◆ Jmolで見るトピックス分子(21-4) ◆

No.1-1011-20151-200401-410 | 411-420(作成中) | 421-430431-440441-450451-460461-470471-480481-490491-500
No.501-510511-520521-530531-540541-550551-560561-570571-580581-590591-600
601-610611-620621-630631-640641-650651-660661-670671-680681-690691-700
701-710711-720721-730731-740741-750751-760761-770771-780781-790791-800
801-810811-820821-830831-840841-850851-860861-870871-880861-870881-890891-900
901-910911-920921-930931-940941-950951-960961-970971-980981-990991-1000
1001-10101011-10201021-1030
→ 以下は今後改変: Vol.1235678データ名一覧
→ 最近の本サイトコンテンツから: 新型コロナウイルス(SARS-CoV-2|COVID-19)情報川上モデル「鍵と鍵穴」模型元素・分子が登場する本を読もう!

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※本ページの分子モデルはInternet Explorerで参照できます。Microsoft EdgeではInternet Explorerモードにして。


  1. 新刊:ポール・ルンダ 編・浜口 稔 訳,「大図鑑 コードの秘密 世界に隠されたメッセージを読み解く」,明石書店(2021) ※一部キーワード関連の分子モデル等を以下に。

    上掲書のルネサンス,キリスト教,イスラム図案,建築,ステンドグラス,ダ・ヴィンチなどに関係する画像例
    (本ページ作者の旅行記録から)

       
    スペイン旅行(2016年)から

       
    イタリア旅行(2017年)から


    「大図鑑 コードの秘密」に出てくるキーワード関連化合物等:五十音順,最初に数字・アルファベット
    初期表示は金の結晶構造(“錬金術”関連)
    バックボーン 二次構造 DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 DNA/RNA選択 同backbone選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 
    DNA・RNA/遺伝暗号:DNA部分構造例1d66のChain D・E DNA塩基対構造例(A-Tx2_G-Cx2) ‖ mRNA含む構造例1ml5のChain B・C [P-site tRNAPheとA- and P-site mRNA codons] → DNAとRNAのいろいろな姿
    アミノ酸/タンパク質:アミノ酸20種全表示(有機概念図I/O値順,pdb形式)  → アミノ酸
    アンモニア:アンモニア(ammmonia)
    カカオ:(+)-カテキン((+)-);カカオに含まれるポリフェノールの例
    カフェイン:カフェイン(caffeine)
    金(錬金術/金鉱/金塊):金(Au)の結晶構造 → 川上モデル|分子・結晶・リガンド模型
    銀(銀塊):銀(Ag)の結晶構造
    言語:参考として言語遺伝子FOXP2関連タンパク質2a07(DNAに結合したフォークヘッドボックスタンパク質P2;上掲書には不出) → ヒトゲノムマップに見るタンパク質
    コドン:mRNA(UUUUUUUUUUUU);ニーレンバーグの実験 → コドンと遺伝暗号表
    塩:塩化ナトリウム(sodium chloride,NaCl)の結晶構造
    酢:酢酸(ethanol) → 酢酸分子の形と軌道
    ダイヤモンド:ダイヤモンド(diamond)の結晶構造
    ディオニュソス(葡萄酒の神):エタノール(ethanol);酒の主成分 → アルコールとフェノール
    ベンゼン:ベンゼン(benzene)
    水:水(water) 氷構造の例(n=28)
    メタン:メタン(methane)

    (今後も適宜追加します)


        
    [左]DNA部分構造例とそれを構成する4種類の塩基 → DNAとRNAのいろいろな姿
    [中]ダイヤモンド・金・食塩(塩化ナトリウム)などの結晶構造 → 川上モデル|分子・結晶・リガンド模型
    [右]DNAに結合した言語関連遺伝子FOXP2のフォークヘッドドメインの構造2a07


      ●アミノ色表示の凡例
      ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
      酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
      極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
      SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
      ●有機概念図I/O値順(特性基 R)
      ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
      ●等電点順
      ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


  2. The antibiotic darobactin mimics a β-strand to inhibit outer membrane insertase(Nature,2021/04/14) ※邦題『構造生物学:抗生物質ダロバクチンはβストランドを模倣して外膜組込み酵素を阻害する』(Nature v593 n7857),2021/04/21公開PDBデータ7nre(下掲)・7nrf

