Jmolで見るトピックス分子（12-5）

◆ Jmolで見るトピックス分子（12-5） ◆

→ No.401-410 ｜ 411-420（作成中）｜ 421-430 ｜ 431-440 ｜ 441-450 ｜ 451-460 ｜ 461-470 ｜ 471-480 ｜ 481-490 ｜ 491-500 ←
→ No.501-510 ｜ 511-520 ｜ 521-530 ｜ 531-540 ｜ 541-550 ｜ 551-560 ｜ 561-570 ｜ 571-580 ｜ 561-590 ←
→ Vol.1 ｜ 2 ｜ 3 ｜ 4 ｜ 5 ｜ 6 ｜ 7 ｜ 8 ∥ データ名一覧 ←
→ 最近の本サイトコンテンツから： 2014年にエボラ出血熱感染拡大｜危険ドラッグ ←

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や，RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため，10件ずつ表示するように変更しました（上記書庫も順次修正します）。
※旧版で表示していた一部の参考データ（PDBsumなど）は今後追加します。
※Jmol利用コンテンツはWindows 10でもInternet Explorer 11で閲覧できます。

光合成光化学系I複合体の構造を解明　～光エネルギーの高効率利用に前進～（SPring-8，2015/05/29）

PDBデータ 4xk8のChain A-L・1-4（光化学系I-集光性アンテナタンパク質I複合体；PSI-LHCI）
［Glucose transporter - Wikipedia，Symporter - Wikipedia］

4xk8のChain A-L・1-4（光化学系I-集光性アンテナタンパク質I複合体）　　同色素（クロロフィル，カロテノイド等）と鉄硫黄クラスターのみ　CLA（クロロフィルa）選択　CHL（クロロフィルb）選択　SF4（Fe₄S₄）選択　

バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択　リガンド選択
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色
リガンドの元素記号表示
酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
水素結合表示
S-S結合表示（太）　S原子（Protein中）空間充填
ドット表面表示　α炭素ラベル表示　回転
背景・黒　灰　白　紺

4xk8のChain A-L・1-4（左）とその色素と鉄硫黄クラスター（右）

ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO

酸性

中性

芳香族

塩基性

ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS

極性

酸性

塩基性

非極性（疎水性）

SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP

ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE

ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE

ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG

アミノ酸および特性基の親水性・疎水性｜ Log Pをポケットに！

RCSB PDB 2015/06/10 新規公開データより：4u8u The Crystallographic structure of the giant hemoglobin from Glossoscolex paulistus at 3.2Å resolution

PDBデータ 4u8uの168量体（Chain A-s×4，α炭素とリガンドのみ；Glossoscolex paulistusの巨大ヘモグロビン）

4u8uの168量体（Chain A-s×4，α炭素のみ；Glossoscolex paulistusのヘモグロビン）　同PDBsumデータ4u8u_HEM[201(A)]$
※参考：チューブワーム由来ヘモグロビン1yhu（左）とヒトヘモグロビン1hho（4量体；右）の同時表示
　PDBsumデータ1hho_HEM[143(A)]$　　→ チューブワーム関連データのSITE例

バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択　リガンド選択　水分子表示
空間充填　球棒　球30％　球60％　スティック　針金
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色
リガンドの元素記号表示
酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
水素結合表示
S-S結合表示（太）　S原子（Protein中）空間充填
ドット表面表示　α炭素ラベル表示　回転
背景・黒　灰　白　紺

［左］Glossoscolex paulistusの巨大ヘモグロビン4u8uの168量体（Chain A-s×4）　［右］4u8uとヒトヘモグロビン1hhoのPDBsumデータ比較

Glossoscolex paulistus（g.p.と略記）とヒトのヘモグロビンのヘモグロビンのアミノ酸配列比較（何れもChain A）　※ヒトは2hhbより
→ いろいろな生物のヘモグロビンのアミノ酸配列比較

g.p.（1-50） Asp Asp Asp Cys Cys Ser Ala Glu Asp Arg Arg Glu Ile Gln His Ile Trp Asp Thr Val Trp Ser Ser Ser Phe Thr Asp Arg Lys Val Ala Ile Ala Gly Ala Val Phe Lys Asp Leu Phe His His Tyr Pro Ser Ala Lys Gly Leu

ヒト（1-50） Val Leu Ser Pro Ala Asp Lys Thr Asn Val Lys Ala Ala Trp Gly Lys Val Gly Ala His Ala Gly Glu Tyr Gly Ala Glu Ala Leu Glu Arg Met Phe Leu Ser Phe Pro Thr Thr Lys Thr Tyr Phe Pro His Phe Asp Leu Ser His

g.p.（51-100） Phe Glu Arg Val Lys Val Ala Glu Pro Asp Ser Gly Glu Tyr His Ser His Leu Val Arg Val Ala Asn Gly Leu Asp Leu Leu Ile Asn Leu Phe Gln Asp Thr Gln Val Leu Asp Lys Gln Leu Ala His Leu Ala Glu Gln His Ile

