◆ ミトコンドリア関連生体分子のSITE例 ◆
PDBsumのLigand-SITE情報と有機性・無機性金属原子を含む生体分子のSITEデータ集
※関連データ: 古細菌光合成窒素から見る生命の世界



バックボーン 二次構造
全選択 タンパク質選択 リガンド選択
ATP選択 ADP選択

空間充填 球棒 球60% スティック 針金
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
水素結合(太) OFF
 
 
背景・黒 灰 白 
1E79(ATP合成酵素 F1部分;ウシミトコンドリア由来) → RCSB PDBPDBsum


バックボーン 二次構造
全選択 タンパク質選択 リガンド選択
空間充填 球棒 球60% スティック 針金
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
水素結合(太) OFF
 
 
背景・黒 灰 白 
1QO1(ATP合成酵素;パン酵母由来〈α炭素のみ〉) → RCSB PDB



1e79_ATP(ATP合成酵素;F1部分)
I'/O'=1.8500,I/O=−
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
背景・黒 灰 白 
今月の分子 No. 72

1e79_ADP(ATP合成酵素;F1部分)
I'/O'=1.9907,I/O=−
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
背景・黒 灰 白 
今月の分子 No. 72

2b3y_SF4(アコニターゼ)
I'/O'=1.0375,I/O=−
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
背景・黒 灰 白 
今月の分子 No. 89鉄硫黄クラスター

1oco_HEA-CMO(チトクロムc酸化酵素;CO結合状態)
I'/O'=0.8895,I/O=−
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
背景・黒 灰 白 
今月の分子 No. 5

《 今後もデータを追加します 》




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