転移RNA構造例PDBデータ 1g59のChain B（tRNA^Glu）

バックボーン　二次構造　DNA/RNA（ATGCU，backbone） 全選択　タンパク質選択　DNA/RNA選択　同backbone選択　リガンド選択　水分子表示（*印のみ） 空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去 アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色 リガンドの元素記号表示 酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別　疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順　コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示　S-S結合表示（太）　S原子（Protein中）空間充填 ドット表面表示　α炭素ラベル表示　回転 背景・黒　灰　白　紺

p.27ほか　DNA／RNA：（以下はDNA部分構造例）　→ DNAとRNAのいろいろな姿 1gt0のChain A・B（Oct4・Sox2・DNA 複合体；DNAのみ） ｜ 1gt0全体*　C鎖（Oct1）選択　D鎖（Sox2）選択　→ Oct1/Sox2/DNA 複合体 DNA部分構造例（mol形式データは塩基色表示ができません）　H原子消去 A-Tx2_G-Cx2　　A-T_G-C（mol形式；以下の2データの同時表示） A-T　同mol形式 G-C　同mol形式 p.32ほか　ウイルス：　→ 本サイト“ウイルス”Google検索結果 p.33ほか　コロナウイルス／スパイク／RNA依存性RNA合成酵素／（宿主の）ACE2（以下は新型コロナウイルス〈SARS-CoV-2〉での構造例）　→ 新型コロナウイルス（SARS-CoV-2｜COVID-19）情報 7n8h（SARS-CoV-2イプシロン変異株のスパイク糖タンパク質）　残基番号452空間充填／α炭素ラベル表示［L452R変異有す］ 7btf（SARS-CoV-2のNSP12（RNA依存性RNAポリメラーゼ）・NSP7・NSP8の複合体）　［RNA-dependent RNA polymerase - Wikipedia］ p.33・37ほか リボソーム：1z58（ラパマイシンが結合したリボソームのラージサブユニット；2009年ノーベル化学賞受賞のYonathらによる）　→ 分子モデルで見るノーベル賞 p.38ほか　トランスファーRNA（tRNA）：1g59のChain B（tRNA構造例；tRNAGlu）　同Chain A・B（tRNAGluとGluRSの複合体） p.54　DNAの遺伝子からタンパク質がつくられるまで：　→ コドンと遺伝暗号表 p.59ほか　光合成：　→ 光合成に関係する生体分子のSITE例 p.65　海底の熱水が噴出する場所に現在も生きている生物：　→ 生命を知り生命に学ぶ（チューブワームなど） p.77　ビタミンC：ビタミンC（L-アスコルビン酸）　→ 水溶性ビタミンと脂溶性ビタミン p.93　ペットボトルの素材であるポリエチレンテレフタレート：ポリエチレンテレフタレート（ポリエチレンテレフタラート，PET）　→ 代表的な高分子 p.112　ヒアルロン酸：ヒアルロン酸　→ 代表的な高分子｜糖タンパク質データ集 p.125　コレステロール：コレステロール　→ 性ホルモン - ステロイドホルモンの生合成と代謝 p.128ほか　DNA合成酵素：3mfi（DNAポリメラーゼの例〈DNAポリメラーゼη〉，チミンダイマー；タンパク質Chain Aは座標2種のうちAのみ）　→ DNAとRNAのいろいろな姿 p.134ほか　p53：1tupのChain B・E・F（DNAに結合したがん抑制遺伝子p53の例，Zinc Finger）　→ DNAとRNAのいろいろな姿 p.135　FOXO4：3l2c（DNAに結合したFOXO4の例） p.138ほか　岡崎フラグメント：1gtcのModel 1（岡崎フラグメントの例）　［岡崎フラグメント - Wikipedia］　→ DNAとRNAのいろいろな姿 p.139ほか　テロメア：1kf1*（テロメアの例，G-四重らせん構造）　同データ内のTTAGGG（ヒトのテロメア反復配列）の例　→ DNAとRNAのいろいろな姿｜DNAのG-四重らせん構造の例 p.140ほか　テロメア合成酵素（テロメラーゼ）：6d6v（テロメラーゼの例）　→ 別トピック p.149ほか　PD-L1／p.150ほか　PD-1／p.151ほか　2018年のノーベル医学・生理学賞：3bik（PD-1/PD-L1複合体）　Chain C（PD-1）選択　…2018年ノーベル医学・生理学賞受賞の本庶 佑（p.151）らによるPDBデータ（他にPD-L1のみの3bis） ｜ 5ggrのChain A・B・Y（ニボルマブ〈本庶 佑らが開発したヒト型抗ヒトPD-1モノクローナル抗体医薬品；商品名 オプジーボ〉のFabが結合したPD-1）　Chain Y（PD-1）選択　→ 別トピック（2018年ノーベル医学・生理学賞） p.155ほか　DNA修復：　→ DNA修復 p.157　チミン同士が繋がってしまいます：：1t4iのChain A・B（紫外線〈UV〉による発がん原因とされるチミン二量体を含むDNAの例）　→ DNAの脆弱性と強靭性｜別トピック p.169ほか　X染色体とY染色体：　→ ヒトゲノムマップに見るタンパク質　※Y染色体上の遺伝子による発現タンパク質例：1hry（性決定遺伝子SRYによる発現タンパク質構造例；DNAに結合） p.188ほか　Sir2：1iciのChain A（Sir2ホモログの例；NAD〈p.193〉が結合） p.192　メトホルミン：メトホルミン　→ 別トピック p.192　ラパマイシン：ラパマイシン　→ 別トピック p.206ほか　AI（人工知能：　→ 参考：PDBsumサイトで入手したAlphaFold構造

