C5b8-CD59コンプレックス8b0fのChain B-G（C5b8は除く；cif→pdbデータ変換した後加工）

APC-Cdc20-Hsl1複合体中のアダプタータンパク質Cdc20とデグロン（degron）ペプチド5g04のChain R・S

アコニチン（aconitine）

バックボーン　二次構造　　DNA/RNA（ATGCU，backbone） 全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）　DNA/RNA選択　DNA/RNA backbone選択 空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去 アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色 リガンドの元素記号表示 酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別 疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 S-S結合表示（太）　S原子（Protein中）空間充填 ドット表面表示　α炭素ラベル表示　回転 背景・黒　灰　白　紺

p.13・51ほか　DDT：p,p'-DDT　o,p'-DDT　→ 環境ホルモンとして疑われている化合物 p.13　アルコール：エタノール（ethanol）　→ アルコールとフェノール p.13　カフェイン：カフェイン（caffeine） p.13　ニコチン：ニコチン（nicotine）　→ 分子の科学（第13章） p.13　二酸化炭素：二酸化炭素（carbon dioxide）　→ 分子の形と性質 p.14　キシリトール：キシリトール（xylitol）　→ 甘味物質の秘密 p.15　フィブリノゲン：1ltjのChain A，B，C，G，H（フィブリノゲンタンパク質のフラグメントDの部分構造例） p.16　アセチルコリン：アセチルコリン（acetylcholine，ACh）　→ 抗うつ剤と神経伝達物質 p.17・44・100・173ほか　テトロドトキシン：テトロドトキシン（tetrodotoxin，TTX）　→ 別トピック p.17・23　マイトトキシン：マイトトキシン（maitotoxin） ∥ 参考： 6j8j（テトロドトキシンが結合した電位依存性ナトリウムチャネルNav1.7）　9SR（テトロドトキシン）選択　同PDBsumデータ 6j8j_9SR$　→ 別トピック p.17ほか　DNA・RNA：（以下はDNA・RNA部分構造例）　→ DNAとRNAのいろいろな姿 1gt0のChain A・B（Oct4・Sox2・DNA 複合体；DNAのみ） ｜ 1gt0全体*　C鎖（Oct1）選択　D鎖（Sox2）選択　→ Oct1/Sox2/DNA 複合体 1g59のChain B（tRNA構造例；tRNAGlu）　同Chain A・B（tRNAGluとGluRSの複合体） p.17　メッセンジャーRNA（mRNA）：mRNA部分構造例（UUUUUUUUUUUU）　→ コドンと遺伝暗号表 p.18　RNAポリメラーゼII：6j4y（DNA/RNAが結合したRNAポリメラーゼII）　→ 別トピック p.18　マスタードガス：マスタードガス（mustard gas；硫化ジクロロジエチル，イペリット）　→ 地下鉄サリン事件 p.23ほか　アルカロイド：　→ アルカロイド - 窒素から見る生命の世界 p.23ほか　ヒスタミン：ヒスタミン（histamine）　→ 別トピック p.24・p.174ほか　アコニチン：アコニチン（aconitine）　→ アルカロイド - 窒素から見る生命の世界 p.26　ストリキニーネ：ストリキニーネ（strychnine）　→ 別トピック p.26　コルヒチン：コルヒチン（colchicine）　→ 別トピック p.29　ソラニン：ソラニン（solanine）　→ 別トピック p.36　サソリの毒：　→ 別トピック（サソリ毒例カリブドトキシン〈charybdotoxin，ChTx〉） p.37　オオツチグモ（タランチュラ）の毒：　→ 別トピック（タランチュラ毒Protoxin-I〈ProTx-I〉） p.41　セロトニン：セロトニン（serotonin）　→ 抗うつ剤と神経伝達物質 p.46　毒ヘビの毒：　→ 別トピック[1]（コブラ毒）・[2]（ハブ毒） p.48　バトラコトキシン：バトラコトキシン（batrachotoxin，BTX）　→ 別トピック p.49　サマンダリン：サマンダリン（samandarin，samandarine） p.52　カンタリジン：カンタリジン（cantharidin） p.52　ホモバトラコトキシン：ホモバトラコトキシン（homobatrachotoxin） p.55　ω-コノトキシン MVIIA：1omgのModel 1（ω-コノトキシン MVIIA） p.57　オニダルマオコゼの毒：4wvm（オニダルマオコゼの毒成分ストナストキシン〈stonustoxin，SNTX〉）　※PNAS論文Fig. 