◆ Jmolで見るトピックス分子(18-5) ◆

No.151-200401-410 | 411-420(作成中) | 421-430431-440441-450451-460461-470471-480481-490491-500
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601-610611-620621-630631-640641-650651-660661-670671-680681-690691-700
701-710711-720721-730731-740741-750751-760761-770771-780781-790791-800
801-810811-820821-830831-840841-850851-860861-870871-880861-870881-890
→ 以下は今後改変: Vol.1235678データ名一覧
→ 最近の本サイトコンテンツから: ネオニコチノイド系農薬問題2014年にエボラ出血熱感染拡大元素・分子が登場する本を読もう!

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※Jmol利用コンテンツはWindows 10でもInternet Explorer 11で閲覧できます。


  1. 今月の分子 236: サイクリンとサイクリン依存性キナーゼ(Cyclin and Cyclin-dependent Kinase)(PDBj,2019/08) [NEW!]Molecule of the Month(PDB)

    PDBデータ 1jsu(p27Kip1阻害剤が結合したサイクリンA-サイクリン依存性キナーゼ2複合体)
    Cyclin - WikipediaCyclin-dependent kinase - Wikipedia
    1jsu(p27Kip1阻害剤が結合したサイクリンA-サイクリン依存性キナーゼ2複合体)
    5l2t(リボシクリブ〈ribociclib〉が結合したサイクリン依存性キナーゼ6) F18(CAN508)選択 同PDBsumデータ 5l2t_6ZZ$ [Ribociclib - Wikipedia] | リボシクリブ(ribociclib)
    ※上記「今月の分子」掲載以外のデータ例
    3tn8(阻害剤CAN508が結合したサイクリンT-サイクリン依存性キナーゼ9複合体) *  A鎖(CDK9)選択 F18(CAN508)選択 同PDBsumデータ 3tn8_F18$ → JCI誌論文(3tn8, 3blq, 3blr)/京都大学プレスリリースFIT-039

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 (*印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]p27Kip1阻害剤が結合したサイクリンA-サイクリン依存性キナーゼ2(CDK2)複合体 1jsu
    [中・右]リボシクリブ(ribociclib)が結合したサイクリン依存性キナーゼ6(CDK6) 5l2t とそのPDBsumデータ


      ●アミノ色表示の凡例
      ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
      酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
      極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
      SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
      ●有機概念図I/O値順(特性基 R)
      ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
      ●等電点順
      ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


  2. 磁石にくっつく貝? 深海研究の鍵を握る「奇妙な生物」が絶滅危機!(ブルーバックス | 講談社,2019/08/06) [NEW!] ※“鉄の衣の正体は、鉄と硫黄の化合物であるパイライトとグレイジャイト。グレイジャイトは磁性を持つため、スケーリーフットは磁石に吸い寄せられる”のパイライト結晶構造例を以下に

    初期表示は水分子パイライト(pyrite,黄鉄鉱)結晶構造例
    黄鉄鉱(pyrite;FeS2)部分構造 | Fe2S2・Fe4S4・Fe3S4(以上2wqyより),Fe8S73minより),黄鉄鉱(pyrite)部分構造の同時表示 → 2014年は世界結晶年!鉄硫黄クラスターを含む生体分子のSITE例

    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    Jmol色 Rasmol色
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]パイライト(pyrite,黄鉄鉱)の結晶とその川上モデルによる構造例 [右]American Mineralogist Crystal Structure Databaseによるグレイジャイト(greigite)の結晶構造例(JSmolによる)


  3. コンゴのエボラ熱治療薬試験、2種類が最高生存率90%と好結果(ロイター,2019/08/13) [NEW!] ※“米製薬リジェネロン・ファーマシューティカルズ(REGN.O)が開発する「REGN-EB3」と「mAb114」”。

    PDBデータ 5fha(モノクローナル抗体 mAb114)
    mAb114 - Wikipedia
    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    モノクローナル抗体 mAb114 の構造 5fha


  4. RCSB PDB 2019/08/21新規公開データより:6op9 HER3 pseudokinase domain bound to bosutinib [NEW!]

    PDBデータ 6op9(ボスチニブに結合したHER3タンパク質)
    ERBB3 - Wikipedia
    6op9(ボスチニブに結合したHER3タンパク質) 同PDBsumデータ 6op9_DB8$
    ボスチニブ(bosutinib)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    ボスチニブに結合したHER3タンパク質6op9とそのPDBsumデータ(左・中),およびボスチニブ(bosutinib,右)


  5. RCSB PDB 2019/08/28新規公開データより:6k7m Cryo-EM structure of the human P4-type flippase ATP8A1-CDC50 (E2Pi-PL state) [NEW!] ※他に6k7g〜6k7l・6k7n公開

    PDBデータ 6k7m(ATP8A1-CDC50a複合体)
    ATPase - WikipediaFlippase - Wikipedia
    6k7m(ATP8A1-CDC50a複合体) D39(ホスファチジルセリン)選択 ALF([AlF4]-イオン)選択 同PDBsumデータ 6k7m_D39$ 同PDBsumデータ 6k7m_ALF$

