◆ 鉄硫黄クラスターを含む生体分子のSITE例 ◆
生命を知り生命に学ぶ金属原子を含む生体分子のSITEデータ集
バイオミネラルとして鉄Feを含むPDBデータ1TKPのSITE例光合成光化学反応中心を含む生体分子のSITE例
※鉄硫黄クラスター内の不要な結合も表示されますのでご注意ください。

  
    

複数のクラスターの同時表示例4Fe-4Sクラスター2Fe-2Sクラスター3Fe-4Sクラスター4Fe-3Sクラスター
8Fe-7Sクラスターほか(Fe・S以外の元素含むものも)その他(鉄硫黄クラスター以外も含むデータ例)文献・参考ページニュース例


2wqyのA-D鎖より(コハク酸デヒドロゲナーゼ,シトクロムb;Fe2S2,Fe4S4,Fe3S4のデータをまとめたもの)
6f0k(オルタナティブ複合体III) Chain B選択 同PDBsumデータ6f0k_F3S1101B-SF41102B~1104B(鉄硫黄クラスター4つの結合構造)$ → Jmolトピック
ニッケル-鉄ヒドロゲナーゼ5xvdのPDBsumデータ8JU-SF4-F3S-NFV-MG(3つの鉄硫黄クラスター〈1つはFe4-S4-O〉・Ni-Fe活性中心・Mgイオン)$ → Jmolトピック
※参考構造例
黄鉄鉱(pyrite;FeS2)部分構造 …Pyrite – Virtual Museum of Molecules and Mineralsのデータを加工 | Fe2S2・Fe4S4・Fe3S4(以上2wqyより),Fe8S73minより),黄鉄鉱(pyrite)部分構造の同時表示 → 2014年は世界結晶年!

バックボーン 二次構造
全選択 タンパク質選択 リガンド選択 
空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
水素結合表示
 
  
背景・黒 灰 白 

  
[左]2wqyのA-D鎖より(左側からFe3S4,Fe4S4,Fe2S2
[右]6f0kの4つの鉄硫黄クラスターのPDBsumデータ結合構造と
当該論文のFig.7


ニッケル-鉄ヒドロゲナーゼ5xvdの3つの鉄硫黄クラスター・Ni-Fe活性中心・MgイオンについてのPDBsumデータ(NiFe hydrogenase - Wikipedia中の図と並べて)


1jb0_SF4(光合成,光化学系I) I'/O' = 0.662 → 今月の分子 No.22 - 光化学系I(PDBj)
3pcq_SF4(光合成,光化学系I) I'/O' = 0.662 → Nature 今週のハイライト(2011/02)
2b3y_SF4(アコニターゼ) I'/O' = 1.038 → 今月の分子 No.89 - アコニターゼと鉄制御蛋白質1(PDBj)
1n2c_SF4(ニトロゲナーゼ) I'/O' = 0.121 → 今月の分子 No.26 - ニトロゲナーゼ(PDBj)
3aek_SF4(プロトクロロフィリドレダクターゼ) I'/O' = 1.286
3aeq_SF4(プロトクロロフィリドレダクターゼ) I'/O' = 1.039
3a38_SF4_h(高電位鉄イオウタンパク質;PDBsumデータにH原子追加) I'/O' = 0.379
5d8v_SF4(高電位鉄イオウタンパク質) I'/O' = 0.379
5b4e_SF4(鉄硫黄クラスタータンパク質TtuA) I'/O' = 1.100 → Jmolトピック
4hea_SF4[501(1)] (呼吸鎖の複合体I;他にSF4が6データ) I'/O' = 0.514 → Jmolトピック

バックボーン 二次構造
全選択 タンパク質選択 リガンド選択 
空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
水素結合表示
 
  
背景・黒 灰 白 

*1 日本化学会「化学と工業」,2014年1号(特集:世界結晶年(IYCr2014)によせて)のp.23図3該当データ(Journal of Structural Biologyの原報参照)



好熱性シアノバクテリアBP-1の光合成光化学系Iの構造3pcqの36量体(Chain A-M・X×3)
Nature 今週のハイライト(2011/02)参照;全体構造はJmolトピックに掲載


1jb0


2xrx_FES(ビフェニルジオキシゲナーゼ) I'/O' = 1.157
2xsh_FES (ビフェニルジオキシゲナーゼ) I'/O' = 1.403
2hmk_FES (ナフタレンジオキシゲナーゼ) I'/O' = 1.146
1bcc_FES (オキシドレダクターゼ,シトクロムbc1) I'/O' = 0.988

バックボーン 二次構造
全選択 タンパク質選択 リガンド選択 
空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
水素結合表示
 
