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全選択 タンパク質選択 リガンド選択 DNA/RNA選択 DNA選択 DNA/RNA backbone選択 （*印のみ） HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球10％ 球30％ 球60％ スティック（太） 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 ∥ 濃赤 緑 濃ピンク 橙 糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 ｜ S-S結合表示 ｜ ｜ 背景・黒 灰 白 紺 Chain選択： A B C D E F G H I J K L M N O P |
◆プロテアーゼ阻害剤関連 1aid〈C23H27ClFNOS2（プロテアーゼ阻害剤）〉 1hpx*〈KNI-272（プロテアーゼ阻害剤）〉 1hsg〈インジナビル／indinavir／IDV（プロテアーゼ阻害剤）〉 ｜ インジナビル／（indinavir） 1hxb〈サキナビル／saquinavir／SQV（プロテアーゼ阻害剤）〉 1hxw〈リトナビル／ritonavir／RTV（プロテアーゼ阻害剤）〉 同PDBsumデータ 1hxw_RIT$ 1msm〈KNI-764（プロテアーゼ阻害剤）〉 1mui〈ロピナビル／lopinavir／LPV（プロテアーゼ阻害剤）；lopinavirは座標2種のうちAのみ〉 1ohr〈メシル酸ネルフィナビル／nelfinavir mesylate／NFV（プロテアーゼ阻害剤）〉 1rl8〈リトナビル／ritonavir／RTV（プロテアーゼ阻害剤）〉 2aqu*〈アタザナビル／atazanavir／ATV（プロテアーゼ阻害剤）；atazanavirは座標2種のうちAのみ〉 2f8g〈ダルナビル／darunabir／TMC-114（プロテアーゼ阻害剤）；TMC-114は座標2種のうちAのみ〉 2fgv〈サキナビル／saquinavir／SQV（プロテアーゼ阻害剤）〉 2hc0*〈AB-2（プロテアーゼ阻害剤）；リガンド・水分子は座標2種のうちAのみ〉 2i4d〈GS-8373（プロテアーゼ阻害剤）〉 2i4u〈TMC-126（プロテアーゼ阻害剤）〉 2i4w〈GS-8374（プロテアーゼ阻害剤）〉 2j9j*〈JG-365（プロテアーゼ阻害剤）；阻害剤の複数座標混在〉 2j9k〈MVT-101（プロテアーゼ阻害剤）；B鎖NLEの複数座標混在〉 2qci〈GRL-98065（プロテアーゼ阻害剤）；A鎖Arg8ほか，B鎖Lys107ほか，GRL-98065は座標2種のうちAのみ〉 2o4p〈チプラナビル／tipranavir／TPV（プロテアーゼ阻害剤）〉 2p3a〈TL-3（プロテアーゼ阻害剤）；リガンドは座標2種のうちAのみ〉 2pk5〈KNI-10075（プロテアーゼ阻害剤）；リガンドは座標2種のうちAのみ〉 2pk6〈KNI-10033（プロテアーゼ阻害剤）；リガンドは座標2種のうちAのみ〉 2psu〈CARB-AD37（プロテアーゼ阻害剤）〉 2psv〈CARB-KB45（プロテアーゼ阻害剤）〉 2pym〈ネルフィナビル／nelfinavir／NFV（プロテアーゼ阻害剤）〉 2qnn*〈ピロリジン誘導体の例（プロテアーゼ阻害剤）；リガンドは座標2種のうちAのみ〉 2zye*〈KNI-272（プロテアーゼ阻害剤）；中性子回折データ〉 KNI（KNI-272）選択 D（重水素）選択 ※PDBsumデータ集参照 3a07（抗HIVタンパク質アクチノヒビン） 同Chain A 3bhe〈“three armed pyrrolidine derivative”（プロテアーゼ阻害剤）〉 3cyw〈ダルナビル／darunabir／TMC-114（プロテアーゼ阻害剤）；darunavirおよび近傍アミノ酸は座標2種のうちAのみ〉 3dk1〈GRL-0105A（プロテアーゼ阻害剤）；リガンドは座標2種のうちAのみ〉 3ekv〈アンプレナビル／amprenavir（プロテアーゼ阻害剤）〉 3ggt〈ダルナビル／darunabir（プロテアーゼ阻害剤）；リガンドは座標2種のうちAのみ〉 3h5b〈GRL-02031（プロテアーゼ阻害剤）；リガンドは座標3種のうちAのみ〉 |
