■ネオニコチノイド系農薬の例 ※初期表示はニコチンとネオニコチノイド系農薬4種(イミダクロプリド,クロチアニジン,チアメトキサム,ジノテフラン)の同時表示
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アセタミブリド(acetamiprid;ネオニコチノイド系農薬) イミダクロプリド(imidacloprid;同) クロチアニジン(clothianidin;同) ジノテフラン(dinotefuran;同,異性体あり) スルホキサフロル(sulfoxaflor;同,異性体あり) チアクロプリド(thiacloprid;同) チアメトキサム(thiamethoxam;同) ニテンピラム(nitenpyram;同) 参考(広義のネオニコチノイド系;岩波ブックレット(2024)表1参照) …ラジカルなど特殊構造については分子構造データを加工 スルホキサフロル(sulfoxaflor;スルホキシイミン系) トリフリメゾピリム(triflumezopyrim;メソイオン系) フルピラジフロン(flupyradifurone;ブテノリド系) フルピリミン(flupyrimin;ピリジリデン系) 参考:ニコチン(nicotine) ∥ ニコチン(最上段)とネオニコチノイド系農薬4種(イミダクロプリド,クロチアニジン,チアメトキサム,ジノテフラン;中段左から時計回りで)の同時表示 | ネオニコチノイド系農薬8種(アセタミブリド,イミダクロプリド,クロチアニジン,ジノテフラン,スルホキサフロル,チアクロプリド,チアメトキサム,ニテンピラム;上段左から→下段左から)の同時表示 参考(ネオニコチノイド系以前の農薬例):DDT(有機塩素系 → 新規POPs有害物質リスト) | マラチオン(malathion;有機リン系 → 環境ホルモンとして疑われている化合物の例) ∥ DDT,マラチオン,クロチアニジンの同時表示 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 モル・タロウ色(C・H・N・結合以外はJmol色) 背景・黒 灰 白 紺 |
ニコチンとネオニコチノイド系農薬4種の同時表示
(データ上掲;右は「GoogleドライブとChem3D for iPadで分子を見る」による)
ネオニコチノイド系農薬8種の同時表示
“広義の”ネオニコチノイド系農薬4種:スルホキサフロル(sulfoxaflor),トリフリメゾピリム(triflumezopyrim),
フルピラジフロン(flupyradifurone),フルピリミン(flupyrimin)
※岩波ブックレット「ネオニコチノイド 静かな化学物質汚染」(2024)表1参照
■アセチルコリン結合タンパク質(ニコチン受容体)の例 ※初期表示はPDBデータ 3C79(アセチルコリン結合タンパク質;ネオニコチノイド系農薬のイミダクロプリドが結合)
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PDBデータ 3c79*(イミダクロプリドが結合したアセチルコリン結合タンパク質) 同PDBsumデータ 3c79_IM4$ → 論文 PDBデータ 3wti(クロチアニジンが結合したアセチルコリン結合タンパク質) 同PDBsumデータ 3wti_CT4[301(A)]$ → 論文 PDBデータ 8xsuのChain A・B(ジノテフランが結合したアセチルコリン結合タンパク質;cif→pdb変換) 同PDBsumデータ 8xsuAB_lp[301(A)]$ → プレスリリース ※参考(広義のネオニコチノイド系農薬結合データ例:PDBデータ 7pd6のChain A-E(スルホキサフロル(〈sulfoxaflor〉が結合したアセチルコリン結合タンパク質;cif→pdb変換) 同PDBsumデータ 7pd6_lp[301(A)]$ → 岩波ブックレット(2024)表1参照) ※参考(ニコチンが結合したアセチルコリン結合タンパク質): PDBデータ 1uw6のChain A-E(アセチルコリン結合タンパク質;ニコチンが結合) 同PDBsumデータ 1uw6_NCT[1208(A)]$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ) 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 モル・タロウ色(リガンドのC・H・N・結合のみ) 緑 ピンク 濃ピンク 橙 紫 糖鎖別着色(#印のみ):Gal,α-Glc,β-Glc,Man,Fuc,Xyl,Sia,GalNAc,GlcNAc,GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) ヒトの必須・非必須区別 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
アセチルコリン結合タンパク質の構造:左からイミダクロプリド結合の3c79全体構造,
続いてPDBsumデータからで1uw6(ニコチン結合)・3c79(イミダクロプリド結合)・3wti(クロチアニジン結合)
ジノテフラン(dinotefuran)が結合したアセチルコリン結合タンパク質8xsuのChain A・BとPDBsumデータ
“広義の”ネオニコチノイド系農薬結合アセチルコリン結合タンパク質例の7pd6のChain A-EとPDBsumデータ,スルホキサフロル(sulfoxaflor)結合
※岩波ブックレット(2024) 表1・コラム参照
イミダクロプリド(モル・タロウ色表示)が結合したアセチルコリン結合タンパク質
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