  
背景・黒 灰 白 


1qlb_F3S(オキシドレダクターゼ) I'/O' = 0.434
2wqy_F3S(コハク酸デヒドロゲナーゼ,シトクロムb) I'/O' = 0.961

バックボーン 二次構造
全選択 タンパク質選択 リガンド選択 
空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
水素結合表示
 
  
背景・黒 灰 白 
2wqyは他に4Fe-4Sクラスター,2Fe-2Sクラスターも含む。


酸素耐性膜結合型[NiFe]ヒドロゲナーゼの構造3ayx(H2還元状態);初期表示
SPring-8プレスリリース(2011/10/17)参照

3ayx3ayx_F4S([NiFe]ヒドロゲナーゼ;H2-reduced condition) I'/O' = 0.762
3ayy_SF3([NiFe]ヒドロゲナーゼ;ferricyanide-oxidized condition) I'/O' = 1.306

バックボーン 二次構造
全選択 タンパク質選択 リガンド選択
空間充填 球棒 球60% スティック 針金
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
水素結合(太) OFF
 
 

背景・黒 灰 白 


3ayx


〔左〕3ayx_F4S,〔右〕3ayy_SF3


ニトロゲナーゼの構造3min([MoFe]コファクター,Pファクター含む)ほか;初期表示 ニトロゲナーゼ(窒素から見る生命の世界)
日本化学会 編,「人工光合成と有機系太陽電池 最新の技術とその研究開発」,化学同人(2010)参照(口絵,pp.61-62)
ニトロゲナーゼ - Wikipedia

3min(ニトロゲナーゼの構造;[MoFe]コファクター,Pファクター含む) | 3min_CLF(8Fe-7Sクラスター〈Pファクター〉) I'/O' = 0.801
5n6y(バナジウムニトロゲナーゼ;CFe7S8Vクラスター含む) V(バナジウム)選択5n6y_HCA-8P8-CO3(CFe7S8V [8P8]にHCA,CO3結合) (I'/O' = 0.876)
3min_HCA-CFM([MoFe]コファクター;HCA含む) (I'/O' = 1.090)
4tku_ICS(CFe7MoS9;HCA含む) (I'/O' = 0.973)
5bvh_ICH(CFe7MoS6Se3;HCA含む) (I'/O' = 1.086)
4xpi_1CL(8Fe-7Sクラスター;酸化型) I'/O' = 0.868
3pdi_CZL(Fe8H6S9) I'/O' = 2.633
5xvd_8JU(Fe4-S4-O) I'/O' = 1.374 → Jmolトピック
6elq_BF8[702(X)](Fe4NiOS4) I'/O' = 0.886 → Jmolトピック
6rtp([NiFeSe]ヒドロゲナーゼ;Fe4O2S4含む;他にFe4S4クラスター) [NEW!] 6ML(Fe4O2S4)選択 SF4(Fe4S4クラスター)選択 6rtp_6ML I'/O' = 0.930 | 6ru9_6ML I'/O' = 0.500 | 6ruc_6ML I'/O' = 0.968
6h63のChain A([FeFe]ヒドロゲナーゼ;C7H4Fe2N2O3S2含む;他にFe2S2・Fe4S4クラスター) [NEW!] FU8(C7H4Fe2N2O3S2)選択 FES(Fe2S2クラスター)選択 SF4(Fe4S4クラスター)選択6h63_FU8 I'/O' = 0.615

バックボーン 二次構造
全選択 タンパク質選択 リガンド選択
空間充填 球棒 球60% スティック 針金
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
水素結合(太) OFF
 
 

背景・黒 灰 白 


Jmolトピック(4tkv/4tkuについて)


Jmolトピック(5bvhについて)


4xpiについてはBiochemistry(2015/04/01)参照


Jmolトピック(6elqについて)


Jmolトピック(5xvdについて)


Ni-Feヒドロゲナーゼの構造3myrのChain A・B;初期表示
ヒドロゲナーゼ酵素活性中心の振動状態の観察に成功 -持続可能な水素社会の実現に向けての研究に新たな切り口-(SPring-8,2012/11/29)の関連データ

3myrのChain A・B(Ni-Feヒドロゲナーゼの構造) | 3myr_SF4(4Fe-4Sクラスター) I'/O' = 1.387
3myr_F3S(3Fe-4Sクラスター) I'/O' = 0.843
6o7s_LPJ(6Fe-7Sクラスター) I'/O' = 0.625 → Jmolトピック
3myr_NFV([Ni-Fe]活性中心) I'/O' = 0.742

バックボーン 二次構造
全選択 タンパク質選択 リガンド選択
空間充填 球棒 球60% スティック 針金
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
水素結合(太) OFF
 
 

背景・黒 灰 白 




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