全選択 タンパク質選択 リガンド選択 DNA/RNA選択 DNA選択 DNA/RNA backbone選択 (*印のみ) HB選択($印のみ) 空間充填 球棒 球10% 球30% 球60% スティック(太) 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 ∥ 濃赤 緑 濃ピンク 橙 糖鎖別着色(#印のみ):Gal,α-Glc,β-Glc,Man,Fuc,Xyl,Sia,GalNAc,GlcNAc,GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 | S-S結合表示 | | 背景・黒 灰 白 紺 Chain選択: A B C D E F G H I J K L M N O P |
◆プロテアーゼ阻害剤関連 1aid〈C23H27ClFNOS2(プロテアーゼ阻害剤)〉 1hpx*〈KNI-272(プロテアーゼ阻害剤)〉 1hsg〈インジナビル/indinavir/IDV(プロテアーゼ阻害剤)〉 | インジナビル/(indinavir) 1hxb〈サキナビル/saquinavir/SQV(プロテアーゼ阻害剤)〉 1hxw〈リトナビル/ritonavir/RTV(プロテアーゼ阻害剤)〉 同PDBsumデータ 1hxw_RIT$ 1msm〈KNI-764(プロテアーゼ阻害剤)〉 1mui〈ロピナビル/lopinavir/LPV(プロテアーゼ阻害剤);lopinavirは座標2種のうちAのみ〉 1ohr〈メシル酸ネルフィナビル/nelfinavir mesylate/NFV(プロテアーゼ阻害剤)〉 1rl8〈リトナビル/ritonavir/RTV(プロテアーゼ阻害剤)〉 2aqu*〈アタザナビル/atazanavir/ATV(プロテアーゼ阻害剤);atazanavirは座標2種のうちAのみ〉 2f8g〈ダルナビル/darunabir/TMC-114(プロテアーゼ阻害剤);TMC-114は座標2種のうちAのみ〉 2fgv〈サキナビル/saquinavir/SQV(プロテアーゼ阻害剤)〉 2hc0*〈AB-2(プロテアーゼ阻害剤);リガンド・水分子は座標2種のうちAのみ〉 2i4d〈GS-8373(プロテアーゼ阻害剤)〉 2i4u〈TMC-126(プロテアーゼ阻害剤)〉 2i4w〈GS-8374(プロテアーゼ阻害剤)〉 2j9j*〈JG-365(プロテアーゼ阻害剤);阻害剤の複数座標混在〉 2j9k〈MVT-101(プロテアーゼ阻害剤);B鎖NLEの複数座標混在〉 2qci〈GRL-98065(プロテアーゼ阻害剤);A鎖Arg8ほか,B鎖Lys107ほか,GRL-98065は座標2種のうちAのみ〉 2o4p〈チプラナビル/tipranavir/TPV(プロテアーゼ阻害剤)〉 2p3a〈TL-3(プロテアーゼ阻害剤);リガンドは座標2種のうちAのみ〉 2pk5〈KNI-10075(プロテアーゼ阻害剤);リガンドは座標2種のうちAのみ〉 2pk6〈KNI-10033(プロテアーゼ阻害剤);リガンドは座標2種のうちAのみ〉 2psu〈CARB-AD37(プロテアーゼ阻害剤)〉 2psv〈CARB-KB45(プロテアーゼ阻害剤)〉 2pym〈ネルフィナビル/nelfinavir/NFV(プロテアーゼ阻害剤)〉 2qnn*〈ピロリジン誘導体の例(プロテアーゼ阻害剤);リガンドは座標2種のうちAのみ〉 2zye*〈KNI-272(プロテアーゼ阻害剤);中性子回折データ〉 KNI(KNI-272)選択 D(重水素)選択 ※PDBsumデータ集参照 3a07(抗HIVタンパク質アクチノヒビン) 同Chain A 3bhe〈“three armed pyrrolidine derivative”(プロテアーゼ阻害剤)〉 3cyw〈ダルナビル/darunabir/TMC-114(プロテアーゼ阻害剤);darunavirおよび近傍アミノ酸は座標2種のうちAのみ〉 3dk1〈GRL-0105A(プロテアーゼ阻害剤);リガンドは座標2種のうちAのみ〉 3ekv〈アンプレナビル/amprenavir(プロテアーゼ阻害剤)〉 3ggt〈ダルナビル/darunabir(プロテアーゼ阻害剤);リガンドは座標2種のうちAのみ〉 3h5b〈GRL-02031(プロテアーゼ阻害剤);リガンドは座標3種のうちAのみ〉 |
