- Mechanistic insights into intramembrane proteolysis by E. coli site-2 protease homolog RseP（Science Advances，2022/08/24）
- 横浜市立大学プレスリリース ｜ 大阪大学プレスリリース ｜ 京都大学プレスリリース ｜ 理研プレスリリース
- 横浜市大と京大、東大・理研・阪大・筑波大・東北大との共同研究で細胞膜の中ではたらく特殊なタンパク質分解酵素の構造を解明（日経，2022/08/25）
- KEGG DRUG: バチマスタット
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7w6x（バチマスタットが結合した大腸菌由来プロテアーゼRseP） 同PDBsumデータ7w6x_BAT$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
バチマスタット（batimastat）が結合した大腸菌由来プロテアーゼRseP 7w6xとPDBsumデータ
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●アミノ色表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
●疎水性インデックス順
ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
●有機概念図I/O値順（特性基 R）
ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
●等電点順
ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG
アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！
［Chitin synthase - Wikipedia］
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7wjoのChain A（ニッコマイシンZが結合したキチンシンターゼ） 同PDBsumデータ7wjo_BGI$ ※参考：キチン（chitin）の繰り返し単位 → 代表的な高分子 ［Chitin - Wikipedia］ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左・中］ニッコマイシンZ（nikkomycin Z）が結合したキチンシンターゼ7wjoのChain A ［右］キチン（chitin）の繰り返し単位
- Electron in a cube: Synthesis and characterization of perfluorocubane as an electron acceptor（Science，2022/08/11）
- Perfluorocubane Is (As You Would Expect) Weird（Science，2022/08/23）
- 電子を閉じ込める箱: 全フッ素化キュバンの合成（Chem-Station，2022/10/01）
- 立方体型分子キュバンの頂点を全てフッ素化、「これまでの常識をくつがえす」（MONOist，2022/08/17）
- フッ素の｢箱｣に電子閉じ込め 東京大学やAGCが分子合成（日経，2022/09/16）
- C&EN’s Year in Chemistry 2022（C&EN，2022/12/15） ※perfluorocubane（octafluorocubane），PFASなど
- 杦山真史・秋山みどり・岡添 隆，『【解説】前人未到の全フッ素化キュバンの合成に成功!! ――立方体型分子に電子を閉じ込めた状態を観測』，化学，2023年2月号
- オクタフルオロキュバン - Wikipedia
［Octafluorocubane - Wikipedia］ ）
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オクタフルオロキュバン（octafluorocubane〈ペルフルオロキュバン，perfluorocubane〉） キュバン（cubane） バックボーン 二次構造 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 背景・黒 灰 白 紺 |
オクタフルオロキュバン（octafluorocubane）とキュバン（cubane）
- 受賞者Svante Pääboほかによる研究例
- Nobel Prize 2022 for Svante Pääbo（Max-Planck-Gesellschaft，2022/10/03）
- OISTのスバンテ・ペーボ教授がノーベル賞を受賞（OIST，2022/10/03）
- 2022年ノーベル生理学医学賞解説『絶滅した人類のゲノムと人類の進化に関する発見に対して』（Lab BRAINS，2022/10/04）
- ノーベル生理学・医学賞のペーボ博士は沖縄科学技術大学院大にも在籍、東北大・大隅教授が偉業を緊急解説（ダイヤモンド・オンライン，2022/10/04） ※3頁目に“ネアンデルタール人ゲノム配列決定だけでなく、チンパンジーとヒトのゲノムの比較から、FOXP2という“言語の遺伝子”を見出していたペーボ博士”
- 2022年ノーベル生理学・医学賞：絶滅したヒト族のゲノム解析と人類進化の解明で独のペーボ教授に（日経サイエンス，2022/10/03）
- 【2022年ノーベル生理学・医学賞を超わかりやすく解説】私たちホモ・サピエンスは“絶滅したネアンデルタール人”の子孫だった!?（ダイヤモンド・オンライン，2022/10/05）
- ノーベル医学生理学賞、スバンテ・ペーボ氏に ネアンデルタール人のゲノム解析（CNN，2022/10/03）
- ネアンデルタール人のゲノム解読、人類史に光 ノーベル賞のペーボ氏（毎日，2022/10/03）
- 【そもそも解説】ネアンデルタール人と現代人の祖先に子どもがいた？（朝日，2022/10/21）
- ノーベル賞受賞ペーポ氏「旧人」の魅力語る 「この20年、とりこに」 沖縄・OISTで講演（琉球新報，2023/01/19）
- スヴァンテ・ペーボ 著・野中香方子 訳，「ネアンデルタール人は私たちと交配した」，文藝春秋(2015)ネアンデルタール人は私たちと交配した」，文藝春秋(2015)
- レベッカ・ウラッグ・サイクス 著 , 野中香方子 訳，「ネアンデルタール」，筑摩書房(2022)
- 2020 Japan Prize（日本国際賞）受賞者：スバンテ・ペーボ博士 ［授賞業績：古代人ゲノム解読による古人類学への先駆的貢献］ …受賞講演動画下掲
