◆ チューブワーム関連データのSITE例 ◆
生命を知り生命に学ぶ金属原子を含む生体分子のSITEデータ集
※関連データ: 古細菌関連生体分子のSITE例ヘモグロビンのアミノ酸配列比較例

国立科学博物館(東京・上野)で特別展「深海 ─挑戦の歩みと驚異の生きものたち─」が2013/10/06まで開催中です。チューブワームは展示されているでしょうか!? タカアシガニなどカニも会場に。CANIプロジェクトもどうぞご参照ください。
 また新潟県立自然科学館では夏の特別展「深海探検 海底二万里の世界」が2013/09/01まで開催されます。



バックボーン 二次構造
全選択 タンパク質選択 リガンド選択
空間充填 球棒 球60% スティック 針金
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド#
水素結合(太) OFF
 
 
背景・黒 灰 白 
チューブワーム由来ヘモグロビン1YHURCSB PDB
(hemoglobin A1 chain,B chain,B1a chain,B2 chain 含む)


1yhu_HEM-OXY〈 161(A) 〉(ヘム+O2)→ PDBsum
I'/O'=1.0761
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順

背景・黒 灰 白 

1yhu_ZN〈 191(B) 〉→ PDBsum
I'/O'=2.1643
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順

背景・黒 灰 白 


「しんかい6500」LEGOと「はやぶさ」(チューブワームの赤い色はヘモグロビンによる)
日本の一般ユーザーのアイデアと投票から生まれたレゴ®ブロック「しんかい6500」が2011年2月17日発売!(JAMSTEC)
※参考テレビ番組:NHKサイエンスZERO「熱水噴出! 深海に生命を探れ」(2011/01/15放映) …2011/01/21日 教育テレビ,2011/01/22 BS2 で再放送
※参考:ヘモグロビン - 今月の分子(PDBj)Cooperation Makes It Easierにアニメーション

  
日本科学未来館の「しんかい6500」原寸大模型と『熱水噴出孔と生物群集発見』説明パネル



バックボーン 二次構造
全選択 タンパク質選択 リガンド選択
空間充填 球棒 球60% スティック 針金
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド#
水素結合(太) OFF
 
 
背景・黒 灰 白 
【参考】チューブワーム由来ヘモグロビン1YHU(左)とヒトのヘモグロビン1HHO(オキシヘモグロビン,4量体;右)の大きさ比べ
「DVD−ROM&図解 動く!深海生物図鑑」(講談社ブルーバックス) p.25に前者の大きさは後者の50倍あまりとの記述。
※上の例での分子量比は,チューブワーム 約40万 対 ヒト 約6.5万(4量体で)。
※ヒトヘモグロビンについてはヘモグロビン参照(3Dプリンタ製の分子模型も紹介)。



バックボーン 二次構造
全選択 タンパク質選択 リガンド選択
空間充填 球棒 球60% スティック 針金
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド#
水素結合(太) OFF
 
 
背景・黒 灰 白 
チューブワームに共生する硫黄酸化細菌由来のATPスルフリラーゼ1JHDRCSB PDB


1jhd_SO4〈 1001(A) 〉→ PDBsum
I'/O'=2.3500
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順

背景・黒 灰 白 

1jhd_BR〈 2001(A) 〉→ PDBsum
I'/O'=2.5200
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順

背景・黒 灰 白 




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