●核酸系／非核酸系逆転写酵素阻害剤関連，インテグラーゼ阻害剤関連
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全選択 タンパク質選択 リガンド選択 DNA/RNA選択 DNA選択 DNA/RNA backbone選択 （*印のみ） HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球10％ 球30％ 球60％ スティック（太） 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 ∥ 濃赤 緑 濃ピンク 橙 糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 ｜ S-S結合表示 ｜ ｜ 背景・黒 灰 白 紺 Chain選択： A B C D E F G H I J K L M N O P |
◆核酸系逆転写酵素阻害剤関連 1n5yのChain A・P・T〈ジドブジン／zidovudine monophosphate／ZDVMP（核酸系逆転写酵素阻害剤）〉 1t03のChain A・P・T〈テノホビル／tenofovir／TDF（核酸系逆転写酵素阻害剤）〉 ◆非核酸系逆転写酵素阻害剤関連 1fk9のChain A〈エファビレンツ／efavirenz／EFV（非核酸系逆転写酵素阻害剤）〉 1lwcのChain A〈ネビラピン／nevirapine／NVP（非核酸系逆転写酵素阻害剤）〉 2ic3*〈HBY 097（非核酸系逆転写酵素阻害剤）〉 2opp*〈GW420867X（非核酸系逆転写酵素阻害剤）〉 2rki〈非核酸系逆転写酵素阻害剤〉 2vg5*〈チオカルバメート系非核酸系逆転写酵素阻害剤〉 2won〈UK-453061（非核酸系逆転写酵素阻害剤）〉 2zd1〈リルピビリン／リルピヴィリン／rilpivirine／TMC-278（非核酸系逆転写酵素阻害剤）〉 3c6t〈非核酸系逆転写酵素阻害剤〉 3dle〈GF128590（非核酸系逆転写酵素阻害剤）〉 3dlg〈GW564511（非核酸系逆転写酵素阻害剤）〉 3dok*〈GW678248（非核酸系逆転写酵素阻害剤）〉 3dol〈GW695634（非核酸系逆転写酵素阻害剤）〉 3drp〈MK-4965（非核酸系逆転写酵素阻害剤）〉 3dya〈ピラゾール系（非核酸系逆転写酵素阻害剤）〉 ◆インテグラーゼ阻害剤関連 1a5v*〈Y3（インテグラーゼ阻害剤）〉 1qs4のChain A〈5CITEP（インテグラーゼ阻害剤）〉（Web資料[PDF]参照）3l2t*〈ラルテグラビル／raltegravir／MK-0518（インテグラーゼ阻害剤）；インテグラーゼはプロトタイプ泡沫状ウイルス由来〉 3l2u〈エルビテグラビル〔エルビテグラビア〕／elvitegravir／GS-9137／JTK-303（インテグラーゼ阻害剤）；インテグラーゼはプロトタイプ泡沫状ウイルス由来〉 [国内では2013年3月承認] ELV（elvitegravir）選択 3s3m〈ドルテグラビル／dolutegravir（インテグラーゼ阻害剤；プロトタイプフォーミーウイルス（PFV）のインテグラーゼとDNAに結合）〉 ｜ 同Chain A ｜ 同PDBsumデータ 3s3m_DLU$ → Jmolトピック ◆カプシド（キャプシド）阻害剤関連 6v2fのChain A〈lenacapavir／GS-6207（カプシド阻害剤；HIV-1カプシドに結合）〉 同PDBsumデータ6v2f_QNG[300(A)]$ → Jmolトピック |
