◆ Jmolで見るトピックス分子(16-4) ◆

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→ 以下は今後改変: Vol.1235678データ名一覧
→ 最近の本サイトコンテンツから: ネオニコチノイド系農薬問題2014年にエボラ出血熱感染拡大危険ドラッグ

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※Jmol利用コンテンツはWindows 10でもInternet Explorer 11で閲覧できます。


  1. 日本海の生物と環境 - 「生物の科学 遺伝」2018年1号(本サイト) [NEW!]

      
    ★本間執筆特集総論PDF(テキスト・画像コピー不可)は右画像クリックで表示・ダウンロードできます。

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    「日本海の生物と環境」特集に出てくるキーワードを検索!!

    DNA部分構造の例:PDBデータ1gt0のChain A・B(Oct4・Sox2・DNA 複合体のDNAのみ)

    p.8 口絵:DNAの構造 → DNAとRNAのいろいろな姿
    1gt0のChain A・B(Oct4・Sox2・DNA 複合体;DNAのみ) | 1gt0全体* C鎖(Oct1)選択 D鎖(Sox2)選択 → Oct1/Sox2/DNA 複合体
    A-T_G-C(mol形式;以下の2データの同時表示) A-Tx2_G-Cx2
    A-T 同mol形式
    G-C 同mol形式
    p.9 図1:チューブワーム由来ヘモグロビンとヒトヘモグロビンの大きさ比べ
    チューブワーム由来1yhu(左)とヒトヘモグロビン1hho(4量体;右)
     → ヘモグロビンチューブワーム関連データのSITE例
    p.10 図2:結晶構造やタンパク質内リガンドの構造例
    川上モデル作成データ群の抜粋 → 川上モデル - 分子・結晶・リガンド模型
    p.11 “ダイオキシン類に入るPCB,農薬DDT,水俣病原因物質の塩化メチル水銀など” → 環境ホルモンとして疑われている化合物の例新規POPs有害物質リスト磯辺論文 p.44“残留性有機汚染物質”と関連)
    3,3',4,4',5-PeCB(PCBの例) → ダイオキシン類p,p'-DDT o,p'-DDT | 塩化メチル水銀 → 水俣病
    p.11 図3:17β-エストラジオール結合タンパク質とビスフェノールA結合タンパク質 → 多様なリガンドを含むエストロゲン受容体および関連受容体等のSITE比較
    17β-エストラジオール結合タンパク質1ereのPDBsumデータ$ → エストラジオールとDES,テストステロン性ホルモン - ステロイドホルモンの生合成と代謝西山論文 p.27 図9も参照)
    ビスフェノールA結合タンパク質2e2rのPDBsumデータ$ → ビスフェノールAが結合したエストロゲン関連受容体γ
    p.12 有機水銀分解酵素(アルキル水銀リアーゼ)
    3f0p(有機水銀分解酵素〈アルキル水銀リアーゼ,EC.4.99.1.2〉MerBの例) | 同PDBsumデータ(Hg追加)[213(A)]$ → バイオレメディエーションとファイトレメディエーション

    バックボーン 二次構造 DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 DNA/RNA選択 同backbone選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    p.10 図2のアレンジ版


      ●アミノ色表示の凡例
      ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
      酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
      極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
      SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
      ●有機概念図I/O値順(特性基 R)
      ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
      ●等電点順
      ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


  2. RCSB PDB 2017/12/27 新規公開データより:5wi3 Structure of Acinetobacter baumannii carbapenemase OXA-239 K82D bound to cefotaxime [NEW!] ※セフォタキシム結合。他に5wi7(ドリペネム結合),5wib(イミペネム結合)。

    PDBデータ 5wi3のChain A(セフォタキシムに結合したカルバペネマーゼOXA-239)
    Beta-lactamase - WikipediaOXA (oxacillinase) group of β-lactamases (Class D)参照]
    5wi3のChain A(セフォタキシムに結合したカルバペネマーゼOXA-239) 同PDBsumデータ5wi3_PCZ[301(B)]$
    PDBsumデータ5wi7_4J6(ドリペネム結合OXA-239)$
    PDBsumデータ5wib_ID1(イミペネム結合OXA-239)$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    セフォタキシムに結合したカルバペネマーゼOXA-239 5wi3のChain A,および同データ・5wi35wi7(ドリペネム結合)・5wib(イミペネム結合)のPDBsumデータ(リガンドは何れもopen form)


