- 最近の微小管関連ニュース例：アレルギー反応を引き起こす化学物質が放出されるメカニズムを解明 ～アレルギー疾患の治療応用へ期待～（JST，2014/06/09）
- パクリタキセル（paclitaxel；商品名 タキソール Taxol）関連論文例
- P糖タンパク質（ABCB1）関連別研究
- Cryo-EM structure of P-glycoprotein bound to triple elacridar inhibitor molecules（Biochemical and Biophysical Research Communications，2024/03/21） ※2024/04/17公開データ8y6h（下掲）・8y6i
- Structural insights into binding-site access and ligand recognition by human ABCB1（EMBO Journal，2025/01/13） [NEW!] ※2025/01/22公開データ9cr8・9ctc（下掲）・9ctf・9ctg
- Structural insights into brassinosteroid export mediated by the Arabidopsis ABC transporter ABCB1（Plant Communications，2025/01/13） [NEW!] ※2025/03/12公開データ8zpx・8zpz（下掲）・8zq4
- 微小管 - Wikipedia
［Microtubule - Wikipedia］
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3j2u（チューブリン-キネシン様タンパク質Klp10A複合体；Chain ACがα-チューブリン，BDがβ-チューブリン，KがKlp10A） K鎖選択 1jff（チューブリン；パクリタキセル〈商品名 タキソール Taxol〉結合） 同PDBsumデータ 1jff_TA1$ 1jff（チューブリン；パクリタキセル〈商品名 タキソール Taxol〉結合） 同PDBsumデータ 1jff_TA1$ 6qexのChain A（パクリタキセルが結合したP糖タンパク質ABCB1） TA1（パクリタキセル）選択 同PDBsumデータ 6qex_TA1$ ［P-glycoprotein - Wikipedia］ ｜ パクリタキセル（paclitaxel；商品名 タキソール Taxol） 8y6hのChain A（エラクリダール〈elacridar〉）が結合したP糖タンパク質） 同PDBsumデータ 8y6h_lp[1603(A)]$ 9ctc（ABCB1；ゾスキダル〈zosuquidar〉結合） ZQU（ゾスキダル）選択 同PDBsumデータ 9ctc_ZQU[1302(A)]$ 8zpz（ABCB1；ブラシノリド〈brassinolide〉結合） 同PDBsumデータ 8zpz_BLD$ ［Brassinolide - Wikipedia］ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左・中］パクリタキセル（paclitaxel，商品名 タキソール Taxol）を含むチューブリン-キネシン複合体3edlの165量体（Chain ABDFG×33；α炭素のみ）
［右］パクリタキセル（商品名 タキソール Taxol）が結合したチューブリン1jffのPDBsumデータ
［左］パクリタキセル（paclitaxel，商品名 タキソール Taxol）
［中・右］（パクリタキセルが結合したP糖タンパク質ABCB1 6qexのChain AとPDBsumデータ
左から エラクリダール（elacridar）が結合したABCB1 8y6hのChain AとPDBsumデータ，
ゾスキダル（zosuquidar）が結合したABCB1 9ctcとPDBsumデータ
ブラシノリド（brassinolide）が結合したABCB1 8zpzとPDBsumデータ
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●アミノ色表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
●疎水性インデックス順
ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
●有機概念図I/O値順（特性基 R）
ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
●等電点順
ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG
アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！
- NMDA receptor structures reveal subunit arrangement and pore architecture（Nature，2014/06/22）
- 構造生物学： NMDA受容体の小孔の構造（Nature ハイライト，2007/07/10）
- PDBj Facebook記事（2014/07/02）
- NMDA受容体関連別研究
- Structural basis of ketamine action on human NMDA receptors（Nature，2021/07/28） ※邦題『構造生物学：ヒトNMDA受容体に対するケタミンの作用の構造基盤』（Nature v596 n7871）。2021/08/11公開7eu7（GluN1-GluN2A，下掲）・7eu8（GluN1-GluN2B）。
- Brain regionーspecific action of ketamine as a rapid antidepressant（Science，2024/08/06）