    バックボーン 二次構造
    糖鎖別着色(#印のみ)GalGlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    ATP8A1(P4-ATPアーゼ)-CDC50a複合体 6k7mおよびそのPDBsumデータ(ホスファチジルセリンと[AlF4]-イオン)


  6. 今月の分子 237: ナノディスクと高密度リポタンパク質(Nanodiscs and HDL)(PDBj,2019/09) [NEW!]Molecule of the Month(PDB)

    PDBデータ 6clzのModel 1(膜型マトリックスメタロプロテアーゼ1〈MT1-MMP,MMP14〉の膜結合ドメイン)
    MMP14 - WikipediaNanodisc - Wikipedia
    6clzのModel 1(膜型マトリックスメタロプロテアーゼ1〈MT1-MMP〉の膜結合ドメイン) Chain A(マトリックスメタロプロテアーゼ14)選択
    ※他のナノディスクの例
    2mscのModel 1(脂質二重膜ナノディスクに結合したGTPアーゼKRas)  Chain B(GTPアーゼKRas)選択 → 別トピック

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    膜型マトリックスメタロプロテアーゼ1(MT1-MMP,MMP14)の膜結合ドメイン6clzのModel 1


  7. RCSB PDB 2019/09/11新規公開データより:6iy9 Crystal structure of aminoglycoside 7"-phoshotransferase-Ia (APH(7")-Ia/HYG) from Streptomyces hygroscopicus complexed with hygromycin B [NEW!]

    PDBデータ 6iy9のChain A(ハイグロマイシンB変異体が結合したアミノグリコシド7''-ホスホトランスフェラーゼ-Ia〈ハイグロマイシンB 7''-O-ホスホトランスフェラーゼ-Ia〉)
    Hygromycin-B kinase - WikipediaHygromycin B - Wikipedia
    6iy9のChain A(ハイグロマイシンB変異体が結合したアミノグリコシド7''-ホスホトランスフェラーゼ-Ia) 同PDBsumデータ 6iy9_HY0$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      

    [左・中]ハイグロマイシンB変異体が結合したアミノグリコシド7''-ホスホトランスフェラーゼ-Ia 6iy9のChain AとそのPDBsumデータ [右]リガンドのHY0(ハイグロマイシンB変異体)HYG(ハイグロマイシンB)の比較


  8. これまでのがん治療薬は見当違いの対象を攻撃していた可能性が高い(GIGAZINE,2019/09/13) [NEW!] ※“MELK阻害剤OTS167”,“TOPKというたんぱく質を標的にした阻害剤のOTS964”。“シェルツァー氏は、その理由を「従来の治療薬がCRISPRより精度が低いRNA干渉技術を利用して作られたため」だと考えています”。

    初期表示はMELK阻害剤OTS167
    MELK阻害剤OTS167
    TOPK阻害剤OTS964(塩酸塩)
    ※以下参考
    MELK(Maternal embryonic leucine zipper kinase)の例: 4bky(MELK) 同PDBsumデータ 4bky_82B$ [MELK - Wikipedia
    TOPK(T-LAK cell-originated protein kinase)の例: 5j0aのChain A(PDZ-binding kinase/T-LAK cell-originated protein kinase (PBK/TOPK) )

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]MELK阻害剤OTS167とTOPK阻害剤OTS964(塩酸塩) [右]MELK構造例4bkyとTOPK構造例5j0aのChain A


  9. さくらももこさんの命を奪った乳がん…再発時の治療薬の選び方(ヨミドクター,2018/08/29) ※“がんが大きくなるのを防ぐアロマターゼ阻害薬(アリミデックス、アロマシン、フェマーラ)”。一般名はそれぞれアナストロゾール(anastrozole),エキセメスタン(exemestane),レトロゾール(letrozole)。

    初期表示はアロマターゼ阻害薬アナストロゾール(anastrozole)
    アナストロゾール(anastrozole) [Anastrozole - Wikipedia
    エキセメスタン(exemestane) [Exemestane - Wikipedia
    レトロゾール(letrozole) [Letrozole - Wikipedia
    男性ホルモンの例: テストステロン(testosterone)
    女性ホルモンの例: 17β-エストラジオール(17β-estradiol)
    アロマターゼ(aromatase,CYP19A1)の例: 5jkw(テストステロンが結合したアロマターゼ) [NEW!] TES(テストステロン)選択 同PDBsumデータ 5jkw_TES$ [Aromatase - WikipediaAromatase inhibitor - Wikipedia

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

        
    [左]アロマターゼ阻害薬例アナストロゾール,エキセメスタン,レトロゾール [中・右]アロマターゼの構造例と働き


  10. RCSB PDB 2019/09/18新規公開データより:6o5e Crystal structure of the Vitronectin hemopexin-like domain [NEW!]

    PDBデータ 6o5eのChain A(ビトロネクチン)
    Vitronectin - WikipediaHemopexin - Wikipedia
    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    ビトロネクチン 6o5eのChain A


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