- もうひとつの驚異の人類史 『大図鑑 コードの秘密』訳者の浜口稔さんに聞く（じんぶん堂，2021/03/24）
- 本の学校から コード読み解く秘密（朝日 鳥取版，2021/03/24）
- 「大図鑑 コードの秘密 世界に隠されたメッセージを読み解く」（明石書店） - Togetter
- 奔流する図版は誰に何を伝えるのか - Amazonカスタマーレビュー ※《注1》の有機概念図についてはこちらを参照
- 元素・分子が登場する本を読もう！（本サイト）
（本ページ作者の旅行記録から）
スペイン旅行（2016年）から
「大図鑑 コードの秘密」に出てくるキーワード関連化合物等：五十音順，最初に数字・アルファベット
初期表示は金の結晶構造（“錬金術”関連）
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全選択 タンパク質選択 リガンド選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
DNA・RNA／遺伝暗号：DNA部分構造例1d66のChain D・E DNA塩基対構造例（A-Tx2_G-Cx2） ∥ mRNA含む構造例1ml5のChain B・C [P-site tRNAPheとA- and P-site mRNA codons] → DNAとRNAのいろいろな姿 アミノ酸／タンパク質：アミノ酸20種全表示（有機概念図I/O値順，pdb形式） → アミノ酸 アンモニア：アンモニア（ammmonia） カカオ：(+)-カテキン（(+)-）；カカオに含まれるポリフェノールの例 カフェイン：カフェイン（caffeine） 金（錬金術／金鉱／金塊）：金（Au）の結晶構造 → 川上モデル｜分子・結晶・リガンド模型 銀（銀塊）：銀（Ag）の結晶構造 言語：参考として言語遺伝子FOXP2関連タンパク質2a07（DNAに結合したフォークヘッドボックスタンパク質P2；上掲書には不出） → ヒトゲノムマップに見るタンパク質 コドン：mRNA（UUUUUUUUUUUU）；ニーレンバーグの実験 → コドンと遺伝暗号表 塩：塩化ナトリウム（sodium chloride，NaCl）の結晶構造 酢：酢酸（ethanol） → 酢酸分子の形と軌道 ダイヤモンド：ダイヤモンド（diamond）の結晶構造 ディオニュソス（葡萄酒の神）：エタノール（ethanol）；酒の主成分 → アルコールとフェノール ベンゼン：ベンゼン（benzene） 水：水（water） 氷構造の例（n=28） メタン：メタン（methane）
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［左］DNA部分構造例とそれを構成する4種類の塩基 → DNAとRNAのいろいろな姿
［中］ダイヤモンド・金・食塩（塩化ナトリウム）などの結晶構造 → 川上モデル｜分子・結晶・リガンド模型
［右］DNAに結合した言語関連遺伝子FOXP2のフォークヘッドドメインの構造2a07
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●アミノ色表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
●疎水性インデックス順
ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
●有機概念図I/O値順（特性基 R）
ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
●等電点順
ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG
アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！
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7nre（ダロバクチンが結合したBAM複合体構成要素BamA） Chain C（darobactin）選択 同PDBsumデータ7nre_TRP~PHE（darobactin）$ ［Darobactin - Wikipedia］ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
ダロバクチン（darobactin）が結合したBAM（β-barrel assembly machinery）複合体構成要素BamA 7nreとそのPDBsumデータ（ドット表面表示がdarobactin）
［Fetal hemoglobin - Wikipedia］
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1fdh（胎児ヘモグロビンHbF；α2γ2） ※他の胎児ヘモグロビンHbFデータ例： 4mqjのChain C-F（胎児ヘモグロビンHbF；α2γ2） 同Chain F（胎児ヘモグロビンHbFのヘモグロビンγ） ｜ 成人のヘモグロビンHbA（α2β2）と胎児ヘモグロビンHbF（α2γ2）の比較（上：1HHOのA鎖〈α〉とB鎖〈β〉 下：4MQJのE鎖〈α〉とF鎖〈γ〉） 2,3-ビスホスホグリセリン酸（2,3-bisphosphoglyceric acid；2,3-BPG〈2,3-DPG〉） ［2,3-Bisphosphoglyceric acid - Wikipedia］ ※2,3-BPG結合PDBデータ例：2h4zのChain A（2,3-ビスホスホグリセリン酸ムターゼ） 同PDBsumデータ2h4z_DG2$ ［Bisphosphoglycerate mutase - Wikipedia］ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］胎児ヘモグロビンHbF（1fdh） → PDBj今月の分子 257: 胎児ヘモグロビン
［中］成人のヘモグロビンHbA（1hho；α2β2）と胎児ヘモグロビンHbF（4mqj；α2γ2）の比較
