◆ 今週の分子 ◆
連載38(2003/10/09〜):
イオンチャネルタンパク質の例(PDBデータ1BL8より)
= 2003年ノーベル化学賞 =
Chime版


イオンチャネルタンパク質の例(PDBデータ1BL8より)
※ピンク球がKイオン,赤球が水のO原子
※初期表示は右欄の酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示
…疎水性細胞膜を膜貫しているα-ヘリックスの外向き部分はほとんど中性アミノ酸
(右欄の極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別もお試しを)
バックボーン 二次構造
全選択 タンパク質選択 リガンド選択
DNA/RNA選択 同backbone選択

空間充填 球棒 球60% スティック 針金
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
水素結合表示
 
 
背景・黒 灰 白 



1bl8_K
K を空間充填  K を球棒表示
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
背景・黒 灰 白 
PDBsumデータ

1bl8_Cs
Cs を空間充填  Cs を球棒表示
CPK色 酸性・中性・塩基性 I/O値順
背景・黒 灰 白 
※左データの K を Cs に変更
※参考:石原 弘,『セシウムの体内動態と排出促進』,化学 2012年11月号(特集:再考 セシウムと放射性物質 ─体内・環境中での挙動と除去技術)
【注】同誌の桜井 弘『セシウムの基礎的性質と特徴』には,金属半径(Å): K…2.30 Cs…2.67,イオン半径(Å〔M+〕): K…1.38 Cs…1.67 と記述。



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