●核酸系/非核酸系逆転写酵素阻害剤関連,インテグラーゼ阻害剤関連
全選択 タンパク質選択 リガンド選択 DNA/RNA選択 DNA選択 DNA/RNA backbone選択 (*印のみ) HB選択($印のみ) 空間充填 球棒 球10% 球30% 球60% スティック(太) 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 ∥ 濃赤 緑 濃ピンク 橙 糖鎖別着色(#印のみ):Gal,α-Glc,β-Glc,Man,Fuc,Xyl,Sia,GalNAc,GlcNAc,GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 | S-S結合表示 | | 背景・黒 灰 白 紺 Chain選択: A B C D E F G H I J K L M N O P |
◆核酸系逆転写酵素阻害剤関連 1n5yのChain A・P・T〈ジドブジン/zidovudine monophosphate/ZDVMP(核酸系逆転写酵素阻害剤)〉 1t03のChain A・P・T〈テノホビル/tenofovir/TDF(核酸系逆転写酵素阻害剤)〉 ◆非核酸系逆転写酵素阻害剤関連 1fk9のChain A〈エファビレンツ/efavirenz/EFV(非核酸系逆転写酵素阻害剤)〉 1lwcのChain A〈ネビラピン/nevirapine/NVP(非核酸系逆転写酵素阻害剤)〉 2ic3*〈HBY 097(非核酸系逆転写酵素阻害剤)〉 2opp*〈GW420867X(非核酸系逆転写酵素阻害剤)〉 2rki〈非核酸系逆転写酵素阻害剤〉 2vg5*〈チオカルバメート系非核酸系逆転写酵素阻害剤〉 2won〈UK-453061(非核酸系逆転写酵素阻害剤)〉 2zd1〈リルピビリン/リルピヴィリン/rilpivirine/TMC-278(非核酸系逆転写酵素阻害剤)〉 3c6t〈非核酸系逆転写酵素阻害剤〉 3dle〈GF128590(非核酸系逆転写酵素阻害剤)〉 3dlg〈GW564511(非核酸系逆転写酵素阻害剤)〉 3dok*〈GW678248(非核酸系逆転写酵素阻害剤)〉 3dol〈GW695634(非核酸系逆転写酵素阻害剤)〉 3drp〈MK-4965(非核酸系逆転写酵素阻害剤)〉 3dya〈ピラゾール系(非核酸系逆転写酵素阻害剤)〉 ◆インテグラーゼ阻害剤関連 1a5v*〈Y3(インテグラーゼ阻害剤)〉 1qs4のChain A〈5CITEP(インテグラーゼ阻害剤)〉(Web資料[PDF]参照)3l2t*〈ラルテグラビル/raltegravir/MK-0518(インテグラーゼ阻害剤);インテグラーゼはプロトタイプ泡沫状ウイルス由来〉 3l2u〈エルビテグラビル〔エルビテグラビア〕/elvitegravir/GS-9137/JTK-303(インテグラーゼ阻害剤);インテグラーゼはプロトタイプ泡沫状ウイルス由来〉 [国内では2013年3月承認] ELV(elvitegravir)選択 3s3m〈ドルテグラビル/dolutegravir(インテグラーゼ阻害剤;プロトタイプフォーミーウイルス(PFV)のインテグラーゼとDNAに結合)〉 | 同Chain A | 同PDBsumデータ 3s3m_DLU$ → Jmolトピック ◆カプシド(キャプシド)阻害剤関連 6v2fのChain A〈lenacapavir/GS-6207(カプシド阻害剤;HIV-1カプシドに結合)〉 同PDBsumデータ6v2f_QNG[300(A)]$ → Jmolトピック |
