- 日本コンピュータ化学会2015秋季年会一般公開イベント「科学発信!! Hakodate」（函館市，2015/10/31-11/01） ※上記論文執筆者の一人高木清二さん（公立はこだて未来大学，2010年イグ・ノーベル賞受賞）が講演とブース展示。
- 粘菌の輸送ネットワークから都市構造の設計理論を構築 ―都市間を結ぶ最適な道路・鉄道網の法則確立に期待―（JST，1999/06/01）
- The crystal structure of the Physarum polycephalum actin-fragmin kinase: an atypical protein kinase with a specialized substrate‐binding domain（EMBO Journal，2010/01/22）
- 新着細胞生物学用語集(アクチン・ミオシン)｜日本細胞生物学会
- アクチン修飾と細胞骨格（CYTOSKELETON NEWS 2013年6月号）
- 「粘菌」とは？ 不思議な生物。粘菌の世界 - NAVER まとめ
- 粘菌 - Wikipedia ｜ 変形菌 ｜ 粘菌コンピュータ
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1cjaのChain A（粘菌Physarum polycephalumのアクチン-フラグミンキナーゼ；AMP結合） 同PDBsumデータ 1cja_AMP$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］1cjaのChain A（AMP結合） ［中・左］「科学発信!! Hakodate」での高木清二さんと展示の粘菌
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●アミノ色表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
●疎水性インデックス順
ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
●有機概念図I/O値順（特性基 R）
ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
●等電点順
ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG
アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！
- Updated structure of Drosophila cryptochrome（Nature，2013/03/20） ※4gu5（下記論文でも言及）を下掲。
- Alternative radical pairs for cryptochrome-based magnetoreception（Journal of The Royal Society Interface，2014/03/06）
- Magnetically sensitive light-induced reactions in cryptochrome are consistent with its proposed role as a magnetoreceptor（PNAS，2012/03/27） ※Fig. 1に1u3d・1dnpを掲載。
- 別研究紹介
- ジム・アル=カリーリ，ジョンジョー・マクファデン 著 水谷淳 訳，「量子力学で生命の謎を解く」，SBクリエイティブ(2015) ※『第6章 チョウ、ショウジョウバエ、量子のコマドリ』
- ニュートン別冊「量子力学100年」，ニュートンプレス(2025) [NEW!] ※pp.118-119にクリプトクロム。
- 量子生物学が生命の謎を解くとジムアルカリーリ氏が語る（ログミー，2015/09）
- 科学が解明、渡り鳥たちの「驚異的方向感覚」のミステリー（Forbes JAPAN，2018/04/11） ※“Cry4は青色光受容体のクリプトクロムの一種”。
- 渡り鳥は磁場が見える：青色光受容体と磁気の感知（WIRED.jp，2009/06/30）
- 話題の書籍「量子力学で生命の謎を解く」 #量子生物学 - Togetterまとめ
- クリプトクロム - Wikipedia ｜ 磁覚 ｜ 量子生物学
［Magnetoreception - Wikipedia，Cryptochrome - Wikipedia］
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4gu5のChain A（ショウジョウバエのクリプトクロム） 同PDBsumデータ 4gu5_FAD（Mg含む）$ Trp314・375・420選択 5zm0（クラミドモナスのクリプトクロム；水分子は原子番号4136のみ含む） 同PDBsumデータ 5zm0_FAD（グリセロール含む）$ Trp322・376・399（Trp-triad）選択 Trp294・354・399（FAD近傍）選択 バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
クリプトクロム4gu5のA鎖とその同PDBsumデータ；何れもFAD近傍の3つのTrpを強調表示
クラミドモナスのクリプトクロム5zm0（FADとTrp-triadを強調表示；東邦大学プレスリリース図3参照）とその同PDBsumデータ
- Direct observation of ultrafast collective motions in CO myoglobin upon ligand dissociation（Science，2015/09/10）
- 今月の分子 No.1: ミオグロビン（Myoglobin）（PDBj，2000/01） ｜ Molecule of the Month（PDB）
- ミオグロビン - Wikipedia
- ヘモグロビン（本サイト）
［Myoglobin - Wikipedia］
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PDBsumデータ 5cn5_CMO（0 ps time delay）$ PDBsumデータ 5cnb_CMO（0.5 ps time delay）$ PDBsumデータ 5cnd_CMO（3 ps time delay）$ PDBsumデータ 5cne_CMO（10 ps time delay）$ PDBsumデータ 5cng_CMO（150 ps time delay）$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 ヘム選択 Fe選択 一酸化炭素CO選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
0 ps（5cn5）～150 ps（5cng）のPDBsumデータによるアニメ画像
［Vancomycin - Wikipedia］
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1fvmのChain A・G（DI-acetyl-LYS-D-ALA-D-ALAに結合したバンコマイシン） 同PDBsumデータ1fvm_MLU-OMZ-ASN-GHP-GHP-OMY-3FG$ MLU-OMZ-ASN-GHP-GHP-OMY-3FG（vancomycin）選択 Chain G選択 D-Ala-D-Ala選択 バンコマイシン含む他のPDBデータ例： 1pnvのChain B（バンコマイシンが結合したTDP-epi-vancosaminyltransferase GtfA） VAN（vancomycin）選択 バンコマイシン（vancomycin） D-アラニル-D-アラニン ｜ L-アラニン ペニシリンG（水色表示）とD-アラニル-D-アラニンの重ね合わせ〔PDB形式データ；すべてHETATM〕 ペニシリンG選択 バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
1fvmのChain A・G（DI-acetyl-LYS-D-ALA-D-ALAに結合したバンコマイシン）
- Stonefish toxin defines an ancient branch of the perforin-like superfamily（PNAS，2015/12/01）
- Studying stonefish venom may help combat transplant rejection（EurekAlert! Science News，2015/12/02）
- オニダルマオコゼ | 魚類 | 市場魚貝類図鑑
- 魚と毒 － オニダルマオコゼ －〔NET de 水族館〕
- オニダルマオコゼ - Wikipedia
［Synanceia verrucosa - Wikipedia］
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バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
オニダルマオコゼの毒成分ストナストキシン（stonustoxin）4wvm
- Molecular mechanism of respiratory syncytial virus fusion inhibitors（Nature Chemical Biology，2015/12/07）
- 「RSウイルス」感染者が過去最悪 さらに拡大の恐れ（テレビ朝日，2015/12/08） [NEW!]
