Jmolで見るトピックス分子（11-2）

◆ Jmolで見るトピックス分子（11-2） ◆

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ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や，RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため，10件ずつ表示するように変更しました（上記書庫も順次修正します）。
※旧版で表示していた一部の参考データ（PDBsumなど）は今後追加します。
※Javaバージョンの関係でJmol分子が表示されない場合はこちらで最新版をインストールしてください。

Genetic background of extreme violent behavior（Nature，2014/10/28）　※記事中のmonoamine oxidase A（MAOA；モノアミンオキシダーゼA）のPDBデータ例を以下に。

PDBデータ2bxrのChain A（阻害剤クロルジリン〈クロルギリン〉が結合したモノアミンオキシダーゼA）
［Monoamine oxidase A - Wikipedia，Clorgiline - Wikipedia］

2bxrのChain A（クロルジリンが結合したモノアミンオキシダーゼA）　同PDBsumデータ 2bxr_FAD-MLG（FAD結合）$　MLG（クロルジリン）選択

バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択　リガンド選択
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色
リガンドの元素記号表示
酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
水素結合表示
S-S結合表示（太）　S原子（Protein中）空間充填
ドット表面表示　α炭素ラベル表示　回転
背景・黒　灰　白　紺

［右］PDBデータ2bxrのChain A　［左］同PDBsumデータ2bxr_FAD-MLG（FADとクロルジリン；大きい球がクロルジリン）

ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO

酸性

中性

芳香族

塩基性

ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS

極性

酸性

塩基性

非極性（疎水性）

SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP

ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE

ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE

ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG

アミノ酸および特性基の親水性・疎水性｜ Log Pをポケットに！

カネボウ化粧品「白斑」症状、近畿の十数人が集団提訴へ（朝日，2014/10/30）　※ロドデノール（rhododenol；4-(4-hydroxyphenyl)-2-butanol）を含む製品で，以下旧トピックスからの転載含む。

カネボウ白斑被害「紫外線療法が有効」　学会が発表へ（朝日，2015/05/09）　※“医師側が「効果あり」と回答した割合が多かったのは、紫外線療法、外用剤の「タクロリムス」、「ステロイド」、「ビタミンD3」の順だった”。
ロドデノール含有化粧品の安全性に関する特別委員会報告（皮膚科学会，2014/08/11）
白斑被害で東北の22人が集団提訴（河北新報，，2014/10/02）
白斑治療「先が見えない」　カネボウ回収1年、原因まだ不明（朝日，2014/07/05）
カネボウ、54製品を回収　「肌がまだらに白く」（朝日，2013/07/04）
カネボウ、白斑問題10カ月放置　第三者委が調査（朝日，2013/09/11）
カネボウ問題、使用中止で６割近くの白斑患者が改善（NHK，2013/09/07）　※“皮膚炎に使われるタクロリムス軟膏などを使ったところ、白斑の症状がよくなったケースが報告されたということで…”。
白斑報告　カネボウ以外も11件（東京新聞，2013/09/08）　※“治療では、アトピー性皮膚炎に使われるタクロリムス軟こうなどが有効と期待され…”。
カネボウ美白化粧品被害、併用で頻出　皮膚科学会が報告（朝日，2013/09/07）
カネボウ美白化粧品に何が - NHK　クローズアップ現代（2013/09/02放映）
FDA Advisory on Kanebo Skin Whitening Products（FDA，2013/07/04）
「重ね塗りで白斑頻出　カネボウ化粧品問題　皮膚科学会特別委員長に聞く（東京新聞，2013/08/29）
「カネボウ美白化粧品」、なぜか話題にされない“3つの重要な論点”（BLOGOS，2013/08/09）
カネボウ美白化粧品問題、「花王の判断」は正しかったのか？（ハフィントンポスト，2013/08/02）
カネボウ「美白」54製品を自主回収（NHK，2013/07/04）
お詫びと自主回収についてのお知らせ（カネボウ，2013/07/04）
- New findings on Rhododenol brightening via inhibition of melanin synthesis:Brightening effect through eumelanin reduction（同，2010/12/21）
美白と接着剤とドーパミン（有機化学美術館・分館，2013/08/01）
美白が行き過ぎると害になる、という話。（薬作り職人のブログ，2013/07/06）
ロドデノール - Wikipedia
アトピー新薬／タクロリムス（カネボウ美白化粧品問題含む）（本サイト）
参考（ロドデノールの類似化合物ラズベリーケトンについて）：トピックス／ラズベリーの香り成分はカプサイシンより強力!?（本サイト）

