story: 味覚の獲得：受容体構造の進化によってタコやイカに新たな感覚が生じた仕組み（Nature Japan，2023/04/13） ※下記2件の研究紹介
- Structural basis of sensory receptor evolution in octopus（Nature，2023/04/12） ※2023/04/13公開8eis（下掲）
- Sensory specializations drive octopus and squid behaviour（Nature，2023/04/12） ※2023/04/13公開8eiz（下掲）
- The molecular basis of sugar detection by an insect taste receptorus（Nature，2024/03/06） ※2024/03/20公開8uvt・8uvu（下掲）・8vv3
- Cover Story: 味覚の獲得：受容体構造の進化によってタコやイカに新たな感覚が生じた仕組み（Nature Japan，2023/04/13） ※下記2件の研究紹介
- 生命をつなぐ神秘のパワー 味覚（サイエンスZERO，2024/06/23放送） [NEW!]
- 味覚受容体 - 脳科学辞典
- GPCR - 2012年ノーベル化学賞（本サイト） ｜ 別トピック
［Taste receptor - Wikipedia，TAS1R2 - Wikipedia］
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5x2mのChain A・B（グルタミンが結合した味覚受容体T1r2-T1r3ヘテロ二量体） GLN（リガンドのグルタミン）選択 同PDBsumデータ5x2m_GLN[951(A)]$ 同PDBsumデータ5x2m_GLN[951(B)]$ 同PDBsumデータ5x2m_GLN[951(D)]$ 同PDBsumデータ5x2m_CL_elife[971(B)]$（eLife論文 Figure 2 D 中のP45，T105，G146，P147，Q148，S149，S150を配置） Chain Bの残基番号45・105・146・147・148・149・150球棒表示／α炭素ラベル表示 Chain AのSer142・Gly163・Ser165球棒表示／α炭素ラベル表示（JCCJ論文参照） 同PDBsumデータ5x2m_CL_lp[971(B)]$ 5x2n（アラニンが結合した味覚受容体T1r2-T1r3ヘテロ二量体）のPDBsumデータ5x2n_ALA[951(A)]$ 同PDBsumデータ5x2n_ALA[951(B)]$ ALA（リガンドのアラニン）選択 5x2o（アルギニンが結合した味覚受容体T1r2-T1r3ヘテロ二量体）のPDBsumデータ5x2o_ARG[951(A)]$ 同PDBsumデータ5x2o_ARG[951(B)]$ ARG（リガンドのアルギニン）選択 5x2p（グルタミン酸が結合した味覚受容体T1r2-T1r3ヘテロ二量体）のPDBsumデータ5x2p_GLU[951(A)]$ 同PDBsumデータ5x2p_GLU[951(B)]$ 同PDBsumデータ5x2p_GLU[951(D)]$ GLU（リガンドのグルタミン酸）選択 5x2q（グリシンが結合した味覚受容体T1r2-T1r3ヘテロ二量体）のPDBsumデータ5x2q_GLY[951(A)]$ 同PDBsumデータ5x2q_GLY[951(B)]$ GLY（リガンドのグリシン）選択 8eis（タコの感覚受容器；走化性受容体CRT1） 同PDBsumデータ8eis_DU0[405(A)]$ 8eiz（デナトニウム〈denatonium〉が結合したイカの化学触覚受容体CRT1，cifデータをmmCIF → PDB converterでpdbデータに） 同PDBsumデータ8eiz_ctp_lp[401(A)]$ 8uvuのChain A（カイコの味覚受容体BmGr9；リガンドをD-フルクトフラノースのみに〈重なりのD-フルクトピラノース削除〉） 8uvuA_FRU_lp同PDBsumデータ8uvuA_FRU_lp$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
グルタミンと塩化物イオンが結合した味覚受容体T1r2-T1r3ヘテロ二量体5x2mのChain A・Bとその塩化物イオン周辺アミノ酸残基強調表示（eLife論文より），
およびそのPDBsumデータ（塩化物イオン；以下は他のリガンドについてのChain A・B・Dの比較）
味覚受容体T1r2-T1r3ヘテロ二量体のPDBsumデータ（上から）；5x2q（グリシン結合），5x2n（アラニン結合），5x2o（アルギニン結合），5x2m（グルタミン結合），5x2p（グルタミン酸結合）
5x2mのChain A・BのeLife論文およびJCCJ論文で言及されているアミノ酸残基の球棒・着色表示
タコの走化性受容体CRT1 8eisとイカの化学触覚受容体CRT1 8eiz（cifデータをmmCIF → PDB converterでpdbデータに変換），およびそれぞれのPDBsumデータ
D-フルクトフラノース（重なりのD-フルクトピラノース削除）が結合したカイコの味覚受容体BmGr9 8uvuのChain AとそのPDBsumデータ
- Tetrahelical structural family adopted by AGCGA-rich regulatory DNA regions（Nature Communications，2017/05/17）
- Tetrahelical structural family adopted byAGCGA-rich regulatory DNA regions - YouTube（2017/05/18）
- Quadruplex nucleic acids as targets for anticancer therapeutics（Nature Reviews Chemistry，2017/05/10）
- DNAとRNAのいろいろな姿（本サイト） ｜ DNAのG-四重らせん構造
