- The structure of plant photosystem I super-complex at 2.8Å resolution（eLife，2015/06/15）
- 光合成に関係する生体分子のSITE例（本サイト） ｜ 鉄硫黄クラスターを含む生体分子のSITE例 ｜ 別トピック（光化学系I-集光性アンテナタンパク質I複合体；PSI-LHCI）
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4y28（光化学系I） 4xk8のChain A-L・1-4（光化学系I-集光性アンテナタンパク質I複合体） 同色素（クロロフィル，カロテノイド等）と鉄硫黄クラスターのみ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 CLA（クロロフィルa）選択 CHL（クロロフィルb）選択 SF4（Fe4S4）選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
4y28（光化学系I）
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●アミノ色表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
●疎水性インデックス順
ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
●有機概念図I/O値順（特性基 R）
ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
●等電点順
ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG
アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！
［CD38 - Wikipedia］
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4xjs（阻害剤が結合したNAD加水分解酵素CD38） 同PDBsumデータ4xjs_733$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球30％ 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
4xjs（阻害剤が結合したNAD加水分解酵素CD38）とそのPDBsumデータ
- 抗HIV薬に対する抵抗性を持つウイルスが増加しているとWHOが警告（GIGAZINE，2019/08/02） ※“WHOは他の治療薬よりも効果的で薬物耐性を獲得されにくいドルテグラビルの使用を推奨”。
- 塩野義、4～9月期純利益61％増に上方修正 過去最高に（日経，2017/10/23）
- MSD社に対し、抗HIV薬に関する特許権侵害訴訟を提起－塩野義製薬（QLifePro医療ニュース，2015/08/20）
- 米当局、新しいHIV治療薬「ドルテグラビル」を認可－－開発途上国への導入時期に疑問残る（産経，2013/08/14）
- グラクソの新しい抗HIV薬をFDAが承認（WSJ，2013/08/13）
- FDA approves new drug to treat HIV infection（FDA，2013/08/12）
- A Peptide Derived from Lens Epithelium-Derived Growth Factor Stimulates HIV-1 DNA Integration and Facilitates Intasome Structural Studies（Journal of Molecular Biology，2020/03/27） ※2020/02/05公開PDBデータ6u8q（下掲）・6vdk
- HIV治療薬、半導体技術、高性能の制震装置 全国発明表彰決まる（朝日，2024/06/04） [NEW!] ※“【恩賜発明賞】耐性ウイルスにも高い効果 HIV感染症の治療薬”
- 恩賜発明賞 HIVインテグラーゼ阻害剤ドルテグラビルの発明（特許第4295353号）（公益社団法人発明協会，2024/06/04） [NEW!] ※掲載図論文：PLoS ONE（2013/10/16），Figures 2；引用PDBデータ2b4j・3oya・1mus・3s3n・3s3o・3l2u・3s3m（下掲）・3l2q
- 今月の分子 No.135 - インテグラーゼ (Integrase)（PDBj，2011/03） ｜ Molecule of the Month（PDB）
- HIVとエイズ（本サイト） ｜ エイズ薬の例
［Dolutegravir - Wikipedia］
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ドルテグラビル（dolutegravir） PDBデータ 3s3m（プロトタイプフォーミーウイルス（PFV）のインテグラーゼとDNA；ドルテグラビルが結合） 同Chain A DLU（ドルテグラビル）選択 同PDBsumデータ 3s3m_DLU$ ［Integrase - Wikipedia］ PDBデータ 6u8qのChain A・G・H（ドルテグラビルが結合したHIV-1のインテグラーゼ） 同PDBsumデータ 6u8q_DLU$ ｜ PDBsumデータ 6vdk_DLU$ バックボーン 二次構造 DNA/RNA（ATGCU，backbone） 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 空間充填 球棒 球30％ 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］ドルテグラビル（dolutegravir） ［右］ドルテグラビルを含むPDBデータ例3s3mと同PDBsumデータ
ドルテグラビルが結合したHIV-1のインテグラーゼ6u8qのChain A・G・Hと同PDBsumデータ（6vdkと上記3s3mとの比較）
- Cellular Contamination Pathway for Plutonium, Other Heavy Elements, Identified（Berkeley Lab，2015/08/26）
- Siderocalin-mediated recognition, sensitization, and cellular uptake of actinides（PNAS，2015/07/15）
- アクチノイド - Wikipedia
- 生体分子の構成元素（本サイト） ｜ DNA修復