ヒト（51-100） Gly Ser Ala Gln Val Lys Gly His Gly Lys Lys Val Ala Asp Ala Leu Thr Asn Ala Val Ala His Val Asp Asp Met Pro Asn Ala Leu Ser Ala Leu Ser Asp Leu His Ala His Lys Leu Arg Val Asp Pro Val Asn Phe Lys Leu

g.p.（101-150） Leu Arg Lys Gly Val Thr Gln Gln Phe Phe Lys Gly Ile Gly Glu Ser Phe Ala Arg Val Phe Pro Gln Val Ser Ser Cys Phe Asn Leu Glu Ala Trp Asn Arg Cys Phe His Thr Leu Ala Asp Arg Ile Ser Arg Asp Leu Pro His

ヒト（101-141） Leu Ser His Cys Leu Leu Val Thr Leu Ala Ala His Leu Pro Ala Glu Phe Thr Pro Ala Val His Ala Ser Leu Asp Lys Phe Leu Ala Ser Val Ser Thr Val Leu Thr Ser Lys Tyr Arg

食べ物の「コク」、秘密の一端を解明、味の素の研究グループが報告　コク感じるのは「カルシウム感知受容体」（Medエッジ，2015/03/15）

初期表示はγ-グルタミルバリルグリシン（γ-glutamyl-valyl-glycine；γ-Glu-Val-Gly）

空間充填　球棒　球30％　球60％　スティック　針金
ドット表面表示　回転
背景・黒　灰　白　紺

グルタミルバリルグリシン（γ-Glu-Val-Gly）
グルタチオン（glutathione）

グルタミルバリルグリシン（γ-Glu-Val-Gly）

Insecticides May Affect Cognitive Development in Children : Health & Medicine（Nature World News，2015/06/12）　※deltamethrin（デルタメトリン）を以下に。
Pyrethroid Pesticide Use Increases Rates of ADHD in Adolescent Boys in New Study（eNews Park Forest，2015/06/04）
合成ピレスロイド系殺虫剤がADHDのリスク要因である可能性（，2015/01/29）
ピレスロイド系化合物から3-PBA等の代謝物ができる反応図掲載の資料例
- Urinary Concentrations of Metabolites of Pyrethroid Insecticides in the General U.S. Population: National Health and Nutrition Examination Survey 1999-2002（Environ Health Perspect，2010/02/03）　※Figure 1など
- ENVIRONMENTAL HEALTH CRITERIA 82（INTERNATIONAL PROGRAMME ON CHEMICAL SAFETY，2010/02/03）　※metabolism of cypermethrinなど
ピレスロイド - Wikipedia
ピレスロイド系殺虫剤（本サイト）｜農薬分子データ集｜ ADHD薬

初期表示は3-PBA（3-phenoxybenzoic acid；3-フェノキシ安息香酸）

空間充填　球棒　球30％　球60％　スティック　針金
ドット表面表示　回転
背景・黒　灰　白　紺

3-PBA（3-フェノキシ安息香酸）
●天然ピレスロイド
ピレトリンI（pyrethrin I）
ピレトリンII（pyrethrin II）
シネリンI（cinerin I）
シネリンII（cinerin II）
ジャスモリンI（jasmolin I）
ジャスモリンII（jasmolin II）
●合成ピレスロイド
アレスリンI（allethrin I）の例（異性体あり）
アレスリンII（allethrin II）の例（異性体あり）
エトフェンプロックス（etofenprox）
シラフルオフェン（silafluofen）
デルタメトリン（deltamethrin）
ペルメトリン（permethrin）
メトフルトリン（metofluthrin）の例（異性体あり）
トランスフルトリン（transfluthrin）の例（異性体あり）

ピレスロイド系殺虫剤例デルタメトリン（deltamethrin）のとその代謝物例3-PBA（3-フェノキシ安息香酸）

RCSB PDB 2015/06/17 新規公開データより：4qry the ground state and the N intermediate of pharaonis halorhodopsin in complex with bromide ion

PDBデータ 4qry（ハロロドプシン）
［Halorhodopsin - Wikipedia］

バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択　リガンド選択
A-C鎖選択　E-G鎖選択　BRとRET（Br^-とレチナール）選択

空間充填　球棒　球30％　球60％　スティック　針金　消去
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色
リガンドの元素記号表示
酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
水素結合表示
S-S結合表示（太）　S原子（Protein中）空間充填
ドット表面表示　α炭素ラベル表示　回転
背景・黒　灰　白　紺