- RSウイルス - Wikipedia
- 別トピック（本サイト）
［Human respiratory syncytial virus - Wikipedia］
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5ea3（RSウイルスのF糖タンパク質；阻害剤JNJ-2408068が結合） 同PDBsumデータ 5ea3_5NK$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 5NK（JNJ-2408068）選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
阻害剤JNJ-2408068が結合したRSウイルスのF糖タンパク質5ea3
- EPPS rescues hippocampus-dependent cognitive deficits in APP/PS1 mice by disaggregation of amyloid-β oligomers and plaques（Nature Communications，2015/12/08） ※EPPSを以下に。
- Molecule clears Alzheimer's plaques（BBC News，2015/12/08）
- Exploring the chemical space of the lysine-binding pocket of the first kringle domain of hepatocyte growth factor/scatter factor (HGF/SF) yields a new class of inhibitors of HGF/SF-MET binding（Chemical Science，2015/07/31） ※下掲5cs3について
- アルツハイマー病治療薬（本サイト）
［HEPPS (molecule) - Wikipedia］
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EPPS（HEPPS） ※参考（EPPSが結合したPDBデータ例）： 5cs3（EPPSが結合した肝細胞増殖因子のNK1フラグメント） 同PDBsumデータ 5cs3_EP1$ ※EPPS結合PDBデータ一覧 バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
EPPS（左）とEPPSを含む5cs3のPDBsumデータ（右；上掲記事とは無関係）
［Alizarin - Wikipedia］
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p.33 ファビピラビル：ファビピラビル（favipiravir，T-705；インフルエンザウイルスのRNAポリメラーゼ阻害剤） → 別トピック ［Favipiravir - Wikipedia］ ｜ 6-fluoro-3-oxo-4-(5-O-phosphono-β-D-ribofuranosyl)-3,4-dihydropyrazine-2-carboxamide；ファビピラビルの1リン酸体（活性体は3リン酸体） → PDBリガンド1RP ｜ ファビピラビルの3リン酸体T-705RTP（活性体） ｜ ファビピラビル，同3リン酸体T-705RTP，ブリンシドフォビルの同時表示 … 2014年にエボラ出血熱感染拡大 p.64 テアフラビン：テアフラビン（theaflavin） ［Theaflavin - Wikipedia］ p.170 アリザリンレッドS：アリザリンレッドS（Alizarin Red S；C.I.Mordant Red 3） … 染料の種類 p.184 テストステロンやエストロゲン ：テストステロン（testosterone） ｜ 17β-エストラジオール（17β-Estradiol；エストロゲン〈estrogen〉の一種） ｜ テストステロンと17β-エストラジオールの同時表示 ［Testosterone - Wikipedia，Estrogen - Wikipedia］ … 性ホルモン - ステロイドホルモンの生合成と代謝 p.231 山中因子：山中因子の一部を含むPDBデータ例1gt0*（Oct4・Sox2・DNA 複合体の例） C鎖（Oct1）選択 D鎖（Sox2）選択 ［Induced pluripotent stem cell - Wikipedia］ … Oct1/Sox2/DNA 複合体 - iPS細胞の山中因子から バックボーン 二次構造 DNA/RNA（ATGCU，backbone） 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］ファビピラビル，同3リン酸体（活性体），ブリンシドフォビル（brincidofovir）の同時表示
［中］アリザリンレッドS（Alizarine Red S；C.I.Mordant Red 3）
［右］テストステロンと17β-エストラジオールの同時表示
- 有坂文雄，『細胞に穴をあける分子機械』（田之倉優 編，「タンパク質のかたちから生命のなぞを解く」，pp.144-156，クバプロ 2005）
- 有坂文雄，『T4ファージの微細構造と感染のメカニズム』
- その姿はまるでナノマシン ーT4ファージの魅力（Technity，2013/07/10）
- 生き物のデザイン：微生物への着陸船（I’m not a scientist.，2011/05/29）
- 生物教材製作所 ※T2・T4ファージのペーパークラフトなど。
- ファージ - Wikipedia
- T4ファージのgp5タンパク質例（PDBデータ1K28より）（本サイト）
［Enterobacteria phage T4 - Wikipedia］
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4uxf（T4ファージの尾繊維タンパク質gp34） ※他のT4ファージのPDBデータ例：1k28のChain A・D×3（T4ファージのタンパク質gp5） ● バリン，● グリシン で空間充填表示 → T4ファージのgp5タンパク質例 バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
T4ファージのgp34尾繊維タンパク質4uxf
- 結局、人工甘味料は体にいいのか悪いのか｜食の安全（JBpress，2014/10/17）
- ラクトースオペロン - Wikipedia ｜ スクラロース
- lac Repressor - PDB-101
- 甘味物質の秘密（本サイト）
［Lac repressor - Wikipedia，Sucralose - Wikipedia］
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4rztの Chain A（スクラロースが結合したlacリプレッサー） 同PDBsumデータ 4rzt_40J$ スクラロース（sucralose） バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
スクラロースが結合したlacリプレッサー4rztのPDBsumデータ