ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
PDBデータ 4hhbのChain B(ecosci.jp内Jmolコンテンツ例として;ヘモグロビン〈タンパク質の1次構造~3次構造を知るために〉)
→ 分子とは?から順にたどってみてください。
★水素原子は省略
消去 針金[2] スティック[3] 球棒[4] 空間充填[5]
★ [ ] の番号順にボタンをクリックしてみましょう!
鍵と鍵穴区別表示1(1次構造;下の“鍵穴構成部品色別表示1”も押して) |
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バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
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バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
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4ke2(冬ヒラメの不凍タンパク質) キシロマンナン(xylomannan;部分構造例) バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
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4m48のChain A*(神経伝達物質輸送体;ノルトリプチリンが結合) ノルトリプチリン(nortriptyline) バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
ノルトリプチリン(nortriptyline)が結合した神経伝達物質輸送体4m48のPDBsumデータ
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PDBデータ 2mh5のModel 1(DPCミセル中のランチビオティックNAI-107) 同PDBsumデータ 2mh5_DPV111$(65個のDPCの中の11番目;DPV 111(A)) バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
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PDBデータ 3wb2(HcgB酵素) 同PDBsumデータ 3wb2_YGP$(A鎖;他にC鎖に2件) バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
リガンドYGPが結合したHcgB酵素3wb2のPDBsumデータ
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ファビピラビル(favipiravir) PDBデータ 4kn6(ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ;T-705-リボース-5'-一リン酸が結合〈T-705は活性体の三リン酸体に変換されて阻害作用〉) 同PDBsumデータ 4kn6_1RP$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
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PDBデータ 3q6xのChain A(メタロ-β-ラクタマーゼ) 同PDBsumデータ 3q6x_ZZ7$(Znイオン2個含む) バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
加水分解したアンピシリンとZnイオンが結合した肺炎桿菌由来のメタロ-β-ラクタマーゼ,NDM-1 3q6xのPDBsumデータ