◆ PDBsumサイトで入手したAlphaFold構造 ◆

PDBsumサイトでAlphaFold/AlphaFold2データを取得可能に(ヒト由来データのみ)!
PDBサイトで入手可能なUniProt accession(またはUniProt id)入力により。

※本ページの分子モデルはWindowsのInternet ExplorerまたはMicrosoft EdgeのInternet Explorerモードで参照できます。
※本ページはJmolトピックNo.1057を独立させたものです。


PDBsumサイトで入手したAlphaFold構造例: 初期表示はP69905(ヒトのヘモグロビンα)
※“PDBj”のリンクは
「今月の分子」の該当ページ
※《 》内はアミノ酸残基番号範囲(残基番号が異なる場合があることに注意)
●アミノ色表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
●疎水性インデックス順
ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
●有機概念図I/O値順(特性基 R)
ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
●等電点順
ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG
◆ヘモグロビンα → ヘモグロビンPDBj
P69905《1-142》(ヒトヘモグロビンのヘモグロビンα構造;PDBsumサイトで入手したAlphaFold構造,以下UniProt accession番号構造については同) 1hho_P69905_ps(以下のPDBsumデータA鎖1hho_HEM-OXYと同じアミノ残残基切出し)$
※該当PDBデータ例:1HHOのChain A《1-141》(ヒトオキシヘモグロビンのヘモグロビンα) 同4量体(Chain A〈ヘモグロビンα〉・B〈ヘモグロビンβ〉×2)
 PDBsumデータ1hho_HEM-OXY(A鎖;ヘモグロビンα)$ 1hho_HEM-OXY(B鎖;ヘモグロビンβ)$
◆5-HT1A受容体 → GPCRPDBj
P08908《1-422》(ヒトの5-HT1A受容体構造)
※該当PDBデータ例:7e2yのChain R《35-415》(5-HT1A受容体;セロトニンが結合) SRO(セロトニン)選択 PDBsumデータ7e2y_SRO$
◆メラトニン受容体MT1 → GPCR東京大学プレスリリース(2021/07/27)
P48039《1-350》(ヒトのメラトニン受容体MT1構造)
※該当PDBデータ例:7db6のChain D《22-306》(メラトニン受容体MT1;ラメルテオンが結合) PDBsumデータ7db6_JEV$
◆Toll様受容体(TLR) → Toll様受容体PDBj
Q9NR97《1-1041》(ヒトのTLR8構造)
※該当PDBデータ例:7crf(CU-CPD107が結合したTLR8)《32-820》 GD0(CU-CPD107)選択 同PDBsumデータ7crf_GD0$
◆3-オキソ-5α-ステロイド-4-デヒドロゲナーゼ2 → JmolトピックNature Medicine論文(2021/10/12)
P31213《1-254》(ヒトの3-オキソ-5α-ステロイド-4-デヒドロゲナーゼ2の構造)
※該当PDBデータ例:7bw1《5-254》(3-オキソ-5α-ステロイド-4-デヒドロゲナーゼ2;NADP-ジヒドロフィナステリドが結合) NDX(NADP-ジヒドロフィナステリド)選択 同PDBsumデータ7bw1_NDX$
◆シトクロムP450 → P450データ集メニューPDBj
P08684《1-503》(ヒトのP450 3A4構造) アミノ酸残基1-29・499-503(2v0mのChain Aの配列以外)α炭素ラベル表示
※該当PDBデータ例:2v0mのChain A《30-498》(ケトコナゾールが結合したP450 3A4) KLN[1501(A)]選択 同PDBsumデータ2v0m_KLN[1501(A)]$

バックボーン 二次構造
全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

糖鎖別着色(#印のみ)Galα-Glcβ-GlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
水素結合表示
 
  
背景・黒 灰 白 

  
[左]PDBsumサイトで表示されるP69905構造
[中・右]P69905構造とヒトオキシヘモグロビンのヘモグロビンα構造例(1hhoのChain A)のPyMOLによる重ね合わせ画像とその回転動画
  
[左・中]1hhoのChain AのPDBsumデータ(太いスティック)とP69905構造からそれと同じアミノ酸配列を切り出したもの(細いスティック)のPyMOLによる重ね合わせ画像とその回転動画(I/O値順着色)
[右]参考図:オキシヘモグロビン1hho(スティック表示)とデオキシヘモグロビン2hhb(針金表示)のPyMOLによる重ね合わせ表示(何れもChain AのPDBsumデータ)


    
[左]5-HT1A受容体構造P08908と7e2y(セロトニン結合)のChain Rの重ね合わせ
[中]7e2yのPDBsumデータ(太いスティック)とP08908の該当アミノ酸配列を切り出したもの(細いスティック)のPyMOLによる重ね合わせ
[右]参考図:7e2y紹介研究の他PDBデータのPDBsumデータ比較 → Natureハイライト記事
   
