初期表示はドネペジル（塩酸ドネペジルが商品名アリセプト）
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空間充填 球棒 球10％ 球30％ 球60％ スティック（太） 針金 消去 背景・黒 灰 白 紺 |
●アルツハイマー病治療薬の例（旧前薬，開発中・治験中のものも含む） ※初期表示はドネペジル（塩酸ドネペジルが商品名アリセプト） アポモルフィン（apomorphine〔パーキンソン病治療薬としては利用〕） ガランタミン（galantamine〔日本では2011年承認〕） ドネペジル（donepezil，塩酸ドネペジルが商品名Aricept） トラミプロセート（tramiprosate〔治験中で和名は未確定〕，商品名Alzhemed） ヒューペルジンA（フペルジンA，huperzine A） フプリンX（huprine X） R -フルルビプロフェン（R -flurbiprofen〔治験中〕，商品名Flurizan） ブレクスピプラゾール（brexpiprazole） ［ブレクスピプラゾール - KEGG DRUG］ ポネシモド（ponesimod） ［ポネシモド - KEGG DRUG］ メマンチン（memantine〔日本では2011年承認〕，塩酸メマンチンが治療薬） リバスチグミン（rivastigmine〔日本では2011年承認〕） DDL-920（候補化合物） EPPS（HEPPS） → Jmolトピック L-685458（γ-セクレターゼ阻害剤〔候補化合物〕） LY450139（γ-セクレターゼ阻害剤〔候補化合物〕） PF-06840003（インドールアミン-2,3-ジオキシゲナーゼ1〈IDO1〉阻害剤〔候補化合物〕） T-817MA（神経細胞死抑制作用〔治験中〕） TRx0237（商品名 LMTX；タウタンパク質凝集阻害剤〔治験中〕） ●アルツハイマー発症抑制に関与すると考えられている分子例 ソマトスタチン（somatostatin） 薬理色素NK-4（キノリン骨格3核シアニン系色素；２つのI-1は略） ※記事 ●アルツハイマー発症に関与すると考えられている分子例 L-ホモシステイン酸（L-homocysteic acid） |
ドネペジル（donepezil）および同分子結合ヒトアセチルコリンエステラーゼ例6o4wのChain AとそのPDBsumデータ
アルツハイマー病関連PDBデータ例
初期表示はアルツハイマー病のアミロイドβ線維2mxuのModel 1
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全選択 タンパク質選択 リガンド選択 （*印のみ） HB選択（$印のみ） Chain A選択 B C D 空間充填 球棒 球10％ 球30％ 球60％ スティック（太） 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 ∥ 濃赤 濃青 緑 濃ピンク 橙 糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 ｜ S-S結合表示 ｜ 背景・黒 灰 白 紺 |
●アルツハイマー病関連PDBデータ例（アミロイドβタンパク質，タウタンパク質など） 2begのModel 1〔アルツハイマー病のアミロイドβ線維；残基番号17-42〕 同Chain A 2lmnのModel 1〔アルツハイマー病のアミロイドβ線維〕 → Jmolトピック 2lmpのModel 1〔アルツハイマー病のアミロイドβ線維〕 → Jmolトピック 2m4jのModel 1〔アルツハイマー病のアミロイドβ線維〕 → Jmolトピック 2m5nのModel 1〔トランスサイレチン；クロスβ構造アミロイド〕 2mxuのModel 1〔42残基のアミロイドβ線維；残基番号11-42〕 → Jmolトピック 2naoのModel 1〔アルツハイマー病に関連する42残基のアミロイドβ線維；残基番号1-42〕 5kk3のModel 1〔42残基のアミロイドβ線維；残基番号11-42〕 9iio〔アミロイドβ線維プロトマー；残基番号1-40〕 6shs〔アルツハイマー病患者の脳から得られたアミロイドβ線維前駆体タンパク質〕 → Jmolトピック 8kf1〔アミロイドイメージング剤18F-AV-45が結合したアミロイドβ線維；残基番号9-42〕 同PDBsumデータ8kf1_VW6$ ［医療用医薬品 : アミヴィッド - KEGG 8j47〔42残基のアミロイドβ線維E22G変異体；残基番号12-40〕 