- インフルエンザウイルスの増殖に関わるタンパク質を同定 - 東大とJST（マイナビニュース，2014/11/21）
- 東大など、インフルエンザウイルスの増殖機構を解明 ─関与たんぱく質323個発見（日刊工業新聞，2014/11/21）
- 東大、インフルエンザの増殖に関わる宿主タンパク質を明らかに（財経新聞，2014/11/23）
- ルキソリチニブ - Wikipedia ｜ siRNA
- 新型インフルエンザ情報（本サイト） ｜ DNAとRNAのいろいろな姿（siRNAデータ例あり）
［Ruxolitinib - Wikipedia］
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ルキソリチニブ（ruxolitinib） ゴルジシドA（Golgicide A；異性体あり） ※参考（ルキソリチニブが結合したPDBデータ）：4u5jのChain A（がん原遺伝子チロシンプロテインキナーゼC-Src；） 同PDBsumデータ4u5j_RXT$ → Jmol別トピック バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］「GoogleドライブとChem3D for iPad／RCSB PDB Mobileで分子を見る」によるルキソリチニブ（ruxolitinib）の表示
［中・右］同分子が結合した がん原遺伝子チロシンプロテインキナーゼC-Src 4u5jのPDBsumデータ
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●アミノ色表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
●疎水性インデックス順
ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
●有機概念図I/O値順（特性基 R）
ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
●等電点順
ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG
アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！
- NHKクローズアップ現代「忍び寄る病 ～“COPD”の脅威～」 - Togetterまとめ
- 22年市場予測 COPD治療薬と骨粗鬆症治療薬 13年比でそれぞれ４割増 富士経済調べ（ミクスOnline，2014/11/13）
- 慢性閉塞性肺疾患(COPD) - メルクマニュアル 第18版 日本語版
- COPDの治療（COPD情報サイト GOLD-jac.jp）
- 慢性閉塞性肺疾患 - Wikipedia ｜ 腫瘍壊死因子 ∥ Tiotropium bromide …COPD治療薬例
- ためしてガッテン「 患者600万人！恐怖の脳ホネ心臓ボロボロ病」（NHK，2012/04/11放映）
- NHK「ためしてガッテン 悪魔の物質」の反響 - Togetter
- Small-Molecule Inhibition of TNF-α（Science，2005/11/11） …下掲2az5論文
［Tumor necrosis factors - Wikipedia］
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2az5のChain A・B（TNF-α；阻害剤含む） Leu選択（消去用；C末端のLeu） 同PDBsumデータ2az5_307$ チオトロピウム（tiotropium；臭化物がCOPD治療薬例） バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
阻害剤が結合したTNF-α（腫瘍壊死因子α）2az5のChain A・BとそのPDBsumデータ
- Structures of the Inducer-Binding Domain of Pentachlorophenol-Degrading Gene Regulator PcpR from Sphingobium chlorophenolicum（Int. J. Mol. Sci.，2014/11/12）
- Facebookタイムライン画像（PDBe，2014/11/26）
- 微生物によるバイオレメディエーション（環境省）
- バイオレメディエーション - Wikipedia
- バイオレメディエーションとファイトレメディエーション（本サイト） ｜ 新規POPs有害物質リスト ｜ 環境ホルモンとして疑われている化合物の例 ｜ 化学物質過敏症・シックハウス情報
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4rpnのChain A（PCP分解転写活性化タンパク質PcpR；ペンタクロロフェノールが結合） 同PDBsumデータ4rpn_PCI [401(D)]$ ペンタクロロフェノール バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
ペンタクロロフェノール（pentachlorophenol）が結合したPCP分解転写活性化タンパク質PcpR 4rpnのChain AとそのPDBsumデータ
- Modified T4 Lysozyme Fusion Proteins Facilitate G Protein-Coupled Receptor Crystallogenesis（Structure，2014/11/04）
- M3ムスカリン作動性アセチルコリン受容体の活性化状態が哺乳類の嗅覚受容体シグナル伝達を調節する（Science Signaling，2011/01/11）
- アセチルコリンとアセチルコリン受容体 ～副交感神経を中心に～（ストレスと自律神経の科学）
- アセチルコリン受容体 - Wikipedia
- GPCR - 2012年ノーベル化学賞（本サイト）
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4u14（M3ムスカリン性アセチルコリン受容体；アンタゴニストのチオトロピウムが結合） 同PDBsumデータ4u14_0HK$ チオトロピウム（tiotropium） バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
アンタゴニストのチオトロピウム（tiotropium）が結合したM3ムスカリン性アセチルコリン受容体4u14とそのPDBsumデータ
- Crystal structure of the human OX2 orexin receptor bound to the insomnia drug suvorexant（Nature，2014/12/22）
- MSD 新規作用の不眠症治療薬ベルソムラ錠を発売（ミクスOnline，2014/11/27） ※“一般名：スポレキサント”はスボレキサントの誤記。
- 24時間化、ストレス…現代社会を反映？ 新タイプの睡眠薬が登場（ZAKZAK，2015/02/20）
- 従来とは異なる作用機序を持つ睡眠薬が登場（財経新聞，2014/11/28）
- 依存性抑えた新型睡眠薬 11月中にも発売（朝日，2014/11/04）
- Suvorexant -- Latest Comments, And Replies -- On My Other Back-Up Site: Timing Of Any FDA Approval（shearlings got plowed，2014/02/20）
- オレキシン - 脳科学辞典
- ベルソムラ（スボレキサント）の作用機序：睡眠薬（役に立つ薬の情報～専門薬学）
- スボレキサント - Wikipedia ｜ オレキシン
- GPCR - 2012年ノーベル化学賞（本サイト） ｜ 別トピック
- オレキシン関連新規記事（2015/11/13）
