- Structural insight into Marburg virus nucleoprotein-RNA complex formation（Nature Communications，2022/03/07）
- 致死的出血熱のマールブルグウイルス、増殖機構の一端を明らかに－京大ほか（QLifePro 医療ニュース，2022/03/08）
- マールブルグ病とは - 厚生労働省-戸山研究庁舎
- 別トピック（本サイト）[1]・[2]（「スピルオーバー ウイルスはなぜ動物からヒトへ飛び移るのか」紹介） ｜ 2014年にエボラ出血熱感染拡大
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バックボーン 二次構造 DNA/RNA（ATGCU，backbone） 全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
マールブルグウイルス核タンパク質-RNA複合体7f1mの6量体（Chain A・B×3＋RNA）；らせん構造の一部
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●アミノ色表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
●疎水性インデックス順
ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
●有機概念図I/O値順（特性基 R）
ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
●等電点順
ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG
アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！
- Nipah Virus Attachment Protein Structure Determined Through Cryo-EM（Genetic Engineering & Biotechnology News，2022/03/07）
- Nipah and Hendra viruses may provide blueprints for vaccine design and antibody treatments（Outbreak News Today，2022/03/05）
- New structure studies of a critical Nipah virus component may lead to vaccine, antibody treatments（Newswise，2022/03/04）
- ニパウイルス感染症とは（国立感染症研究所）
- 別トピック（本サイト；「スピルオーバー ウイルスはなぜ動物からヒトへ飛び移るのか」紹介）
［Nipah virus - Wikipedia］
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7ty0（中和抗体Fabフラグメントが結合したニパウイルス付着糖タンパク質） Chain A-D（ニパウイルス付着糖タンパク質）選択 バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
中和抗体Fabフラグメントが結合したニパウイルス付着糖タンパク質7ty0（ドット表面表示のChain A-Dがニパウイルス由来）
- Identification of Scytalone Dehydratase Inhibitors Effective against Melanin Biosynthesis Dehydratase Inhibitor-Resistant Pyricularia oryzae（Journal of Agricultural and Food Chemistry，2022/03/02）
- 参考：農薬データ集（本サイト）
［melabiostin - Wikipedia，Janus kinase inhibitor - Wikipedia，Janus kinase 3 - Wikipedia］
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メラビオスチン（melabiostin） カルプロパミド（carpropamid） ※参考：カルプロパミド結合タンパク質例：2std（カルプロパミドが結合したシタロンデヒドラターゼ） 同PDBsumデータ2std_CRP$ Val75選択 ［Scytalone dehydratase - Wikipedia］ → Biochemistry誌論文（上掲論文と同じ研究グループによる） バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
メラビオスチン（melabiostin）とカルプロパミド（carpropamid）および両者の有機概念図上の位置
参考：カルプロパミド（carpropamid）が結合したシタロンデヒドラターゼ2stdとそのPDBsumデータ
※上掲理研プレスリリースの“MBI-D耐性菌の発生は標的酵素であるシタロン脱水酵素（SDH1/RSY1）の75番目のバリン（V）がメチオニン（M）に置換されるV75M変異によることを報告”のVal75を球棒表示
（同じ研究グループによるBioscience, Biotechnology, and Biochemistry誌論文参照）
- After More Than 20 Years, Scientists Have Finally Solved the Full-Length Structure of a Janus Kinase（SciTechDaily，2022/03/13）
- ヤヌスキナーゼ - Wikipedia
- 別トピック（がん原遺伝子チロシンプロテインキナーゼC-Src；本サイト）
［Janus kinase - Wikipedia，Cytokine receptor - Wikipedia］
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7t6f（ヤヌスキナーゼ1〈JAK1〉）-サイトカイン受容体複合体） Chain C・D（インターフェロン-λ レセプター1）選択 バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
ヤヌスキナーゼ1（JAK1）-サイトカイン受容体複合体7t6f
- インドールアミン-2,3-ジオキシゲナーゼ - Wikipedia（IDO）
- IDO構造別研究例：発見から50年、酸素添加酵素「ジオキシゲナーゼ」の反応機構が明らかに － 日本人が発見した「ジオキシゲナーゼ」の構造は牛頭型 －（SPring8，2006/02/14） ※PDB 2d0t・2d0u
［Indoleamine 2,3-dioxygenase - Wikipedia］
