◆ スタチン類を含む生体分子のSITE例 ◆
PDBsumのLigand-SITE情報と有機性・無機性分子の科学


スタチン類を含む生体分子のSITE例 ※初期表示は1hwk_117
Statin - Wikipedia
バックボーン 二次構造 DNA/RNA(ATGCUbackbone
全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択
空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
水素結合表示
 
  
背景・黒 灰 白 
1hwk_117(HMG-CoAレダクターゼ〈オキシドレダクターゼ〉/アトルバスタチン〈atorvastatin〉) I'/O' = 1.388,I/O = 1.008 | アトルバスタチン
1hw9_SIM(HMG-CoAレダクターゼ〈オキシドレダクターゼ〉/シンバスタチン〈simvastatin〉) I'/O' = 1.496,I/O = 0.868 | シンバスタチン
3hlf_SIMシンバスタチン合成酵素〈トランスフェラーゼ〉/同上) I'/O' = 0.823,I/O = 0.868
1hw8_114(HMG-CoAレダクターゼ〈オキシドレダクターゼ〉/メバスタチン〈mevastatin〉) I'/O' = 1.564,I/O = 0.943 | メバスタチン(コンパクチン)
1hwl_FBI(HMG-CoAレダクターゼ/ロスバスタチン〈rosuvastatin〉) I'/O' = 1.551,I/O = 1.581 | ロスバスタチン
1hwl_FBI 3(D)(同上;他に FBI 4(C) あり) I'/O' = 1.429,I/O = 1.581
1cqp_803(リンパ球機能関連抗原1〈LFA-1〉/ロバスタチン〈lovastatin〉) I'/O' = 0.479,I/O = 0.529 | ロバスタチン
Scientific Reports誌論文で引用のPDBデータから
7bv2_F86(新型コロナウイルスSARS-CoV-2のRNA依存性RNAポリメラーゼ;レムデシビル一リン酸体結合)
6lu7_02J-ALA-VAL-LEU-PJE-010(SARS-CoV-2の主要プロテアーゼ) → 新型コロナウイルス(SARS-CoV-2|COVID-19)情報

※参考:PDBsumデータ以外
プラバスタチン(pravastatin)
アトルバスタチン,プラバスタチン,メバスタチン,ロスバスタチン,ロバスタチンの同時表示(上から順に)


アトルバスタチン,プラバスタチン,メバスタチン,ロスバスタチン,ロバスタチンの同時表示(上から順に)


スタチン類結合のPDBsumデータ例;1hwk(アトルバスタチン結合),1hw9(シンバスタチン結合),3hlf(同),1hw8(メバスタチン結合),1hwl(ロスバスタチン結合),1cqp(ロバスタチン結合)


Scientific Reports誌論文で引用のPDBデータのPDBsumデータ,7bv2(レムデシビル一リン酸体結合)と6lu7




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