2に背棘の写真あり　→ 別トピック p.60　アフラトキシンB1：アフラトキシンB1（aflatoxin B1） ｜1ag5の部分構造（アフラトキシンB1代謝物のDNAへの修飾）　AFN（アフラトキシンB1代謝物）選択 　→ DNAの脆弱性と強靭性 p.61　デオキシニバレノール：デオキシニバレノール（deoxynivalenol） ｜ 同分子結合PDBsumデータ例3b2s_B2S（赤カビ病菌の3-O-アセチルトランスフェラーゼ）$ p.63　イボテン酸：イボテン酸（ibotenic acid）　→ 別トピック p.63　ムシモール：ムシモール（muscimol） p.63　ムスカリン：ムスカリン（muscarine） p.65　シロシビン：シロシビン（サイロシビン，psilocybin；psylocybin）　→ 危険ドラッグ p.65　シロシン：シロシン（サイロシン，psilocin〈psilocyn〉） p.66　コプリン：コプリン（coprine） p.67　アマトキシン類：α-アマニチン（α-amanitin；アマトキシン類の例） ∥ 参考： 6exvのChain A・M・N・P・T（α-アマニチンが結合したRNAポリメラーゼII）　Chain M（α-アマニチン）選択　同PDBsumデータ6exv_ILX-TRX-GLY-ILE-GLY-CSX-ASN-HYP$ ★α-アマニチンの毒性を軽減する化合物研究例：薬理学：タマゴテングタケ中毒の解毒剤になるかもしれない（Nature ハイライト，2023/05/17） [NEW!]　…タマゴテングダケをタマゴテングタケに変更 Identification of indocyanine green as a STT3B inhibitor against mushroom α-amanitin cytotoxicity（Nature Communications，2023/05/16） [NEW!] 該当分子 インドシアニングリーン（indocyanine green，ICG） ∥ 上掲論文でバーチャルスクリーニングに用いられたPDB 6S7T（STT3Bタンパク質）のPDBsumデータ（ICG結合部位と目される部分）： PDBsumデータ6s7t_0K3（ligand 0K3）$ p.71　メチル水銀：塩化メチル水銀（methylmercury chloride）　→ 水俣病｜ 水銀Hgを含む生体分子のSITE例 p.73　人体を構成する元素：　→ 生体分子の構成元素 p.74・88ほか　硫化水素：硫化水素（hydrogen sulfide）　→ 悪臭の正体 p.74　二酸化炭素：二酸化炭素（carbon dioxide）　→ 気候変動と適応 p.76　POPs：　→ 新規POPs有害物質リスト p.76　マイクロプラスチック：　→ マイクロプラスチック問題 p.76　DDT：p,p'-DDT　o,p'-DDT　→ 環境ホルモンとして疑われている化合物の例 p.76　PCB：3,3',4,4',5,5'-HxCB（PCBの例）　→ ダイオキシン類 p.76　TCDD：TCDD（2,3,7,8-TCDD）　→ ダイオキシン類 p.80　ビスフェノールA：ビスフェノールA（bisphenol A）　→ 多様なリガンドを含むエストロゲン受容体および関連受容体等のSITE比較 p.80　DEHP：フタル酸ビス(2-エチルヘキシル)（bis(2-ethylhexyl)phthalate，DEHP）　→ 環境ホルモンとして疑われている化合物の例 p.80　ノニルフェノール：4-ノニルフェノール（p-ノニルフェノール）〔直鎖〕　同〔分岐型の例〕　→ 環境ホルモンとして疑われている化合物の例 p.86　ニトロゲナーゼ：1n2c（ニトロゲナーゼ）　→ 窒素から見る生命の世界 p.86　レグヘモグロビン：1binのChain A （レグヘモグロビンA）　→ ヘモグロビン p.84　酸素：酸素分子（dioxygen）　→ p.88　熱水噴出孔：　→ 生命を知り生命に学ぶ（生命誕生ほか） p.93　チューブワーム（ハオリムシ）：1yhu（チューブワーム由来ヘモグロビン）　→ ヘモグロビン｜チューブワーム関連データのSITE例 p.93　スケーリーフット：　→ Jmolトピック　※ブルーバックス紹介文に“鉄の衣の正体は、鉄と硫黄の化合物であるパイライトとグレイジャイト。グレイジャイトは磁性を持つため、スケーリーフットは磁石に吸い寄せられる”とあり両結晶構造画像例を以下に p.100　ブファジエノライド：　→ ブファジエノライド（bufadienolide） ◆上掲書以外の毒 リナマリン：リナマリン（linamarin）　→ Gigazine記事（2025/02/15）中のキャッサバのシアン配糖体例 （以下，今後追加します）