- デヴィッド・クリスチャン ほか著・長沼毅 日本語版監修，「ビッグヒストリー：われわれはどこから来て、どこへ行くのか」，明石書店(2016) ※『第4章 第6スレッショルド：ホミニン、人間、旧石器時代』 → 原子・分子とビッグヒストリー（本サイト）
- 分子モデルで見るノーベル賞（本サイト） ｜ ヒトゲノムマップに見るタンパク質 ｜ 本間twilog“ネアンデルタール”検索結果 → 撮影写真：国立科学博物館特別展「世界遺産 ラスコー展 ―クロマニョン人が残した洞窟壁画―」（2016/11/17見学）／特別展「世界遺産 ラスコー展」（科博，2016/11/01-2017/02/19）
「An Ancient DNA View of Human Origins」スバンテ・ペーボ博士（2020 Japan Prize 受賞記念講演）
Homo sapiens neanderthalensisのアデニロコハク酸リアーゼ5nxaのChain A-D
［Adenylosuccinate lyase - Wikipedia，Neanderthal - Wikipedia］
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5nxaのChain A-D（Homo sapiens neanderthalensisのアデニロコハク酸リアーゼ） 同PDBsumデータ5nxa_AMZ[502(C)]$ 同PDBsumデータ5nxa_SSS[501(A)]$ 2a07（FOXP2；言語関連遺伝子） バックボーン 二次構造 DNA/RNA（ATGCU，backbone） 全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
Homo sapiens neanderthalensisのアデニロコハク酸リアーゼ5nxaのChain A-D
DNAに結合した言語関連遺伝子FOXP2のフォークヘッドドメインの構造2a07
- Structure and function of H+/K+ pump mutants reveal Na+/K+ pump mechanisms（Nature Communications，2022/09/09）
- P型ATPase - 光合成事典
［P-type ATPase - Wikipedia］
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7x23（ナトリウムポンプ化されたP型ATPアーゼ） 同PDBsumデータ7x23_NA[1103(A)；他に1102(A)・1104(A)あり]$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
ナトリウムポンプ化されたP型ATPアーゼ7x23とPDBsumデータ[1103(A)；他に1102(A)・1104(A)あり]
- 受賞内容に関係する研究のPDBデータ例 …@PDBeuropeツイート（2022/10/05）より
- 今月の分子 276: クリック化学（Click Chemistry）（PDBj，2022/12） ｜ Molecule of the Month（PDB） ※掲載PDBデータ：1q83・1q84（下掲）・3cyu，「今月の分子 276」は別トピック
- 【速報】2022年ノーベル化学賞は「クリックケミストリーと生体直交化学」へ！（Chem-Station，2022/10/05）
- Click Chemistry: Diverse Chemical Function from a Few Good Reactions（Wiley Online Library，2001/05/28） ※本総説中のメロペネム（meropenem），インジナビル（indinavir）を下掲
- ノーベル化学賞に「クリックケミストリー」の米欧3氏（Lab BRAINS，2022/10/07）
- 生体直交化学って？（junkchem story，2022/10/06）
- 2022年ノーベル化学賞：クリックケミストリーと生体直交化学の開発で米欧の3氏に（日経サイエンス，2022/10/06）
- 2022年ノーベル化学賞、欧米の3氏に（AFPBB News，2022/10/05）
- ノーベル化学賞 関連記事 無料公開！（東京化学同人） ※佐藤健太郎『クリックケミストリー新世代』・『生命現象に切り込むクリックケミストリー』
- 月刊『化学』 ノーベル化学賞発表に伴い， 関連記事を無料公開いたします（化学同人）
- Nobel prize for three chemists who made molecules 'click'（Phys.org，2022/10/05）
- Click Chemistry: A Nobel-Winning Idea That Is Simple Only in Name（The Wire Science，2022/10/05）
- 化学賞2回目受賞のK. Barry Sharplessについて
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5kzu（アセチルコリン結合タンパク質） 同PDBsumデータ5kzu_74S[302(D)]$ → 別トピック（アセチルコリン結合タンパク質） 1q84（アセチルコリンエステラーゼ） 同PDBsumデータ1q84_TZ4$ → 別トピック（PDBデータ1q84） ｜ PDBsumデータ1q83_TZ5$ メロペネム（meropenem，カルバペネム系抗生物質） → 抗生物質分子データ集 インジナビル／（indinavir，HIVプロテアーゼ阻害剤） → HIVとエイズ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
アセチルコリン結合タンパク質5kzuとPDBsumデータ
アセチルコリンエステラーゼ1q84とPDBsumデータ（1q83との比較） → 別トピック
［左］メロペネム（meropenem，カルバペネム系抗生物質） ［右］インジナビル／（indinavir，HIVプロテアーゼ阻害剤）
- オルニチンデカルボキシラーゼ - Wikipedia
- PLP関連別研究例
- Threonine Aldolase-Catalyzed Enantioselective α-Alkylation of Amino Acids through Unconventional Photoinduced Radical Initiation（Journal of the American Chemical Society，2024/07/04） [NEW!]