  
［左］DNA（p.27ほか）の3Dプリンタ模型　［右］転移RNA（tRNA）1g59（tRNA^Glu）のChain B（p.38ほか）

  
［左］SARS-CoV-2のスパイク糖タンパク質 L452R変異有すB.1.429変異株（イプシロン株）7n8h（p.33ほか）
［右］SARS-CoV-2のNSP12（RNA依存性RNAポリメラーゼ）・NSP7・NSP8の複合体 7btf（p.33ほか）

ラパマイシン（rapamycin）が結合したリボソームのラージサブユニット1z58（2009年ノーベル化学賞受賞のYonathらによる）とそのPDBsumデータ（p.33・37ほか）

  
［左］DNAポリメラーゼの例（DNAポリメラーゼη；dATP＋チミン二量体＋DOC）3mfiのPDBsumデータ（p.128ほか）
［右］DNAに結合したFOXO4の例 3l2c（p.135）

テロメアの例（G-四重らせん構造）1kf1データで作成したテロメアの“帽子”（ヒトのテロメアの繰り返しTTAGGG×3を球棒表示，G-四量体×3とK⁺イオンを空間充填表示）（p.139ほか）

  
［左］PD-L1が結合したPD-1 3bik（p.149・151ほか）　［右］ニボルマブ〈商品名 オプジーボ〉のFabが結合したPD-1 5ggr（p.151）

  
［左］紫外線（UV）による発がん原因とされるチミン二量体（チミンダイマー）を含むDNAの構造例 1t4iのChain A・B（p.157）
［右］参考図：電磁波（光）の波長とエネルギー …UVよりX線・γ線のエネルギーが大きい

ヒトXkr8 7dceのChain X（リン脂質DOPCが結合）とそのPDBsumデータ

    
［左・中］プラジカンテル（praziquantel）と同分子結合グルタチオン S-トランスフェラーゼ1gtbの同PDBsumデータ　［右］アルベンダゾール（albendazole）

ヒトDC-SIGN 7nl7とそのPDBsumデータ（水素原子付加）

  
［左・中］アセトヒドロキシ酸合成酵素 6vz8とそのPDBsumデータ（除草剤分子ペノキススラム〈penoxsulam〉結合の5wkcとの比較）　［右］BCAA（Ile，Leu，Val）

  
［左］NSD2-ヌクレオソーム複合体中のヒストン・リジン-N-メチルトランスフェラーゼNSD2 7e8dのChain K
［中・右］同PDBsumデータ（同じシネフンギン〈シネファンギン〉結合のSARS-CoV-2のNsp10・Nsp16複合体6wkqとの比較；後者については別ページ参照）

  
阻害剤RK-701が結合したヒストンメチル化酵素G9a 7x73のChain AとそのPDBsumデータ

ルテニウムレッドが結合したヒトのカルシウム選択チャネルTRPV6 7s8bのChain AとそのPDBsumデータ（エコナゾール結合の7s8cとの比較）

テトラヒドロカンナビバリン（tetrahydrocannabivarin）が結合したヒトのカルシウム選択オンコチャネルTRPV6 8sp8のChain AとそのPDBsumデータ

抗腫瘍化合物UCN-01が結合したα1-酸性糖タンパク質（オロソムコイド）7oubとそのPDBsumデータ

  
［左］エレヌマブ（erenumab）と受容体活性調節タンパク質1（RAMP1）が結合したCGRP受容体の細胞外ドメイン6umgのChain H・L・C・R
［右］参考：RAMP1・ナノボディ35・Gsタンパク質ヘテロ3量体が結合したCGRP受容体6e3y　→ GPCR（本サイト）｜Nature ハイライト記事（2018/09/27）

アトゲパント（atogepant）

compound 2が結合したBCL6 7okeとそのPDBsumデータ，7okh（compound 8f）・7okj（同12c）・7okl（同13e）・7okd（同25）との比較