◆ チューブワーム関連データのSITE例 ◆
生命を知り生命に学ぶ金属原子を含む生体分子のSITEデータ集
※関連データ: 古細菌関連生体分子のSITE例ヘモグロビンのアミノ酸配列比較例

国立科学博物館(東京・上野)で特別展「深海 ─挑戦の歩みと驚異の生きものたち─」が2013/10/06まで開催中です。チューブワームは展示されているでしょうか!? タカアシガニなどカニも会場に。CANIプロジェクトもどうぞご参照ください。
 また新潟県立自然科学館では夏の特別展「深海探検 海底二万里の世界」が2013/09/01まで開催されます。


You do not have Java applets enabled in your web browser, or your browser is blocking this applet.
Check the warning message from your browser and/or enable Java applets in
your web browser preferences, or install the Java Runtime Environment from www.java.com


バックボーン 二次構造
全選択 タンパク質選択 リガンド選択
空間充填 球棒 球60% スティック 針金
アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド#
水素結合(太) OFF
 
 
背景・黒 灰 白 
チューブワーム由来ヘモグロビン1YHURCSB PDB
(hemoglobin A1 chain,B chain,B1a chain,B2 chain 含む)

You do not have Java applets enabled in your web browser, or your browser is blocking this applet.
Check the warning message from your browser and/or enable Java applets in
your web browser preferences, or install the Java Runtime Environment from www.java.com


1yhu_HEM-OXY〈 161(A) 〉(ヘム+O2)→ PDBsum
I'/O'=1.0761
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順

背景・黒 灰 白 

You do not have Java applets enabled in your web browser, or your browser is blocking this applet.
Check the warning message from your browser and/or enable Java applets in
your web browser preferences, or install the Java Runtime Environment from www.java.com


1yhu_ZN〈 191(B) 〉→ PDBsum
I'/O'=2.1643
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順

背景・黒 灰 白 


「しんかい6500」LEGOと「はやぶさ」(チューブワームの赤い色はヘモグロビンによる)
日本の一般ユーザーのアイデアと投票から生まれたレゴ®ブロック「しんかい6500」が2011年2月17日発売!(JAMSTEC)
※参考テレビ番組:NHKサイエンスZERO「熱水噴出! 深海に生命を探れ」(2011/01/15放映) …2011/01/21日 教育テレビ,2011/01/22 BS2 で再放送
※参考:ヘモグロビン - 今月の分子(PDBj)Cooperation Makes It Easierにアニメーション

  
日本科学未来館の「しんかい6500」原寸大模型と『熱水噴出孔と生物群集発見』説明パネル


You do not have Java applets enabled in your web browser, or your browser is blocking this applet.
Check the warning message from your browser and/or enable Java applets in
your web browser preferences, or install the Java Runtime Environment from www.java.com


バックボーン 二次構造
全選択 タンパク質選択 リガンド選択
空間充填 球棒 球60% スティック 針金
アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド#
水素結合(太) OFF
 
 
背景・黒 灰 白 
【参考】チューブワーム由来ヘモグロビン1YHU(左)とヒトのヘモグロビン1HHO(オキシヘモグロビン,4量体;右)の大きさ比べ
「DVD-ROM&図解 動く!深海生物図鑑」(講談社ブルーバックス) p.25に前者の大きさは後者の50倍あまりとの記述。
※上の例での分子量比は,チューブワーム 約40万 対 ヒト 約6.5万(4量体で)。
※ヒトヘモグロビンについてはヘモグロビン参照(3Dプリンタ製の分子模型も紹介)。


You do not have Java applets enabled in your web browser, or your browser is blocking this applet.
Check the warning message from your browser and/or enable Java applets in
your web browser preferences, or install the Java Runtime Environment from www.java.com


バックボーン 二次構造
全選択 タンパク質選択 リガンド選択
空間充填 球棒 球60% スティック 針金
アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド#
水素結合(太) OFF
 
 
背景・黒 灰 白 
チューブワームに共生する硫黄酸化細菌由来のATPスルフリラーゼ1JHDRCSB PDB

You do not have Java applets enabled in your web browser, or your browser is blocking this applet.
Check the warning message from your browser and/or enable Java applets in
your web browser preferences, or install the Java Runtime Environment from www.java.com


1jhd_SO4〈 1001(A) 〉→ PDBsum
I'/O'=2.3500
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順

背景・黒 灰 白 

You do not have Java applets enabled in your web browser, or your browser is blocking this applet.
Check the warning message from your browser and/or enable Java applets in
your web browser preferences, or install the Java Runtime Environment from www.java.com


1jhd_BR〈 2001(A) 〉→ PDBsum
I'/O'=2.5200
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順

背景・黒 灰 白 




「生活環境化学の部屋」ホームページJmol版「分子の学習帳」Chime版「分子の学習帳」