◆ アルツハイマー病治療薬(Jmol版) ◆
治療薬例アルツハイマー病関連PDBデータ例参考情報トピック
アセチルコリンエステラーゼのSITE比較アルツハイマー病治療薬/アリセプト(Chime版)
※2014/06/06,本ページの不具合を修正しました(デザイン変更)。


アルツハイマー病治療薬(開発中・治験中のものも含む)ほか
初期表示はドネペジル(塩酸ドネペジルが商品名アリセプト)

バックボーン 二次構造
空間充填 球棒 球10% 球30% 球60% スティック(太) 針金 消去
 
背景・黒 灰 白 
●アルツハイマー病治療薬の例(旧前薬,開発中・治験中のものも含む)
  ※初期表示はドネペジル(塩酸ドネペジルが商品名アリセプト)

アポモルフィン(apomorphine〔パーキンソン病治療薬としては利用〕)
ガランタミン(galantamine〔日本では2011年承認〕)
ドネペジル(donepezil,塩酸ドネペジルが商品名Aricept)
トラミプロセート(tramiprosate〔治験中で和名は未確定〕,商品名Alzhemed)
ヒューペルジンA(フペルジンA,huperzine A)
フプリンX(huprine X)
R -フルルビプロフェン(R -flurbiprofen〔治験中〕,商品名Flurizan)
ポネシモド(ponesimod) [ポネシモド - KEGG DRUG
メマンチン(memantine〔日本では2011年承認〕,塩酸メマンチンが治療薬)
リバスチグミン(rivastigmine〔日本では2011年承認〕)
EPPS(HEPPS) → Jmolトピック
L-685458(γ-セクレターゼ阻害剤〔候補化合物〕)
LY450139(γ-セクレターゼ阻害剤〔候補化合物〕)
T-817MA(神経細胞死抑制作用〔治験中〕)
TRx0237(商品名 LMTX;タウタンパク質凝集阻害剤〔治験中〕)

●アルツハイマー発症抑制に関与すると考えられている分子例
ソマトスタチン(somatostatin)
薬理色素NK-4(キノリン骨格3核シアニン系色素;2つのI-1は略) ※記事

●アルツハイマー発症に関与すると考えられている分子例
L-ホモシステイン酸(L-homocysteic acid)