[左・中]メラトニン受容体MT1構造P48039と7db6(ラメルテオン結合)のChain Dの重ね合わせとその回転動画
[右]7db6のPDBsumデータ
  
[左]Toll様受容体TLR8構造Q9NR97と7crf(CU-CPD107結合)のChain Aの重ね合わせ
[中・右]7crfのChain A・BとそのPDBsumデータ

  
[左・中]3-オキソ-5α-ステロイド-4-デヒドロゲナーゼ2構造P31213と7bw1(NADP-ジヒドロフィナステリド結合)の重ね合わせとその回転動画
[右]7bw1のPDBsumデータ
    
[左・中]シトクロムP450 3A4構造P08684(水色)とケトコナゾール(ketoconazole)が結合した2v0mのChain A(緑色)の重ね合わせの回転動画(タンパク質表面表示)と別動画
[右2件]両者の3Dプリンタ模型(スタジオミダスによるフルカラー樹脂プリンタでの一括出力(右端は水中,スタジオミダス撮影);川上モデルとは異なります)

  
[左]P08684のdisorder部分(2v0mのChain A以外の部分)のα炭素ラベル表示 [中・右]2v0mのChain AとそのPDBsumデータ

2v0mのChain A《PDBデータのアミノ酸配列範囲:30-498,最初と最後を赤字で》とP08684《fastaデータのアミノ酸配列範囲:1-503》のアミノ酸配列の比較 … I/O値順(特性基 R)着色
1-50 2v0m (Chain A)                                             Met Ala Tyr Gly Thr His Ser His Gly Leu Phe Lys Lys Leu Gly Ile Pro Gly Pro Thr Pro Leu Pro Phe Leu Gly Asn Ile
P08684 Met Ala Leu Ile Pro Asp Leu Ala Met Glu Thr Trp Leu Leu Leu Ala Val Ser Leu Val Leu Leu Tyr Leu Tyr Gly Thr His Ser His Gly Leu Phe Lys Lys Leu Gly Ile Pro Gly Pro Thr Pro Leu Pro Phe Leu Gly Asn Ile
51-100 2v0m (Chain A) Leu Ser Tyr His Lys Gly Phe Cys Met Phe Asp Met Glu Cys His Lys Lys Tyr Gly Lys Val Trp Gly Phe Tyr Asp Gly Gln Gln Pro Val Leu Ala Ile Thr Asp Pro Asp Met Ile Lys Thr Val Leu Val Lys Glu Cys Tyr Ser
P08684 Leu Ser Tyr His Lys Gly Phe Cys Met Phe Asp Met Glu Cys His Lys Lys Tyr Gly Lys Val Trp Gly Phe Tyr Asp Gly Gln Gln Pro Val Leu Ala Ile Thr Asp Pro Asp Met Ile Lys Thr Val Leu Val Lys Glu Cys Tyr Ser
101-150 2v0m (Chain A) Val Phe Thr Asn Arg Arg Pro Phe Gly Pro Val Gly Phe Met Lys Ser Ala Ile Ser Ile Ala Glu Asp Glu Glu Trp Lys Arg Leu Arg Ser Leu Leu Ser Pro Thr Phe Thr Ser Gly Lys Leu Lys Glu Met Val Pro Ile Ile Ala
P08684 Val Phe Thr Asn Arg Arg Pro Phe Gly Pro Val Gly Phe Met Lys Ser Ala Ile Ser Ile Ala Glu Asp Glu Glu Trp Lys Arg Leu Arg Ser Leu Leu Ser Pro Thr Phe Thr Ser Gly Lys Leu Lys Glu Met Val Pro Ile Ile Ala
151-200 2v0m (Chain A) Gln Tyr Gly Asp Val Leu Val Arg Asn Leu Arg Arg Glu Ala Glu Thr Gly Lys Pro Val Thr Leu Lys Asp Val Phe Gly Ala Tyr Ser Met Asp Val Ile Thr Ser Thr Ser Phe Gly Val Asn Ile Asp Ser Leu Asn Asn Pro Gln
P08684 Gln Tyr Gly Asp Val Leu Val Arg Asn Leu Arg Arg Glu Ala Glu Thr Gly Lys Pro Val Thr Leu Lys Asp Val Phe Gly Ala Tyr Ser Met Asp Val Ile Thr Ser Thr Ser Phe Gly Val Asn Ile Asp Ser Leu Asn Asn Pro Gln
201-250 2v0m (Chain A) Asp Pro Phe Val Glu Asn Thr Lys Lys Leu Leu Arg Phe Asp Phe Leu Asp Pro Phe Phe Leu Ser Ile Thr Val Phe Pro Phe Leu Ile Pro Ile Leu Glu Val Leu Asn Ile Cys Val Phe Pro Arg Glu Val Thr Asn Phe Leu Arg