  3. 今月の分子 217: オピオイド受容体(Opioid Receptors)(PDBj,2018/01) [NEW!]Molecule of the Month(PDB)

    PDBデータ 4dkl(μオピオイド受容体)
    Opioid receptor - Wikipedia
    4dkl*(μオピオイド受容体) リガンドBF0(アンタゴニスト)選択 同PDBsumデータ4dkl_BF0$ [μ-opioid receptor - Wikipedia
    4djh*%(κオピオイド受容体) 同Chain A リガンドJDC(JDTic)選択 同PDBsumデータ4djh_JDC$ [κ-opioid receptor - Wikipedia
    4ej4(δオピオイド受容体) リガンドEJ4(ナルトリンドール)選択 同PDBsumデータ4ej4_EJ4$ [δ-opioid receptor - Wikipedia
    4ea3*%(ノシセプチン/オルファニンFQ(N/OFQ)受容体;nociception opioid (NOP) receptor) 同Chain A リガンド0NN選択 PDBsumデータ(0NN,A鎖)$ [Nociceptin receptor - Wikipedia

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    オピオイド受容体の主要なクラス例μ 4dkl,κ 4djh,δ 4ej4,および関連するノシセプチンオピオイド受容体(NOP) 4ea3


  4. RCSB PDB 2018/01/03 新規公開データより:6elq Carbon Monoxide Dehydrogenase IV from Carboxydothermus hydrogenoformans [NEW!]

    PDBデータ 6elqのChain B(一酸化炭素デヒドロゲナーゼ)
    Carbon monoxide dehydrogenase - Wikipedia
    6elqのChain B(一酸化炭素デヒドロゲナーゼ) 同PDBsumデータ6elq_BF8[702(X)]$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [Fe4NiOS4]クラスターと[Fe4S4]クラスターを有する一酸化炭素デヒドロゲナーゼ6elqのChain Bおよび同PDBsumデータ([Fe4NiOS4]クラスター;Chain X)


  5. アルツハイマー病病因物質を低減させる既存薬カクテルの同定 −患者由来iPS細胞を用いた化合物スクリーニングとin vitroトライアル−(京都大学,2017/11/28) [NEW!]

    ブロモクリプチン,クロモリン,トピラマートの同時表示
    ブロモクリプチン(bromocriptine) [Bromocriptine - Wikipedia] ‖ ※ブロモクリプチン結合PDBデータ例: 5vcg(シトクロムP450 3A4) 08Y(ブロモクリプチン)選択 同PDBsumデータ5vcg_08Y$
    クロモリン(cromolyn) [Cromoglicic acid - Wikipedia
    トピラマート(topiramate) [Topiramate - Wikipedia] ‖ ※トピラマート結合PDBデータ例: 5jnaのChain A(炭酸脱水酵素IV) TOR(トピラマート)選択 同PDBsumデータ5jna_TOR$
    ブロモクリプチン,クロモリン,トピラマートの同時表示

    バックボーン 二次構造
    DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

        
    [左]ブロモクリプチン(bromocriptine),クロモリン(cromolyn),トピラマート(topiramate) [中・右]ブロモクリプチン結合5vcgとトピラマート結合5jna(Chain A),および各PDBsumデータ


  6. 日本産ハナガサクラゲより開発!耐酸性緑色蛍光タンパク質Gamillus 〜生体内の酸性環境を調査する新技術〜(JST,2017/12/29) [NEW!] [NEW!] ※5y005y01(2018/01/17公開データ)

    PDBデータ 5y00(ハナガサクラゲの緑色の蛍光タンパク質Gamillus;fluorescence (ON) state)
    5y00(ハナガサクラゲの緑色の蛍光タンパク質Gamillus;fluorescence (ON) state)  CRQ(蛍光団;Gln-Tyr-Gly)選択
    ※オワンクラゲのGFPの例: 1hcjのChain A(GFP) 蛍光発生部分の色分け(:発色団,:Phe,:Val,水色:Gln) 同原子団の選択 発色団共役二重結合をピンク表示 → 緑色蛍光を発するタンパク質/GFP

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]ハナガサクラゲの緑色の蛍光タンパク質Gamillus 5y00(fluorescence (ON) state) [右]オワンクラゲのGFPの例 1hcjのChain A


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