◆ Jmolで見るトピックス分子(22-1) ◆

No.1-1011-20151-200401-410 | 411-420(作成中) | 421-430431-440441-450451-460461-470471-480481-490491-500
No.501-510511-520521-530531-540541-550551-560561-570571-580581-590591-600
601-610611-620621-630631-640641-650651-660661-670671-680681-690691-700
701-710711-720721-730731-740741-750751-760761-770771-780781-790791-800
801-810811-820821-830831-840841-850851-860861-870871-880861-870881-890891-900
901-910911-920921-930931-940941-950951-960961-970971-980981-990991-1000
1001-10101011-10201021-10301031-10401041-1050
→ 以下は今後改変: Vol.1235678データ名一覧
→ 最近の本サイトコンテンツから: 新型コロナウイルス(SARS-CoV-2|COVID-19)情報川上モデル「鍵と鍵穴」模型元素・分子が登場する本を読もう!

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※本ページの分子モデルはInternet Explorerで参照できます。Microsoft EdgeではInternet Explorerモードにして。
★旧Jmolトピックへの追記 → No.472(NMDA受容体)No.571(環境ホルモン)No.979(カプサイシン受容体)No.1046(ディールス・アルドラーゼ)


  1. 一回の反応で基質に3つの酸素原子を導入する 世界初の新奇酸素添加酵素の立体構造基盤を解明(東京大学,2012/07/20) [NEW!] ※“新奇非ヘム鉄酸素添加酵素NvfI”。2021/07/14公開PDBデータ7de2(下掲)・7enb・7emz。

    非ヘム鉄酸素添加酵素NvfI7de2のChain A
    7de2のChain A(非ヘム鉄酸素添加酵素NvfI) H3X(asnovolin A)選択 同PDBsumデータ7de2_H3X$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    asnovolin Aが結合した非ヘム鉄酸素添加酵素NvfI 7de2のChain AとそのPDBsumデータ


      ●アミノ色表示の凡例
      ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
      酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
      極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
      SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
      ●有機概念図I/O値順(特性基 R)
      ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
      ●等電点順
      ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


  2. Strictly regulated agonist-dependent activation of AMPA-R is the key characteristic of TAK-653 for robust synaptic responses and cognitive improvement(Scientific Reports,2021/07/15) [NEW!] ※2021/07/28公開PDBデータ7f3o(下掲)

    TAK-653が結合したAMPAレセプター 7f3oのChain A・B
    AMPA receptor - Wikipedia
    7f3oのChain A・B(TAK-653が結合したAMPAレセプター) 0YK(TAK-653)選択 同PDBsumデータ7f3o_0YK$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    TAK-653が結合したAMPAレセプター 7f3oのChain A・BとそのPDBsumデータ