［右］成人のヘモグロビンHbA 2hhb（α2β2）の川上モデル
［左］2,3-ビスホスホグリセリン酸（2,3-BPG） ［中・右］同分子結合ビスホスホグリセリン酸ムターゼ2h4zのChain AとそのPDBsumデータ
- ニコチン性アセチルコリン受容体関連別記事・研究（他の生体分子も含む）
- 今月の分子 269: ニコチン、がん、嗜癖（Nicotine, Cancer, and Addiction）（PDBj，2022/05） ｜ Molecule of the Month（PDB） ※紹介PDBデータから6pv7・4ejhを下掲
- Structural mechanisms of α7 nicotinic receptor allosteric modulation and activation（Cell，2024/02/20） ※2024/02/21公開PDBデータ8ut1・8uzj・8utb・8v82・8v80・8v86・8v88（下掲）・8v89・8v8c・8v8d・8v8a
- Structural switch in acetylcholine receptors in developing muscle（Nature，2024/07/31） ※2024/08/27公開PDBデータ9awk・9avv・9avu（下掲）・9awj
- アセチルコリン - Wikipedia
- アセチルコリン - 脳科学辞典
- 窒素から見る生命の世界（本サイト，ニコチン性アセチルコリン受容体あり） ｜ 別トピック
［Nicotinic acetylcholine receptor - Wikipedia，Alpha-7 nicotinic receptor - Wikipedia］
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7ekt（ヒトα7ニコチン性アセチルコリン受容体） I34（PNU-120596）選択 I33（EVP-6124）選択 ［Encenicline - Wikipedia，PNU-120,596 - Wikipedia］ 8v88のChain A（ヒトα7ニコチン性アセチルコリン受容体） 同PDBsumデータ8v88_YLI（GAT107）$ 同PDBsumデータ8v88_EPJ（エピバチジン〈epibatidine〉）$ 6pv7のChain A-E（ヒトα3β4ニコチン性アセチルコリン受容体） NCT（ニコチン）選択 同PDBsumデータ6pv7_NCT[701(A)；α3]（ニコチン）$ ｜ PDBsumデータ6pv8_P1M[701(A)；α3]（AT-1001）$ 9avuのChain B（アセチルコリンが結合したウシのアセチルコリン受容体，βサブユニット） 同PDBsumデータ9avu_ACH[601(B)]$ アセチルコリン（acetylcholine，ACh） → 抗うつ剤と神経伝達物質 4ejhのChain A（P450 2A13） 同PDBsumデータ4ejh_0QA[502(B)]（NNK）$ 0QA（NNK）選択 → P450データ集 バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
EVP-6124（encenicline；エンセニクリン）とPNU-120596が結合したヒトα7ニコチン性アセチルコリン受容体 7ekt
GAT107とエピバチジン（epibatidine）が結合したヒトα7ニコチン性アセチルコリン受容体 8v88のChain AとそのPDBsumデータ
ニコチンが結合したヒトα3β4ニコチン性アセチルコリン受容体6pv7のChain A-EとそのPDBsumデータ（AT-1001結合の6pv8との比較）
［左］アセチルコリン（acetylcholine，ACh）
［中・右］アセチルコリンが結合したウシのアセチルコリン受容体9avuのChain B（βサブユニット）とそのPDBsumデータ
NNKが結合したP450 2A13 4ejhのChain AとそのPDBsumデータ
- 「スピルオーバー」書評 種を超えた伝播 追求する執念（朝日，2021/05/22）
- 「人獣共通感染症」という視角 ――『スピルオーバー～ウイルスはなぜ動物からヒトへ飛び移るのか』（じんぶん堂，2021/04/14）
- スピルオーバー デビッド・クアメン著 動物から来る感染症を追う（日経，2021/06/26）
- 新型コロナウイルス（SARS-CoV-2｜COVID-19）情報（本サイト） ｜ SARSと抗ウイルス薬 ｜ 元素・分子が登場する本を読もう！
抗マラリア物質クラドスポリン（cladosporin）が結合した熱帯熱マラリア原虫のリシルtRNAシンターゼ4ycvのChain A・B
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DNA/RNA（ATGCU，backbone） 全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択 （*印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
I 青白い馬――ヘンドラ ヘンドラ関連PDBデータ例：6pdlのChain A・B（ヒトの受容体エフリンB2と結合したヘンドラウイルスG糖タンパク質） ［Hendra virus - Wikipedia］ II 一三頭のゴリラ――エボラ 関連PDBデータ例：3csy（ヒト由来抗体が結合したエボラウイルス糖タンパク質3量体） → 2014年にエボラ出血熱感染拡大 ［Ebola - Wikipedia］ III あらゆるものはどこからかやって来る――マラリア 関連PDBデータ例：4ycvのChain A・B（抗マラリア物質クラドスポリン〈cladosporin〉が結合した熱帯熱マラリア原虫のリシルtRNAシンターゼ） 同PDBsumデータ4ycv_KRS$ → 別トピック ［Malaria - Wikipedia］ IV ネズミ農場での夕食――SARS 関連PDBデータ例：1q2wのChain A（SARSコロナウイルスのプロテアーゼ） → SARSと抗ウイルス薬 ［Severe acute respiratory syndrome - Wikipedia］ VII 天上の宿主――ニパ、マールブルグ 関連PDBデータ例：7f1mの6量体（Chain A・B×3＋RNA；マールブルグウイルス核タンパク質-RNA複合体） → 別トピック ［Marburg virus - Wikipedia］ ∥ 7ty0（中和抗体Fabフラグメントが結合したニパウイルス付着糖タンパク質） Chain A-D（ニパウイルス付着糖タンパク質）選択 → 別トピック ［Nipah virus - Wikipedia］