ロドデノール（rhododenol）

〔左〕ロドデノール　〔右〕ロドデノールとラズベリーケトンの有機概念図
（ロドデノール：I=215，O=200　　ラズベリーケトン：I=180，O=200）

難病新法改革に揺れる患者たち - NHK　クローズアップ現代（2014/10/28放映）　※“難病、多発性のう胞腎の進行を抑える治療薬、トルバプタン”を以下に。

トルバプタン（tolvaptan）
［Tolvaptan - Wikipedia］

「GoogleドライブとChem3D for iPad／RCSB PDB Mobileで分子を見る」によるトルバプタン（tolvaptan）の表示

小野薬品、Gたんぱく質共役受容体の立体構造解明へ国際連携組織を発足（日刊工業新聞，2014/10/30）　※記事とは直接ないが最近公開されたGPCRデータ例を以下に。

PDBデータ 4qin（アゴニストSAG1.5が結合したスムーズンド）

4qin*#（スムーズンド；アゴニストSAG1.5が結合）　同PDBsumデータ 4qin_SG8$
4pxf（ウシロドプシン；GPCR共役制御タンパク質ファミリーのアレスチン〔B鎖〕が結合）　同PDBsumデータ 4pxf_BOG406$　BOG_406A選択　［Arrestin - Wikipedia］

バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択　リガンド選択　水分子表示
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色
リガンドの元素記号表示
糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
水素結合表示
S-S結合表示（太）　S原子（Protein中）空間充填
ドット表面表示　α炭素ラベル表示　回転
背景・黒　灰　白　紺

［左・中］アゴニストSAG1.5が結合したスムーズンド4qinと；GPCR共役制御タンパク質ファミリーのアレスチンが結合したウシロドプシン4pxf　［右］4qinのPDBsumデータ

今月の分子 179: メチル補酵素M還元酵素（Methyl-coenzyme M Reductase）（PDBj，2014/11）｜ Molecule of the Month（PDB）

生化学：海底でのメタン変換（Nature ハイライト，2010/06/03）
資源地球化学研究グループ - jamstec
大河内直彦，『分子で地球を読む　テトラピロールと地球環境』，「科学」，2013年7月号
　　※公開PDF：『分子で地球を読む No.10　テトラピロールと地球環境』（JAMSTEC公開資料一覧）
その他のPDBデータやニュース等：窒素から見る生命の世界（本サイト）｜メタンハイドレート

PDBデータ 1mro（メチル補酵素Mレダクターゼ）

1mro（メチル補酵素Mレダクターゼ）　同PDBsumデータ 1mro_F43（1-thioethanesulfonic acid結合）$　F43（F430）選択

PDBデータ1mroと同PDBsumデータ1mro_F43（F430と1-チオエタンスルホン酸；大きい球がF430）

血小板上の受容体「CLEC-2」は糖鎖とペプチド鎖の両方を認識　－マムシ毒は糖鎖に依存せず受容体と結合－（理研，2014/11/10）

PDBデータ 3wsr（ポドプラニンが結合したCLEC-2受容体）
［CLEC1B - Wikipedia，PDPN - Wikipedia］

3wsr（CLEC-2受容体；ポドプラニン〈podoplanin〉が結合）　同PDBsumデータ 3wsr_AEDDVVTPGC（ALA-GLU-ASP-ASP-VAL-VAL-THR-PRO-GLY-CYS）$　　同PDBsumデータ 3wsr_A2G-SIA-GAL$　C鎖（podoplaninの各結合部位）選択

バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択　リガンド選択
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色
リガンドの元素記号表示
糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
水素結合表示
S-S結合表示（太）　S原子（Protein中）空間充填
ドット表面表示　α炭素ラベル表示　回転
背景・黒　灰　白　紺

PDBデータ3wsrのPDBsumデータ3wsr_AEDDVVTPGC

肥大型心筋症iPS細胞の作製、病気を悪化させる因子の同定に成功　－iPS細胞を用いた肥大型心筋症の創薬開発に期待－（慶應義塾大学，2014/11/12）

PDBデータ 1edn（エンドセリンの例；ヒトのendothelin-1）
［Endothelin - Wikipedia］

ヒトのendothelin-1構造例，PDBデータ1edn

Facebookタイムライン画像（RCSB PDB，2014/11/05）

PDBデータ 4tkvのChain A・B（ニトロゲナーゼ）

4tkvのChain A・B（ニトロゲナーゼ）　同Chain A

バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択　リガンド選択　水分子表示
ICE（C-Fe-Mo-Sクラスター；CFe₇MoS₈）選択　CLF（Fe(8)-S(7)クラスター）選択　一酸化炭素選択
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色
リガンドの元素記号表示
酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
水素結合表示
S-S結合表示（太）　S原子（Protein中）空間充填
ドット表面表示　α炭素ラベル表示　回転
背景・黒　灰　白　紺

PyMOLによる4tkvChain Aの表示

4tkv_CLF（Fe(8)-S(7)クラスター）

I'/O'＝0.801
全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択

空間充填　球棒　球60％　スティック　消去
CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順
ドット表面表示｜背景・黒　灰　白　紺

4tkv_ICE [502(A)]（Fe-Mo-Sクラスター；C〈格子間炭素〉含む）
※一酸化炭素と3-ヒドロキシ-3-カルボキシ-アジピン酸が結合
（I'/O'＝0.889）
全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択
C-Fe-Mo-Sクラスター（CFe₇MoS₈）選択　一酸化炭素選択
空間充填　球棒　球60％　スティック　消去
CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順
ドット表面表示｜背景・黒　灰　白　紺

4tku_CLF（Fe(8)-S(7)クラスター）

I'/O'＝0.899
全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択

空間充填　球棒　球60％　スティック　消去
CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順
ドット表面表示｜背景・黒　灰　白　紺

4tku_ICS [502(A)]（Fe-Mo-Sクラスター；C〈格子間炭素〉含む）
※3-ヒドロキシ-3-カルボキシ-アジピン酸が結合
（I'/O'＝0.973）
全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択
C-Fe-Mo-Sクラスター（CFe₇MoS₉）選択
空間充填　球棒　球60％　スティック　消去
CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順
ドット表面表示｜背景・黒　灰　白　紺

第82回サイエンスカフェにいがた『古代ガラスにみる技術と心　～日中韓のガラス工芸～』（RCSB PDB，2014/11/22開催，会場：ジュンク堂書店新潟店）

石英ガラス（シリカガラス）の部分構造例〈不定形，無機高分子〉
［Fused quartz - Wikipedia］

※以下を参考にデータ作成：内野隆司，『ガラスにおける秩序構造とは　－分子軌道計算によるガラスの構造と振動状態の解析』，化学と工業，52(2)，128(1999)

【参考】左水晶と右水晶
→ 分子の科学｜二酸化ケイ素の結晶構造　左水晶と右水晶 …放送大学「分子の科学」ご担当の時田澄男先生作成の構造データです。

左水晶

空間充填　球棒　スティック
ドット表面表示　元素記号・番号表示　　回転
背景・黒　灰　白　紺

右水晶

空間充填　球棒　スティック
ドット表面表示　元素記号・番号表示　　回転
背景・黒　灰　白　紺

「現代化学」，2014年12月号（特集：2014年ノーベル賞） → 電子版発刊記念の無料版　※連載『結晶美術館(24)　アルカロイド』のアコニチン，カフェインを以下に。

アコニチン（aconitine）
［Aconitine - Wikipedia］

Winmostarクラウドによるアコニチン（aconitine）の表示

「生活環境化学の部屋」ホームページ｜ Jmol版「分子の学習帳」