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※2009年4月発生の新型インフルエンザ(豚インフルエンザ)関連情報
※抗ウイルス薬はSARSと抗ウイルス薬参照
※新作:インフルエンザノイラミニダーゼとタミフル
※新作:GS4071を含むノイラミニダーゼのSITE例
※2006/01/20公開のノイラミニダーゼ立体構造予測データベース(理研)のデータを利用した新コンテンツJmol版/Chime版を公開!!
※CASTpにより,PDB ID または Keyword Search(influenza 等で検索)によりポケット部位探索可能
バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ) 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) ヒトの必須・非必須区別 糖鎖別着色(#印のみ): Gal,α-Glc,β-Glc,Man,Fuc,Xyl,Sia,GalNAc,GlcNAc,GlcA 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
1jso〈鳥インフルエンザウイルス(H5)/ヘマグルチニン(haemagglutinin)〉 → PDBデータ 1hgg〈インフルエンザウイルス/ヘマグルチニン〉 → PDBデータ ※下記文献[3]p.189参照 1kenのChain A-F〈インフルエンザウイルス/ヘマグルチニン〉 → PDBデータ 2ibx〈インフルエンザウイルス/ヘマグルチニン(H5)〉 → PDBデータ ※下記文献[4]巻頭カラー図3・p.35図5参照 3eym〈ヘマグルチニン/膜融合阻害剤〉 → PDBデータ 3gbm*〈インフルエンザウイルス(H5N1)ヘマグルチニン/ヒト抗体Fab〉 → PDBデータ 4bsaの6量体〈Chain A・B×3;H7N9インフルエンザウイルス/ヘマグルチニン〉 5hmg〈ヘマグルチニン〉 → PDBデータ ◆PDBj「今月の分子 302」登場データ [NEW!] 1rvt〈インフルエンザウイルス/H5ヘマグルチニン〉 4k63のChain A | 4k66のChain A 残基番号226(Q226L)選択 ◆参考データ シアル酸 ※抗インフルエンザウイルス薬の例 ※その他の抗ウイルス薬の例 オセルタミビル(※タミフル) | GS4071(オセルタミビルが変化して機能) ザナミビル ペラミビル ラニナミビル | CS-8958(ラニナミビルのプロドラッグ) ファビピラビル(favipiravir,T-705;臨床試験中のRNAポリメラーゼ阻害剤) |
バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ) 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) ヒトの必須・非必須区別 糖鎖別着色(#印のみ): Gal,α-Glc,β-Glc,Man,Fuc,Xyl,Sia,GalNAc,GlcNAc,GlcA 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
1ingのChain A*〈A型インフルエンザウイルス(N2)/ノイラミニダーゼ(neuraminidase)〉 → PDBデータ 1a4gのChain A〈ノイラミニダーゼ/ザナミビルを含む〉* → PDBデータ 2c4aのChain A〈A型インフルエンザウイルス(N9)/ノイラミニダーゼ〉 → PDBデータ 2f10〈ノイラミニダーゼ/ペラミビルを含む〉* → PDBデータ ※リガンド(ペラミビル)とSITE(PDBsumによる)$ 2hu0のChain B〈ノイラミニダーゼ(N1)/オセルタミビルが変化したGS4071結合〉 → PDBデータ ※リガンド(GS4071)とSITE$(PDBsumによる) 同データにHis274追加$ 2hu4のChain A〈ノイラミニダーゼ(N1)/オセルタミビルが変化したGS4071結合〉 → PDBデータ ※リガンド(GS4071)とSITE$(PDBsumによる) 2qwk〈ノイラミニダーゼ(N9)/GS4071結合〉 → PDBデータ 下記仮SITE部分選択 ※CASTpによるGS4071近傍Pocketデータより: ID54 ID53 ID54+53 