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全選択 タンパク質選択 リガンド選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 | S-S結合表示 | | 背景・黒 灰 白 紺 |
●2021年 生理学医学賞関連/温度受容体と触覚受容体 → Jmolトピック ●2020年 生理学医学賞関連/C型肝炎ウイルスの発見 → Jmolトピック ●2019年 生理学医学賞関連/低酸素応答 → Jmolトピック ●2018年 生理学医学賞関連/ニボルマブ(商品名 オプジーボ) → Jmolトピック ●2016年 生理学医学賞関連/オートファジー → Jmolトピック ●2015年 生理学医学賞関連/イベルメクチン ほか → Jmolトピック ●2014年 生理学医学賞関連 ◆参考:海馬関連PDBデータ例(受賞研究とは直接関係ありません) 1bnd*(脳由来神経栄養因子,Brain-derived neurotrophic factor〈BDNF〉;海馬・大脳皮質などに存在) ●2013年 生理学医学賞関連 ◆細胞内輸送に関係するPDBデータ例 4bzi(COPII〈コートタンパク質複合体II〉輸送小胞のコート ;2013年ノーベル生理学医学賞受賞者のSchekmanらによる) [COPII - Wikipedia,Vesicle (biology and chemistry) - Wikipedia] 1sfc(SNARE複合体) 同Chain A-D [SNARE (protein) - Wikipedia] 1xi4のChain A-C(クラスリン) [Clathrin - Wikipedia] ●2012年 生理学医学賞関連/iPS細胞 ◆iPS細胞に関係するPDBデータ例 1gt0*(Oct4・Sox2・DNA 複合体の例) C鎖(Oct4類似のOct1)選択 D鎖(Sox2)選択 [PDBj今月の分子 - Oct・Sox転写因子] 2wbs(Klf4・DNA 複合体の例) Znフィンガー選択(3個分) 同PDBsumデータ 2wbs_ZN$(亜鉛フィンガー) 1nkpのChain A・B・F・G(c-Myc・Max・DNA 複合体の例) A鎖(c-Myc)選択 B鎖(Max)選択 [Myc - Wikipedia] ●2010年 生理学医学賞関連/体外受精 ◆受精に関係するPDBデータ例 3ef7*(卵子を包む透明帯を構成するタンパク質例ZP3) ●2009年 生理学医学賞関連/テロメアおよびテロメラーゼ ◆テロメア,テロメラーゼ関連PDBデータ例 1kf1(DNAのG-四重らせん構造;ヒトのテロメア反復配列はTTAGGG) 2r4g(テロメラーゼのRNA結合ドメイン,テトラヒメナ・サーモフィラ) 2feyのModel 1(テロメラーゼRNA,テトラヒメナ;"HO"原子削除) ●2008年 生理学医学賞関連/HPV研究およびHIV研究 → 関連情報 ◆HPV(ヒトパピローマウイルス)関連PDBデータ例 2f8bのModel 1(パピローマウイルスE7タンパク質,HPV45) 2fk4のModel 1(パピローマウイルスE6タンパク質,HPV16) ◆HIV関連PDBデータ例 → その他多数 1ohr(阻害剤メシル酸ネルフィナビルを含むHIVプロテアーゼ) ●2006年 生理学医学賞関連/RNA干渉 → RNA干渉 2az0 2b9zのModel 1 ●2005年 生理学医学賞関連/ピロリ菌由来タンパク質 → Chime版 1ji4 【参考】プリオンタンパク質〔1997年生理学医学賞とも関係〕の立体構造例;最近の研究成果を含む 1qm2 …ヒトのプリオンタンパク質(fragment 121-230;Chime版資料参照) 1yjp* …酵母プリオン[PSI+]の原因Sup35 2rnmのModel 1 …Molecule of the Month(PDB,2008/05)のFunctional Prions,Prion Fibrils参照 【参考】2014年 STAP細胞関連 ◎Oct4関連(2012年 生理学医学賞関連/iPS細胞より) 1gt0*(Oct4・Sox2・DNA 複合体の例) C鎖(Oct4類似のOct1)選択 D鎖(Sox2)選択 [PDBj今月の分子 - Oct・Sox転写因子,PDB:1GT0 - Oct4/Sox2/DNA 複合体(PDBj)] | 3l1p(Oct4関連POUドメイン;DNAに結合) ◎GFP関連(2008年 化学賞関連/GFPより) 1hcjのChain A(オワンクラゲ由来のGFP) → 緑色蛍光を発するタンパク質/GFP |
●物理学賞関連/化学賞関連/平和賞関連など(化学賞は2008年以降 → 2006年以前)
全選択 タンパク質選択 リガンド選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 糖鎖別着色(#印のみ):Gal,α-Glc,β-Glc,Man,Fuc,Xyl,Sia,GalNAc,GlcNAc,GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 | S-S結合表示 | | 背景・黒 灰 白 紺 |