    ダロバクチンが結合したBAM(β-barrel assembly machinery)複合体構成要素BamA 7nre
    7nre(ダロバクチンが結合したBAM複合体構成要素BamA) Chain C(darobactin)選択 同PDBsumデータ7nre_TRP~PHE(darobactin)$ [Darobactin - Wikipedia

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    ダロバクチン(darobactin)が結合したBAM(β-barrel assembly machinery)複合体構成要素BamA 7nreとそのPDBsumデータ(ドット表面表示がdarobactin)


  3. 今月の分子 257: 胎児ヘモグロビン(Fetal Hemoglobin)(PDBj,2021/05)Molecule of the Month(PDB)

    PDBデータ 1fdh(胎児ヘモグロビンHbF;α2γ2
    Fetal hemoglobin - Wikipedia
    1fdh(胎児ヘモグロビンHbF;α2γ2
    ※他の胎児ヘモグロビンHbFデータ例: 4mqjのChain C-F(胎児ヘモグロビンHbF;α2γ2) 同Chain F(胎児ヘモグロビンHbFのヘモグロビンγ) | 成人のヘモグロビンHbA(α2β2)と胎児ヘモグロビンHbF(α2γ2)の比較(上:1HHOのA鎖〈α〉とB鎖〈β〉 下:4MQJのE鎖〈α〉とF鎖〈γ〉)
    2,3-ビスホスホグリセリン酸(2,3-bisphosphoglyceric acid;2,3-BPG〈2,3-DPG〉) [2,3-Bisphosphoglyceric acid - Wikipedia
    ※2,3-BPG結合PDBデータ例:2h4zのChain A(2,3-ビスホスホグリセリン酸ムターゼ) 同PDBsumデータ2h4z_DG2$ [Bisphosphoglycerate mutase - Wikipedia

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

        
    [左]胎児ヘモグロビンHbF(1fdh) → PDBj今月の分子 257: 胎児ヘモグロビン
    [中]成人のヘモグロビンHbA(1hho;α2β2)と胎児ヘモグロビンHbF(4mqj;α2γ2)の比較
    [右]成人のヘモグロビンHbA 2hhb(α2β2)の川上モデル

      
    [左]2,3-ビスホスホグリセリン酸(2,3-BPG) [中・右]同分子結合ビスホスホグリセリン酸ムターゼ2h4zのChain AとそのPDBsumデータ


  4. Structural basis of human α7 nicotinic acetylcholine receptor activation(Cell Research,2021/05/06) ※2021/05/19公開PDBデータ7eki・7ekp・7ekt(下掲)

    EVP-6124(encenicline;エンセニクリン)とPNU-120596が結合したヒトα7ニコチン性アセチルコリン受容体 7ekt
    Nicotinic acetylcholine receptor - WikipediaAlpha-7 nicotinic receptor - Wikipedia
    7ekt(ヒトα7ニコチン性アセチルコリン受容体) I34(PNU-120596)選択 I33(EVP-6124)選択 [Encenicline - WikipediaPNU-120,596 - Wikipedia

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    糖鎖別着色(#印のみ)Galα-Glcβ-GlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    EVP-6124(encenicline;エンセニクリン)とPNU-120596が結合したヒトα7ニコチン性アセチルコリン受容体 7ekt


  5. 書籍紹介: デビッド・クアメン 著,甘糟智子 訳,「スピルオーバー ウイルスはなぜ動物からヒトへ飛び移るのか」,明石書店(2021)

    抗マラリア物質クラドスポリン(cladosporin)が結合した熱帯熱マラリア原虫のリシルtRNAシンターゼ4ycvのChain A・B
    バックボーン 二次構造
    DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択 (*印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    糖鎖別着色(#印のみ)Galα-Glcβ-GlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示  
      
    背景・黒 灰 白 
    I 青白い馬――ヘンドラ ヘンドラ関連PDBデータ例:6pdlのChain A・B(ヒトの受容体エフリンB2と結合したヘンドラウイルスG糖タンパク質) [Hendra virus - Wikipedia
    II 一三頭のゴリラ――エボラ 関連PDBデータ例:3csy(ヒト由来抗体が結合したエボラウイルス糖タンパク質3量体) → 2014年にエボラ出血熱感染拡大 [Ebola - Wikipedia
    III あらゆるものはどこからかやって来る――マラリア 関連PDBデータ例:4ycvのChain A・B(抗マラリア物質クラドスポリン〈cladosporin〉が結合した熱帯熱マラリア原虫のリシルtRNAシンターゼ) 同PDBsumデータ4ycv_KRS$ → 別トピック [Malaria - Wikipedia
    IV ネズミ農場での夕食――SARS 関連PDBデータ例:1q2wのChain A(SARSコロナウイルスのプロテアーゼ) → SARSと抗ウイルス薬 [Severe acute respiratory syndrome - Wikipedia
    V〜IX章関連データは後日追加します)
    補章 私たちがその流行をもたらした――新型コロナ 関連PDBデータ例:6lu7の4量体(Chain A・C×2;新型コロナウイルスSARS-CoV-2の主要プロテアーゼ) Chain C選択6lu7(Chain A・C) 同PDBsumデータ6lu7_02J-ALA-VAL-LEU-PJE-010$ → 新型コロナウイルス(SARS-CoV-2|COVID-19)情報 [Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 - Wikipedia

