- RCSB PDB 2014/07/01 新規公開データより：4oo9 Structure of the human class C GPCR metabotropic glutamate receptor 5 transmembrane domain in complex with the negative allosteric modulator mavoglurant
- Structure of class C GPCR metabotropic glutamate receptor 5 transmembrane domain（Nature，2014/07/06）
- 代謝型グルタミン酸受容体の膜貫通領域における活性化スイッチの同定（京都大学理学研究科 | 生物科学専攻生物物理学教室 | 分子生体情報学分野 | 七田研究室）
- 立体構造が明らかにしたGタンパク質共役受容体の刺激受容のしくみ（ライフサイエンス 領域融合レビュー，2013/03/11）
- GPCR - 2012年ノーベル化学賞（本サイト）
［Metabotropic glutamate receptor，Class C GPCR - Wikipedia，Metabotropic glutamate receptor 5 - Wikipedia，Mavoglurant - Wikipedia］
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4oo9（GPCR；代謝型グルタミン酸受容体5） 同PDBsumデータ 4oo9_2U8$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 2U8（マボグルラント；mavoglurant）選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
マボグルラント（mavoglurant）が結合した代謝型グルタミン酸受容体のPDBデータ例4oo9とそのPDBsumデータ
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●アミノ色表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
●疎水性インデックス順
ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
●有機概念図I/O値順（特性基 R）
ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
●等電点順
ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG
アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！
- ポリフェノールやセサミンの摂取で老化に伴う細胞死を抑制できる? - 京大（マイナビニュース，2014/08/01）
- ゴマや赤ワインの老化予防効果、細胞レベルで確認 京大（朝日，2014/08/02）
- 他のATPase研究例：マイコプラズマの滑走運動に必要なモーターの分子構造を世界で初めて明らかに！（東北大学，2015/03/04） [NEW!] ※2025/03/12公開9io5（下掲）
- 本間善夫・川端潤，「パソコンで見る動く分子事典」，講談社ブルーバックス(2007) ※p.95にレスベラトロール，p.242にセサミン。
- 別トピック（レスベラトロール関連）
［Resveratrol - Wikipedia，Sesamin - Wikipedia］
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レスベラトロールとd-セサミン（(+)-セサミン）の同時表示 レスベラトロール d-セサミン（(+)-セサミン） ※参考（レスベラトロール結合タンパク質例）：2jizのChain A-G （F1-ATPase；レスベラトロールにより阻害） STL（レスベラトロール）選択 同PDBsumデータ 2jiz_STL（G鎖）$ ※参考（G1-ATPase）：9io5のChain A-G （G1-ATPase） 同PDBsumデータ 9io5_ATP[800(A)]（ATP）$ 同PDBsumデータ 9io5_ADP[801(B)]（ADP）$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） ヒトの必須・非必須区別 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］「GoogleドライブとChem3D for iPadで分子を見る」によるレスベラトロールとd-セサミンの同時表示
［右］レスベラトロール（resveratrol）結合タンパク質例F1-ATPアーゼ2jizのPDBsumデータ
G1-ATPase 9io5のChain A-GとPDBsumデータ
- iPS細胞ができる鍵は「レトロウイルス」 山中伸弥所長らが解明（ハフポ，2014/08/05）
- 京大など、内在性レトロウイルスの働き解明 ─活性化で初期化促しiPS細胞効率作製へ（日刊工業新聞，2014/08/05）
- Oct1/Sox2/DNA 複合体 - iPS細胞の山中因子から（本サイト）
- 参考（HERV-H関連ニュース例）：「ヒト内因性レトロウィルス」ががんの転移で重要な働きをする - 慶応大（マイナビニュース，2014/03/05）
- 参考（iPS細胞関連の3Dプリンタ模型紹介記事掲載誌，2014/08/26発売）：2014年秋号の表紙 #rikatan（RikaTan 理科の探検：blog，2014/08/04）
［KLF4 - Wikipedia］
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バックボーン 二次構造 DNA/RNA（ATGCU，backbone） 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
山中4因子（Oct3/4・Sox2・Klf4・c-Myc）；左からPDBデータ1gt0（Oct4・Sox2），2wbs（Klf4），1nkp（c-Myc）
- 細胞の中で働く巨大なモータータンパク質の構造を解明（SPring-8，2011/05/23）
- 巨大分子モーター"ダイニン"の構造と運動メカニズム | Human Frontier Science Program
- ダイニン - Wikipedia
［Dynein - Wikipedia］
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バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
- Structure of the DDB1－CRBN E3 ubiquitin ligase in complex with thalidomide（Nature，2014/07/16） ※S-サリドマイドが結合した4ci1を以下に（同研究では他にレナリドマイド結合の4ci2とポマリドマイド結合の4ci3）