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7rrbのChain A（インドールアミン-2,3-ジオキシゲナーゼ1） 同PDBsumデータ7rrb_6ZI$ ｜ 同PDBsumデータ7rrc_6RI$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
compound 9が結合したインドールアミン-2,3-ジオキシゲナーゼ1（IDO1）7rrbのChain AとそのPDBsumデータ（compound 結合の7rrcとの比較）
- In Vitro Evolution Reveals Noncationic Protein-RNA Interaction Mediated by Metal Ions（Molecular Biology and Evolution，2022/02/08） ※“the “early” amino acids (Gly, Ala, Asp, Glu, Val, Ser, Ile, Leu, Pro, Thr)”，引用PDBデータ1hc8（下掲）
- タンパク質中の20種類のアミノ酸（本サイト） ｜ コドンと遺伝暗号表
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1hc8のChain A・C（リボソームタンパク質uL11〈CL11〉-58rRNA複合体） アミノ酸20種全表示（有機概念図I/O値順，pdb形式）@ “初期地球に存在していたであろう10種類のアミノ酸”（Gly, Ala, Asp, Glu, Val, Ser, Ile, Leu, Pro, Thr）選択 バックボーン 二次構造 DNA/RNA（ATGCU，backbone） 全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
論文引用PDBデータ：リボソームタンパク質uL11（CL11）-58rRNA複合体1hc8のChain A・Cとその拡大部分（東京工業大学プレスリリース図3右の該当部分）
※右図ではタンパク質のα炭素とRNA中の糖の酸素OP1をラベル表示
20種類のアミノ酸中の“初期地球に存在していたであろう10種類のアミノ酸”（Gly, Ala, Asp, Glu, Val, Ser, Ile, Leu, Pro, Thr）強調表示
［melabiostin - Wikipedia，DYRK1A - Wikipedia］
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リン酸化酵素DYRK1A 7fhtのChain A 同PDBsumデータ7fht_4WD$ ｜ PDBsumデータ7fhs_4VZ$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
リガンド4WD結合のリン酸化酵素DYRK1A 7fht のChain AとそのPDBsumデータ（リガンド4VZ結合の7fhsとの比較）
- ペルツズマブ/トラスツズマブ/ドセタキセル療法 | 国立がん研究センター 中央病院
- 医療用医薬品 : ハーセプチン
- HER2 ｜ トラスツズマブ
- 抗がん剤開発と標的タンパク質（本サイト） ｜ 糖タンパク質データ集
［HER2/neu - Wikipedia，Trastuzumab - Wikipedia］
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1n8z（乳がん治療薬のモノクローナル抗体トラスツズマブが結合したHER2） Chain C（HER2）選択 1s78のChain A・C・D（ペルツズマブが結合したHER2） Chain A（HER2）選択 ［Pertuzumab - Wikipedia］ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
乳がん治療薬のモノクローナル抗体トラスツズマブ（商品名ハーセプチン）が結合したHER2 1n8zおよびペルツズマブ（商品名パージェタ）結合の1s78のChain A・C・D
- STING構造の別研究例
- Cryo-EM structure of an active bacterial TIR-STING filament complex（Nature，2022/07/20） ※2022/07/27公開データ7un8・7un9・7una（下掲）
- Discovery of BI 7446: A Potent Cyclic Dinucleotide STING Agonist with Broad-Spectrum Variant Activity for the Treatment of Cancer（Journal of Medicinal Chemistry，2023/07/14） [NEW!] ※2023/07/26公開データ8p01（下掲）
［Stimulator of interferon genes - Wikipedia，cGAS-STING cytosolic DNA sensing pathway - Wikipedia］
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7mhc（アゴニストMK-1454が結合したインターフェロン遺伝子刺激因子） 同PDBsumデータ7mhc_lp$ ※別研究から： 7unaのChain A（TIR-STINGフィラメント複合体） 同PDBsumデータ7una_4BW[401(A)]（3',3'-cGAMP）$ 8p01（BI 7446が結合したSTING） 同PDBsumデータ8p01_lp（BI 7446）$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
アゴニストMK-1454が結合したインターフェロン遺伝子刺激因子（STING）7mhcとそのPDBsumデータ
3',3'-cGAMPが結合したTIR-STINGフィラメント複合体7unaのChain AとそのPDBsumデータ
BI 7446が結合したSTING 8p01とそのPDBsumデータ
- Structure, substrate recognition and initiation of hyaluronan synthase（Nature，2022/03/30）
- ヒアルロン酸 - Wikipedia ｜ ウリジン二リン酸-N-アセチルグルコサミン
- 糖タンパク質データ集（本サイト） ｜ 別トピック（ヒアルロニダーゼ）
［Hyaluronan synthase - Wikipedia］
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7sp8のChain A（ヒアルロン酸シンターゼ） UD1（ウリジン二リン酸-N-アセチルグルコサミン〈UDP-GlcNAc〉）選択 同PDBsumデータ7sp8A_lp$ ヒアルロン酸（繰り返し単位） ※参考（ヒアルロン酸PDBデータ例）：3hyaヒアルロン酸 8量体 バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左・中］ウリジン二リン酸-N-アセチルグルコサミン（UDP-GlcNAc）が結合したヒアルロン酸シンターゼ7sp8のChain AとそのPDBsumデータ ［右］ヒアルロン酸（繰り返し単位）