- A three-component monooxygenase from Rhodococcus wratislaviensis may expand industrial applications of bacterial enzymes（Communications Biology，2021/01/04）
- 地球外有機化合物に対する微生物代謝の解明から全く新規な酵素系を発見 ～ 生命分子進化の理解や産業応用に期待（日本の研究.com，2021/01/19）
- 2-アミノイソ酪酸 - Wikipedia
［Monooxygenase - Wikipedia，2-Aminoisobutyric acid - Wikipedia］
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6m2i（Aibモノオキシゲナーゼ） EDO（1,2-エタンジオール）選択 2-アミノイソ酪酸（2-aminoisobutyric acid，AIB） バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］Aibモノオキシゲナーゼ 6m2i ［右］2-アミノイソ酪酸（2-aminoisobutyric acid，AIB）
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●アミノ色表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
●疎水性インデックス順
ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
●有機概念図I/O値順（特性基 R）
ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
●等電点順
ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG
アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！
- Cryo-EM structure of K+-bound hERG channel complexed with the blocker astemizole（Structure，2021/01/15）
- hERGチャネル別研究例：Improved higher resolution cryo-EM structures reveal the binding modes of hERG channel inhibitors（Structure，2024/09/24） ※2024/09/18公開PDBデータ8zyn・8zyo（下掲）・8zyp・8zyq
- hERG - Wikipedia ｜ カリウムチャネル
［hERG - Wikipedia，Potassium channel - Wikipedia，Astemizole - Wikipedia］
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7cn1（hERGチャネル） 8zyo（アステミゾール〈astemizole〉が結合したhERGチャネル） 同PDBsumデータ 8zyo_XB7（A・B構造のうちA構造）$ ※他のカリウムチャネルの例：1bl8（カリウムチャネル） → 別トピック｜イオンチャネルタンパク質の例（PDBデータ1BL8より） バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
hERGチャネル（カリウムチャネルの一種）7cn1
アステミゾール（astemizole）が結合したhERGチャネル8zyoとPDBsumデータ（A・B構造のうちA構造）
- The characteristic response of domestic cats to plant iridoids allows them to gain chemical defense against mosquitoes（Science Advances，2021/01/20）
- 国際学会の発表コンテストで最優秀賞 岩手大院生、猫のマタタビ反応研究（河北新報，2022/05/03）
- ネコにマタタビの謎、蚊よけ成分付けるため 酔うのは?（朝日，2021/01/21） ※動画あり
- 解明！ネコのマタタビ反応（NHK，2022/07/14）
- ネコのマタタビ反応、大学院生が謎解明 「サイエンス」掲載の快挙（朝日，2022/06/04）
- 「マタタビは蚊よけ」 猫の習性、岩手大が解明 米科学誌に発表（毎日，2021/01/21）
- マタタビは「蚊よけ」にも ネコの利用、岩手大が解明（日経，2021/01/21）
- マタタビはネコの蚊よけ 反応する主成分特定―岩手大・名大（時事通信，2021/01/21）
- Bioactive Compounds Found in Catnip and Silver Vine Protect Cats against Mosquito Bites（Sci-News.com，2021/01/21）
- 続報 [1]：ネコのマタタビ反応の謎を解く 第２弾！ ～完全肉食のネコがマタタビを舐めたり噛んだりする理由が明らかに～（岩手大学，2022/06/15）
- 続報 [2]：ネコが大好きなマタタビ、あげても安全 ～マタタビの葉を原料とした嗅覚エンリッチメントの開発～（岩手大学，2023/09/28）
- 続報 [3]：謎だったマタタビ反応 院生が挑んで育志賞 ネコ好き高じ研究の道へ（朝日，2025/03/29） [NEW!]