全選択 タンパク質選択 リガンド選択 DNA/RNA選択 DNA選択 DNA/RNA backbone選択 (*印のみ) HB選択($印のみ) 空間充填 球棒 球10% 球30% 球60% スティック(太) 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 ∥ 濃赤 緑 濃ピンク 橙 糖鎖別着色(#印のみ):Gal,α-Glc,β-Glc,Man,Fuc,Xyl,Sia,GalNAc,GlcNAc,GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 | S-S結合表示 | | 背景・黒 灰 白 紺 Chain選択: A B C D E F G H I J K L M N O P |
◆その他 2i5j*〈DHBNH(逆転写酵素の一部であるリボヌクレアーゼH阻害剤)〉 4mbsのChain A〈マラビロク/maraviroc(ケモカイン受容体CCR5阻害剤)〉 同PDBsumデータ 4mbs_MRV$ MRV(マラビロク)選択 [CCR5 - Wikipedia,Maraviroc - Wikipedia] [NEW!;Scientist記事(2013/09/12)参照] ◆グリッドコンピューティングによるHIV関連治療薬候補探索で用いられたタンパク質 HIV-1 Protease 《1a30》 ★ HIV Integrase 《1hyv》 ★ HIV gp41 《1czq》 ★ HIV gp120 《1g9m》 ★ ★ Find-a-Drug: Projects - HIV(現在終了;Team Japan HIV,World Community Grid [日本語版]参照)で用いられたタンパク質 ◆その他の参考データ 1a8kのChain A-C 〔プロテアーゼ〕 1u04* 〔アルゴノート(argonaute)〕 1zlw# 〔抗体2G12〕 2bf1# 〔SIV由来の非結合型gp120〕 2cmr 〔gp41,中和抗体〕 2exfのModel 1 〔ヌクレオカプシド NCp7,DNA〕 2i5yのChain G・H・L・M# 〔gp120,CD4〕 2jzwのModel 1 〔HIV-1,ヌクレオカプシド NCp7,逆転写,DNA〕 2nxy# 〔gp120,CD4,抗体17b〕 2oiy 〔RNA〕 2qad# スルホチロシン(Tys)選択 〔HIV-1,gp120,CD4,CCR5,抗体412d〕 2qsc*# 〔抗HIV-1抗体,gp120〕 2rll スルホチロシン(Tys)選択 〔HIV-1,CCR5 N末端〕 3c3z* 〔HIV-1,二本鎖RNA,リボスタマイシン(アミノグリコシド系抗生物質)〕 3c44* 〔HIV-1,二本鎖RNA,パロモマイシン(アミノグリコシド系抗生物質)〕 3c5d* 〔HIV-1,二本鎖RNA,リビドマイシン(アミノグリコシド系抗生物質)〕 3c7r* 〔HIV-1,二本鎖RNA,ネオマイシン(アミノグリコシド系抗生物質)〕 3dvv* 〔HIV-1ゲノムRNA,二本鎖RNA,リボスタマイシン〕 3gut 〔転写因子p65(ACEG鎖,ヒト),NF-κB(BDFH鎖,ヒト),HIV-1 LTR(IJXY鎖)〕 3p05 〔HIV-1,カプシド〕 |
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抗HIV薬ネルフィナビルを含むPDBsumデータ1ohrより
阻害剤KNI-272結合HIV-1プロテアーゼの中性子構造解析データ2zye
〔左上〕全体構造,〔左下〕PDBsumデータ2zye_KNIにH・D原子追加(トピックス分子で参照可),〔右〕下記資料図2の該当部分
※日本原子力研究開発機構:プレス発表(2009/05/10)参照
グラフ1 国内におけるHIV感染者数の推移(年齢階級別)
※データ引用:平成16年エイズ発生動向年報(厚生労働省,2005/04/25)/Excelデータ
