◆ HIVとエイズ(Chime分子表示) ◆
HIVとエイズ(詳細情報,Jmol版PDBデータ例) [変更!]Jmol版/エイズ薬の例 [NEW!]

※分子モデル表示にはプラグインのChimeが必要です(詳細ダウンロード方法
※関連コンテンツ:レトロウイルスのキャプシド六角環構造
※2005/09/19,本ページについて学会発表の資料を一部転載
HIVインテグラーゼとその阻害剤候補のラメラリン α20-サルフェートを公開


HIVに関連するPDBデータ例
※初期表示は1ohrAsp25・Asp25'を赤い球棒表示(「創薬化学 −有機合成からのアプローチ−」p.228など参照)
CASTpにより,PDB ID または Keyword Search(HIV で検索)でポケット部位探索可能
HIV・エイズ情報,Jmol版/PDBデータ例
PDB部分データリスト掲載データ例  〈 〉は抗HIV薬名
1n5yのChain A・P・T〈ジドブジン/zidovudine(monophosphate,核酸系逆転写酵素阻害剤)〉
1t03のChain A・P・T〈テノホビル/tenofovir(核酸系逆転写酵素阻害剤)〉
1fk9のChain A〈エファビレンツ/efavirenz(非核酸系逆転写酵素阻害剤);他のPDBデータ
1lwcのChain A〈ネビラピン/nevirapine(非核酸系逆転写酵素阻害剤);他のPDBデータ
1hsg〈インジナビル/indinavir(プロテアーゼ阻害剤)〉
1hxb〈サキナビル/saquinavir(プロテアーゼ阻害剤)〉
1ohr〈メシル酸ネルフィナビル/nelfinavir mesylate(プロテアーゼ阻害剤)〉
1hxw〈リトナビル/ritonavir(プロテアーゼ阻害剤)〉
1hpx〈KNI-272(プロテアーゼ阻害剤)〉
1a5v*〈Y3(インテグラーゼ阻害剤)〉
1qs4のChain A〈5CITEP(インテグラーゼ阻害剤)〉  D64,D116, E152, K156,K159選択(Web資料[PDF]参照)
  (今後追加します)
◆グリッドコンピューティングによるHIV関連治療薬候補探索で用いられたタンパク質
HIV-1 Protease1a30
HIV Integrase1hyv
HIV gp411czq
HIV gp1201g9m

 Find-a-Drug: Projects - HIV(現在終了;Team Japan HIV World Community Grid参照)で用いられたタンパク質

◆その他の参考データ
1u04 [アルゴノート;2004/08/05記事参照] | Pocket構成アミノ酸選択: 90, 89
2bf1 [SIV由来の非結合型gp120;2005/02/25記事参照]
タンパク質バックボーン 同・二次構造
DNA/RNA(ATGCU
リガンド表示 OFF
水分子表示(*印データのみ)  OFF

全選択 リガンド選択 タンパク質選択
DNA/RNA全選択 同・糖&リン酸選択
空間充填 球棒 スティック OFF
CPK色 amino色 | 濃赤 濃青
ラベル表示 OFF
ドット表面表示 OFF
静電ポテンシャル OFF
親油ポテンシャル OFF
水素結合(細) 同(太) OFF
光沢表示 OFF 光量30% OFF
背景・黒 背景・灰 背景・白
回転 OFF 画像をクリップボードへコピー

酸性・中性・塩基性アミノ酸区別
極性・非極性区別
hydropathy index順
有機概念図I/O値順(特性基 R)| 同(アミノ酸)
等電点順


※amino表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR
ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO

= 以下の表示はアミノ酸の親水性・疎水性参照 =
酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR
ASN GLN PRO MET
 PHE TYR TRP LYS ARG HIS

極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG
HIS
 GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP

※hydropathy index順
ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP
SER THR GLY
 ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE

※有機概念図I/O値順(特性基 R
ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS
TYR TRP
 CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE

※同上(アミノ酸)
GLY SER ASN ASP GLN THR GLU ALA ARG HIS
VAL LYS
 CYS PRO LEU TYR ILE MET TRP PHE

※等電点順
ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP
VAL GLY LEU
 ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG



参考 CASTpで探索した1ohrのポケット部位の例(右;大きいほうからPocket 16,15,14)
※他のCASTp利用コンテンツ例:CASTpデータで見るエストロゲン受容体


エイズ薬の例(治験中の新薬等も含む;初期表示はネルフィナビル)
Jmol版/エイズ薬の例

空間充填  球棒モデル  スティック  OFF
Dot Surface表示  OFF |  ラベル表示  OFF
Electrostatic Potential  Lipophilic Potential  OFF
光沢表示  OFF |  光量30%  OFF
軸表示  OFF |  bounding box表示  OFF
原子球・白  OFF(CPK)
背景・黒  背景・灰  背景・白
画像をクリップボードへコピー
●核酸系逆転写酵素阻害薬(NRTI)
ジドブジン(zidovudine,AZT)
スタブジン(stavudine,d4T)
ラミブジン(lamivudine,3TC)
テノホビル(テノフォビル,tenofovir;フマル酸テノホビルが抗HIV薬)
●非核酸系逆転写酵素阻害薬(NNRTI)
エファビレンツ(efavirenz,EFV)
●プロテアーゼ阻害薬(PI)
アタザナビル(atazanavir;硫酸アタザナビルが抗HIV薬)
ネルフィナビル(nelfinavir,NFV)
●その他
バルガンシクロビル(valganciclovir)

●研究中・治験中など
AK602(aplaviroc) 2005/09のニュース参照
KU-55933
TAK-652
UK-427857(maraviroc)
ラメラリンα20-サルフェート(lamellarin α20-sulfate)

●HIV感染予防効果を有する化合物
シアリルラクトース: 3'-体 | 6'-体 雪印乳業の記事(2005/11/30)参照

《今後もデータを追加します》


参考 多剤併用療法(HAART)の例
※吉開泰信 編,「ウイルス・細菌と感染症がわかる」,p.102,羊土社(2004)
※画像はHIV感染症関連イラスト集(HIV/AIDS先端医療開発センター)より
例1 例2

AZT+3TC+EFV

AZT+3TC+NFV


「生活環境化学の部屋」ホームページ「分子の形と性質」学習帳