- 下掲分子関連情報例
- オピオイド拮抗薬の自販機、米で設置広がる（WSJ，2022/11/22） ※“米食品医薬品局（FDA）のほか複数州がエマージェント・バイオソリューションズのナロキソン塩酸塩点鼻スプレー「ナルカン」といったオピオイド拮抗薬についての規制を緩和したため…”。 → 危険ドラッグ
- マタタビ - Wikipedia
- 抗うつ剤と神経伝達物質（本サイト）
［Nepetalactol - Wikipedia］
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cis-trans-ネペタラクトール（cis-trans-nepetalactol） ※上掲岩手大学プレスリリースに出てくる化合物例 β-エンドルフィン：β-エンドルフィン（β-endorphin） → 抗うつ剤と神経伝達物質 イリドミルメシン：イリドミルメシン（iridomyrmecin；マタタビラクトンの例） → 分子の塗り絵 (2) ナロキソン：ナロキソン（naloxone） → 話題の制がん剤・抗がん剤｜別トピック モルヒネ：モルヒネ（morphine） → 話題の制がん剤・抗がん剤 ドーパミン：ドーパミン／ドパミン（dopamine） → 抗うつ剤と神経伝達物質｜別トピック μオピオイド受容体：5c1m（μオピオイド受容体） 4VO（アゴニストBU72）選択 同PDBsumデータ5c1m_4VO$ → GPCR｜別トピック バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左・中］cis-trans-ネペタラクトール（cis-trans-nepetalactol）とその有機概念図上の位置 ［右］イリドミルメシン（iridomyrmecin；マタタビラクトンの例）
左から： β-エンドルフィン（β-endorphin），ナロキソン（naloxone），モルヒネ（morphine），ドーパミン／ドパミン（dopamine）
［Duloxetine - Wikipedia，Serotonin-norepinephrine reuptake inhibitor - Wikipedia］
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※商品名サインバルタ（Cymbalta） ※デュロキセチン結合データ例（2013年研究）：4mm6（(S)-デュロキセチンが結合したアミントランスポーター） 同PDBsumデータ 4mm6_29E（(S)-デュロキセチン）$ → Nature論文(2013) ［Monoamine transporter - Wikipedia］ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
左から： デュロキセチン（duloxetine），ベンラファキシン（venlafaxine），ミルナシプラン（milnacipran）
(S)-デュロキセチンが結合したアミントランスポーター4mm6とそのPDBsumデータ
- Na+/K+-ATPase別研究例：Molecular Structure of the Na+,K+-ATPase α4β1 Isoform in Its Ouabain-Bound Conformation（Journal of Molecular Sciences，2024/11/19） ※2024/12/04公開PDBデータ8zyj（下掲）
- Na+/K+-ATPアーゼ - Wikipedia
- 強心ステロイド - 薬学用語解説 - 日本薬学会
［Na+/K+-ATPase - Wikipedia，Bufalin - Wikipedia］
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7d94（ブファリンが結合したNa+/K+-ATPase） BUF（ブファリン）選択 同PDBsumデータ7d94_BUF$ ｜ PDBsumデータ7ddl_BUF（ブファリン）$ PDBsumデータ7ddi_F9R（ジギトキシン）$ PDBsumデータ7ddj_OBN（ウアバイン〈ウワバイン〉）$ 8zyjのChain A（ウアバイン〈ウワバイン，ouabain〉が結合したNa+/K+-ATPase） OBN（ウアバイン）選択 PDBsumデータ8zyj_OBN（ウアバイン）$ ［Ouabain - Wikipedia］ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
ブファリン（bufalin）が結合したNa+/K+-ATPase 7d94のChain A・B・GとPDBsumデータ
（同じブファリン結合の7ddl，ジギトキシン結合の7ddi，ウアバイン〈ウワバイン，ouabain〉結合の7ddjとの比較）
ウアバイン（ウワバイン，ouabain）が結合したNa+/K+-ATPase 8zyjのChain AとPDBsumデータ
- ピセアタンノール - Wikipedia ｜ レスベラトロール
- 参考（ピセアタンノール関連情報例）：パセノール™ | 森永製菓
- レスベラトロール関連別研究例： 黒ウコンのポリメトキシフラボノイドが「長寿遺伝子」産物SIRT1を活性化する（東京大学，2021/02/19） ※“黒ウコン由来のポリメトキシフラボノイド(略称KPMF-8・注1)がレスベラトロール(注2)よりも効果的に「長寿遺伝子」産物SIRT1(注3)を活性化することを実証”。引用PDBデータ4zzh・5btr（レスベラトロール結合，下掲）。
- DAPK1関連別研究例： Discovery and optimization of isoliquiritigenin as a death-associated protein kinase 1 inhibitor（European Journal of Medicinal Chemistry，2024/09/06） ※2024/10/09公開PDBデータ9inv・9inw・9inx（下掲）。
- レスベラトロール関連別トピック[1]・[2] ｜ 別トピック（DAPK1）
［DAPK1 - Wikipedia］