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4zhdのChain A（Puイオンが結合した金属結合タンパク質） 同PDBsumデータ4zhd_4OZ（Pu含む）$ 4OZ選択 4zhfのChain A（Cmイオンが結合した金属結合タンパク質） 同PDBsumデータ4zhf_4OL（Cm含む）$ 4zhgのChain A（Amイオンが結合した金属結合タンパク質） 同PDBsumデータ4zhg_4OL（Am含む）$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球30％ 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］Puイオンが結合した金属結合タンパク質4zhdのChain A ［左］4zhd（Pu結合）・4zhf（Cm結合）・4zhg（Am結合）のPDBsumデータ
- 国立感染症研究所サイトにおける“ノロウイルス GII”検索結果
- The sweet quartet: Binding of fucose to the norovirus capsid（ScienceDirect，2015/05/15）
- ノロウイルスに関するQ＆A ｜厚生労働省
- ノロウイルス - Wikipedia
［Norovirus - Wikipedia］
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4z4wのChain A（フコースが結合したノロウイルスGII.10のカプシドタンパク質） 同PDBsumデータ4z4w_FUL（フコース）$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球30％ 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
フコースが結合したノロウイルスGII.10のカプシドタンパク質例4z4wのChain AとそのPDBsumデータ
- 正木和夫，『排水処理用酵母が生産する酵素の環境保全への利用』（日本醸造協会誌，2008/09） [PDF]
- Cutinase-like enzyme from the yeast Cryptococcus sp. strain S-2 hydrolyzes polylactic acid and other biodegradable plastics（Applied and environmental microbiology，2005/11）
- An acidic and thermostable carboxymethyl cellulase from the yeast Cryptococcus sp. S-2: purification, characterization and improvement of its recombinant enzyme production by high cell-density fermentation of Pichia pastoris（Protein expression and purification，2008/08）
- Crystal structure and enhanced activity of a cutinase-like enzyme from Cryptococcus sp. strain S-2（Structure, Function, and Bioinformatics，2009/05/18）
- Different enantioselectivity of two types of poly(lactic acid) depolymerases toward poly(L-lactic acid) and poly(D-lactic acid)（Polymer Degradation and Stability，2011/07）
- クチナーゼ - Wikipedia
- バイオレメディエーションとファイトレメディエーション（本サイト） ｜ 代表的な高分子
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バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球30％ 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
クチナーゼ様タンパク質例2czqのChain Aと日本醸造協会誌掲載解説 [PDF]の画像
- Molecular Structure of β-Amyloid Fibrils in Alzheimer’s Disease Brain Tissue（Cell，2013/09/12）
- Experimental Constraints on Quaternary Structure in Alzheimer's β-Amyloid Fibrils（Cell，2005/12/17）
- アミロイド - Wikipedia ｜ アルツハイマー型認知症
- アルツハイマー病治療薬（本サイト） ｜ 別トピック
［Amyloid - Wikipedia］
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2m4jのModel 1（アミロイドβ線維） 2lmnのModel 1（同） 2lmpのModel 1（同） 2mxuのModel 1（42残基のアミロイドβ繊維；残基番号11-42） バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
- EMRinger: side chain-directed model and map validation for 3D cryo-electron microscopy（Nature Methods，2015/08/17）
- カプサイシンが引き起こす痛みの増強メカニズム ─TRPV1活性化はアノクタミン１の活性化を引き起こす（生理学研究所，2015/04/07）
- 1つの受容体がさまざまな刺激に応答できる仕組みの一端を解明 ―感覚受容の重要な役者TRPチャネルの理解を進める一歩に―（理研，2013/04/23）
- 電子顕微鏡でイオンチャネルの構造を決定（Nature ダイジェスト，2013/03）
- 唐辛子が食べ過ぎを防ぐ、注目したのは「TRPV1」（Medエッジ，2015/09/03）
- 痛みと鎮痛の基礎知識 - Pain Relief ー受容体1
- TRPV3構造の研究例
- Structural basis of TRPV3 inhibition by an antagonist（Nature Chemical Biology，2022/10/27） ※2022/11/09公開データ7xj3・7xj0（下掲）・7xj2・7xj1
- 7xj0引用別研究：Structural Pharmacology of TRPV4 Antagonists（Advanced Science，2024/04/24） [NEW!]