  3. 書籍紹介:佐藤健太郎,『炭素文明論 「元素の王者」が歴史を動かす』,新潮選書(2013) ※一部化合物等の分子モデルを以下に。

    初期表示はメタンハイドレート(methanehydrate)
    ※座標データは佐藤健太郎さんから提供していただきました。
    バックボーン 二次構造 DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 DNA/RNA選択 同backbone選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    p.19ほか ポリエチレン:ポリエチレン(polyethylene;繰り返し単位) → 代表的な高分子
    p.20・169ほか セルロース:セルロース(cellulose) 同(セロビオース単位(繰り返し単位)×2) → 代表的な高分子
    p.20 リモネン:(R)-リモネン((R-limonene);オレンジ香味) (S)-リモネン((S)-limonene) → 分子の科学(第8章):立体化学
    p.23 モルヒネ:モルヒネ(モルフィン,morphine) → 話題の制がん剤・抗がん剤
    p.25 ヘロイン:ヘロイン(heroin;鎮静作用) → 危険ドラッグ
    p.32ほか ブドウ糖(グルコース):α-グルコース(α-glucose) → 甘味物質の秘密
    p.32ほか デンプン分子:デンプン(アミロース,amylose) 同(グルコース環×4,マルトース単位×2) → 代表的な高分子
    p.52 砂糖(スクロース):スクロース(ショ糖,sucrose) → 甘味物質の秘密
    p.62 サッカリン:サッカリン(saccharin) → 甘味物質の秘密
    p.63 アスパルテーム:アスパルテーム(aspartame) → 甘味物質の秘密
    p.64 アセスルファム:アセスルファム(acesulfame) ※甘味料はアセスルファムカリウム → 甘味物質の秘密
    p.65 スクラロース:スクラロース(sucralose;Cl含有) → 甘味物質の秘密
    p.65 ラグドゥネーム:ラグドゥネーム(lugduname) → 甘味物質の秘密
    p.70・82 バニリン:バニリン(vanillin) → Jmolトピック
    p.71 フェノール:フェノール(phenol) → アルコールとフェノール
    p.71 フェニルアラニン:フェニルアラニン(phenylalanine) → 20種類のアミノ酸
    p.71 シンナムアルデヒド:シンナムアルデヒド(cinnamicaldehyde) → 香りの分子事典
    p.71 ピペリン:ピペリン(piperine) → 「スパイス、爆薬、医薬品 世界史を変えた17の化学物質」を読むために
    p.71 イソオイゲノール:イソオイゲノール(isoeugenol) → 香りの分子事典
    p.71 スカトール:スカトール(skatole) → 悪臭の正体
    p.76・83ほか カプサイシン:カプサイシン(capsaicin) → 辛さと熱さ/カプサイシンJmolトピック(TRPV1;p.77
    p.79 オイゲノール:オイゲノール(eugenol) → 香りの分子事典
    p.79 ミリスチシン:ミリスチシン(myristicin)
    p.80 サフロール:サフロール(safrole)
    p.80 MDMA:MDMA(3,4-methylenedioxy-N-methylamphetamine;幻覚作用) → 危険ドラッグ
    p.87 グルタミン酸:グルタミン酸(glutamic acid) → 20種類のアミノ酸
    p.95 イノシン酸:イノシン酸(inosinic acid)
    p.100 メマンチン:メマンチン(memantine;塩酸メマンチンが治療薬) → アルツハイマー病治療薬
    p.106ほか ニコチン:ニコチン(nicotine) → ネオニコチノイド系農薬問題
    p.106 ストリキニーネ:ストリキニーネ(strychnine)
    p.106 キニーネ:キニーネ(quinine) → Jmolトピック(キニーネ結合タンパク質)
    p.106 LSD:LSD(lysergic acid diethylamide) → 危険ドラッグ
    p.110 アセチルコリン:アセチルコリン(acetylcholine,ACh) → 抗うつ剤と神経伝達物質
    p.110ほか ドーパミン:ドーパミン(ドパミン,dopamine) → 抗うつ剤と神経伝達物質
    p.127ほか カフェイン:カフェイン(caffeine)
    p.127 アデノシン:アデノシン(adenosine) → 発毛剤・育毛剤の成分
    p.140 尿酸:尿酸(uric acid)
    p.141 アデノシン三リン酸(ATP):アデノシン三リン酸(adenosine triphosphate,ATP) → 生体分子の構成元素
    p.153ほか エタノール:エタノール(ethanol) → アルコールとフェノール
    p.157 γ-アミノ酪酸(GABA):γ-アミノ酪酸(γ-aminobutyric acid;GABA) → 20種類のアミノ酸
    p.158 メタノール:メタノール(methanol) → アルコールとフェノール
    p.158 アセトアルデヒド:アセトアルデヒド(acetaldehyde;エタナール,ethanal) → 化学物質過敏症・シックハウス情報
    p.158 酢酸:酢酸(acetic acid) → 酢酸分子の形と軌道
    p.183 ニトログリセリン:ニトログリセリン(nitroglycerin) → 窒素から見る生命の世界Jmolトピック
    p.190 アンモニア:アンモニア(ammmonia) → 分子の形と性質(1) −メタン,アンモニア
    p.195 尿素:尿素(urea) → 分子の科学(第4章):分子の構造を決める(a)
    p.217 メタン:メタン(methane) → 分子の形と性質(1) −メタン,アンモニア
    p.231 フラーレン:フラーレン(fullerene,C60) → フラーレン
    p.234 グラフェン:グラフェン(graphene) → フラーレン
    p.238 メタンハイドレート:メタンハイドレート(methanehydrate) ※座標データは佐藤健太郎さんから提供していただきました。 水素結合表示 → メタンハイドレート
    p.244 スクアレン:スクアレン(squalene)