- Ketamine interrupts machine gun-like neural activity to alleviate depression（PNAS，2024/08/30）
- Advancements in NMDA Receptor-Targeted Antidepressants: From d-Cycloserine Discovery to Preclinical Efficacy of Lu AF90103（Journal of Medicinal Chemistry，2024/11/19） [NEW!] ※2024/11/27公開9gie・9gif・9gic・9gid・9gib・9gig・9gj1（下掲）
- 痛みと鎮痛の基礎知識 - Pain Relief ーNMDA受容体拮抗薬
- NMDA型グルタミン酸受容体 - Wikipedia
［NMDA receptor - Wikipedia］
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4tll（GluN1/GluN2B NMDA受容体） QEM（Ro25-6981）選択 JEG（t-ACBD）選択 1AC（ACPC）選択 同PDBsumデータ4tll_QEM [901(B)]$ 同PDBsumデータ4tll_JEG$ 同PDBsumデータ4tll_1AC$ ※別研究より 7eu7のChain D（GluN1-GluN2A NMDA受容体；(S)-ケタミンが結合） 同PDBsumデータ7eu7_JC9$ ｜ PDBsumデータ7eu8_JC9（GluN1-GluN2B）$ 9gj1のChain B（NMDA 1；compound 42dが結合，cif→pdb変換） 同PDBsumデータ9gj1_lp$ ※参考（ケタミン関連）：(S)-ケタミン（(S)-ketamine） ｜ (R)-ケタミン → 抗うつ剤と神経伝達物質（本サイト）｜危険ドラッグ｜別トピック バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 糖鎖別着色： Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
S-ケタミン（S-ketamine）とR-ケタミン（R-ketamine）
GluN1/GluN2B NMDA受容体4tllとPDBsumデータ（リガンドは左からRo25-6981，t-ACBD，ACPC）
(S)-ケタミンが結合したGluN1-GluN2A NMDA受容体7eu7のChain DとPDBsumデータ（GluN1-GluN2Bの7eu8との比較）
compound 42dが結合したNMDA 1 9gj1のChain BとPDBsumデータ
- CDK9 inhibitor FIT-039 prevents replication of multiple DNA viruses（JCI，2014/07/08）
- 薬剤耐性ウイルス抑える化合物 京大チームが開発（中日新聞，2014/07/09）
- FIT-039関連別記事例
- サイクリン - Wikipedia
- 抗生物質・抗菌剤／耐性菌／院内感染（本サイト） ｜ 別トピック
［Cyclin-dependent kinase 9 - Wikipedia］
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FIT-039 ※参考（CDK9構造例；上掲JCI誌論文に記載の3TN8, 3BLQ, 3BLRから）：3tn8（CDK9/サイクリンT複合体；阻害剤CAN508が結合） * A鎖（CDK9）選択 F18（CAN508）選択 同PDBsumデータ 3tn8_F18$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
[左]FIT-039（FIT039） ［右］阻害剤CAN508が結合したCDK9/サイクリンT複合体3tn8のPDBsumデータ
［Photosystem II - Wikipedia］
- Serial time-resolved crystallography of photosystem II using a femtosecond X-ray laser（Nature，2014/07/09）
- 構造生物学： 光化学系IIの構造のX線を使って得られたスナップショット（Nature ハイライト，2014/09/11）
- 光合成に関係する生体分子PDB 3ARCの部分構造例（本サイト）
［Photosystem II - Wikipedia］
- Degradation of human hemoglobin by organic C-nitroso compounds（Chemical Communications，2013/10/17）
- ヘモグロビン（本サイト） …4m4aの全体構造はこちらに（2量体）
- 「脱法ドラッグ」新呼称は「危険ドラッグ」に（NHK，2014/07/22）
- 脱法ドラッグ、追いつめろ 新物質次々、規制方法を模索（朝日，2014/07/17）
- 舩田正彦，『【解説】 脱法ハーブには何が入っているのか？──混入化合物とその人体への影響』，「化学」，2012年11月号
- 脱法ハーブについて（有機化学美術館・分館，2012/05/20）
- 危険ドラッグ（本サイト） ｜ 「亀-C-C-N」構造をもつ脳内物質のSITE例
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5F-AMBとAB-CHMINACAの同時表示 5F-AMB AB-CHMINACA JWH-018 参考（MDMA結合PDBsumデータ例）：同PDBsumデータ 3gm0_B41$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
MDMAが結合した抗メタンフェタミン単鎖Fv 3gm0のPDBsumデータ
- 認知症薬候補シロスタゾール（cilostazol） - Togetterまとめ