  
ドネペジル(donepezil)および同分子結合ヒトアセチルコリンエステラーゼ例
6o4wのChain AとそのPDBsumデータ


アルツハイマー病関連PDBデータ例
初期表示はアルツハイマー病のアミロイドβ線維2mxuのModel 1

バックボーン 二次構造
全選択 タンパク質選択 リガンド選択
(*印のみ) HB選択($印のみ)
Chain A選択 B C D
空間充填 球棒 球10% 球30% 球60% スティック(太) 針金 消去
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色 ‖ 濃赤 濃青  濃ピンク 
糖鎖別着色(#印のみ)Galα-Glcβ-GlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
水素結合表示S-S結合表示   
背景・黒 灰 白 
●アルツハイマー病関連PDBデータ例(アミロイドβタンパク質,タウタンパク質など)
1dmt〔βアミロイド分解酵素ネプリライシン〕
1e66#&〔ゴマフシビレエイのアセチルコリンエステラーゼ;フプリンXが結合〕 HUX(フプリンX)選択 同PDBsumデータ1e66_HUX$
6o4wのChain A〔ドネペジルが結合したヒトのアセチルコリンエステラーゼ〕 同PDBsumデータ6o4w_E20$ → Chemico-Biological Interactions誌論文(2019/08/25)
1eve〔アセチルコリンエステラーゼに結合した塩酸ドネペジル〕 同SITE部分
1fkn〔阻害剤OM99-2が結合したβ-セクレターゼ〕
1gqr〔リバスチグミンの脱離基を含むアセチルコリンエステラーゼ〕 同PDBsumデータ1gqr_SAF$
1m4hのChain A・C〔阻害剤OM00-3(Chain C)が結合したβ-セクレターゼ〕
1owtのModel 1〔アミロイド前駆体タンパク質〕
1r1h〔βアミロイド分解酵素ネプリライシン〕
1vot&〔ゴマフシビレエイのアセチルコリンエステラーゼ;フプリンXが結合〕 同PDBsumデータ1vot_HUP$
1w6r#&〔ゴマフシビレエイのアセチルコリンエステラーゼ;ガランタミンが結合〕 GNT(ガランタミン)選択 同PDBsumデータ1w6r_GNT$
2begのModel 1〔アルツハイマー病のアミロイドβ線維;残基番号17-42〕 同Chain A
2lmnのModel 1〔アルツハイマー病のアミロイドβ線維〕 → Jmolトピック
2lmpのModel 1〔アルツハイマー病のアミロイドβ線維〕 → Jmolトピック
2m4jのModel 1〔アルツハイマー病のアミロイドβ線維〕 → Jmolトピック
2m5nのModel 1〔トランスサイレチン;クロスβ構造アミロイド〕
2mxuのModel 1〔42残基のアミロイドβ線維;残基番号11-42〕 → Jmolトピック
2naoのModel 1〔アルツハイマー病に関連する42残基のアミロイドβ線維;残基番号1-42〕
2nntのModel 1〔ハンチントン病のアミロイド原線維〕
2yoqのChain A〔FAM3B;Nature Communications記事中の“FAM3 superfamily member ILEI”に関係する参考データとして〕
2zhrのChain A・C*〔阻害剤OM99-2が結合したβ-セクレターゼ BACE1(pH 5.0)〕
2zht*〔β-セクレターゼ(pH 4.5)〕
4fl5のChain A・P〔14-3-3σタンパク質とタウタンパク質;P鎖がタウ(synthetic construct)〕 P鎖選択 [Tau protein - Wikipedia14-3-3 protein - Wikipedia
4twdのChain A-E〔黒脚病菌のリガンド開口型イオンチャネル;メマンチンが結合〕
4twfのChain A-E〔同上;ブロモメマンチンが結合〕
5kk3のModel 1〔42残基のアミロイドβ線維;残基番号11-42〕
5o3l〔アルツハイマー病患者の脳に蓄積するタウタンパク質フィラメント;Paired helical filament〕 | 5o3o〔同;Pronase-treated paired helical filament〕 | 5o3t同;Straight filament〕 → Jmolトピック
6shs〔アルツハイマー病患者の脳から得られたアミロイドβ線維前駆体タンパク質〕 → Jmolトピック
8ons〔前頭側頭葉変性症(FTLD)患者からのTAF15アミロイドフィラメント〕
●治療薬候補例
6co3(阻害剤BAY 1000493が結合したTASKチャネル) Chain Q(アミロイドβ)選択 同PDBsumデータ6co3_ALA~ASP(ALA-GLU-PHE-ARG-HIS-ASP)$ → Jmolトピック
8cc6のChain A(可逆的阻害剤PZ-1922が結合した5-HT3A受容体) 同PDBsumデータ8cc6_U9L[502(A)]$ → Jmolトピック
●その他の参考データ
5i55の20量体(Chain A×20;黄色ブドウ球菌が分泌するアミロイドペプチドPSMα3) → Jmolトピック
&
Acetylcholinesterase: A gorge-ous enzyme(PDBe)参照;Jmolトピックスでも紹介

  
42残基のアミロイドβ線維2mxuおよび5kk3のModel 1(いずれも残基番号11-42)

  
[左]アミロイドβ2naoのModel 1(残基番号1-42 → PNAS論文
[右]アルツハイマー病患者の脳から得られたアミロイドβ線維前駆体タンパク質6shs(残基番号1-40 → Nature Communications論文



アルツハイマー病患者の脳に蓄積するタウタンパク質フィラメント(Paired helical filament)5o3l



前頭側頭葉変性症(FTLD)患者からのTAF15アミロイドフィラメント8ons
(残基番号7-99 → Nature論文) | Jmolトピック(FTLD関連)



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