P08684 Asp Pro Phe Val Glu Asn Thr Lys Lys Leu Leu Arg Phe Asp Phe Leu Asp Pro Phe Phe Leu Ser Ile Thr Val Phe Pro Phe Leu Ile Pro Ile Leu Glu Val Leu Asn Ile Cys Val Phe Pro Arg Glu Val Thr Asn Phe Leu Arg
251-300 2v0m (Chain A) Lys Ser Val Lys Arg Met Lys Glu Ser Arg Leu Glu Asp Thr Gln Lys His Arg Val Asp Phe Leu Gln Leu Met Ile Asp Ser Gln Asn Ser Lys Glu Thr Glu Ser His Lys Ala Leu Ser Asp Leu Glu Leu Val Ala Gln Ser Ile
P08684 Lys Ser Val Lys Arg Met Lys Glu Ser Arg Leu Glu Asp Thr Gln Lys His Arg Val Asp Phe Leu Gln Leu Met Ile Asp Ser Gln Asn Ser Lys Glu Thr Glu Ser His Lys Ala Leu Ser Asp Leu Glu Leu Val Ala Gln Ser Ile
301-350 2v0m (Chain A) Ile Phe Ile Phe Ala Gly Tyr Glu Thr Thr Ser Ser Val Leu Ser Phe Ile Met Tyr Glu Leu Ala Thr His Pro Asp Val Gln Gln Lys Leu Gln Glu Glu Ile Asp Ala Val Leu Pro Asn Lys Ala Pro Pro Thr Tyr Asp Thr Val
P08684 Ile Phe Ile Phe Ala Gly Tyr Glu Thr Thr Ser Ser Val Leu Ser Phe Ile Met Tyr Glu Leu Ala Thr His Pro Asp Val Gln Gln Lys Leu Gln Glu Glu Ile Asp Ala Val Leu Pro Asn Lys Ala Pro Pro Thr Tyr Asp Thr Val
351-400 2v0m (Chain A) Leu Gln Met Glu Tyr Leu Asp Met Val Val Asn Glu Thr Leu Arg Leu Phe Pro Ile Ala Met Arg Leu Glu Arg Val Cys Lys Lys Asp Val Glu Ile Asn Gly Met Phe Ile Pro Lys Gly Val Val Val Met Ile Pro Ser Tyr Ala
P08684 Leu Gln Met Glu Tyr Leu Asp Met Val Val Asn Glu Thr Leu Arg Leu Phe Pro Ile Ala Met Arg Leu Glu Arg Val Cys Lys Lys Asp Val Glu Ile Asn Gly Met Phe Ile Pro Lys Gly Val Val Val Met Ile Pro Ser Tyr Ala
401-450 2v0m (Chain A) Leu His Arg Asp Pro Lys Tyr Trp Thr Glu Pro Glu Lys Phe Leu Pro Glu Arg Phe Ser Lys Lys Asn Lys Asp Asn Ile Asp Pro Tyr Ile Tyr Thr Pro Phe Gly Ser Gly Pro Arg Asn Cys Ile Gly Met Arg Phe Ala Leu Met
P08684 Leu His Arg Asp Pro Lys Tyr Trp Thr Glu Pro Glu Lys Phe Leu Pro Glu Arg Phe Ser Lys Lys Asn Lys Asp Asn Ile Asp Pro Tyr Ile Tyr Thr Pro Phe Gly Ser Gly Pro Arg Asn Cys Ile Gly Met Arg Phe Ala Leu Met
451-500 2v0m (Chain A) Asn Met Lys Leu Ala Leu Ile Arg Val Leu Gln Asn Phe Ser Phe Lys Pro Cys Lys Glu Thr Gln Ile Pro Leu Lys Leu Ser Leu Gly Gly Leu Leu Gln Pro Glu Lys Pro Val Val Leu Lys Val Glu Ser Arg Asp Gly Thr Val
P08684 Asn Met Lys Leu Ala Leu Ile Arg Val Leu Gln Asn Phe Ser Phe Lys Pro Cys Lys Glu Thr Gln Ile Pro Leu Lys Leu Ser Leu Gly Gly Leu Leu Gln Pro Glu Lys Pro Val Val Leu Lys Val Glu Ser Arg Asp Gly Thr Val
501 2v0m (Chain A) Ser Gly Ala His His His His
P08684 Ser Gly Ala



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