複数のクラスターの同時表示例 ｜ 4Fe-4Sクラスター ｜ 2Fe-2Sクラスター ｜ 3Fe-4Sクラスター ｜ 4Fe-3Sクラスター
8Fe-7Sクラスターほか（Fe・S以外の元素含むものも） ｜ その他（鉄硫黄クラスター以外も含むデータ例） ∥ 文献・参考ページ（ニュース例）
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2wqyのA-D鎖より（コハク酸デヒドロゲナーゼ，シトクロムb；Fe2S2，Fe4S4，Fe3S4のデータをまとめたもの） 8gs8のChain B（ヒトの呼吸複合体II中のコハク酸デヒドロゲナーゼの鉄硫黄クラスターサブユニット） 同PDBsumデータ8gs8_FES-SF4-F3S（鉄硫黄クラスター3つの結合構造）$ I'/O' = 0.840 7zxc（一酸化炭素デヒドロゲナーゼ） WCC（Fe3NiS4クラスター）選択 同PDBsumデータ7zxc_WCC_lp$ ［Carbon monoxide dehydrogenase - Wikipedia］ 6f0k（オルタナティブ複合体III） Chain B選択 同PDBsumデータ6f0k_F3S1101B-SF41102B~1104B（鉄硫黄クラスター4つの結合構造）$ → Jmolトピック ニッケル-鉄ヒドロゲナーゼ5xvdのPDBsumデータ8JU-SF4-F3S-NFV-MG（3つの鉄硫黄クラスター〈1つはFe4-S4-O〉・Ni-Fe活性中心・Mgイオン）$ → Jmolトピック ※参考構造例 黄鉄鉱（pyrite；FeS2）部分構造 …Pyrite – Virtual Museum of Molecules and Mineralsのデータを加工 ｜ Fe2S2・Fe4S4・Fe3S4（以上2wqyより），Fe8S7（3minより），黄鉄鉱（pyrite）部分構造の同時表示 → 2014年は世界結晶年！ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］2wqyのA-D鎖より（左側からFe3S4，Fe4S4，Fe2S2）
［右］6f0kの4つの鉄硫黄クラスターのPDBsumデータ結合構造と当該論文のFig.7
ヒトの呼吸複合体II中のコハク酸デヒドロゲナーゼの鉄硫黄クラスターサブユニット8gs8 Chain Bの鉄硫黄クラスター3つの結合構造
一酸化炭素デヒドロゲナーゼ7zxcとそのPDBsumデータ（Fe3NiS4クラスター＋Fe3+）
ニッケル-鉄ヒドロゲナーゼ5xvdの3つの鉄硫黄クラスター・Ni-Fe活性中心・MgイオンについてのPDBsumデータ（NiFe hydrogenase - Wikipedia中の図と並べて）
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1jb0_SF4（光合成，光化学系I） I'/O' = 0.662 → 今月の分子 No.22 - 光化学系I（PDBj） 3pcq_SF4（光合成，光化学系I） I'/O' = 0.662 → Nature 今週のハイライト（2011/02） 7dr0_SF4[846(A)]（光合成，光化学系I） I'/O' = 0.569 → 岡山大学プレスリリース（2022/03/31） 2b3y_SF4（アコニターゼ） I'/O' = 1.038 → 今月の分子 No.89 - アコニターゼと鉄制御蛋白質1（PDBj） 1n2c_SF4（ニトロゲナーゼ） I'/O' = 0.121 → 今月の分子 No.26 - ニトロゲナーゼ（PDBj） 3aek_SF4（プロトクロロフィリドレダクターゼ） I'/O' = 1.286 3aeq_SF4（プロトクロロフィリドレダクターゼ） I'/O' = 1.039 3a38_SF4_h（高電位鉄イオウタンパク質；PDBsumデータにH原子追加） I'/O' = 0.379 5d8v_SF4（高電位鉄イオウタンパク質） I'/O' = 0.379 5b4e_SF4（鉄硫黄クラスタータンパク質TtuA） I'/O' = 1.100 → Jmolトピック 4hea_SF4[501(1)] （呼吸鎖の複合体I；他にSF4が6データ） I'/O' = 0.514 → Jmolトピック 1vjw_SF4（フェレドキシン） I'/O' = 0.365 → Jmolトピック 8d8lのChain 0（ミトリボソーム小サブユニット） 8d8l_SF4 I'/O' = 0.333 → Nature ハイライト（2020/02/02） 8ebs_SF4（DNA損傷認識複合体） I'/O' = 0.524 → Nature ハイライト（2023/05/04） ◆Fe4S4以外の原子団も含むクラスター 4xdc_SF4[602(A)] （[FeFe]-ヒドロゲナーゼ） H-cluster選択 バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
*1 日本化学会「化学と工業」，2014年1号（特集：世界結晶年（IYCr2014）によせて）のp.23図3該当データ（Journal of Structural Biologyの原報参照）
好熱性シアノバクテリアBP-1の光合成光化学系Iの構造3pcqの36量体（Chain A-M・X×3）
※Nature 今週のハイライト（2011/02）参照；全体構造はJmolトピックに掲載
4xdcのH-cluster（Cys・MetのS原子を黄色球表示；Nature Reviews Chemistry論文ほか参照）
8d8lのChain 0とそのPDBsumデータ（ミトリボソーム小サブユニット；Nature ハイライト（2020/02/02）参照）
