asnovolin Aが結合した非ヘム鉄酸素添加酵素NvfI 7de2のChain AとそのPDBsumデータ

TAK-653が結合したAMPAレセプター 7f3oのChain A・BとそのPDBsumデータ

アンタゴニストZK200775が結合したカルシウム透過性AMPA型グルタミン酸受容体 8c1qのChain AとそのPDBsumデータ

初期表示はメタンハイドレート（methanehydrate）
※座標データは佐藤健太郎さんから提供していただきました。

バックボーン　二次構造　DNA/RNA（ATGCU，backbone） 全選択　タンパク質選択　リガンド選択　DNA/RNA選択　同backbone選択 空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去 アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色 リガンドの元素記号表示 酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別 疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 S-S結合表示（太）　S原子（Protein中）空間充填 ドット表面表示　α炭素ラベル表示　回転 背景・黒　灰　白　紺

p.19ほか ポリエチレン：ポリエチレン（polyethylene；繰り返し単位）　→ 代表的な高分子 p.20・169ほか セルロース：セルロース（cellulose）　同（セロビオース単位（繰り返し単位）×2）　→ 代表的な高分子 p.20 リモネン：(R)-リモネン（(R-limonene)；オレンジ香味）　(S)-リモネン（(S)-limonene）　→ 分子の科学（第8章）：立体化学 p.23 モルヒネ：モルヒネ（モルフィン，morphine）　→ 話題の制がん剤・抗がん剤 p.25 ヘロイン：ヘロイン（heroin；鎮静作用）　→ 危険ドラッグ p.32ほか ブドウ糖（グルコース）：α-グルコース（α-glucose）　→ 甘味物質の秘密 p.32ほか デンプン分子：デンプン（アミロース，amylose）　同（グルコース環×4，マルトース単位×2）　→ 代表的な高分子 p.52 砂糖（スクロース）：スクロース（ショ糖，sucrose）　→ 甘味物質の秘密 p.62 サッカリン：サッカリン（saccharin）　→ 甘味物質の秘密 p.63 アスパルテーム：アスパルテーム（aspartame）　→ 甘味物質の秘密 p.64 アセスルファム：アセスルファム（acesulfame）　※甘味料はアセスルファムカリウム　→ 甘味物質の秘密 p.65 スクラロース：スクラロース（sucralose；Cl含有）　→ 甘味物質の秘密 p.65 ラグドゥネーム：ラグドゥネーム（lugduname）　→ 甘味物質の秘密 p.70・82 バニリン：バニリン（vanillin）　→ Jmolトピック p.71 フェノール：フェノール（phenol）　→ アルコールとフェノール p.71 フェニルアラニン：フェニルアラニン（phenylalanine）　→ 20種類のアミノ酸 p.71 シンナムアルデヒド：シンナムアルデヒド（cinnamicaldehyde）　→ 香りの分子事典 p.71 ピペリン：ピペリン（piperine）　→ 「スパイス、爆薬、医薬品　世界史を変えた17の化学物質」を読むために p.71 イソオイゲノール：イソオイゲノール（isoeugenol）　→ 香りの分子事典 p.71 スカトール：スカトール（skatole）　→ 悪臭の正体 p.76・83ほか カプサイシン：カプサイシン（capsaicin）　→ 辛さと熱さ／カプサイシン｜Jmolトピック（TRPV1；p.77） p.79 オイゲノール：オイゲノール（eugenol）　→ 香りの分子事典 p.79 ミリスチシン：ミリスチシン（myristicin） p.80 サフロール：サフロール（safrole） p.80 MDMA：MDMA（3,4-methylenedioxy-N-methylamphetamine；幻覚作用）　→ 危険ドラッグ p.87 グルタミン酸：グルタミン酸（glutamic acid）　→ 20種類のアミノ酸 p.95 イノシン酸：イノシン酸（inosinic acid） p.100 メマンチン：メマンチン（memantine；塩酸メマンチンが治療薬）　→ アルツハイマー病治療薬 p.106ほか ニコチン：ニコチン（nicotine）　→ ネオニコチノイド系農薬問題 p.106 ストリキニーネ：ストリキニーネ（strychnine） p.106 キニーネ：キニーネ（quinine）　→ Jmolトピック（キニーネ結合タンパク質） p.106 LSD：LSD（lysergic acid diethylamide）　→ 危険ドラッグ p.110 アセチルコリン：アセチルコリン（acetylcholine，ACh）　→ 抗うつ剤と神経伝達物質 p.110ほか ドーパミン：ドーパミン（ドパミン，dopamine）　→ 抗うつ剤と神経伝達物質 p.127ほか カフェイン：カフェイン（caffeine） p.127 アデノシン：アデノシン（adenosine）　→ 発毛剤・育毛剤の成分 p.140 尿酸：尿酸（uric acid） p.141 アデノシン三リン酸（ATP）：アデノシン三リン酸（adenosine triphosphate，ATP）　→ 生体分子の構成元素 p.153ほか エタノール：エタノール（ethanol）　→ アルコールとフェノール p.157 γ-アミノ酪酸（GABA）：γ-アミノ酪酸（γ-aminobutyric acid；GABA）　→ 20種類のアミノ酸 p.158 メタノール：メタノール（methanol）　→ アルコールとフェノール p.158 アセトアルデヒド：アセトアルデヒド（acetaldehyde；エタナール，ethanal）　→ 化学物質過敏症・シックハウス情報 p.158 酢酸：酢酸（acetic acid）　→ 酢酸分子の形と軌道 p.183 ニトログリセリン：ニトログリセリン（nitroglycerin）　→ 窒素から見る生命の世界｜Jmolトピック p.190 アンモニア：アンモニア（ammmonia）　→ 分子の形と性質(1) －メタン，アンモニア p.195 尿素：尿素（urea）　→ 分子の科学（第4章）：分子の構造を決める(a) p.217 メタン：メタン（methane）　→ 分子の形と性質(1) －メタン，アンモニア p.231 フラーレン：フラーレン（fullerene，C60）　→ フラーレン p.234 グラフェン：グラフェン（graphene）　→ フラーレン p.238 メタンハイドレート：メタンハイドレート（methanehydrate）　※座標データは佐藤健太郎さんから提供していただきました。　水素結合表示　→ メタンハイドレート p.244 スクアレン：スクアレン（squalene）