- 別トピック（本サイト） ｜ 辛さと熱さ／カプサイシン
［TRPV1 - Wikipedia，Cryo-electron microscopy - Wikipedia］
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3j9j（カプサイシン受容体，TRPV1） カプサイシン（capsaicin） 7xj0（阻害剤Trpvicinが結合したTRPA3） EQK（Trpvicin）選択 同PDBsumデータ7xj0A_lp[1506(A)]$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球30％ 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
カプサイシン受容体 TRPV1 の例3j9j
阻害剤Trpvicinが結合したTRPA3 7xj0とそのPDBsumデータ
- 納豆のタンパク質で「溶けにくいアイスクリーム」が誕生（WIRED.jp，2015/09/02）
- This protein may be the key to slow-melting ice cream（The Washington Post，2015/08/31）
- Googleによる“ice cream BslA”ニュース検索結果
- BslA is a self-assembling bacterial hydrophobin that coats the Bacillus subtilis biofilm（PNAS，2013/08/13）
- Interfacial self-assembly of a bacterial hydrophobin（PNAS，2015/04/28）
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バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球30％ 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
BslA（Bacterial Surface Layer A）タンパク質4bhu
- Structure of Severe Fever with Thrombocytopenia Syndrome Virus Nucleocapsid protein in Complex with Suramin Reveals Therapeutic Potentials （Journal of Virology，2013/04/04）
- マダニ感染症とは？ これまで42人死亡 予防法は？（ハフポ，2015/09/07）
- 石川）マダニが媒介する感染症、男性死亡 県内で初（朝日，2015/09/04）
- マダニから感染症ウイルス検出（NHK，2013/05/23）
- マダニに感染症原因ウイルス 山口の患者、国内初検出（朝日，2013/05/23）
- SFTS関連別記事
- 新型インフルエンザ薬「アビガン」マダニ感染症 “SFTSウイルス” 治療薬として世界初承認 富士フィルム富山化学（Yahoo!ニュース，2024/06/27） [NEW!] ※アビガン（Avigan）は商品名で，一般名はファビピラビル（favipiravir，T-705；インフルエンザウイルスのRNAポリメラーゼ阻害剤）
- マダニ媒介感染症 SFTS治療薬に「アビガン」正式承認の見通し（NHK，2024/05/24） [NEW!] ※“抗インフルエンザ薬「アビガン」の適応を広げて使用を認めることを24日、了承”。
- アビガンが治療薬として承認 マダニによる感染症SFTS（重症熱性血小板減少症候群）とは？（忽那賢志）（Yahoo!ニュース，2024/05/26） [NEW!]
- マダニ感染症SFTS、人から人に 患者の血液媒介か 長崎大学高度感染症研究センター教授 好井健太朗氏（日記，2024/05/27） [NEW!]
- アビガン（ファビピラビル）の作用機序【SFTSウイルス感染症】（新薬情報オンライン，2024/05/27） [NEW!]
- 新型コロナウイルス（SARS-CoV-2｜COVID-19）情報（本サイト）
- 新型インフルエンザ薬「アビガン」マダニ感染症 “SFTSウイルス” 治療薬として世界初承認 富士フィルム富山化学（Yahoo!ニュース，2024/06/27） [NEW!] ※アビガン（Avigan）は商品名で，一般名はファビピラビル（favipiravir，T-705；インフルエンザウイルスのRNAポリメラーゼ阻害剤）
- 重症熱性血小板減少症候群（SFTS）について｜厚生労働省
- 重症熱性血小板減少症候群ウイルス - Wikipedia
- SARSと抗ウイルス薬（本サイト） ｜ 別トピック（MERSコロナウイルス）
［Severe fever with thrombocytopenia syndrome - Wikipedia，Phlebovirus - Wikipedia，Suramin - Wikipedia］
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4j4v（フコースが結合したノロウイルスGII.10のカプシドタンパク質） 同PDBsumデータ4j4v_SVR（スラミン）$ 4wmdのChain A（MERSコロナウイルスのプロテアーゼ） 4rsp（MERSコロナウイルスのプロテアーゼ；Chain A・B） Chain B選択 4yluのChain A（MERSコロナウイルスのプロテアーゼ） 同PDBsumデータ4ylu_R30$ 1q2wのChain A（SARSコロナウイルスのプロテアーゼ） ファビピラビル（favipiravir，T-705；インフルエンザウイルスのRNAポリメラーゼ阻害剤，商品名アビガン Avigan） → Jmolトピック｜エボラ出血熱 ［Favipiravir - Wikipedia］ ファビピラビル三リン酸体T-705RTP（活性体） バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球30％ 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
阻害剤スラミンが結合したSFTSウイルスのヌクレオカプシドタンパク質4j4vとそのPDBsumデータ
［左］ファビピラビル（favipiravir，T-705；商品名アビガン Avigan） ［中］ファビピラビル三リン酸体T-705RTP（活性体）
［右］ファビピラビル活性体例が阻害作用を示す様子の4kn6（ヒトのヒポキサンチン-グアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ）のPDBsumデータ
→ Jmolトピック｜エボラ出血熱