- サリドマイドが奇形を引き起こす機構を発見（東京工業大学，2010/03/12）
［Thalidomide - Wikipedia］
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4ci1*（E3ユビキチンリガーゼ構成因子DDB1-CRBN） 同PDBsumデータ 4ci1_EF2$ (S )-サリドマイド ｜ (R )-サリドマイド ｜ 両分子同時表示 バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］R-サリドマイドとS-サリドマイドの模式的な構造変化 ［右］S-サリドマイド（S-thalidomide）が結合したE3ユビキチンリガーゼ構成因子DDB1-CRBN 4ci1のPDBsumデータ
- ALS関連研究例：Aggregation-triggering segments of SOD1 fibril formation support a common pathway for familial and sporadic ALS（PNAS，2014/01/07） ※同研究による4nioを以下に
- 筋萎縮性側索硬化症 - Wikipedia ｜ スーパーオキシドディスムターゼ
- 今月の分子 No.094: 超酸化物不均化酵素（Superoxide Dismutase）（PDBj，2007/10） ｜ Molecule of the Month（PDB）
［Amyotrophic lateral sclerosis - Wikipedia，Superoxide dismutase - Wikipedia］
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バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
- Formation and structures of GroEL:GroES2 chaperonin footballs, the protein-folding functional form（PNAS，201408/18）
- 今月の分子 No.032: シャペロン（Chaperones）（PDBj，2002/08） ｜ Molecule of the Month（PDB）
- 本間善夫・川端 潤，「パソコンで見る動く分子事典」，p.259，講談社ブルーバックス(2007)
- シャペロン - Wikipedia
［Chaperonin - Wikipedia，Chaperone (protein)］
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4pkn（GroEL-GroES2-(ADPBeFx)14複合体） 1gruのChain O～U（分子シャペロンのGroES；1gruからGroEL部分を除いたもの） 同Chain A・O バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
- Structures of KcsA in Complex with Symmetrical Quaternary Ammonium Compounds Reveal a Hydrophobic Binding Site（Biochemistry，201408/05）
- 今月の分子 No.0038: カリウムチャネル（Potassium Channels）（PDBj，2003/02） ｜ Molecule of the Month（PDB）
- カリウムチャネル - Wikipedia
- 本間善夫，『タンパク質分子の美しさを広く知ってもらうために』，「化学と工業」2012年2号 [PDF]
- 「化学と工業」2012年2月号特集『美しい形の分子』（こども省，2012/02/12）
- 本間善夫・川端 潤，「パソコンで見る動く分子事典」，p.254，講談社ブルーバックス(2007)
- イオンチャネルタンパク質の例（PDBデータ1BL8より） - 2003年ノーベル化学賞（本サイト）
［Potassium channel - Wikipedia］
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4uujの12量体（Chain A-C×4；テトラヘキシルアンモニウムが結合したカリウムチャネル） XA7（テトラヘキシルアンモニウム）選択 同PDBsumデータ 4uuj_XA7_1131s$ 4uuj_XA7_1132s$ 4uuj_K_1127s$ （何れも元データに12量体データの該当アミノ酸残基追加） 1bl8*（カリウムチャネル） 同PDBsumデータ 1bl8_K$（Kイオン） バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
テトラヘキシルアンモニウムが結合したカリウムチャネル4uujの12量体（Chain A-C×4）とそのPDBsumデータ（Chain Cデータ[1132(C)]に12量体データの該当アミノ酸残基追加）
- ［品種開発（北海道・上）］ 食味上げ、評価を獲得（秋田魁新報，2014/08/14） ※“従来の道産米はアミロース含有率が高いため粘りが少ないと分析”のアミロースを関連分子とともに以下に。
- 小川智久，『おいしさを科学しよう（1）：デンプンの化学』，「理科の探検」2014秋号
- 代表的な高分子（本サイト） ｜ 甘味物質の秘密 ｜ 別トピック（セルラーゼ）
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α-グルコースとアミロース部分構造，β-グルコースとセルロース部分構造 ※参考（セロビオースを含むタンパク質例）：1g0c（アルカリセルラーゼ） → 界面活性剤の種類 バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
- Agonist-bound structure of the human P2Y12 receptor（Nature，2014/05/01）
- Agonist-bound structure of the human P2Y12 receptor（Nature，2014/04/30） ※4pxz・4py0
- Structure of the human P2Y12 receptor in complex with an antithrombotic drug（Nature，2014/03/23） ※4ntj
- GPCR - 2012年ノーベル化学賞（本サイト）
［P2Y12 - Wikipedia，P2Y receptor - Wikipedia］
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4pxz（P2Y12受容体；アゴニスト2MeSADPが結合） 6AD（2MeSADP）選択 同PDBsumデータ 4pxz_6AD$ 4ntj*（P2Y12受容体；アンタゴニストAZD1283が結合） AZJ（AZD1283）選択 同PDBsumデータ 4ntj_AZJ$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