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7ccv（ピセアタンノールが結合した細胞死関連プロテインキナーゼ1） 同PDBsumデータ 7ccv_PIT$ ｜ PDBsumデータ 7ccw_STL（レスベラトロール）$ ピセアタンノール（piceatannol） ［Piceatannol - Wikipedia］ レスベラトロール（resveratrol） ［Resveratrol - Wikipedia］ ※レスベラトロール関連別研究例から： KPMF-8（quercetin 3,5,7,3',4'-pentamethyl ether） ｜ 同研究引用PDBデータより 5btrのChain A・D（レスベラトロールが結合したSIRT1） STL（レスベラトロール）選択 Chain D選択 同PDBsumデータ5btr_STL[702(A)]$ ※DAPK1関連別研究例から： 9inx（イソリキリチゲニン誘導体〈compound 10〉が結合したDAPK1；cif→pdbデータ変換） 同PDBsumデータ9inx_lp$ ［Isoliquiritigenin - Wikipedia］ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左・中］ピセアタンノールが結合した細胞死関連プロテインキナーゼ1（DAPK1）7ccvとPDBsumデータ（レスベラトロール結合の7ccwとの比較） ［右］ピセアタンノール（piceatannol）
イソリキリチゲニン誘導体（compound 10）が結合した細胞死関連プロテインキナーゼ1（DAPK1）9inxとPDBsumデータ → アルツハイマー病治療薬
別研究から： ［左］KPMF-8（quercetin 3,5,7,3',4'-pentamethyl ether） ［右］レスベラトロールが結合したサーチュイン1（SIRT1） 5btrのChain DとPDBsumデータ
［Cellulose synthase (UDP-forming) - Wikipedia］
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6wlbのChain A（セルロース合成酵素） 同PDBsmデータ6wlb_BGC~5（β-セロペンタオース）$ セルロース（cellulose，繰り返し単位） ｜ グルコース環×4（セロビオース単位〈繰り返し単位〉×2） バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
セルロース合成酵素6wlbのChain AとそのPDBsumデータ
アミロース（amylose）とセルロース（cellulose） → 川上モデル｜分子・結晶・リガンド模型）
- Cysteine Nucleophiles in Glycosidase Catalysis: Application of a Covalent β‐l‐Arabinofuranosidase Inhibitor（Angewandte Chemie，2021/02/03）
- hypBA1 - Non-reducing end beta-L-arabinofuranosidase - UniProtKB
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7dif（阻害剤が結合したβ-L-アラビノフラノシダーゼ HypBA1） FE0（阻害剤）選択 Cys417選択 同PDBsumデータ 7dif_FE0$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
阻害剤が結合したβ-L-アラビノフラノシダーゼ（HypBA1）7difとそのPDBsumデータ（Cys417については東京大学プレスリリース参照）
- Synthesis, Structure, and Surface Properties of Poly(meth)acrylates Bearing a Vinylene-Bridged Fluoroalkyl Side Chain（Polymer，2021/01/28）
- 参考：撥水・撥油・防汚｜日本化学繊維協会（化繊協会） ※“フッ素化合物は他の化合物との分子間引力が極めて弱い、言い換えると、モノをくっつけにくい性質があります”。
- PFAS汚染問題（本サイト） ｜ 代表的な高分子
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ビニレン構造を有する含フッ素メタクリレート例の繰り返し単位構造 パーフルオロオクタン酸（perfluorooctanoic acid，PFOA） ※参考（メタクリレート系高分子例）：ポリメタクリル酸メチル（polymethyl methacrylate；PMMA）の繰り返し単位 ※参考（はっ水はつ油性を持つフッ素樹脂の例）：ポリテトラフルオロエチレン（polytetrafluoroethylene；PTFE，テフロン） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 Jmol色 Rasmol色 背景・黒 灰 白 紺 |
ビニレン構造を有する含フッ素メタクリレート例の繰り返し単位構造
PFOA（左）とPTFE（右，テフロン）
［Pregnane X receptor - Wikipedia］
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7axg（トリブチルスズが結合したプレグナンX受容体〈PXR〉） 同PDBsumデータ 7axg_TBY[501(A)]$ 参考： 塩化トリブチルスズ（tributyltin chloride；TBTC） ※同研究による別リガンドのPDBsumデータ例： PDBsumデータ 7ax9_S6H（(+)cis-クロルデン）$ ∥ PDBsumデータ 7axa_CL6（クロトリマゾール）$ ∥ PDBsumデータ 7axb_S68（エンドスルファン）$ ∥ PDBsumデータ 7axc_27H（フェルチニン）$ ∥ PDBsumデータ 7axd_S6W（フィプロニル）$ フィプロニル（fipronil；フェニルピラゾール系殺虫剤） → 別トピック ∥ PDBsumデータ 7axf_S6T[501(A)]（プレチラクロール）$ ∥ PDBsumデータ 7axh_27J（α-ゼアララノール）$ ※トリブチルスズ結合別タンパク質のPDBsumデータ例： PDBsumデータ 3wj4_TBY（トリブチルスズが結合したペルオキシソーム増殖剤活性化レセプターγ）$ → 別トピック バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
トリブチルスズが結合したプレグナンX受容体（PXR）7axgとそのPDBsumデータ（同じ研究による別リガンドのPDBsumデータ例〈それぞれ(+)cis-クロルデン，クロトリマゾール，エンドスルファン，フェルチニン，フィプロニル，プレチラクロール，α-ゼアララノール〉との比較）
参考PDBsumデータ図：左4件はデハロペルオキシダーゼB ビスフェノールE結合8dog，ビスフェノールE結合8doh〈座標A・BのA〉，2,2'-ビスフェノール結合8doi，3,3'-ビスフェノール結合8doj，
右端がプレグナンX受容体（PXR）で2,2'-ジクロロビスフェノールA結合8cct → 別トピック参照