リボヌクレアーゼPとtRNAの複合体 6ahuのChain A（リボヌクレアーゼP）・T（tRNA）・B（タンパク質のサブユニットPop1のみ）

アスパラプチンA（asparaptine A；I/O = 2.107）

参考：阻害剤リシノプリル（lisinopril）が結合したヒトアンジオテンシン変換酵素 1o86とそのPDBsumデータ

バトラコトキシン（batrachotoxin，BTX）の分子構造と構造式

  
参考図： フグ毒テトロドトキシン（tetrodotoxin，TTX）とその作用機序模式図

テトロドトキシンが結合した電位依存性ナトリウムチャネル6j8jとそのPDBsumデータ　→ Jmolトピック

（本記事は別ページに移し，今後の更新はそちらで行います）

  
［左］PDBsumサイトで表示されるP69905構造
［中・右］P69905構造とヒトオキシヘモグロビンのヘモグロビンα構造例（1hhoのChain A）のPyMOLによる重ね合わせ画像とその回転動画
  
［左・中］1hhoのChain AのPDBsumデータ（太いスティック）とP69905構造からそれと同じアミノ酸配列を切り出したもの（細いスティック）のPyMOLによる重ね合わせ画像とその回転動画（I/O値順着色）
［右］参考図：オキシヘモグロビン1hho（スティック表示）とデオキシヘモグロビン2hhb（針金表示）のPyMOLによる重ね合わせ表示（何れもChain AのPDBsumデータ）

5-HT_1A受容体構造P08908と7e2y（セロトニン結合）のChain Rの重ね合わせ

  
［左］ウリジン（uridine）とシュードウリジン（pseudouridine）の同時表示
［右］参考図： 塩基にシュードウリジン含むRNAの構造例（原子番号156除く；mRNAワクチンとは無関係）1lpwのModel 1

阻害剤RMC-4550が結合したタンパク質チロシンホスファターゼSHP2（PTPN11） 7rctのChain BとそのPDBsumデータ

大腸菌BL21(DE3)の外膜タンパク質CsgG 4uv3のChain A-I