ミトコンドリア関連生体分子のSITE例

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※関連データ：古細菌，光合成，窒素から見る生命の世界

バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択　リガンド選択
ATP選択　ADP選択
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色
リガンドの元素記号表示
酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
水素結合（太）　OFF
S-S結合表示（太）　S原子（Protein中）空間充填
ドット表面表示　回転
背景・黒　灰　白　紺

1E79（ATP合成酵素 F1部分；ウシミトコンドリア由来） → RCSB PDB，PDBsum

バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択　リガンド選択
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色
リガンドの元素記号表示
酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
水素結合（太）　OFF
S-S結合表示（太）　S原子（Protein中）空間充填
ドット表面表示　回転
背景・黒　灰　白　紺

1QO1（ATP合成酵素；パン酵母由来〈α炭素のみ〉） → RCSB PDB

＝以下の表示はアミノ酸の親水性・疎水性参照＝
●アミノ色表示の凡例
ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO
●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS
●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP
●疎水性インデックス順
ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE
●有機概念図I/O値順（特性基 R）
ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE
●等電点順
ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG

1e79_ATP（ATP合成酵素；F1部分） I'/O'＝1.8500，I/O＝－ CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順背景・黒　灰　白　紺今月の分子　No. 72	1e79_ADP（ATP合成酵素；F1部分） I'/O'＝1.9907，I/O＝－ CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順背景・黒　灰　白　紺今月の分子　No. 72
2b3y_SF4（アコニターゼ） I'/O'＝1.0375，I/O＝－ CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順背景・黒　灰　白　紺今月の分子　No. 89 ｜鉄硫黄クラスター	1oco_HEA-CMO（チトクロムc酸化酵素；CO結合状態） I'/O'＝0.8895，I/O＝－ CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順背景・黒　灰　白　紺今月の分子　No. 5

《今後もデータを追加します》

酸性

中性

芳香族

塩基性

ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS

ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE

【参考】

「生活環境化学の部屋」ホームページ｜ Jmol版「分子の学習帳」｜ Chime版「分子の学習帳」

1e79_ATP（ATP合成酵素；F1部分） I'/O'＝1.8500，I/O＝－ CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順背景・黒　灰　白　紺今月の分子　No. 72	1e79_ADP（ATP合成酵素；F1部分） I'/O'＝1.9907，I/O＝－ CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順背景・黒　灰　白　紺今月の分子　No. 72
2b3y_SF4（アコニターゼ） I'/O'＝1.0375，I/O＝－ CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順背景・黒　灰　白　紺今月の分子　No. 89 ｜鉄硫黄クラスター	1oco_HEA-CMO（チトクロムc酸化酵素；CO結合状態） I'/O'＝0.8895，I/O＝－ CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順背景・黒　灰　白　紺今月の分子　No. 5