- Architecture and regulation of filamentous human cystathionine beta-synthase（Nature Communications，2024/04/04） [NEW!] ※2024/04/17公開PDBデータ8s5h・8s5i・8s5j・8s5k・8s5l（下掲）・8s5m
- PLP-glycine（PLP類縁体）研究：Structural insights into binding of polyglutamylated tetrahydrofolate by serine hydroxymethyltransferase 8 from soybean（ResearchGate，2024/08/19） [NEW!] ※2024/08/21公開PDBデータ8tqf（下掲）
- 下掲セリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼ別研究例：Binding of a potential antibacterial drug, mangiferin, to serine hydroxymethyltransferase from Enterococcus faecium（Biochemical and Biophysical Research Communications，2025/01/01） [NEW!] ※2025/03/19公開9kro（下掲）
- 多才な補酵素：PLP - Chem-Station（2017/03/15）
- ビタミンB6 - 「 健康食品 」の安全性・有効性情報
- ビタミンB6（微量栄養素情報センター）
- 参考（PLP類似構造とも言えるヌクレオチド情報例）：地球上で生命ができる確率は「かぎりなくゼロ」なのに、なぜか生命は存在する「謎」…「神頼み」にしない説明は可能か（現代ビジネス，2024/04/18） → DNAとRNAのいろいろな姿
- 別トピック（本サイト，PLP）
［Ornithine decarboxylase - Wikipedia］
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7u6uのChain A（オルニチン脱炭酸酵素G84R変異体） Arg84・Phe420選択 同PDBsumデータ7u6u_lp$ 8s5lのChain B（シスタチオニン-β-シンターゼ） 同PDBsumデータ8s5l_PLP$ 8s5lのChain B（シスタチオニン-β-シンターゼ） 同PDBsumデータ8s5l_PLP$ 8tqfのChain A（PLP-glycineが結合したセリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼ） PLG（PLP-glycine）選択 同PDBsumデータ8tqf_PLG$ ［Serine hydroxymethyltransferase - Wikipedia］ 9kroのChain A（マンギフェリン〈mangiferin〉が結合したセリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼ） 同PDBsumデータ9kro_HZI$ ［Mangiferin - Wikipedia］ PLP（ピリドキサールリン酸，pyridoxal phosphate） ［Pyridoxal phosphate - Wikipedia］ ｜ ビタミンB6（ピリドキシン，pyridoxine） → 水溶性ビタミンと脂溶性ビタミン バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］PLP（ピリドキサールリン酸，pyridoxal phosphate）
［右］ビタミンB6（ピリドキシン，pyridoxine） → 水溶性ビタミンと脂溶性ビタミン
左から PLP（ピリドキサール5'-リン酸）が結合したオルニチン脱炭酸酵素G84R変異体 7u6uのChain AとPDBsumデータ，
PLPが結合したシスタチオニン-β-シンターゼ 8s5lのChain BとPDBsumデータ
左から PLP-glycineが結合したセリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼ 8tqfのChain AとPDBsumデータ，
PLPとマンギフェリン（mangiferin）が結合したセリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼ（SHMT）9kroのChain AとPDBsumデータ
※マンギフェリンは最初マンゴー果実から得られたため命名
- Structures and mechanisms of actin ATP hydrolysis（PNAS，2022/10/17）
- 別トピック[1]（本サイト；アクチン）・[2]（V型ATPアーゼ）
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7w4z ANP（AMP-PNP）選択 バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
AMP-PNPが結合したF型アクチン-アクチン結合タンパク質フラグミン複合体7w4z
- Structure of Arp2/3 complex at a branched actin filament junction resolved by single-particle cryo-electron microscopy（PNAS，2022/02/16）
- マイクロフィラメント - 脳科学辞典
- 別トピック（本サイト；アクチン）
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7tptのChain A-K・a-e（Arp2/3複合体と新たにつくられたアクチンフィラメント） Chain A-Gを空間充填 Chain a-eを空間充填
バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
Arp2/3複合体と新たにつくられたアクチンフィラメント7tptのChain A-K・a-e（親鎖除く）
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7wstのChain A（イエローストライプ1トランスポーター） Fe(III)-DMA選択 同PDBsumデータ7wst_lp（Fe(III)-DMA）$ ｜ PDBsumデータ7wsuA_lp（Fe(III)-PDMA結合）$ ※参考：ムギネ酸（mugineic acid） ［ムギネ酸 - Wikipedia］ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
左から Fe(III)-DMAが結合したイエローストライプ1（YS1）トランスポーター7wstのChain AとPDBsumデータ（Fe(III)-PDMA結合の7wsuとの比較），ムギネ酸（mugineic acid）
※DMAは2'-デオキシムギネ酸（2'-deoxymugineic acid），PDMAはプロリン2'-デオキシムギネ酸（proline 2'-deoxymugineic acid）