※最新データ:平成20(2008)年エイズ発生動向年報(エイズ動向委員会,2009/06/17) ∥ 平成18年年報|2009/02/18版xlsデータ
※他サイトのグラフ例(社会実情データ図録より):世界の状況,HIV感染者・エイズ患者報告数推移,都道府県別HIV感染者・エイズ患者数(2004年)
参考 多剤併用療法(HAART)の例 → Jmol版/エイズ薬の例
※吉開泰信 編,「ウイルス・細菌と感染症がわかる」,p.102,羊土社(2004)
※画像は抗HIV薬情報(HIV/AIDS先端医療開発センター)より
例1 | 例2 |
---|---|
![]() ![]() ![]() AZT+3TC+EFV |
![]() ![]() ![]() AZT+3TC+NFV |
表1 1970年代以降に出現した主な新興感染症
※以下の文献から主要部分を抜粋して編集
◎感染症:竹田美文・岡部信彦,「SARSは何を警告しているのか」,岩波ブックレット(2003)
年 | 新興感染症 | ||
---|---|---|---|
病原微生物 | 種類 | 疾病 | |
1973 | ロタウイルス | ウイルス | 小児の下痢 |
1977 | エボラウイルス | ウイルス | エボラ出血熱 |
1977 | Legionella pneumophila | 細菌 | レジオネラ症(在郷軍人病) |
1977 | ハンタウイルス | ウイルス | 腎症候性出血熱 |
1980 | HTLV-I | ウイルス | 成人T細胞白血病 |
1982 | 病原性大腸菌O157:H7 | 細菌 | 出血性大腸炎,溶血性尿毒症症侯群 |
1983 | HIV | ウイルス | エイズ |
1983 | Helicobacter pylori | 細菌 | 胃潰瘍 |
1988 | E型肝炎ウイルス | ウイルス | E型肝炎 |
1989 | C型肝炎ウイルス | ウイルス | C型肝炎 |
1992 | Vibrio cholerae O139 | 細菌 | コレラ |
1996 | 牛海綿状脳症プリオン | プリオン(タンパク質) | 変異型クロイツフェルト・ヤコブ病 |
1997 | トリ型インフルエンザウイルス | ウイルス | インフルエンザ |
1998 | ニパウイルス | ウイルス | 脳炎 |
2002 | SARSコロナウイルス | ウイルス | 肺炎 |
2004 | トリ型インフルエンザウイルス | ウイルス | インフルエンザ |
表2 いろいろなウイルス(DNAウイルスとRNAウイルス)
※以下を編集:吉開泰信 編,「ウイルス・細菌と感染症がわかる」,p.37,羊土社(2004)
分類 | 例 | |
---|---|---|
主なDNAウイルス | ポックスウイルス科 | |
ヘルペスウイルス科 | ※鯉ヘルペス | |
アデノウイルス科 | ||
パピローマウイルス科 (ポリオーマウイルス科も酷似) |
子宮頸がん | |
ヘパドナウイルス科 # | B型肝炎 | |
パポバウイルス科 | ||
主なRNAウイルス | パラミクソウイルス科 | 麻疹 |
オルトミクソウイルス科 (オルソミクソウイルス科) |
インフルエンザ | |
コロナウイルス科 | SARS | |
アレナウイルス科 | ラッサ熱 | |
レトロウイルス科 # | AIDS | |
フィロウイルス科 | ||
レオウイルス科 | ロタ | |
ピコルナウイルス科 | ポリオ,A型肝炎 | |
カリシウイルス科 | ノロ | |
ラブドウイルス科 | 狂犬病 | |
フラビウイルス科 (トガウイルス科も酷似) |
日本脳炎,ウエストナイル熱,デング熱,C型肝炎 ※豚コレラ |
|
ブニヤウイルス科 |
# 最近のICTVレポートでは,ヘパドナウイルス科とレトロウイルス科は,『逆転写を行うDNAおよびRNAウイルス』として同じカテゴリに分類されている。