◆ Jmolで見るトピックス分子(24-2) ◆

No.1-1011-20151-200401-410 | 411-420(作成中) | 421-430431-440441-450451-460461-470471-480481-490491-500
No.501-510511-520521-530531-540541-550551-560561-570571-580581-590591-600
601-610611-620621-630631-640641-650651-660661-670671-680681-690691-700
701-710711-720721-730731-740741-750751-760761-770771-780781-790791-800
801-810811-820821-830831-840841-850851-860861-870871-880861-870881-890891-900
901-910911-920921-930931-940941-950951-960961-970971-980981-990991-1000
1001-10101011-10201021-10301031-10401041-10501051-10601061-10701071-10801081-10901091-1100
1101-11101111-11201121-11301131-11401141-11501151-1160
Vol.1235678データ名一覧
→ 最近の本サイトコンテンツから: 新型コロナウイルス(SARS-CoV-2|COVID-19)情報川上モデル「鍵と鍵穴」模型元素・分子が登場する本を読もう!

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※本ページの分子モデルはInternet Explorerで参照できます。Microsoft EdgeではInternet Explorerモードにして。
※PDBsumデータでファイル名*_lpであるものはLigPlot+ v.2.2で取得したものです。
★旧Jmolトピックへの追記 → No.571(環境ホルモン)No.979(カプサイシン受容体)No.1046(ディールス・アルドラーゼ)


  1. 所さん!事件ですよ 「入浴客を狙う“チェンソーマン”!?温泉事件簿」(NHK,2022/11/24放送) [NEW!] ※“一方、近所のスーパー銭湯に行った後「死にかけた」人も。原因はレジオネラ菌”のレジオネラ菌関連PDBデータを下掲

    diC4-PI(3,4)P2が結合したレジオネラ菌のエフェクタータンパク質SidF(ホスホイノシチドホスファターゼ) 4fyg
    4fyg(diC4-PI(3,4)P2が結合したレジオネラ菌のエフェクタータンパク質SidF,ホスホイノシチドホスファターゼ) 同PDBsumデータ4fyg_3PT$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    diC4-PI(3,4)P2が結合したレジオネラ菌のエフェクタータンパク質SidF(ホスホイノシチドホスファターゼ) 4fygとそのPDBsumデータ


      ●アミノ色表示の凡例
      ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
      酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
      極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
      SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
      ●有機概念図I/O値順(特性基 R)
      ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
      ●等電点順
      ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


  2. Recognition of cyclic dinucleotides and folates by human SLC19A1(Nature,2022/10/20) [NEW!] ※2022/10/05公開データ7xpz・7xq2・7xq0(下掲)・7xq1・8goe・8gof

    3'3'-CDAが結合した溶質輸送体SLC19A1 7xq0
    Folate transporter 1 - Wikipedia
    7xq0(3'3'-CDAが結合した溶質輸送体SLC19A1) 同PDBsumデータ7xq0_2BA[601(A)]$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    3'3'-CDAが結合した溶質輸送体SLC19A1 7xq0とそのPDBsumデータ


  3. Lead identification of novel tetrahydroimidazo[1,2-a]pyridine-5-carboxylic acid derivative as a potent heparanase-1 inhibitor(Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters,2022/09/13) [NEW!] ※2022/12/07公開7yi7(下掲)・7yjc

    ヘパラナーゼ-1(HPSE1)7yi7
    Heparanase - Wikipedia
    7yi7(ナトリウムポンプ化されたP型ATPアーゼ) 同PDBsumデータ7yi7_lp$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    ヘパラナーゼ-1(HPSE1)7yi7とそのPDBsumデータ


  4. Structural insights into the mechanism of the sodium/iodide symporter(Nature,2022/12/14) [NEW!] ※2022/12/21公開7uuy・7uuz・7uv0(下掲)

    ナトリウム/ヨウ化物共輸送体7uv0
    Sodium/iodide cotransporter - Wikipedia
    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    ナトリウム/ヨウ化物共輸送体7uv0


  5. Brassinosteroid-induced gene repression requires specific and tight promoter binding of BIL1/BZR1 via DNA shape readout(Nature Plants,2022/12/15) [NEW!] ※2012/12/07公開7vn2(下掲)・7vn3・7vn4・7vn5・7vn6・7vn7・7vn8

