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バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
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バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
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バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
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バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
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バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
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バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
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Cleft analysisによるアミノ酸分類（データ例：2hkk）
| Positive | Negative | Neutral | Aliphatic | Aromatic | Pro & Gly | Cysteine |
|---|---|---|---|---|---|---|
| H,K,R | D,E | S,T,N,Q | A,V,L,I,M | F,Y,W | P,G | C |
アミノ酸残基のhydropathy indexとI'/O'値の比較（Glyを除く）
抗生物質の作用機序を示す模式図（Chime版ページより）；上図の緑色部分が類似
〔上左〕ペニシリン骨格（下はその一例，ペニシリンG）
〔上右〕D-アラニル-D-アラニンの構造（下はR'がHの場合）
イマチニブ（商品名グリベック）を含むPDBsumデータ1iepより
※話題の制がん剤・抗がん剤，抗がん剤開発と標的タンパク質参照
コエンザイムQ10を含むPDBsumデータ1aigより
※水溶性ビタミンと脂溶性ビタミン参照
ベンゼンとシクロヘキサン
※PDBデータでは多重結合が表示されす，さらに大多数では水素原子が示されない（ブログ記事参照）
共役系を含む分子の表示方式の違い（ブログ記事参照）
〔左〕ニンジンやカボチャの色素β-カロテン（モノはなぜ見える参照）
〔右〕メチルレッド（pH指示薬，酸性染料；染料の種類参照）
β-カロテンとメチルレッドに見る共役系
〔左〕β-カロテンを含むPDBsumデータ2e75より
〔右〕メチルレッドを含むPDBsumデータ2v9cより（SITEにはアミノ酸以外にフラビンモノヌクレオチド含む）
〔左〕スクロースを含むPDBsumデータ1jgi，〔右〕トレハロースを含むPDBsumデータ2b1q（他にセロビオースを含む2o7iなど参照）
アトルバスタチン（atorvastatin）を含むPDBsumデータ1hwk
※参考：佐藤健太郎，「医薬品クライシス―78兆円市場の激震―」，p.27，新潮新書 (2009)
朝刊科学欄に生体分子構造画像（ジベレリンの機能制御へ）（2008/12/08）
Jmol 11.6ネタでumass.eduからの来訪（2008/12/05）
水族館に欠かせなくなった（？）セレンテラジン（2008/11/04）
3連休中もGFPや有機概念図と格闘（今日はオープンキャンパス）（2008/10/13）
東大農場で使われた酢酸フェニル水銀（2008/10/03）
※無登録農薬問題参照
スタチン発見の遠藤章さんにラスカー賞（2008/09/15）
高知の学会に向けて（トレハロースのことなど）（2008/09/13）
※スクロースとトレハロース参照
SPYSEEサイエンスコミュニケーションの銅メダル（2008/08/16）
「分子のかたち展」に寄せて(4) 夏休みは大学へ！（2008/08/09）
「分子のかたち展」に寄せて(3) 多重結合の表示（2008/07/30）
北大総合博物館「分子のかたち展」に寄せて(2)（2008/07/25）
LIGPLOT分子データ集に画像集とブログ記事へのリンク集追加（2008/07/18）（下画像はクリックで拡大）
北大総合博物館「分子のかたち展」スタート（2008/07/15）（画像クリックで拡大）
オキシトシンと格闘した一日（2008/07/09）（画像クリックで拡大）
タミフル耐性インフルエンザのノイラミニダーゼ（メルマガ有機化学より）ほか（2008/07/06）
※鳥インフルエンザ＆新型インフルエンザ情報参照
北大総合博物館サイトに「分子のかたち展」のアナウンス（2008/07/02）
※HIVとエイズ参照
PDBsumのLigand情報を身近な現象に援用する（2008/06/23）
※染料の種類参照
Googleマップ ＆ Earthを利用した新潟水俣病教材（2008/06/21）
※水俣病参照
世の中の存在しなかったものをつくる（集大成的コンテンツ作成開始）（2008/06/08）
※シクロデキストリン参照
ビスフェノールAの胎児への影響（2008/05/15）
※ビスフェノールAが結合したエストロゲン受容体γ参照
こども達への化学物質の影響に関する研究の最新情報（2008/05/12）
※バイオレメディエーションとファイトレメディエーション参照
