ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
PDBデータ 1yy9#(上皮増殖因子受容体に結合したセツキシマブ)
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バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 糖鎖別着色:Gal,α-Glc,β-Glc,Man,Fuc,Xyl,Sia,GalNAc,GlcNAc,GlcA 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
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4g1q(非核酸系逆転写酵素阻害剤リルピビリン〈リルピヴィリン〉が結合したHIV-1ウイルスの逆転写酵素) 同PDBsumデータ4g1q_T27$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
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バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 糖鎖別着色:Gal,α-Glc,β-Glc,Man,Fuc,Xyl,Sia,GalNAc,GlcNAc,GlcA 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
ラニナミビルオクタン酸エステル水和物(CS-8958;ラニナミビルのプロドラッグ)
[Laninamivir - Wikipedia]
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バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 gp120(A・E・I鎖)選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 糖鎖別着色:Gal,α-Glc,β-Glc,Man,Fuc,Xyl,Sia,GalNAc,GlcNAc,GlcA 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
参考:(R)-ケタミンを含むPDBデータ4f8h*(リガンド開口型イオンチャネル〈GLIC〉)
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バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
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バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 Arg28およびTrp74選択 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
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バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HQL(阻害剤HQL-79)選択 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |