［ATM serine/threonine kinase - Wikipedia，ATM serine/threonine kinase - Wikipedia］
|
|
5np0（ATMキナーゼ） アミノ酸残基2618～3056（キナーゼドメイン）選択 バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
ATMキナーゼ 5np0
-
●アミノ色表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
●疎水性インデックス順
ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
●有機概念図I/O値順（特性基 R）
ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
●等電点順
ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG
アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！
- Small molecule targeting of transcription-replication conflict for selective chemotherapy（Cell Chemical Biology，2023/08/01） [NEW!] ※AOH1996誘導体結合タンパク質8gla（下掲）・8gl9
- A New Mode of Cancer Treatment（Science，2023/08/02） [NEW!]
- New cancer hope as a pill ‘annihilates all solid tumors’ - thanks to this little girl（New York Post，2023/08/02） [NEW!]
- 話題の制がん剤・抗がん剤（本サイト）
［AOH1996 - Wikipedia］
|
|
AOH1996 AOH1996誘導体結合タンパク質：8gla（増殖細胞核抗原，PCNA） 同PDBsumデータ8gla_ZQZ（AOH1996-1LE）[301(A)]$ ｜ PDBsumデータ8gl9_ZQW（AOH1160-1LE）[303(A)]$ ［Proliferating cell nuclear antigen - Wikipedia］ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］がん治療薬候補 AOH1996
［中・右］AOH1996誘導体のAOH1996-1LEが結合した増殖細胞核抗原（PCNA）8glaとそのPDBsumデータ（AOH1160-1LE結合の8gl9との比較）
- A Practical and Convenient Synthesis of the Essential Antibiotic Drug Cefazolin under Sequential One-Flow Conditions（Bulletin of the Chemical Society of Japan，2023/08/07） [NEW!]
- 医療用医薬品 : セファゾリンナトリウム - KEGG
- KEGG DRUG: セファゾリンナトリウム
- 抗生物質分子データ集 ｜ 抗生物質を含むPDBデータ
|
|
セファゾリンナトリウム（cefazolin sodium） セファゾリン（cefazolin） ［Cefazolin - Wikipedia］ 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 Jmol色 Rasmol色 背景・黒 灰 白 紺 |
［右］セファゾリンナトリウム（cefazolin sodium） ［右］セファゾリン（cefazolin）
- A Metalloproteinase Cocktail from the Venom of Protobothrops flavoviridis Cleaves Amyloid Beta Peptides at the α-Cleavage Site（Toxins，2023/08/12） [NEW!]
- 毒をもってアルツハイマーを制す～ハブ毒の酵素で認知症原因物質分解 東北大など（サイエンスポータル，2023/10/18） [NEW!]
- 東北大、ハブ毒から得た酵素によりアミロイドβを分解（日経，2023/08/31） [NEW!]
- ハブ毒由来の酵素でアルツハイマー病のアミロイドβを分解することを発見（MONOist，2023/09/21） [NEW!]
- 蛇毒メタロプロテアーゼ（SVMPs）関連研究例
- サイエンスZERO『「生物の毒」が“宝の山に変わる！？驚きの最新研究！～毒の起源から生物毒の活用まで』（NHK，2023/08/08） [NEW!] ※“「毒素のカクテル」 ハブ毒はどうやって生まれた？”
- 危険な毒蛇ハブの全ゲノム解読 ～毒を作り出す遺伝子進化の全貌を世界で初めて解明～（九州大学，2018/07/27）
- 金属プロテアーゼ - Wikipedia ｜ ヘビ毒
- アルツハイマー病治療薬（本サイト） ｜ 別トピック：特別展「毒」公式図録
［Metalloproteinase - Wikipedia，Snake venom - Wikipedia，Ilomastat - Wikipedia］
|
|
2dw0（阻害剤GM6001が結合した蛇毒メタロプロテアーゼ） 同PDBsumデータ2dw0_GM6$
バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
阻害剤イロマスタット（ilomastat；GM6001）が結合した蛇毒メタロプロテアーゼ（SVMP）2dw0とそのPDBsumデータ
- 「北海道石」について：田中陵二主任研究員らが新鉱物を発見しました。（相模中央化学研究所，2023/05/26） [NEW!]
- 色彩の博物誌（結晶美術館） …著者・田中さんのサイトです。
- 染料の種類（本サイト） ｜ 元素・分子が登場する本を読もう！（本サイト）
★著者の田中陵二さんが発見メンバーである「北海道石」ほかを日本コンピュータ化学会＠サイエンスアラ2023（テレコムセンタービル，11/18-19）でブース展示し，11/19の13:00-15:00には田中さんに解説していただきます。
紅花色素のカルタミン（カーサミン，carthamin）
|
|
p.2イラスト タマネギの皮：タマネギの皮の色素ケルセチン（quercetin） p.3イラスト 水晶：左水晶（left-handed quartz crystal） ｜ 右水晶（right-handed quartz crystal） → 分子の科学｜二酸化ケイ素の結晶構造 p.11・26 金：金の結晶構造 → 川上モデル｜分子・結晶・リガンド模型 ｜ 2014年は世界結晶年！ p.15 硫化鉄鉱：黄鉄鉱（pyrite；硫化鉄鉱の例）の結晶構造 → 川上モデル｜分子・結晶・リガンド模型 p.24ほか 染料／合成染料： → 染料の種類 p.26・37・ポスター インジゴ：インジゴ（indigo；C.I.Vat Blue 1，水不溶） ｜ 参考 インジゴホワイト（indigo white；C.I.Reduced Vat Blue 1，水溶性） → 染料の種類 p.28・ポスター 貝紫：チリアンパープル（tyrian purple；6,6'-dibromoindigo） p.30ほか・ポスター 紅花：カルタミン（カーサミン，carthamin） → 紅花の色素カルタミン p.34・36ほか・ポスター アカネ／アリザリン：アカネの色素成分例アリザリン（alizarin；C.I.Mordant Red 11） → 染料の種類 ポスター モーブ：モーブ（モーベイン；mauve，mauveine；C.I.50245） モーベインA（mauveine A） ｜ モーベインB（mauveine B） → 染料の種類 ポスター ウコン：ウコンの色素クルクミン（curcumin） → カレーの色素・クルクミン バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
左から タマネギの皮の色素ケルセチン（quercetin），水晶（左水晶と右水晶），金（結晶構造）
左から 黄鉄鉱（pyrite；硫化鉄鉱の例）結晶の例とその構造，インジゴとインジゴホワイト，チリアンパープル（tyrian purple）
左から カルタミン（カーサミン，carthamin），アカネの色素成分例アリザリン（alizarin），モーベインA（mauveine A）とモーベインB（mauveine B）
ウコンの色素クルクミン（curcumin）
合成染料関連参考図：［左］酸性染料Orange II（酸性染料C.I. Acid Orange7）の合成ページから
［右］染料分子を含むPDBsumデータ例 → PDBsumのLigand-SITE情報と有機性・無機性
- Espresso Coffee Mitigates the Aggregation and Condensation of Alzheimer′s Associated Tau Protein（Journal of Agricultural and Food Chemistry，2023/07/19） [NEW!]
- エスプレッソ - Wikipedia
- アルツハイマー病治療薬（本サイト）
［Trigonelline - Wikipedia］
|
|
トリゴネリン（trigonelline） カフェイン（caffeine） ｜ ※参考（カフェイン結合タンパク質のPDBsumデータ例）：3rfm_CFF（カフェインが結合したアデノシンA2A受容体）$ → 爆薬、医薬品 世界史を変えた17の化学物質」を読むために ｜ 別トピック テオブロミン（theobromine） ［Theobromine - Wikipedia］ ゲニステイン（genistein） ｜ ※参考（ゲニステイン結合タンパク質のPDBsumデータ例）：1x7r_GEN（ゲニステインが結合したエストロゲンレセプターα）$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
左から トリゴネリン（trigonelline），カフェイン（caffeine），テオブロミン（theobromine），ゲニステイン（genistein）
※参考図 ［左］カフェインが結合したアデノシンA2A受容体3rfmのPDBsumデータ
［右］ゲニステインが結合したエストロゲンレセプターα1x7rのPDBsumデータ
［Band 3 anion transport protein - Wikipedia］
|
|
8t6uのChain A（ジピリダモールが結合したアニオン交換輸送体1） H9F選択 同PDBsumデータ8t6u_H9F$
バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
ジピリダモール（dipyridamole）が結合したアニオン交換輸送体1（AE1）8t6uのChain AとそのPDBsumデータ
- asundexian関連ニュース例
- PDB 8BO3についての @PDBeurope ツイート（2023/09/13） [NEW!]
- 第XI因子 - Wikipedia
［Factor XI - Wikipedia］
|
|
8bo3（阻害剤asundexianが結合した凝固XI因子） 同PDBsumデータ8bo3_lp$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
阻害剤asundexianが結合した凝固XI因子8bo3とそのPDBsumデータ
- An odorant receptor that senses four classes of musk compounds（Current Biology，2022/11/11）
- 花王、「ムスクの香り」を網羅的に認識する嗅覚受容体を発見（日経，2023/09/13） [NEW!]
- 花王、「ムスクの香り」を網羅的に認識する嗅覚受容体を発見（粧業日報，2023/09/21） [NEW!]
- 香りの分子事典（本サイト） ｜ PDBsumサイトで入手したAlphaFold構造
［OR5A2 - Wikipedia］
|
|
AlphaFill構造 Q8NGI9《1-324；リガンドをカフェインだけにし，AlphaFold2構造は略》% 同PDBsumデータQ8NGI9_lp$ ※該当PDBデータ例：5mzp《0-305》（アデノシンA2A受容体；カフェイン結合） CFF（カフェイン）選択 同PDBsumデータ5mzp_CFF$ → GPCR - 2012年ノーベル化学賞 ※ムスク系香料分子の例（*印が上掲文献に）： ムスクケトン（musk ketone）* ムスクキシロール（ムスクキシレン，musk xylene） ムスコン（muscone） ［Musk - Wikipedia］ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
左から カフェインが結合したAlphaFill構造 Q8NGI9（嗅覚受容体OR5A2）とその該当PDBデータ例5mzp（アデノシンA2A受容体），両者のPyMOLによる重ね合わせ，およびそれぞれのPDBsumデータ
ムスク系香料分子の例（左から ムスクケトン，ムスクキシロール，ムスコン）とそれらの有機概念図上のプロット
|
|
8cwh（阻害剤N,N'-ジアセチルキトビオースが結合したリゾチーム） 同PDBsumデータ8cwh_NDG-NAG$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 天然タンパク質におけるアミノ酸使用のルール（東京大学プレスリリース図3を参考に着色） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
阻害剤N,N'-ジアセチルキトビオース（N,N'-diacetylchitobiose）が結合したリゾチーム8cwhとそのPDBsumデータ