ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
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1jsu(p27Kip1阻害剤が結合したサイクリンA-サイクリン依存性キナーゼ2複合体) 5l2t(リボシクリブ〈ribociclib〉が結合したサイクリン依存性キナーゼ6) F18(CAN508)選択 同PDBsumデータ 5l2t_6ZZ$ [Ribociclib - Wikipedia] | リボシクリブ(ribociclib) ※上記「今月の分子」掲載以外のデータ例 3tn8(阻害剤CAN508が結合したサイクリンT-サイクリン依存性キナーゼ9複合体) * A鎖(CDK9)選択 F18(CAN508)選択 同PDBsumデータ 3tn8_F18$ → JCI誌論文(3tn8, 3blq, 3blr)/京都大学プレスリリース | FIT-039 バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 (*印のみ) 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
[左]p27Kip1阻害剤が結合したサイクリンA-サイクリン依存性キナーゼ2(CDK2)複合体 1jsu
[中・右]リボシクリブ(ribociclib)が結合したサイクリン依存性キナーゼ6(CDK6) 5l2t とそのPDBsumデータ
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黄鉄鉱(pyrite;FeS2)部分構造 | Fe2S2・Fe4S4・Fe3S4(以上2wqyより),Fe8S7(3minより),黄鉄鉱(pyrite)部分構造の同時表示 → 2014年は世界結晶年!|鉄硫黄クラスターを含む生体分子のSITE例 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去 Jmol色 Rasmol色 背景・黒 灰 白 紺 |
[左]パイライト(pyrite,黄鉄鉱)の結晶とその川上モデルによる構造例 [右]American Mineralogist Crystal Structure Databaseによるグレイジャイト(greigite)の結晶構造例(JSmolによる)
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バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
モノクローナル抗体 mAb114 の構造 5fha
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6op9(ボスチニブに結合したHER3タンパク質) 同PDBsumデータ 6op9_DB8$ ボスチニブ(bosutinib) バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
ボスチニブに結合したHER3タンパク質6op9とそのPDBsumデータ(左・中),およびボスチニブ(bosutinib,右)
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6k7m(ATP8A1-CDC50a複合体) D39(ホスファチジルセリン)選択 ALF([AlF4]-イオン)選択 同PDBsumデータ 6k7m_D39$ 同PDBsumデータ 6k7m_ALF$ バックボーン 二次構造 糖鎖別着色(#印のみ):Gal,α-Glc,β-Glc,Man,Fuc,Xyl,Sia,GalNAc,GlcNAc,GlcA 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
ATP8A1(P4-ATPアーゼ)-CDC50a複合体 6k7mおよびそのPDBsumデータ(ホスファチジルセリンと[AlF4]-イオン)
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6clzのModel 1(膜型マトリックスメタロプロテアーゼ1〈MT1-MMP〉の膜結合ドメイン) Chain A(マトリックスメタロプロテアーゼ14)選択 ※他のナノディスクの例 2mscのModel 1(脂質二重膜ナノディスクに結合したGTPアーゼKRas) Chain B(GTPアーゼKRas)選択 → 別トピック バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
膜型マトリックスメタロプロテアーゼ1(MT1-MMP,MMP14)の膜結合ドメイン6clzのModel 1
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6iy9のChain A(ハイグロマイシンB変異体が結合したアミノグリコシド7''-ホスホトランスフェラーゼ-Ia) 同PDBsumデータ 6iy9_HY0$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
[左・中]ハイグロマイシンB変異体が結合したアミノグリコシド7''-ホスホトランスフェラーゼ-Ia 6iy9のChain AとそのPDBsumデータ [右]リガンドのHY0(ハイグロマイシンB変異体)とHYG(ハイグロマイシンB)の比較
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MELK阻害剤OTS167 TOPK阻害剤OTS964(塩酸塩) ※以下参考 MELK(Maternal embryonic leucine zipper kinase)の例: 4bky(MELK) 同PDBsumデータ 4bky_82B$ [MELK - Wikipedia] TOPK(T-LAK cell-originated protein kinase)の例: 5j0aのChain A(PDZ-binding kinase/T-LAK cell-originated protein kinase (PBK/TOPK) ) バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
[左]MELK阻害剤OTS167とTOPK阻害剤OTS964(塩酸塩) [右]MELK構造例4bkyとTOPK構造例5j0aのChain A
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アナストロゾール(anastrozole) [Anastrozole - Wikipedia] エキセメスタン(exemestane) [Exemestane - Wikipedia] レトロゾール(letrozole) [Letrozole - Wikipedia] 男性ホルモンの例: テストステロン(testosterone) 女性ホルモンの例: 17β-エストラジオール(17β-estradiol) アロマターゼ(aromatase,CYP19A1)の例: 5jkw(テストステロンが結合したアロマターゼ) TES(テストステロン)選択 同PDBsumデータ 5jkw_TES$ [Aromatase - Wikipedia,Aromatase inhibitor - Wikipedia] バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
[左]アロマターゼ阻害薬例アナストロゾール,エキセメスタン,レトロゾール [中・右]アロマターゼの構造例と働き
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バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
ビトロネクチン 6o5eのChain A