●2021年 化学賞関連/不斉有機触媒 → Jmolトピック ●2020年 化学賞関連/ゲノム編集 → CRISPR関連生体分子データ《ゲノム編集を考える》|受賞関連情報 ●2018年 化学賞関連/進化分子工学 → Jmolトピック ●2017年 化学賞関連/クライオ電子顕微鏡 → Jmolトピック ●2014年 物理学賞関連 窒化ガリウム(GaN)結晶構造 窒化ガリウム → 川上モデル|分子・結晶・リガンド模型 参考:MOVPE法 (CH3)Ga + NH3 → GaN + 3CH4 … 有機金属気相成長法 - Wikipedia参照 ●2010年 物理学賞関連/グラフェン → 「分子の科学」 グラフェン ●2014年 化学賞関連 ◆蛍光顕微鏡に用いられる蛍光プローブ(蛍光色素・蛍光タンパク質)の例 NVOC2-5-carboxy-RhQ → 受賞者Eric Betzigらの論文例 1hcjのChain A(GFPの例) → 緑色蛍光を発するタンパク質/GFP ●2013年 化学賞関連 ◆QM/MM計算や類似計算で用いられたPDBデータ例 1dz9のChain A*(p450) 同PDBsumデータ 1dz9_HEM-O$(ショウノウ含む) HEM(ヘム)選択 CAM(ショウノウ)選択 2hhb(ヘモグロビン,4量体) 同Chain A(ヘモグロビンα) PDBsum2hhb_HEM(A鎖) $ 同2hhb_HEM(B鎖;ヘモグロビンβ)$ 148l(リゾチーム,基質との複合体)# ●2012年 化学賞/GPCR → GPCR - 2012年ノーベル化学賞 ◆GPCR関連PDBデータ例 2rh1*(アドレナリン受容体;Kobilkaによる) 3sn6(β2アドレナリン受容体(β2AR)-Gsタンパク質複合体;GPCR) 3pqr*#(メタロドプシンII) → 生体分子模型Kawakami Model 1f88のChain A#(ウシロドプシン) 1omw#(キナーゼ2-ヘテロ三量体Gタンパク質複合体;Lefkowitzによる) ●2010年度 化学賞/クロスカップリング反応 ダイネミシンA(鈴木カップリングにより合成;Scientific Background(Nobelprize.org) [PDF] に掲載) バルサルタン(同;血圧降下剤) クロスカップリングで結合された炭素2原子選択 [Valsartan - Wikipedia,アンジオテンシンII受容体拮抗薬 - Wikipedia] ●2009年 化学賞関連/リボソーム ◆リボソーム関連PDBデータ例 ※データサイズが大きいものばかりですので,表示に時間がかかります。 2wdi 4.87MB (70Sリボソーム;Ramakrishnanらによる) 1ffkのChain A・B(リボソーム;Steitzらによる) 5a2q(ヒトのリボソーム小ユニット;今月の分子 No.295で紹介)《タンパク質はα炭素のみ》 1z58(ラパマイシンが結合したリボソームのラージサブユニット;Yonathらによる) 同PDBsumデータ1z58_RAP$ | ラパマイシン(rapamycin) 2hhhのChain A・G(30Sリボソーム,カスガマイシン) …カスガマイシンのタンパク質合成阻害機構(理研),抗生物質データ集(本サイト)参照 1m1kのChain A 3.15MB (50Sリボソーム,アジスロマイシン) 1mmsのChain A・C(リボソーム,メチル水銀イオン,Cdイオン) ●2008年 化学賞関連/GFP → 緑色蛍光を発するタンパク質/GFP ◆GFP 1ema 1emcのChain A* 1hcjのChain A 2ie2のChain A 3gj2のChain A ◆RFP(Red Fluorescent Protein) 1ggxのChain A 2h5oのChain A 2h5q ◆YFP(Yellow Fluorescent Protein) 2jad* ●2013年 平和賞関連 ◆神経ガスのサリンに関係するデータ例 サリン(sarin) [Sarin - Wikipedia] ∥ 2y2vのChain A#(マウスのアセチルコリンエステラーゼ;サリンが結合) SGB選択 [Acetylcholinesterase - Wikipedia] ∥ 3f96のChain A(ヒトの血小板活性化因子アセチルヒドロラーゼ;Ser273へのサリンによる修飾残基SGBは座標2種のうちAのみ) SGB選択 [PAF acetylhydrolase - Wikipedia] |
ラパマイシン(rapamycin)が結合したリボソームのラージサブユニット1z58(2009年ノーベル化学賞受賞のYonathらによる)とそのPDBsumデータ
全選択 タンパク質選択 リガンド選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 RET選択(レチナール;ロドプシン関連データの一部) 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 糖鎖別着色(#印のみ):Gal,α-Glc,β-Glc,Man,Fuc,Xyl,Sia,GalNAc,GlcNAc,GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 | S-S結合表示 | | 背景・黒 灰 白 紺 |
●2006年 化学賞関連/真核生物の遺伝情報転写 → 転写 1r9t | Chain A・N・R・Tのみ 1i6h | Chain A・D・Rのみ ●2005年 化学賞関連/“知恵の輪”分子カテナンの例 → Chime版 カテナンの例 ●2004年度 化学賞/ユビキチン → Chime版 ◆ユビキチン関連PDBデータ例 Lys選択 1d3zのModel 1 1q0wのModel 1 1otrのModel 1 1s1qのChain A・B 1q5wのModel 1 1aar* 1f9j 1h8cのModel 1 1ubq ◆プロテアソーム関連 1g0uのChain A-G;20Sプロテアソームのαリング例 | Chain H-N;βリング例 ◆ユビキチン化酵素関連 1c4zのChain A,D ◆脱ユビキチン化酵素(DUB)関連 1nbfのChain A,D ●2003年度 化学賞/イオンチャネルタンパク質 → Chime版 1bl8* ●2002年度 化学賞/生体高分子の新構造解析法開発 → Chime版 1wavのChain A・B …牛インスリン 1qlzのModel 1 …正常型プリオンタンパク質例 1a03のModel 1 …カルサイクリン(カルシクリン,カルシウム結合タンパク質) ●2001年度 化学賞/不斉触媒合成 → Chime版
ポリアセチレン ポリピロール ポリチオフェン ポリp -フェニレン ポリフェニレンビニレン |
ヒトのリボソーム小ユニット5a2q(タンパク質はα炭素のみ;今月の分子 No.295で紹介)