  
フグ毒テトロドトキシン（tetrodotoxin，TTX）とその作用機序模式図

テトロドトキシンが結合した電位依存性ナトリウムチャネルNa_v1.7 6j8jとそのPDBsumデータ

      
左から ニコチン，アコニチン，ストリキニーネ，コルヒチン

  
［左］LNGタンパク質とコブラ毒素α-コブラトキシンの複合体9bk5
［右］α-コブラトキシンが結合したニコチン性アセチルコリン受容体1yi5
※何れも黄色球表示はα-コブラトキシン中のS原子　→ 別トピック（コブラ毒）

      
左から バトラコトキシン（BTX），サマンダリン，カンタリジン，ホモバトラコトキシン

  
左から マイトトキシン，ソラニン

1omgのModel 1（ω-コノトキシン MVIIA）

オニダルマオコゼの毒成分ストナストキシン（stonustoxin，SNTX〉）4wvm

  
アフラトキシンB₁（aflatoxin B₁）と同分子代謝物のDNAへの修飾（1ag5の部分構造）

  
デオキシニバレノール（deoxynivalenol）と同分子結合PDBsumデータ例（赤カビ病菌の3-O-アセチルトランスフェラーゼ3b2s）

    
左から イボテン酸，ムシモール，ムスカリン

    
左から シロシビン，シロシン，コプリン

  
［左］α-アマニチン（アマトキシン類の例）
［中・右］DNA・RNAとα-アマニチンが結合したRNAポリメラーゼII 6exvのChain A・M・N・P・TとそのPDBsumデータ

  
［左］タマゴテングタケ中毒の解毒剤と目されるインドシアニングリーン（ICG）
［中・右］Nature Communications誌論文でバーチャルスクリーニングに用いられたPDB 6S7T（STT3Bタンパク質）のPDBsumデータ（ICG結合該当部位）と同論文Fig. 4e（ICGのLigPlot⁺図）

  
［左］塩化メチル水銀（methylmercury chloride）　［右］ダイオキシン類の2,3,7,8-TCDD・2,3,7,8-TCDF・3,3',4,4',5-PeCBの同時表示

    
［左］ニトロゲナーゼの構造例1n2c（Azotobacter vinelandii由来）
［中］ヒト由来ヘモグロビンA 2hhbと大豆由来レグヘモグロビンA 1binの比較（何れもChain A）
［右］チューブワーム由来ヘモグロビン1yhu（24量体）とヒトのヘモグロビン1hho（オキシヘモグロビン，4量体）の大きさ比べ

  
［左］パイライト（pyrite，黄鉄鉱）の結晶とその川上モデルによる構造例
［右］American Mineralogist Crystal Structure Databaseによるグレイジャイト（greigite）の結晶構造例（JSmolによる）

ブファジエノライド（bufadienolide）

リナマリン（linamarin）
※Gigazine記事（2025/02/15）中のキャッサバのシアン配糖体例