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全選択 タンパク質選択 リガンド選択 DNA/RNA選択 DNA選択 DNA/RNA backbone選択 （*印のみ） HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球10％ 球30％ 球60％ スティック（太） 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 ∥ 濃赤 緑 濃ピンク 橙 糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 ｜ S-S結合表示 ｜ ｜ 背景・黒 灰 白 紺 Chain選択： A B C D E F G H I J K L M N O P |
◆その他 2i5j*〈DHBNH（逆転写酵素の一部であるリボヌクレアーゼH阻害剤）〉 4mbsのChain A〈マラビロク／maraviroc（ケモカイン受容体CCR5阻害剤）〉 同PDBsumデータ 4mbs_MRV$ MRV（マラビロク）選択 ［CCR5 - Wikipedia，Maraviroc - Wikipedia］ [NEW!；Scientist記事（2013/09/12）参照] ◆グリッドコンピューティングによるHIV関連治療薬候補探索で用いられたタンパク質 HIV-1 Protease 《1a30》 ★ HIV Integrase 《1hyv》 ★ HIV gp41 《1czq》 ★ HIV gp120 《1g9m》 ★ ★ Find-a-Drug: Projects - HIV（現在終了；Team Japan HIV，World Community Grid [日本語版]参照）で用いられたタンパク質 ◆その他の参考データ 1a8kのChain A-C 〔プロテアーゼ〕 1u04* 〔アルゴノート（argonaute）〕 1zlw# 〔抗体2G12〕 2bf1# 〔SIV由来の非結合型gp120〕 2cmr 〔gp41，中和抗体〕 2exfのModel 1 〔ヌクレオカプシド NCp7，DNA〕 2i5yのChain G・H・L・M# 〔gp120，CD4〕 2jzwのModel 1 〔HIV-1，ヌクレオカプシド NCp7，逆転写，DNA〕 2nxy# 〔gp120，CD4，抗体17b〕 2oiy 〔RNA〕 2qad# スルホチロシン（Tys）選択 〔HIV-1，gp120，CD4，CCR5，抗体412d〕 2qsc*# 〔抗HIV-1抗体，gp120〕 2rll スルホチロシン（Tys）選択 〔HIV-1，CCR5 N末端〕 3c3z* 〔HIV-1，二本鎖RNA，リボスタマイシン（アミノグリコシド系抗生物質）〕 3c44* 〔HIV-1，二本鎖RNA，パロモマイシン（アミノグリコシド系抗生物質）〕 3c5d* 〔HIV-1，二本鎖RNA，リビドマイシン（アミノグリコシド系抗生物質）〕 3c7r* 〔HIV-1，二本鎖RNA，ネオマイシン（アミノグリコシド系抗生物質）〕 3dvv* 〔HIV-1ゲノムRNA，二本鎖RNA，リボスタマイシン〕 3gut 〔転写因子p65（ACEG鎖，ヒト），NF-κB（BDFH鎖，ヒト），HIV-1 LTR（IJXY鎖）〕 3p05 〔HIV-1，カプシド〕 |
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抗HIV薬ネルフィナビルを含むPDBsumデータ1ohrより
阻害剤KNI-272結合HIV-1プロテアーゼの中性子構造解析データ2zye
〔左上〕全体構造，〔左下〕PDBsumデータ2zye_KNIにH・D原子追加（トピックス分子で参照可），〔右〕下記資料図2の該当部分
※日本原子力研究開発機構：プレス発表（2009/05/10）参照
グラフ１ 国内におけるHIV感染者数の推移（年齢階級別）
※データ引用：平成16年エイズ発生動向年報（厚生労働省，2005/04/25）／Excelデータ
※最新データ：平成20（2008）年エイズ発生動向年報（エイズ動向委員会，2009/06/17） ∥ 平成18年年報｜2009/02/18版xlsデータ
