ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
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全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ) 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
ビスフェノールA(bisphenol A) ビスフェノールAF(bisphenol AF) ビスフェノールB(bisphenol B) ビスフェノールC(bisphenol C) ビスフェノールP(bisphenol P) ビスフェノールS(bisphenol S) ビスフェノールZ(bisphenol Z) ビスフェノールA・AF・B・C・Zの同時表示 ※参考 17β-エストラジオール(17β-estradiol) → 性ホルモン 4-ヒドロキシタモキシフェン(4-hydroxytamoxifen;afimoxifene) → 別トピック HPTE(p,p'-ヒドロキシ-DDT) → 別トピック 1qkuのChain A(エストラジオールが結合したエストロゲン受容体α) 3uuaのChain A・F(核内受容体コアクチベーター1とビスフェノールAFが結合したエストロゲン受容体α) 同PDBsumデータ3uua_0CZ[1(A)]$ | PDBsumデータ3uuc_0D1[1(A)]$ 2e2r(ビスフェノールAが結合したエストロゲン関連受容体γ) 同PDBsumデータ2e2r_2OH$ 8dogのChain A(ビスフェノールEが結合したデハロペルオキシダーゼB) H48(ビスフェノールE)選択 同PDBsumデータ8dogA_lp$ | PDBsumデータ8dohA_lp(ビスフェノールF)$ PDBsumデータ8doiA_lp(2,2'-ビスフェノール)$ PDBsumデータ8dojA_lp(3,3'-ビスフェノール)$ ◆ビスフェノール類を含むPDBsumデータ例(一部上と重複) 2e2r_2OH$(ビスフェノールA) I'/O' = 0.793 3uua_0CZ$(ビスフェノールAF;A-B鎖からA鎖データ) I'/O' = 0.572 3uuc_0D1$(ビスフェノールC;A-C鎖からA鎖データ) I'/O' = 0.706 2zkc_BPZ$(ビスフェノールZ) I'/O' = 0.698 8cct_UAI$(2,2'-ジクロロビスフェノールA;プレグナンX受容体〈PXR〉) I'/O' = 0.873 |
[左]ビスフェノールAFほかが結合したエストロゲン受容体α 3uuaのChain A・F [中]ビスフェノールを含むPDBsumデータ例 [右]ビスフェノールP(bisphenol P)
[左]エストロゲン受容体および関連受容体と各種リガンド(17β-エストラジオール,テストステロン,ビスフェノールA) → 川上モデル|鍵と鍵穴模型 [右]ビスフェノールA
ビスフェノールEが結合したデハロペルオキシダーゼB 8dogのChain AとそのPDBsumデータ
(ビスフェノールE結合8doh〈座標A・BのA〉,2,2'-ビスフェノール結合8doi,3,3'-ビスフェノール結合8doj, 2,2'-ジクロロビスフェノールA結合8cct〈これのみプレグナンX受容体,PXR〉との比較)
※右端8cctのプレグナンX受容体(PXR)については別トピック参照
リスデキサンフェタミン(lisdexamfetamine)
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3w14のChain A-E(インスリンとインスリン受容体;結晶化用の抗体Fab結合) A・B鎖(インスリン)選択 E鎖(インスリン受容体)選択 参考(他のインスリン構造例):4insのChain A・B OSI-906(linsitinib) [Linsitinib - Wikipedia] バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
[左]3w14のChain A-E(黄色の球表示はS原子) [右]OSI-906(linsitinib)
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4riv(サッカリンが結合した炭酸脱水酵素IX模倣体) 同PDBsumデータ4riv_LSA [303(A)]$ サッカリン(saccharin) バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
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3wsz#(Aβペプチドが結合したsorLA Vps10pドメイン) C鎖(Aβペプチド)選択 参考:2begのModel 1(Aβ繊維構造例) バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 糖鎖別着色(#印のみ):Gal,α-Glc,β-Glc,Man,Fuc,Xyl,Sia,GalNAc,GlcNAc,GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
3wsz(緑球表示がAβペプチド,青色は糖鎖 NAG)
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バックボーン 二次構造 DNA/RNA(ATGCU,backbone) 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 DNA/RNA選択 DNA選択 DNA/RNA backbone選択 Leu選択 BCAA球表示(Leu Ile Val) 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 糖鎖別着色(#印のみ):Gal,α-Glc,β-Glc,Man,Fuc,Xyl,Sia,GalNAc,GlcNAc,GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
3wpc(DNAをATGC着色し,青色は糖鎖 NAG;右はDNA近傍の拡大図)
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EFdA 参考(EFdA3リン酸体類似構造のdATP〈デオキシアデノシン3リン酸〉結合PDBデータ):3jyt(2本鎖DNAに結合した逆転写酵素HIV-1逆転写酵素のK65R変異体) 同PDBsumデータ3jyt_DTP$ DTP(dATP)選択 DDG選択 バックボーン 二次構造 DNA/RNA(ATGCU,backbone) 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 DNA/RNA選択 DNA選択 DNA/RNA backbone選択 Leu選択 BCAA球表示(Leu Ile Val) 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
EFdA(左)とdATP結合PDBsumデータ(右;文献Figure 4参照)
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3j7u(カタラーゼ) 同PDBsumデータ3j7u_HEMs(H原子追加)$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
[左]3j7u(Chain色;小さめの白球表示はH原子)
[右]同PDBsumデータ(アミノ酸はI/O値順着色;白色は追加したH原子)
(S)-(-)-エクオール