  4. 今月の分子 260: リボヌクレアーゼP(Ribonuclease P)(PDBj,2021/08) [NEW!]Molecule of the Month(PDB)

    リボヌクレアーゼPとtRNAの複合体 6ahuのChain A(リボヌクレアーゼP)・T(tRNA)・B(タンパク質サブユニットPop1のみ)
    Ribonuclease P - WikipediaRNase MRP - Wikipedia
    バックボーン 二次構造 DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 Chain Aのbackbone選択 Chain Tのbackbone選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    リボヌクレアーゼPとtRNAの複合体 6ahuのChain A(リボヌクレアーゼP)・T(tRNA)・B(タンパク質のサブユニットPop1のみ)


  5. アスパラガス成分に血圧降下作用があることを発見 −アスパラプチンAの健康維持や医療現場での活用に期待−(理研,2021/08/11) [NEW!]

    アスパラプチンA(asparaptine A)
    アスパラプチンA(asparaptine A)
    アスパラプチンB(asparaptine B)
    アスパラプチンC(asparaptine C)
    ※参考(阻害剤が結合したアンジオテンシン転換酵素構造例):1o86(阻害剤リシノプリル〈lisinopril〉が結合したヒトアンジオテンシン変換酵素) 同PDBsumデータ1o86_LPR$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    アスパラプチンA(asparaptine A;I/O = 2.107)


    参考:阻害剤リシノプリル(lisinopril)が結合したヒトアンジオテンシン変換酵素 1o86とそのPDBsumデータ


  6. 猛毒ガエルはなぜ自分の毒で死なない?「毒素スポンジ説」が浮上(ナショナルジオグラフィック,2021/08/13) [NEW!] ※“バトラコトキシン(BTX)と呼ばれる毒”を下掲

    バトラコトキシン(batrachotoxin)
    Batrachotoxin - Wikipedia
    バトラコトキシン(batrachotoxin,BTX)
    ※参考:フグ毒テトロドトキシン(tetrodotoxin,TTX) | 6j8j(テトロドトキシンが結合した電位依存性ナトリウムチャネル) 9SR(テトロドトキシン)選択 同PDBsumデータ 6j8j_9SR$ → Jmolトピック
    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    バトラコトキシン(batrachotoxin,BTX)の分子構造と構造式

      
    参考図: フグ毒テトロドトキシン(tetrodotoxin,TTX)とその作用機序模式図

    テトロドトキシンが結合した電位依存性ナトリウムチャネル6j8jとそのPDBsumデータ → Jmolトピック


  7. PDBsumサイトでAlphaFold/AlphaFold2データを取得可能に(ヒト由来データのみ)! [NEW!] ※PDBサイトで入手可能なUniProt accession(またはUniProt id)入力により。

    (本記事は別ページに移し,今後の更新はそちらで行います)