- 「シロスタゾール」の検索結果 - Yahoo!検索（リアルタイム）
- シロスタゾール - Wikipedia ｜ インスリン
- 小板薬「シロスタゾール」は認知症の進行予防に有効 - 国循（マイナビニュース，2014/02/28）
- 今月の分子 No.014: インシュリン（Insulin）（PDBj，2001/02） ｜ Molecule of the Month（PDB）
- 見つめて 触れて 語りかけて ～認知症ケア“ユマニチュード”～ - NHK クローズアップ現代（マイナビニュース，2014/02/05放送）
- アルツハイマー病治療薬（本サイト）
［Cilostazol - Wikipedia，Insulin - Wikipedia］
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シロスタゾール（cilostazol） 1trz*（インスリンの構造例） 同Chain A・B バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
「GoogleドライブとChem3D for iPadで分子を見る」によるシロスタゾール（cilostazol）の表示
- エボラ出血熱緊急対応（国境なき医師団，2014/07/03～）
- 米国防総省がエボラ熱専門チーム 感染拡大に対応（47NEWS，2014/08/06）
- エボラ出血熱 支援の外国人の感染相次ぐ（NHK，2014/08/06）
- エボラ感染の米医師、未承認薬で「奇跡的に」容体改善か（CNN Japan，2014/08/05） ※モノクローナル抗体“ZMapp”（ジーマップ，Zマップ），PDF資料例。
- エボラ出血熱の感染の現状は？ 「国境なき医師団」が5日午後に記者会見（THE PAGE，2014/08/05） [NEW!；会見映像保存]
- エボラ出血熱に医師が感染 「命の恩人を助けたい」14歳少年が血清を提供（ハフポ，2014/08/04）
- エボラ感染の米国人医師が帰国、米国で治療受ける初の患者（AFPBB News，2014/08/03）
- エボラ出血熱のワクチン、9月にも人間に投与実験 米国（CNN Japan，2014/08/02）
- エボラ出血熱 WHO「緊急事態」か判断へ（NHK，2014/08/02）
- エボラ出血熱拡大、各国が非常事態宣言 国境封鎖も（朝日，2014/08/02）
- エボラウイルスから身を守る方法（AFPBB News，2014/08/01）
- 米当局、エボラ熱感染地域への不要不急の渡航自粛を勧告（ロイター，2014/08/01）
- エボラ流行は「悪化の一途」、ボランティアも退避（CNN Japan，2014/07/31）
- 西アフリカで流行続くエボラ出血熱 海を越えて日本上陸はあるのか（THE PAGE，2014/07/31）
- エボラ感染拡大阻止へリベリアが学校閉鎖、特定地域の隔離も検討（ロイター，2014/07/31）
- エボラ熱流行拡大のシエラレオネ、「国民的英雄」の医師も死亡（ロイター，2014/07/30）
- エボラ出血熱、リベリアで米医療関係者２人が感染（CNN Japan，2014/07/28）
- エボラ熱対策の「英雄」も発症、感染拡大のシエラレオネで（ロイター，2014/07/24）
- In Silico Derived Small Molecules Bind the Filovirus VP35 Protein and Inhibit Its Polymerase Cofactor Activity（Journal of Molecular Biology，2014/05/15） ※エボラウイルスのVP35タンパク質4ibbを以下に（同研究では他に4ibc-4ibk；下記3csy含め何れもザイール株）
- Cover Story: エボラウイルスの構造：ヒト生存者由来の抗体に結合した三量体表面タンパク質（Nature，2008/07/10） ※3csyを以下に
- WHO | Ebola virus disease
- エボラ出血熱 - Wikipedia
- エボラ出血熱 - 国立感染症研究所
［Ebola virus disease - Wikipedia］
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4ibb（エボラウイルスのVP35タンパク質） 同PDBsumデータ 4ibb_1DK$ 3csy#（エボラウイルス糖タンパク質3量体；ヒト由来抗体結合） バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 糖鎖別着色： Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
上掲Cover Story掲載のNature表紙と当該データ3csy（ヒト由来抗体が結合したエボラウイルス糖タンパク質3量体；画像クリックで拡大）
- Structure of Influenza Virus N7: the Last Piece of the Neuraminidase “Jigsaw” Puzzle（Journal of Virology，2014/06/04）
- 鳥インフルエンザ＆新型インフルエンザ情報（本サイト） [RENEWAL!]
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バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） G39（GS4071）選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 糖鎖別着色： Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
オセルタミビル（oseltamivir；商品名タミフル）の代謝活性体GS4071が結合したインフルエンザウイルスのノイラミニダーゼ3cl0（N1）と4qn7（N7）のPDBsumデータ