残基番号22空間充填／α炭素ラベル表示（E22G） 1dmt〔βアミロイド分解酵素ネプリライシン〕 1e66#&〔ゴマフシビレエイのアセチルコリンエステラーゼ；フプリンXが結合〕 HUX（フプリンX）選択 同PDBsumデータ1e66_HUX$ 6o4wのChain A〔ドネペジルが結合したヒトのアセチルコリンエステラーゼ〕 同PDBsumデータ6o4w_E20$ → Chemico-Biological Interactions誌論文（2019/08/25） 1eve〔アセチルコリンエステラーゼに結合した塩酸ドネペジル〕 同SITE部分 1fkn〔阻害剤OM99-2が結合したβ-セクレターゼ〕 1gqr〔リバスチグミンの脱離基を含むアセチルコリンエステラーゼ〕 同PDBsumデータ1gqr_SAF$ 1m4hのChain A・C〔阻害剤OM00-3（Chain C）が結合したβ-セクレターゼ〕 1owtのModel 1〔アミロイド前駆体タンパク質〕 1r1h〔βアミロイド分解酵素ネプリライシン〕 同PDBsumデータ1r1h_BIR$ 1vot&〔ゴマフシビレエイのアセチルコリンエステラーゼ；フプリンXが結合〕 同PDBsumデータ1vot_HUP$ 1w6r#&〔ゴマフシビレエイのアセチルコリンエステラーゼ；ガランタミンが結合〕 GNT（ガランタミン）選択 同PDBsumデータ1w6r_GNT$ 2nntのModel 1〔ハンチントン病のアミロイド原線維〕 2yoqのChain A〔FAM3B；Nature Communications記事中の“FAM3 superfamily member ILEI”に関係する参考データとして〕 2zhrのChain A・C*〔阻害剤OM99-2が結合したβ-セクレターゼ BACE1（pH 5.0）〕 2zht*〔β-セクレターゼ（pH 4.5）〕 4fl5のChain A・P〔14-3-3σタンパク質とタウタンパク質；P鎖がタウ（synthetic construct）〕 Chain P選択 ［Tau protein - Wikipedia，14-3-3 protein - Wikipedia］ 4twdのChain A-E〔黒脚病菌のリガンド開口型イオンチャネル；メマンチンが結合〕 4twfのChain A-E〔同上；ブロモメマンチンが結合〕 5o3l〔アルツハイマー病患者の脳に蓄積するタウタンパク質フィラメント；Paired helical filament〕 ｜ 5o3o〔同；Pronase-treated paired helical filament〕 ｜ 5o3t同；Straight filament〕 → Jmolトピック 9ero《Chain A-J，305-379》〔空胞タウオパチー；Vacuolar tauopathy〕 ｜ ※参考（AlphaFold3構造；model_0）：9ero_FA3_model0《Chain A・B，1-441》 アミノ酸残基305-379α炭素ラベル表示 8ons〔前頭側頭葉変性症（FTLD）患者からのTAF15アミロイドフィラメント〕 9for〔“C型FTLD-TDPにおけるANXA11とTDP-43”…東京都精神医学総合研究所プレスリリースより〕 ●治療薬候補例 6co3（阻害剤BAY 1000493が結合したTASKチャネル） Chain Q（アミロイドβ）選択 同PDBsumデータ6co3_ALA~ASP（ALA-GLU-PHE-ARG-HIS-ASP）$ → Jmolトピック 6pz1のChain A〔PF-06840003が結合したインドールアミン-2,3-ジオキシゲナーゼ1〈IDO1〉〕 AOJ（PF-06840003）選択 同PDBsumデータ6pz1_AOJ[502(A)]$ 8cc6のChain A（可逆的阻害剤PZ-1922が結合した5-HT3A受容体） 同PDBsumデータ8cc6_U9L[502(A)]$ → Jmolトピック AlphaFold3構造ドナネマブ（Donanemab）（実験構造でなくDonanemabのFASTA形式アミノ酸配列〈Chain A・B；Donanemab - KEGG DRUGの重鎖・軽鎖〉とアミロイドβ線維例2naoのアミノ酸配列を3件〈Chain C・D・E〉結合させた計算構造） Chain C・D・E選択 → AlphaFold3構造の求め方 ●その他の参考データ 5i55の20量体（Chain A×20；黄色ブドウ球菌が分泌するアミロイドペプチドPSMα3） → Jmolトピック |
メマンチン（memantine）
→ 参考：
参考図：ネプリライシン構造例
