◆ 川上モデル|鍵と鍵穴模型 ◆
川上モデル(Kawakami Model)紹介2019年は国際周期表年!ecosci.jp 出前講座3Dプリンタ参考情報
★本模型は日本コンピュータ化学会2019秋季年会一般公開イベント(2019/10/26,広島市)サイエンスアゴラ2019(2019/11/16-17,東京お台場)で展示予定。
※分子モデル表示はInternet Explorerにより可能です。

  

  


PyMOLによる鍵と鍵穴模型データ表示(アミノ酸はI/O値順着色)


Colors - Jmol


全選択 タンパク質選択 リガンド選択
空間充填 球棒 球30% 球60% スティック 針金 消去
アミノ色 Chain色 CPK色

酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
水素結合表示(川上モデルでは水素結合割愛)
 
  
背景・黒 灰 白 
鍵と鍵穴モデル全表示 Mn4CaO5クラスター・Fe4S4クラスター・O2分子選択 それ以外のリガンド選択
  1. 20種のアミノ酸をI/O値順に結合させたポリペプチドのα-ヘリックス構造 → 20種類のアミノ酸
     (H-IleLeuValAlaPheProMetCysTrpTyrLysGlyHisArgThrGluGlnAspSerAsn-OH)
  2. 6ak3_P2E(GPCR,プロスタグランジンE2が結合したプロスタグランジン受容体) → GPCR
  3. 4e99_P8S(PFOSを含む血清アルブミン) → はっ水剤・難燃剤の生物体内蓄積性
  4. 1fxv_PNN(ペニシリンGが結合したヒドロラーゼ) → 抗生物質を含むPDBデータペニシリンGを含む生体分子のSITE例
  5. 1hho_HEM[Chain A](オキシヘモグロビン) → ヘモグロビン
  6. 1jb0_SF4(光合成,光化学系I;Fe4S4クラスター) → 光合成に関係する生体分子のSITE例鉄硫黄クラスターを含む生体分子のSITE例
  7. 3wu2_OEX(光合成,光化学系II,3arcの更新データ;Mn4CaO5クラスター) → 光合成に関係する生体分子のSITE例マンガンクラスター含む生体分子のSITE例
  8. 2e2r_2OH(ビスフェノールAが結合したエストロゲン受容体γ) → 多様なリガンドを含むエストロゲン受容体および関連受容体等のSITE比較
  9. 2q7j_TES(テストステロンが結合したアンドロゲン受容体) → 性ホルモン多様なリガンドを含むエストロゲン受容体および関連受容体等のSITE比較
  10. 1ere_EST(17β-エストラジオールが結合したエストロゲン受容体) → 性ホルモン多様なリガンドを含むエストロゲン受容体および関連受容体等のSITE比較

  



スタジオミダスによる模型製作用データ例
※参考キーワード:アロマターゼ( Aromatase - Wikipedia 参照) → 性ホルモン



リガンド(鍵)によって周辺アミノ酸の組成(鍵穴)が異なる例;GPCRの場合


  

  

  

  

    

  

  

      


  
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