ID53+54から目視で選んだ仮SITE ※リガンド(GS4071)とSITE$(PDBsumによる) 同データにHis274追加$ 2rft〈B型インフルエンザウイルス/ヘマグルチニン/LSTaレセプター〉 → PDBデータ 2w69 | Chain A 〈インフルエンザウイルス/RNAポリメラーゼ/キャップスナッチング(cap-snatching)〉 → PDBデータ 2znl*〈A型インフルエンザウイルス/RNAポリメラーゼ/PA-PB1サブユニット〉 → PDBデータ|KEK資料 3a1g* | Chain A・B*〈A型インフルエンザウイルス/RNAポリメラーゼ/PB1-PB2サブユニット〉 → PDBデータ|横浜市立大学資料 3ckz〈ノイラミニダーゼ(N1)/ザナミビル結合〉 ※リガンド(ザナミビル)とSITE$(PDBsumによる) 同データにTyr274追加$ 3cl0〈ノイラミニダーゼ(N1)/GS4071結合〉 Ile222・Asn234・Tyr274選択 ※リガンド(GS4071)とSITE$(PDBsumによる) 同データにTyr274追加$ 3cl2のChain A〈ノイラミニダーゼ(N1)/GS4071結合〉 ※リガンド(GS4071)とSITE$(PDBsumによる) 3cye〈ノイラミニダーゼ(N1)/H1N1:1918年スペインかぜ/座標2種のうちModel 1のみ〉 → PDBデータ 3ebj | Chain A 〈鳥インフルエンザウイルス/RNAポリメラーゼ/PAサブユニット〉 → PDBデータ 3ti3のChain A〈ノイラミニダーゼ(N1)/ラニナミビル結合〉 → PDBデータ ※リガンド(ラニナミビル)とSITE$(PDBsumによる) 3ti8のChain A〈ノイラミニダーゼ(N5)/ラニナミビル結合〉 → PDBデータ ※リガンド(ラニナミビル)とSITE$(PDBsumによる) 4qn7〈ノイラミニダーゼ(N7)/GS4071結合〉 → Journal of Virology論文(4qn3-4qn7の構造解明) |
インフルエンザウイルスの構造;サブタイプ『H?N?』を決めるのがヘマグルチニン(HA;H1~H16)とノイラミニダーゼ(NA;N1~N9)
※2004年の鳥インフルエンザはH5N1,1918年のスペイン風邪はH1N1
※インフルエンザウイルス Q&A-特徴と性状-(東京都立衛生研究所)〔現在アクセス不可〕などを参考に作図
※参考:Googleイメージ検索による“haemagglutinin”検索結果,同“neuraminidase”
ヘマグルチニン分子の例(1kenのChain A-F)
※「分子レベルで見た薬の働き」(平山令明,講談社ブルーバックス 1997),pp.198-209参照
ヘマグルチニンの例(1hgg) → Jmolトピックに転載
※「糖鎖生物学入門」(Taylorほか 著・西村紳一郎ほか 監訳,化学同人 2005),pp.188-190参照 …Amazon書籍
PDBj「今月の分子 302」(2025/02)登場のH5ヘマグルチニン
[左]1rvt [右]4k63とQ226L変異体の4k66(どちらもChain A)の変異部分拡大図
→ 同データのScience誌論文(2013/05/02)
シアル酸および抗インフルエンザウイルス薬(プラグ薬の例)のザナミビルとGS4071・オセルタミビル;親油ポテンシャル表示
※「別冊日経サイエンス143 世界を脅かす感染症とどう闘うか」,p.51参照
オセルタミビル(oseltamivir;商品名タミフル)の代謝活性体GS4071が結合したインフルエンザウイルスのノイラミニダーゼ3CL0(N1)と4QN7(N7)のPDBsumデータ → Jmolトピック
〔左〕GS4071(オセルタミビル〔※タミフル〕が血液・肝臓中で変化)を含むノイラミニダーゼ3cl0
〔右〕ザナミビル〔※リレンザ〕を含むPDBデータ3ckz
※何れも下段はPDBsumのLigand-SITE情報と有機性・無機性による
※今月の分子(PDBj,2009/05)に3cl0掲載
Ligand-SITE情報データにCleftsデータ(何れもBinding-surface 1)を追加して作成した画像(上段のsurfaceはamino色,下段は酸性・中性・塩基性区別)
〔左〕シアル酸を含む2c4a(Clefts),〔中〕GS4071を含む3cl0(Clefts),〔右〕ザナミビルを含む3ckz(Clefts)