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2xrx_FES（ビフェニルジオキシゲナーゼ） I'/O' = 1.157 2xsh_FES （ビフェニルジオキシゲナーゼ） I'/O' = 1.403 2hmk_FES （ナフタレンジオキシゲナーゼ） I'/O' = 1.146 1bcc_FES （オキシドレダクターゼ，シトクロムbc1） I'/O' = 0.988 バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
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1qlb_F3S（オキシドレダクターゼ） I'/O' = 0.434 2wqy_F3S（コハク酸デヒドロゲナーゼ，シトクロムb） I'/O' = 0.961 7yw6_F3S（[NiFe]-ヒドロゲナーゼ） I'/O' = 0.913 8xcmのChain A（フルクトースデヒドロゲナーゼ） 同PDBsumデータ 8xcm_F3S$ I'/O' = 1.556 ｜ 参考：同PDBsumデータ 8xcm_FAD$ (I'/O' = 1.223) → Jmolトピック バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
[NiFe]-ヒドロゲナーゼ7yw6のPDBsumデータ
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3ayx ｜ 3ayx_F4S（[NiFe]ヒドロゲナーゼ；H2-reduced condition） I'/O' = 0.762 3ayy_SF3（[NiFe]ヒドロゲナーゼ；ferricyanide-oxidized condition） I'/O' = 1.306 バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合（太） OFF 背景・黒 灰 白 紺 |
3ayx
〔左〕3ayx_F4S，〔右〕3ayy_SF3
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3min（ニトロゲナーゼの構造；[MoFe]コファクター，Pファクター含む） ｜ 3min_CLF（8Fe-7Sクラスター〈Pファクター〉） I'/O' = 0.801 5n6y（バナジウムニトロゲナーゼ；CFe7S8Vクラスター含む） V（バナジウム）選択 ｜ 5n6y_HCA-8P8-CO3（CFe7S8V [8P8]にHCA，CO3結合） （I'/O' = 0.876） 3min_HCA-CFM（[MoFe]コファクター；HCA含む） （I'/O' = 1.090） 4tku（ニトロゲナーゼの構造；MoFe7S9C；HCA含む） ICS（MoFe7S9C）選択 ｜ 4tku_ICS （I'/O' = 0.973） → Jmolトピック（4tkv/4tkuについて） 3u7q_ICS（MoFe7S9C；HCA含む） （I'/O' = 0.973） 5bvh_ICH（CFe7MoS6Se3；HCA含む） （I'/O' = 1.086） 4xpi_1CL（8Fe-7Sクラスター；酸化型） I'/O' = 0.868 3pdi_CZL（Fe8H6S9） I'/O' = 2.633 5xvd_8JU（Fe4-S4-O） I'/O' = 1.374 → Jmolトピック 6elq_BF8[702(X)]（Fe4NiOS4） I'/O' = 0.886 → Jmolトピック 6rtp（[NiFeSe]ヒドロゲナーゼ；Fe4O2S4含む；他にFe4S4クラスター） 6ML（Fe4O2S4）選択 SF4（Fe4S4クラスター）選択 6rtp_6ML I'/O' = 0.930 ｜ 6ru9_6ML I'/O' = 0.500 ｜ 6ruc_6ML I'/O' = 0.968 6h63のChain A（[FeFe]ヒドロゲナーゼ；C7H4Fe2N2O3S2含む；他にFe2S2・Fe4S4クラスター） FU8（C7H4Fe2N2O3S2）選択 FES（Fe2S2クラスター）選択 SF4（Fe4S4クラスター）選択 ｜ 6h63_FU8 I'/O' = 0.615 バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合（太） OFF 背景・黒 灰 白 紺 |
［左・中］ニトロゲナーゼ4tkuとそのPDBsumデータ
［右］5cx1のPDBsumデータ（CFe7MoS9クラスター，化学同人「星屑から生まれた世界」p.212 図8.3ではMoNFe8S11クラスター）；写真の3Dプリンタ模型ははCFe7MoS8クラスター）
※Nature論文（2022/07/06），京都大学プレスリリース参照
［左］4tkv/4tkuのPDBsumデータ（Jmolトピック）
［右］ニトロゲナーゼ3u7qのMoFe7S9Cクラスター（HCA含む）のPDBsumデータ
4xpiについてはBiochemistry（2015/04/01）参照
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3myrのChain A・B（Ni-Feヒドロゲナーゼの構造） ｜ 3myr_SF4（4Fe-4Sクラスター） I'/O' = 1.387 3myr_F3S（3Fe-4Sクラスター） I'/O' = 0.843 6o7s_LPJ（6Fe-7Sクラスター） I'/O' = 0.625 → Jmolトピック 3myr_NFV（[Ni-Fe]活性中心） I'/O' = 0.742 バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合（太） OFF 背景・黒 灰 白 紺 |