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ヒトの受容体エフリンB2と結合したヘンドラウイルスG糖タンパク質6pdlのChain A・B
ヒト由来抗体が結合したエボラウイルス糖タンパク質3量体3csy
抗マラリア物質クラドスポリン（cladosporin）が結合した熱帯熱マラリア原虫のリシルtRNAシンターゼ4ycvのChain A・BとそのPDBsumデータ
［左］新型コロナウイルスSARS-CoV-2のプロテアーゼ6lu7の4量体（Chain A・C×2）
［中・右］SARS-CoV-2のプロテアーゼ6lu7（Chain A・C）とSARSコロナウイルスのプロテアーゼ1q2wのChain Aの比較およびPyMOLによる両者の重ね合わせ画像
［左］マールブルグウイルス核タンパク質-RNA複合体7f1mの6量体（Chain A・B×3＋RNA）；らせん構造の一部
［右］中和抗体Fabフラグメントが結合したニパウイルス付着糖タンパク質7ty0（ドット表面表示のChain A-Dがニパウイルス由来）
- Short-lived intermediate in N2O generation by P450 NO reductase captured by time-resolved IR spectroscopy and XFEL crystallography（PNAS，2021/05/25）
- 一酸化窒素レダクターゼ - Wikipedia
- P450データ集メニュー（本サイト） ｜ 別トピック
［Nitric-oxide reductase - Wikipedia］
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7dvoのChain A（一酸化窒素が結合したP450一酸化窒素還元酵素） NO（一酸化窒素）選択 同PDBsumデータ7dvo_HEM-NO$ ※同酵素に関する他の研究については別トピック参照 バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
一酸化窒素が結合したP450一酸化窒素還元酵素7dvoのChain AとそのPDBsumデータ
［GSDMD - Wikipedia］
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6vfe（ヒトガスダーミンD；α炭素のみ） 同Chain A バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
ヒトガスダーミンD 6vfe（α炭素のみ）と同Chain A全体構造
- グルココルチコイド受容体 - Wikipedia
- グルココルチコイド - 脳科学辞典
- コロナの治療薬、感染拡大で入手困難に 「不育症」の妊婦にも影響か（朝日，2020/09/04） ※“ステロイド薬デキサメタゾンの安定供給のために…”，“「適正に使えば、自宅療養で頼りになる唯一の薬…」”。
- 新型コロナウイルス（SARS-CoV-2｜COVID-19）情報（本サイト）
［Glucocorticoid receptor - Wikipedia，Dexamethasone - Wikipedia］
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1m2z（デキサメタゾンが結合したグルココルチコイド受容体） 同PDBsumデータ1m2z_DEX$ デキサメタゾン（dexamethasone） バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左・中］デキサメタゾンが結合したグルココルチコイド受容体1m2zとそのPDBsumデータ ［右］デキサメタゾン（dexamethasone）
［Protein-arginine deiminase - Wikipedia］
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7d56のChain A（ペプチジルアルギニンデイミナーゼ3〈PAD3〉） 同PDBsumデータ7d56_BFB$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左・中］ペプチジルアルギニンデイミナーゼ3（PAD3） 7d56のChain AとそのPDBsumデータ ［右］参考図：羊毛のキューティクル（クチクル；水色枠）
- Influence of the 5′-terminal sequences on the 5′-UTR structure of HIV-1 genomic RNA（Scientific Reports，2021/05/25）
- HIVとエイズ（本サイト）
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バックボーン 二次構造 DNA/RNA（ATGCU，backbone） 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
HIV-1ゲノムRNA（G1G）7dd4のModel 1