    PDBsumサイトで入手したAlphaFold構造例: 初期表示はP69905(ヒトのヘモグロビンα)
    ◆ヘモグロビンα → ヘモグロビン
    P69905(ヒトヘモグロビンのヘモグロビンα構造;PDBsumサイトで入手したAlphaFold構造) 1hho_P69905_ps(以下のPDBsumデータA鎖1hho_HEM-OXYと同じアミノ残残基切出し)$
    ※該当PDBデータ例:1HHOのChain A(ヒトオキシヘモグロビンのヘモグロビンα) 同4量体(Chain A〈ヘモグロビンα〉・B〈ヘモグロビンβ〉×2)
     PDBsumデータ1hho_HEM-OXY(A鎖;ヘモグロビンα)$ 1hho_HEM-OXY(B鎖;ヘモグロビンβ)$
    ◆5-HT1A受容体 → GPCR
    P08908(ヒトの5-HT1A受容体構造;PDBsumサイトで入手したAlphaFold構造)
    ※該当PDBデータ例:7e2yのChain R(5-HT1A受容体;セロトニンが結合) SRO(セロトニン)選択 PDBsumデータ7e2y_SRO$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]PDBsumサイトで表示されるP69905構造
    [中・右]P69905構造とヒトオキシヘモグロビンのヘモグロビンα構造例(1hhoのChain A)のPyMOLによる重ね合わせ画像とその回転動画
      
    [左・中]1hhoのChain AのPDBsumデータ(太いスティック)とP69905構造からそれと同じアミノ酸配列を切り出したもの(細いスティック)のPyMOLによる重ね合わせ画像とその回転動画(I/O値順着色)
    [右]参考図:オキシヘモグロビン1hho(スティック表示)とデオキシヘモグロビン2hhb(針金表示)のPyMOLによる重ね合わせ表示(何れもChain AのPDBsumデータ)



    5-HT1A受容体構造P08908と7e2y(セロトニン結合)のChain Rの重ね合わせ


  8. “革新的”研究成果がコロナワクチン開発に 女性科学者の思い(NHK,2021/05/27) [NEW!] ※“カリコ博士らはmRNAを構成する物質の1つ「ウリジン」を「シュードウリジン」に置き換えると炎症反応が抑えられることを発見”

    ウリジン(uridine)とシュードウリジン(pseudouridine)の同時表示
    Pseudouridine - Wikipedia
    ウリジンとシュードウリジンの同時表示
    シュードウリジン(プソイドウリジン,pseudouridine)
    ウリジン(uridine)
    ※参考(塩基にシュードウリジン含むRNAの構造例:1lpwのModel 1(塩基にシュードウリジン含むRNAの構造例;原子番号156除く) PSU(pseudouridine結合塩基)選択 → Nature Structural Biology誌論文(2002/11/11)

    バックボーン 二次構造 DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]ウリジン(uridine)とシュードウリジン(pseudouridine)の同時表示
    [右]参考図: 塩基にシュードウリジン含むRNAの構造例(原子番号156除く;mRNAワクチンとは無関係)1lpwのModel 1


  9. Targeted Degradation of the Oncogenic Phosphatase SHP2(Biochemistry,2021/08/19) [NEW!] ※2021/09/01公開PDBデータ7rct(下掲)

    阻害剤RMC-4550が結合したタンパク質チロシンホスファターゼSHP2(PTPN11) 7rctのChain B
    Protein tyrosine phosphatase - WikipediaPTPN11 - Wikipedia
    7rctのChain B(RMC-4550が結合したタンパク質チロシンホスファターゼSHP2〈PTPN11〉) 同PDBsumデータ7rct_4Q4$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    阻害剤RMC-4550が結合したタンパク質チロシンホスファターゼSHP2(PTPN11) 7rctのChain BとそのPDBsumデータ


  10. 今月の分子 261: DNA配列ナノポア(DNA-Sequencing Nanopores)(PDBj,2021/09) [NEW!]Molecule of the Month(PDB)

    大腸菌BL21(DE3)の外膜タンパク質CsgG 4uv3のChain A-I
    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    大腸菌BL21(DE3)の外膜タンパク質CsgG 4uv3のChain A-I


「生活環境化学の部屋」ホームページJmol版「分子の学習帳」