※他サイトのグラフ例（社会実情データ図録より）：世界の状況，HIV感染者・エイズ患者報告数推移，都道府県別HIV感染者・エイズ患者数（2004年）
参考 多剤併用療法（HAART）の例 → Jmol版／エイズ薬の例
※吉開泰信 編，「ウイルス・細菌と感染症がわかる」，p.102，羊土社(2004)
※画像は抗HIV薬情報（HIV／AIDS先端医療開発センター）より
| 例１ | 例２ |
|---|---|
   AZT＋3TC＋EFV |
 AZT＋3TC＋NFV |
表１ 1970年代以降に出現した主な新興感染症
※以下の文献から主要部分を抜粋して編集
◎感染症：竹田美文・岡部信彦，「SARSは何を警告しているのか」，岩波ブックレット(2003)
| 年 | 新興感染症 | ||
|---|---|---|---|
| 病原微生物 | 種類 | 疾病 | |
| 1973 | ロタウイルス | ウイルス | 小児の下痢 |
| 1977 | エボラウイルス | ウイルス | エボラ出血熱 |
| 1977 | Legionella pneumophila | 細菌 | レジオネラ症（在郷軍人病） |
| 1977 | ハンタウイルス | ウイルス | 腎症候性出血熱 |
| 1980 | HTLV-I | ウイルス | 成人T細胞白血病 |
| 1982 | 病原性大腸菌O157：H7 | 細菌 | 出血性大腸炎，溶血性尿毒症症侯群 |
| 1983 | HIV | ウイルス | エイズ |
| 1983 | Helicobacter pylori | 細菌 | 胃潰瘍 |
| 1988 | E型肝炎ウイルス | ウイルス | E型肝炎 |
| 1989 | C型肝炎ウイルス | ウイルス | C型肝炎 |
| 1992 | Vibrio cholerae O139 | 細菌 | コレラ |
| 1996 | 牛海綿状脳症プリオン | プリオン（タンパク質） | 変異型クロイツフェルト・ヤコブ病 |
| 1997 | トリ型インフルエンザウイルス | ウイルス | インフルエンザ |
| 1998 | ニパウイルス | ウイルス | 脳炎 |
| 2002 | SARSコロナウイルス | ウイルス | 肺炎 |
| 2004 | トリ型インフルエンザウイルス | ウイルス | インフルエンザ |
表２ いろいろなウイルス（DNAウイルスとRNAウイルス）
※以下を編集：吉開泰信 編，「ウイルス・細菌と感染症がわかる」，p.37，羊土社(2004)
| 分類 | 例 | |
|---|---|---|
| 主なDNAウイルス | ポックスウイルス科 | |
| ヘルペスウイルス科 | ※鯉ヘルペス | |
| アデノウイルス科 | ||
| パピローマウイルス科 （ポリオーマウイルス科も酷似） |
子宮頸がん | |
| ヘパドナウイルス科 # | B型肝炎 | |
| パポバウイルス科 | ||
| 主なRNAウイルス | パラミクソウイルス科 | 麻疹 |
| オルトミクソウイルス科 （オルソミクソウイルス科） |
インフルエンザ | |
| コロナウイルス科 | SARS | |
| アレナウイルス科 | ラッサ熱 | |
| レトロウイルス科 # | AIDS | |
| フィロウイルス科 | ||
| レオウイルス科 | ロタ | |
| ピコルナウイルス科 | ポリオ，A型肝炎 | |
| カリシウイルス科 | ノロ | |
| ラブドウイルス科 | 狂犬病 | |
| フラビウイルス科 （トガウイルス科も酷似） |
日本脳炎，ウエストナイル熱，デング熱，C型肝炎 ※豚コレラ |
|
| ブニヤウイルス科 |
# 最近のICTVレポートでは，ヘパドナウイルス科とレトロウイルス科は，『逆転写を行うDNAおよびRNAウイルス』として同じカテゴリに分類されている。
レナカパビル（lenacapavir，GS-6207；カプシド阻害剤）
テノホビル（tenofovir；テノホビル ジソプロキシルフマル酸塩が抗HIV薬の商品名ツルバダ）
