ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※Jmol利用コンテンツはWindows 10でもInternet Explorer 11で閲覧できます。
「細胞の分子生物学 第6版」に出てくる生体分子名を検索!!
PDBデータ 1lyd(T4リゾチーム)
T4リゾチーム1lyd(水色の楕円が触媒部位)
「星屑から生まれた世界」に出てくる分子・生体分子名などを検索!!(光合成,鉄硫黄クラスターなども)
4種類のテトラピロール(コエンザイムF430,ヘムb,ビタミンB12,クロロフィルa)
[Phycocyanin - Wikipedia,Phycocyanobilin - Wikipedia]
[左]フィコシアノビリンが結合したC-フィコシアニン5mjqの12量体(Chain A・B×6;CPK色がフィコシアノビリン,黄色はN-メチルアスパラギン) [右]同PDBsumデータ例
ピリジンシンターゼPbtD 5w99とそのPDBsumデータ(左・中),およびピリジン(右)
[Proteinase K - Wikipedia]
プロテイナーゼK 5wrc
[Biodegradable Plastic - Wikipedia]
アセトアセチル-CoAが結合したアセトアセチル-CoA還元酵素 3vzsとそのPDBsumデータ
(+)-ヤタケマイシンが結合したlin2189タンパク質 5x5mのChain AとそのPDBsumデータ
[左]4種類のテトラピロール [右]ニトロゲナーゼ5ijyのPDBsumデータ(鉄硫黄クラスター)
[左・中]一酸化窒素が結合したシトクロムP450nor 5y5kのChain A(NADH非存在下,光照射20ms後)とそのPDBsumデータ〈鉄-N-O角156°〉
[右]同5y5i(NADH存在下,光照射20ms後)のPDBsumデータ〈鉄-N-O角159°〉
デカバナジン酸が結合したTRPM4チャネル 5wp6とそのPDBsumデータ例
左からシステイン脱硫酵素SufS-SufU複合体 5xt5とシステイン脱硫酵素IscS 5wt2,およびそれぞれのPDBsumデータ(左端図についてはプレスリリース図(a)参照)