    (今後も適宜追加します)


    ヒトの受容体エフリンB2と結合したヘンドラウイルスG糖タンパク質6pdlのChain A・B


    ヒト由来抗体が結合したエボラウイルス糖タンパク質3量体3csy


    抗マラリア物質クラドスポリン(cladosporin)が結合した熱帯熱マラリア原虫のリシルtRNAシンターゼ4ycvのChain A・BとそのPDBsumデータ

        
    [左]新型コロナウイルスSARS-CoV-2のプロテアーゼ6lu7の4量体(Chain A・C×2)
    [中・右]SARS-CoV-2のプロテアーゼ6lu7(Chain A・C)とSARSコロナウイルスのプロテアーゼ1q2wのChain Aの比較およびPyMOLによる両者の重ね合わせ画像


  6. 温室効果・オゾン層破壊の原因である亜酸化窒素の生物的発生機構の解明(SPring-8,2021/05/18) ※2021/05/19公開PDBデータ7dvo(下掲)

    一酸化窒素が結合したP450一酸化窒素還元酵素 7dvoのChain A

    Nitric-oxide reductase - Wikipedia
    7dvoのChain A(一酸化窒素が結合したP450一酸化窒素還元酵素) NO(一酸化窒素)選択 同PDBsumデータ7dvo_HEM-NO$
    ※同酵素に関する他の研究については別トピック参照

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    一酸化窒素が結合したP450一酸化窒素還元酵素7dvoのChain AとそのPDBsumデータ


  7. 構造生物学:ヒトガスダーミンDの高分解能クライオ電子顕微鏡構造(Nature ハイライト,2021/04/21)

    ヒトガスダーミンD 6vfeα炭素のみ
    GSDMD - Wikipedia
    6vfe(ヒトガスダーミンD;α炭素のみ) 同Chain A

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    ヒトガスダーミンD 6vfeα炭素のみ)と同Chain A全体構造


  8. 今月の分子 258: 糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン(Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)(PDBj,2021/06)Molecule of the Month(PDB)

    デキサメタゾンが結合したグルココルチコイド受容体 1m2z
    Glucocorticoid receptor - WikipediaDexamethasone - Wikipedia
    1m2z(デキサメタゾンが結合したグルココルチコイド受容体) 同PDBsumデータ1m2z_DEX$
    デキサメタゾン(dexamethasone)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左・中]デキサメタゾンが結合したグルココルチコイド受容体1m2zとそのPDBsumデータ [右]デキサメタゾン(dexamethasone)


  9. 毛髪キューティクル形成時に働く酵素の詳細な構造を解明 艶と張りのある美しいキューティクルの形成機構解明や薬剤・美容製品の開発に期待(茨城大学,2021/05/13) ※2021/06/02公開データ7d4y・7d56(下掲)・7d5r・7d5v・7d8n・7dan

    ペプチジルアルギニンデイミナーゼ3(PAD3) 7d56のChain A
    Protein-arginine deiminase - Wikipedia
    7d56のChain A(ペプチジルアルギニンデイミナーゼ3〈PAD3〉) 同PDBsumデータ7d56_BFB$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左・中]ペプチジルアルギニンデイミナーゼ3(PAD3) 7d56のChain AとそのPDBsumデータ [右]参考図:羊毛のキューティクル(クチクル;水色枠)


  10. HIV-1ゲノムRNAの運命を決めているRNA構造の解明(日本医療研究開発機構,2021/06/03) ※2021/06/09公開データ7dd4(下掲)

    HIV-1ゲノムRNA(G1G) 7dd4のModel 1
    バックボーン 二次構造 DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 DNA/RNA選択 同backbone選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    HIV-1ゲノムRNA(G1G)7dd4のModel 1


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