※PDBsumのLigand-SITE情報と有機性・無機性でデータ参照可
ザナミビル〔※リレンザ〕を含むPDBデータ1a4gのChain A → 新しい風邪薬・インフルエンザ治療薬
GS4071(オセルタミビル〔※タミフル〕が血液・肝臓中で変化)を含むノイラミニダーゼ(N9)2qwk
GS4071を含む2qwkについて,CASTpによるGS4071近傍PocketのID53+54から目視で選んだ仮SITE部分
2qwkのPDBsumによるGS4071のSITE部分(水素結合情報含む)
同じく2qwkの糖鎖別着色データ(左;糖タンパク質データ集参照)とPQSによる四量体モデル(右;PQSデータ集参照)
タミフル耐性インフルエンザのN1ノイラミニダーゼ結晶構造に関する論文のデータのLIGPLOTデータ(PDBsumより);こちらにも分子データ掲載
3cl2(N294S,GS4071含む),3cl0(H274Y,GS4071含む),3ckz(H274Y,ザナミビル含む)が該当データで,2qwkは参考に示したN9のもの
※Crystal structures of oseltamivir-resistant influenza virus neuraminidase mutants(Nature,2008/05/14)
GS4071を含む3cl0(N1ノイラミニダーゼH274Y)およびの3cl2Chain A(N1ノイラミニダーゼN294S)
GS4071を含む3cl0(N1ノイラミニダーゼH274Y)のLIGPLOTデータより
H274Yタミフル耐性変異の説明:〔左〕GS4071を含む2hu0(N1)PDBsumデータにHis274追加,〔右〕3cl0(N1)PDBsumデータにTyr274追加
タミフル耐性の仕組み解明 インフルエンザで米チーム(47NEWS,2010/06/04)
Permissive Secondary Mutations Enable the Evolution on Influenza Oseltamivir Resistance(Science,2010/06/04)
※参考:Proteopedia - Avian Influenza Neuraminidase, Tamiflu and Relenza
インフルエンザ情報 ※以下のWeb情報の一部は時限情報,また利用者登録が必要なものもあります。
配列比較参照
分類 | 例 | |
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主なDNAウイルス | ポックスウイルス科 | エムポックス〈mpox,サル痘〉(1970) → Jmolトピック |
ヘルペスウイルス科 | ※鯉ヘルペス | |
アデノウイルス科 | ||
パピローマウイルス科 (ポリオーマウイルス科も酷似) |
子宮頸がん;ヒトパピローマウイルス(HPV)による → Jmolトピック | |
ヘパドナウイルス科 # | B型肝炎 | |
パポバウイルス科 | ||
主なRNAウイルス | パラミクソウイルス科 | 麻疹,ニパウイルスによる脳炎(1998) |
オルトミクソウイルス科 (オルソミクソウイルス科) |
インフルエンザ | |
コロナウイルス科 | SARS(2002) → SARSと抗ウイルス薬 SARS-CoV-2(2019) → 新型コロナウイルス(SARS-CoV-2|COVID-19)情報 |
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アレナウイルス科 | ラッサ熱 | |
レトロウイルス科 # | 〈逆転写,レンチウイルス属〉AIDS(1983) → HIVとエイズ 〈一本鎖,デルタレトロウイルス属〉HTLV-1関連症候群(1980) → HTLV-1情報 |
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フィロウイルス科 | エボラ出血熱(1977) → 2014年にエボラ出血熱感染拡大 | |
レオウイルス科 | ロタ | |
ピコルナウイルス科 | ポリオ,A型肝炎 | |
カリシウイルス科 | ノロ | |
ラブドウイルス科 | 狂犬病 | |
フラビウイルス科 (トガウイルス科も酷似) |
日本脳炎,ウエストナイル熱,デング熱, C型肝炎(1989) → Jmolトピック〈B型肝炎記事含む〉 ※豚コレラ |
|
ブニヤウイルス科 |