4qry

RCSB PDB 2015/06/24 新規公開データより：5aun Crystal structure of the HypAB-Ni complex　※他に5auo，5aup，5auq公開。

PDBデータ 5aunの4量体（Chain A-B×2；HypAB-Ni複合体）

5aunの4量体（Chain A-B×2；HypAB-Ni複合体）　同PDBsumデータ5aun_NI$

バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択　リガンド選択
A鎖選択　NI（Ni）選択　ADP選択

空間充填　球棒　球30％　球60％　スティック　針金　消去
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色
リガンドの元素記号表示
酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
水素結合表示
S-S結合表示（太）　S原子（Protein中）空間充填
ドット表面表示　α炭素ラベル表示　回転
背景・黒　灰　白　紺

HypAB-Ni複合体5aunの4量体（Chain A-B×2）とそのPDBsumデータ（Niイオン）

RCSB PDB 2015/07/01 新規公開データより：4tl7 Crystal structure of N-terminal C1 domain of KaiC　※他に4tl6・4tl9-4tle公開。

PDBデータ 4tl7（時計タンパク質KaiCのN末端ドメイン）
［KaiC - Wikipedia，Circadian rhythm - Wikipedia］

4tl7（時計タンパク質KaiC）　同PDBsumデータ4tl7_ATP$
※参考（別研究によるKaiC構造例）
7v3xのChain P・Q（時計タンパク質KaiC）　ADP選択
1tf7（時計タンパク質KaiC）

バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択　リガンド選択
A鎖選択　ATP選択

空間充填　球棒　球30％　球60％　スティック　針金　消去
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色
リガンドの元素記号表示
酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
水素結合表示
S-S結合表示（太）　S原子（Protein中）空間充填
ドット表面表示　α炭素ラベル表示　回転
背景・黒　灰　白　紺

時計タンパク質KaiCのN末端ドメイン4tl7（空間充填表示がATP）とそのPDBsumデータ（ATP + Mg²⁺）

時計タンパク質KaiC 7v3xのChain P・Q

今月の分子 187: ニューデリーメタロβラクタマーゼ（New Delhi Metallo-β-Lactamase, NDM-1）（PDBj，2015/07）｜ Molecule of the Month（PDB）　※“ここに示す構造(PDBエントリー 4eyl )は、高度先進型のカルバペネム系抗生物質 (carbapenem antibiotic)を分解した直後の酵素”の4eylを以下に。

PDBデータ 4eylのChain A（ニューデリー・メタロ-β-ラクタマーゼ1，NDM-1）
［New Delhi metallo-beta-lactamase 1 - Wikipedia，Carbapenem-resistant enterobacteriaceae - Wikipedia］

4eylのChain A（ニューデリー・メタロ-β-ラクタマーゼ1，NDM-1）　同PDBsumデータ4eyl_0RV$（Znイオン2個含む）　0RV選択
3q6xのChain A（NDM-1）　同PDBsumデータ3q6x_ZZ7$（Znイオン2個含む）

バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択　リガンド選択

空間充填　球棒　球30％　球60％　スティック　針金　消去
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色
リガンドの元素記号表示
酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
水素結合表示
S-S結合表示（太）　S原子（Protein中）空間充填
ドット表面表示　α炭素ラベル表示　回転
背景・黒　灰　白　紺

加水分解されたメロペネム（meropenem）が結合したニューデリー・メタロ-β-ラクタマーゼ1（NDM-1）構造例4eylのChain AとそのPDBsumデータ

RCSB PDB 2015/07/08 新規公開データより：4z5r Rontalizumab Fab bound to Interferon-a2

PDBデータ 4z5rのChain A・B・N（インターフェロンα2に結合したrontalizumabのFabフラグメント）
［Rontalizumab - Wikipedia，Interferon alfa - Wikipedia］

バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択　リガンド選択
N鎖（インターフェロンα2）選択

空間充填　球棒　球30％　球60％　スティック　針金　消去
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色
リガンドの元素記号表示
酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
水素結合表示
S-S結合表示（太）　S原子（Protein中）空間充填
ドット表面表示　α炭素ラベル表示　回転
背景・黒　灰　白　紺

インターフェロンα2に結合したrontalizumabのFabフラグメント4z5rのChain A・B・N

CAS番号の登録が1億個突破！（Chem-Station，2015/07/10）

CAS登録番号 1786400-23-4 の化合物（C₃₃H₃₇ClN₆O₄Si；CAS登録1億件目）
［CAS Registry Number - Wikipedia］

空間充填　球棒　球30％　球60％　スティック　針金
ドット表面表示　回転
背景・黒　灰　白　紺

CAS RN 1786400-23-4（左）とCASトップページ（右，2015/07/13）

「生活環境化学の部屋」ホームページ｜ Jmol版「分子の学習帳」