◆ 今週の分子 ◆
連載93（2005/06/29〜）：T4ファージのgp5タンパク質例（PDBデータ1K28より）
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〔左〕Googleによる“phage T4”イメージ検索結果，〔中〕T4ファージのテイルリゾチームgp5の3量体構造例（1PDL），〔右〕参考文献「タンパク質のかたちから生命のなぞを解く」

　高校生物の参考書などにも登場する，宇宙船のような形をしたT4ファージ。最近に感染するバクテリオファージの代表例ですが，その構成部品の詳細や組み立てられ方も少しずつ解明されてきているようです。


バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択　リガンド選択
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
 ● バリン，● グリシン で空間充填表示
水素結合（太）　OFF
　
　
背景・黒　灰　白　紺
T4ファージのgp5タンパク質例 1K28のChain A・D×3（表示データは旧PQSによるが現在はリンク先で表示可能）
※初期表示：　● バリン，● グリシン

　なお，１文字アミノ酸配列から各種HTMLデータを作成する秀丸マクロを改変して用いれば，下表のように任意のアミノ酸を色分けした配列の表を作成することができます。

1K28のChain Aのアミノ酸配列（１行30残基で作成；Val = 49，Gly = 61，Total = 584）
※C末端側の三角形筒構造はVXGXXXXXの8残基のサイクルで形成され（Valが8残基の先頭），頂点はグリシン
※有坂文雄，『細胞に穴をあける分子機械』（田之倉優 編，「タンパク質のかたちから生命のなぞを解く」，pp.144-156，クバプロ 2005）
Met Glu Met Ile Ser Asn Asn Leu Asn Trp Phe Val Gly Val Val Glu Asp Arg Met Asp Pro Leu Lys Leu Gly Arg Val Arg Val Arg
Val Val Gly Leu His Pro Pro Gln Arg Ala Gln Gly Asp Val Met Gly Ile Pro Thr Glu Lys Leu Pro Trp Met Ser Val Ile Gln Pro
Ile Thr Ser Ala Ala Met Ser Gly Ile Gly Gly Ser Val Thr Gly Pro Val Glu Gly Thr Arg Val Tyr Gly His Phe Leu Asp Lys Trp
Lys Thr Asn Gly Ile Val Leu Gly Thr Tyr Gly Gly Ile Val Arg Glu Lys Pro Asn Arg Leu Glu Gly Phe Ser Asp Pro Thr Gly Gln
Tyr Pro Arg Arg Leu Gly Asn Asp Thr Asn Val Leu Asn Gln Gly Gly Glu Val Gly Tyr Asp Ser Ser Ser Asn Val Ile Gln Asp Ser
Asn Leu Asp Thr Ala Ile Asn Pro Asp Asp Arg Pro Leu Ser Glu Ile Pro Thr Asp Asp Asn Pro Asn Met Ser Met Ala Glu Met Leu
Arg Arg Asp Glu Gly Leu Arg Leu Lys Val Tyr Trp Asp Thr Glu Gly Tyr Pro Thr Ile Gly Ile Gly His Leu Ile Met Lys Gln Pro
Val Arg Asp Met Ala Gln Ile Asn Lys Val Leu Ser Lys Gln Val Gly Arg Glu Ile Thr Gly Asn Pro Gly Ser Ile Thr Met Glu Glu
Ala Thr Thr Leu Phe Glu Arg Asp Leu Ala Asp Met Gln Arg Asp Ile Lys Ser His Ser Lys Val Gly Pro Val Trp Gln Ala Val Asn
Arg Ser Arg Gln Met Ala Leu Glu Asn Met Ala Phe Gln Met Gly Val Gly Gly Val Ala Lys Phe Asn Thr Met Leu Thr Ala Met Leu
Ala Gly Asp Trp Glu Lys Ala Tyr Lys Ala Gly Arg Asp Ser Leu Trp Tyr Gln Gln Thr Lys Gly Arg Ala Ser Arg Val Thr Met Ile
Ile Leu Thr Gly Asn Leu Glu Ser Tyr Gly Val Glu Val Lys Thr Pro Ala Arg Ser Leu Ser Ala Met Ala Ala Thr Val Ala Lys Ser
Ser Asp Pro Ala Asp Pro Pro Ile Pro Asn Asp Ser Arg Ile Leu Phe Lys Glu Pro Val Ser Ser Tyr Lys Gly Glu Tyr Pro Tyr Val
His Thr Met Glu Thr Glu Ser Gly His Ile Gln Glu Phe Asp Asp Thr Pro Gly Gln Glu Arg Tyr Arg Leu Val His Pro Thr Gly Thr
Tyr Glu Glu Val Ser Pro Ser Gly Arg Arg Thr Arg Lys Thr Val Asp Asn Leu Tyr Asp Ile Thr Asn Ala Asp Gly Asn Phe Leu Val
Ala Gly Asp Lys Lys Thr Asn Val Gly Gly Ser Glu Ile Tyr Tyr Asn Met Asp Asn Arg Leu His Gln Ile Asp Gly Ser Asn Thr Ile
Phe Val Arg Gly Asp Glu Thr Lys Thr Val Glu Gly Asn Gly Thr Ile Leu Val Lys Gly Asn Val Thr Ile Ile Val Glu Gly Asn Ala
Asp Ile Thr Val Lys Gly Asp Ala Thr Thr Leu Val Glu Gly Asn Gln Thr Asn Thr Val Asn Gly Asn Leu Ser Trp Lys Val Ala Gly
Thr Val Asp Trp Asp Val Gly Gly Asp Trp Thr Glu Lys Met Ala Ser Met Ser Ser Ile Ser Ser Gly Gln Tyr Thr Ile Asp Gly Ser
Arg Ile Asp Ile Gly Ser Val Asp His His His His His His

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