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メタン菌 ｜ 古細菌リボソームタンパク質 ‖ トピック： 古細菌の細胞膜脂質
文献・参考ページ ｜ ニュース例

1NTHの6量体（Chain A×6，メタン菌のメチルトランスフェラーゼ）※リガンドは座標2種のうちAのみ → RCSB PDB，PDBsum

 バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択　リガンド選択
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）#
 水素結合（太）　OFF
　
　
背景・黒　灰　白　紺


1nth_BGX（メチルトランスフェラーゼ）
I'/O'＝1.6172，I/O＝1.9333
リガンド球棒表示
CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順
背景・黒　灰　白　紺
今月の分子　No. 72


◎参考：[ScienceNews2013] 海底下メタン資源　研究開発最前線
※メタンハイドレート（本サイト）

3ID5のChain C・D（C鎖がL7Ae，D鎖はRNA）※リガンドは座標2種のうちAのみ → RCSB PDB

 バックボーン　二次構造
DNA/RNA（ATGCU，backbone）
全選択　タンパク質選択　リガンド選択
DNA/RNA選択　同backbone選択
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）#
 水素結合（太）　OFF
　
　
背景・黒　灰　白　紺

※3ID5の全体構造はJmolトピックに掲載

◎参考：RNAとたんぱく質から成るナノサイズの三角形構造体の創製に成功　−ナノバイオテクノロジー分野へ新材料を提供−（JST，2011/01/17）　※L7Aeタンパク質利用

3OZ2（ジゲラニルゲラニルグリセロリン脂質レダクターゼ） → RCSB PDB，PDBsum

 バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択　リガンド選択
OZ2（脂質）選択　FAD（フラビンアデニンジヌクレオチド）選択
OZ2のSITEアミノ酸選択（PDBsumより）
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）#
 水素結合（太）　OFF
　
　
背景・黒　灰　白　紺


3oz2_OZ2（脂質；SITEにFAD，EDO含む）
I'/O'＝0.5139（FAD，EDO除く）
OZ2（脂質）選択　FAD（フラビンアデニンジヌクレオチド）選択
空間充填　球棒　球60％
CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順
背景・黒　灰　白　紺

◎参考：Archaeal Lipids（PSI Structural Biology Knowledgebase，2012/12）
※深海底下に広がるアーキアワールドを発見　〜世界各地の海底堆積物から大量のアーキア（古細菌）を検出〜（JAMSTEC，2008/07/22）　…図2に“原核細胞の細胞膜構造と極性脂質”。

  

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