- 睡眠覚醒に関わるオレキシンの作動薬を発見 ―ナルコレプシーの治療薬に期待＝筑波大・長瀬、柳沢氏（財経新聞，2015/11/11） ※記事中のYN-1055を以下に追加。
［Suvorexant - Wikipedia，Orexin receptor - Wikipedia］
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4rnb（スボレキサントが結合したオレキシン2受容体） 同PDBsumデータ4rnb_SUV$ スボレキサント（suvorexant） YN-1055 バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［右］4rnbとスボレキサント（suvorexant） ［左］YN-1055
YN-1055論文掲載図（上）およびそれを参考にしたスボレキサント（suvorexant）が結合したオレキシン2（OX2）受容体4rnb（現在4s0vに置換）のPDBsumデータとYN-1055（下）
- 光化学系II複合体の正確な三次元原子構造を解明 －人工光合成開発への糸口に－（SPring-8，2014/11/27） ※“日本の温泉由来のラン藻の一種から取り出した光化学系II複合体の良質な結晶を作成し…”。
- Native structure of photosystem II at 1.95 Å resolution viewed by femtosecond X-ray pulses（Nature，2014/11/26）
- 光合成の鍵を握る光化学系II複合体の結晶構造を解明（Nature特集記事，2015/01/22）
- 構造生物学： 光化学系IIのさらに精確な構造（Nature ハイライト，2015/01/01）
- 現実味帯びる「人工光合成」 兵庫の研究機関に世界注目（神戸新聞，2015/01/15）
- 光合成 - Wikipedia
- 光合成に関係する生体分子PDB 3ARCの部分構造例（本サイト） ｜ 光合成に関係する生体分子のSITE例
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4ub6のChain A（Thermosynechococcus vulcanusの光化学系IIの構造） ※参考：Mn4CaO5クラスターを含む別データ例 3arcのChain A（Thermosynechococcus vulcanusの光化学系II；現在3arcは3wu2に更新） 同PDBsumデータ 3arc_OEX（Mn4CaO5クラスター；水4分子追加）*$ → 光合成に関係する生体分子PDB 3ARCの部分構造例 4pj0のChain A（Thermosynechococcus elongatusの光化学系II） 同PDBsumデータ 4pj0_OEX$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 Mn4CaO5クラスター選択 クロロフィルa（CLA）選択 水分子選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
3wu2，4ub6，4ub8のMn4CaO5クラスターのPDBsumデータ比較
Mn4CaO5クラスターの比較
- Ambidextrous binding of cell and membrane bilayers by soluble matrix metalloproteinase-12（Nature Communications，2014/11/21）
- 分子細胞情報学（岩田研究室） | 京都大学大学院医学研究科・医学部分子生体統御学講座
- 脂質二重層 - Wikipedia ｜ マトリックスメタロプロテアーゼ
- アセチルコリン受容体 - Wikipedia
- 膜タンパク質データ集メニュー（本サイト）
［Matrix metallopeptidase 12 - Wikipedia］
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2mlrのModel 1（細胞膜二重層に結合したMMP-12） 同Model 2（元データにはModel 14まであり） バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
2mlrのModel 1と2のアニメーション（元データにはModel 14まであり）
- The Crystal Structure of TAL Effector PthXo1 Bound to Its DNA Target（Science，2012/01/05）
- A ligation-independent cloning technique for high-throughput assembly of transcription activator|[ndash]|like effector genes（Nature Biotechnology，2013/01/01）
- TALエフェクターヌクレアーゼ（TALEN）を用いた効率的な遺伝子改変ラットの作製技術（京都大学，2013/02/13）
［TAL effector - Wikipedia］
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バックボーン 二次構造 DNA/RNA（ATGCU，backbone） 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
- Activation of Wild-Type Cytochrome P450BM3 by the Next Generation of Decoy Molecules: Enhanced Hydroxylation of Gaseous Alkanes and Crystallographic Evidence（ACS Catalysis，2015/05/01）
- 名古屋大・渡辺芳人教授らの「シトクロムP450酵素へのデコイ分子添加による触媒活性制御」に関する論文をChemistry Viewsが紹介（ワイリー・サイエンスカフェ，2012/08/17）
- 荘司長三・渡辺芳人，『【研究物語】酵素を“誤作動”させて行う有機合成 ──酵素反応を有機化学に利用するための反応制御』，「化学」，2013年9月号
- シトクロムP450 - Wikipedia
- P450データ集メニュー（本サイト）
［Cytochrome P450 - Wikipedia］
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3wspのChain A（N-パーフルオロノナノイル-L-トリプトファンが結合したP450BM3） 同PDBsumデータ3wsp_W09$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HEM（ヘム）選択 W09（N-パーフルオロノナノイル-L-トリプトファン）選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
“デコイ分子”としてN-パーフルオロノナノイル-L-トリプトファン（空間充填表示）が結合したP450BM3の構造2az5のChain AとそのPDBsumデータ
- 結晶 - Wikipedia ※上記ページにリンク。
- 日本コンピュータ化学会＠サイエンスアゴラ2014（2014/11/8-9，東京お台場地域） ※テーブル展示が世界結晶年2014日本委員会の共催で催され，IYCr2014の国内イベント情報からもリンクされました。
- Winmostarクラウド ※右上の“クラウド版トライアル”で利用可能。表示窓下の［CifDatabase］でサンプル結晶構造を参照できます。
「GoogleドライブとChem3D for iPad／RCSB PDB Mobileで分子を見る」によるNaCl結晶構造