◆ 今週の分子 ◆
連載93（2005/06/29～）：T4ファージのgp5タンパク質例（PDBデータ1K28より）
→ Jmol版 ｜ 次回分子を先行公開 ←

    
〔左〕Googleによる“phage T4”イメージ検索結果，〔中〕T4ファージのテイルリゾチームgp5の3量体構造例（1PDL），〔右〕参考文献「タンパク質のかたちから生命のなぞを解く」

　高校生物の参考書などにも登場する，宇宙船のような形をしたT4ファージ。最近に感染するバクテリオファージの代表例ですが，その構成部品の詳細や組み立てられ方も少しずつ解明されてきているようです。


T4ファージのgp5タンパク質例（1K28のChain A）
※初期表示：　■ バリン，■ グリシン
 バックボーン 二次構造
リガンド表示 OFF
初期表示

全選択 Ligand選択 タンパク質選択
 空間充填 球棒 スティック OFF
CPK アミノ色 ｜ ラベル表示 OFF
酸性・中性・塩基性アミノ酸区別
極性・非極性区別
疎水性インデックス順
等電点順
Dot Surface表示 OFF
水素結合（細） 同（太） OFF
光沢表示 OFF ｜ 光量30% OFF
背景・黒 背景・灰 背景・白
回転 OFF ｜ 画像をクリップボードへコピー

※amino表示の凡例
ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR
ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO
＝ 以下の表示はアミノ酸の親水性・疎水性参照 ＝
※酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR
ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS
※極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG
HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP
※疎水性インデックス順
ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP
SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE
※等電点順
ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP
VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG

　なお，１文字アミノ酸配列から各種HTMLデータを作成する秀丸マクロを改変して用いれば，下表のように任意のアミノ酸を色分けした配列の表を作成することができます。

1K28のChain Aのアミノ酸配列（１行30残基で作成；Val = 49，Gly = 61，Total = 584）
※C末端側の三角形筒構造はVXGXXXXXの8残基のサイクルで形成され（Valが8残基の先頭），頂点はグリシン
※有坂文雄，『細胞に穴をあける分子機械』（田之倉優 編，「タンパク質のかたちから生命のなぞを解く」，pp.144-156，クバプロ 2005）
Met Glu Met Ile Ser Asn Asn Leu Asn Trp Phe Val Gly Val Val Glu Asp Arg Met Asp Pro Leu Lys Leu Gly Arg Val Arg Val Arg
Val Val Gly Leu His Pro Pro Gln Arg Ala Gln Gly Asp Val Met Gly Ile Pro Thr Glu Lys Leu Pro Trp Met Ser Val Ile Gln Pro
Ile Thr Ser Ala Ala Met Ser Gly Ile Gly Gly Ser Val Thr Gly Pro Val Glu Gly Thr Arg Val Tyr Gly His Phe Leu Asp Lys Trp
Lys Thr Asn Gly Ile Val Leu Gly Thr Tyr Gly Gly Ile Val Arg Glu Lys Pro Asn Arg Leu Glu Gly Phe Ser Asp Pro Thr Gly Gln
Tyr Pro Arg Arg Leu Gly Asn Asp Thr Asn Val Leu Asn Gln Gly Gly Glu Val Gly Tyr Asp Ser Ser Ser Asn Val Ile Gln Asp Ser
Asn Leu Asp Thr Ala Ile Asn Pro Asp Asp Arg Pro Leu Ser Glu Ile Pro Thr Asp Asp Asn Pro Asn Met Ser Met Ala Glu Met Leu
Arg Arg Asp Glu Gly Leu Arg Leu Lys Val Tyr Trp Asp Thr Glu Gly Tyr Pro Thr Ile Gly Ile Gly His Leu Ile Met Lys Gln Pro
Val Arg Asp Met Ala Gln Ile Asn Lys Val Leu Ser Lys Gln Val Gly Arg Glu Ile Thr Gly Asn Pro Gly Ser Ile Thr Met Glu Glu
Ala Thr Thr Leu Phe Glu Arg Asp Leu Ala Asp Met Gln Arg Asp Ile Lys Ser His Ser Lys Val Gly Pro Val Trp Gln Ala Val Asn
Arg Ser Arg Gln Met Ala Leu Glu Asn Met Ala Phe Gln Met Gly Val Gly Gly Val Ala Lys Phe Asn Thr Met Leu Thr Ala Met Leu
Ala Gly Asp Trp Glu Lys Ala Tyr Lys Ala Gly Arg Asp Ser Leu Trp Tyr Gln Gln Thr Lys Gly Arg Ala Ser Arg Val Thr Met Ile
Ile Leu Thr Gly Asn Leu Glu Ser Tyr Gly Val Glu Val Lys Thr Pro Ala Arg Ser Leu Ser Ala Met Ala Ala Thr Val Ala Lys Ser
Ser Asp Pro Ala Asp Pro Pro Ile Pro Asn Asp Ser Arg Ile Leu Phe Lys Glu Pro Val Ser Ser Tyr Lys Gly Glu Tyr Pro Tyr Val
His Thr Met Glu Thr Glu Ser Gly His Ile Gln Glu Phe Asp Asp Thr Pro Gly Gln Glu Arg Tyr Arg Leu Val His Pro Thr Gly Thr
Tyr Glu Glu Val Ser Pro Ser Gly Arg Arg Thr Arg Lys Thr Val Asp Asn Leu Tyr Asp Ile Thr Asn Ala Asp Gly Asn Phe Leu Val
Ala Gly Asp Lys Lys Thr Asn Val Gly Gly Ser Glu Ile Tyr Tyr Asn Met Asp Asn Arg Leu His Gln Ile Asp Gly Ser Asn Thr Ile
Phe Val Arg Gly Asp Glu Thr Lys Thr Val Glu Gly Asn Gly Thr Ile Leu Val Lys Gly Asn Val Thr Ile Ile Val Glu Gly Asn Ala
Asp Ile Thr Val Lys Gly Asp Ala Thr Thr Leu Val Glu Gly Asn Gln Thr Asn Thr Val Asn Gly Asn Leu Ser Trp Lys Val Ala Gly
Thr Val Asp Trp Asp Val Gly Gly Asp Trp Thr Glu Lys Met Ala Ser Met Ser Ser Ile Ser Ser Gly Gln Tyr Thr Ile Asp Gly Ser
Arg Ile Asp Ile Gly Ser Val Asp His His His His His His

「生活環境化学の部屋」ホームページ ｜ 「分子の形と性質」学習帳 ｜ 「今週の分子」トップ