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5m2lのModel 1（AGCGAリッチのDNA四重鎖） 5m1lのModel 1（同上） バックボーン 二次構造 DNA/RNA（ATGCU，backbone） 全選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
AGCGAリッチのDNA四重鎖構造例 5m2l
- Structures of riboswitch RNA reaction states by mix-and-inject XFEL serial crystallography（Nature，2016/11/14）
- 構造生物学： リボスイッチRNAの反応状態の構造（Nature ハイライト，2017/01/12）
- リボスイッチの動態をXFEL連続フェムト秒結晶構造解析で見る（構造生命科学ニュースウオッチ，2017/06/04）
- リボスイッチ - Wikipedia ｜ アプタマー
- DNAとRNAのいろいろな姿（本サイト）
［Riboswitch - Wikipedia，Aptamer - Wikipedia］
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5swe（アデニンが結合したアデニンリボスイッチアプタマードメイン） 同PDBsumデータ5swe_ADE$ 5swdのPDBsumデータ5swd_ADE$（アデニン結合途中のアデニンリボスイッチアプタマードメイン） バックボーン 二次構造 DNA/RNA（ATGCU，backbone） 全選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］アデニンが結合したアデニンリボスイッチアプタマードメイン5swe ［右］5swd（アデニン結合途中）と5sweのPDBsumデータ
- Antibacterial Nucleoside-Analog Inhibitor of Bacterial RNA Polymerase（Cell，2017/06/15）
- Pseudouridimycin: A new antibiotic effective against drug-resistant bacteria（Outbreak News Today，2017/06/17）
- Project Information - NIH RePORTER - NIH Research Portfolio Online Reporting Tools Expenditures and Results（NIH）
- 新抗生物質シュードウリジマイシン（pseudouridimycin，PUM） - Togetterまとめ
- 抗生物質データ集メニュー（本サイト） ｜ 抗生物質分子データ集 ｜ 抗生物質を含むPDBデータ
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シュードウリジマイシン（pseudouridimycin，PUM） ｜ リファンピシン（rifampicin；リファンピン，rifampin） ［Rifampicin - Wikipedia］ 5x21（シュードウリジマイシンが結合したRNAポリメラーゼ） PUM（シュードウリジマイシン）選択 同PDBsumデータ5x21_PUM$ ※参考（リファンピシンが結合したPDBデータ例）：5uhg（リファンピシンが結合したRNAポリメラーゼ） RFP（リファンピシン）選択 同PDBsumデータ5uhg_RFP$ バックボーン 二次構造 DNA/RNA（ATGCU，backbone） 全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
左からシュードウリジマイシン（pseudouridimycin，PUM）と同分子が結合したRNAポリメラーゼ5x21および同PDBsumデータ（アミノ酸残基・核酸塩基それぞれのI・O加算してI''/O''値算出）
リファンピシン（リファンピン）が結合したRNAポリメラーゼ5uhgとそのPDBsumデータ
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5lo2のModel 1（設計された構造タンパク質） 5lo3のModel 1（設計された構造タンパク質） 0A1（L-peptide linking）選択 バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 Pro（プロリン）選択 Tyr（チロシン）選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
- Tight molecular recognition of benzo[a]pyrene by a high affinity antibody（Angewandte Chemie International Edition - Wiley Online Library，2017/06/11）
- ベンゾピレン - Wikipedia
- 発がん性化合物の例（本サイト） ｜ PDBsumのLigand-SITE情報と有機性・無機性
［Benzo(a)pyren - Wikipedia］
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5nbwのChain L・H（3-ヒドロキシベンゾ[a]ピレン〈ベンゾ[a]ピレン-3-オール〉が結合したFabフラグメント22F12） 同PDBsumデータ 5nbw_8SK$ ベンゾ[a]ピレン（benzo[a]pyrene） ※参考（他のベンゾ[a]ピレン誘導体・代謝物が結合したPDBsumデータ例）： PDBsumデータ1em4_BPL$ ｜ PDBsumデータ1dxa_BAP$ バックボーン 二次構造 DNA/RNA（ATGCU，backbone） 全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］3-ヒドロキシベンゾ[a]ピレンが結合したFabフラグメント22F12 5nbwのChain L・H
［右］5nbw，1em4，1dxaのPDBsumデータ比較