    PDBデータ 7vn2のChain A・E(DNAが結合したBIL1/BZR1)
    7vn2のChain A・E(DNAが結合したBIL1/BZR1) 同PDBsumデータ7vn2A_lp(α-マルトース)$
    ※参考:α-マルトース(α-maltose;α-グルコース×2) → 甘味物質の秘密
    バックボーン 二次構造  DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 DNA/RNA選択 DNA/RNA backbone選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    糖鎖別着色(#印のみ)Galα-Glcβ-GlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    DNAが結合したBIL1/BZR1 7vn2のChain A・EとそのPDBsumデータ(α-マルトース)


  6. Chemical modulation of microtubule structure through the laulimalide/peloruside site(Structure,2022/12/02) [NEW!] ※2022/11/23公開7zx2(下掲)

    チューブリンα-1B/β-2B 7zx2のChain A・B
    Tubulin alpha-1A chain - WikipediaTUBA1B - Wikipedia
    7zx2のChain A・B(チューブリンα-1B/β-2B) ligand K9I選択 同PDBsumデータ7zx2B_K9I_lp$
    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    チューブリンα-1B/β-2B 7zx2のChain A・BとそのPDBsumデータ(ligand K9I,ペロルシドA類縁体)


  7. 自然界に新規α-L-グルコシダーゼを発見 〜天然にグルコースの鏡像異性体が存在する可能性が高まる〜(北海道大学,2023/01/23) [NEW!]

    β-L-グルコースが結合したα-L-グルコシダーゼ7xshのChain A
    7xshのChain A(β-L-グルコースが結合したα-L-グルコシダーゼ) 同PDBsumデータ7xshA_lp$
    ※参考:α-D-グルコース(α-D-glucose) β-D-グルコース(β-D-glucose)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    β-L-グルコースが結合したα-L-グルコシダーゼ 7xshのChain AとそのPDBsumデータ


  8. 痛み止め市販薬「セレコキシブ」の新たな抗がん作用機構を発見(東京工科大学,2023/02/01) [NEW!]

    セレコキシブ(celecoxib)
    Celecoxib - Wikipedia] )
    セレコキシブ(celecoxib)
    ※セレコキシブ結合タンパク質例(上掲プレスリリースのCOX-2の例):1oq5(セレコキシブが結合したCOX-2) 同PDBsumデータ1oq5_CEL$
    ※他の鎮痛剤例(市販薬成分)
    アセチルサリチル酸(acetylsalicylic acid;商標名アスピリン Aspirin) → 「スパイス、爆薬、医薬品 世界史を変えた17の化学物質」を読むために(本サイト) [KEGG情報
    アセトアミノフェン(acetaminophen;パラセタモール,paracetamol) → 別トピック [KEGG情報
    イソプロピルアンチピリン(isopropylantipyrine;プロピフェナゾン,propyphenazone) [KEGG情報
    イブプロフェン(ibuprofen;異性体あり) → 抗生物質分子データ集 [KEGG情報
    インドメタシン(indomethacin) → 別トピック [KEGG情報
    サリチルアミド(salicylamide) [KEGG情報
    ロキソプロフェン(loxoprofen;異性体あり) → 別トピック [KEGG情報

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]セレコキシブ(celecoxib)
    [中・右]セレコキシブが結合したCOX-2構造例1oq5とそのPDBsumデータ


  9. 男性用の経口避妊薬に期待 実験で精子の泳ぎ一時停止(BBC,2023/02/15) [NEW!]

    TDI-11861
    TDI-11861
    ※可溶性アデニリルシクラーゼ(sAC)の構造例(上掲Nature Communications論文中のTDI-10229結合):7ovd(TDI-10229が結合した可溶性アデニリルシクラーゼ) TDI-10229選択 同PDBsumデータ7ovd_1S2$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]TDI-11861
    [中・右]別分子TDI-10229が結合した可溶性アデニリルシクラーゼ(sAC)7ovdとそのPDBsumデータ


  10. Structure and thiazide inhibition mechanism of the human Na-Cl cotransporter(Nature,2023/02/15) [NEW!] ※2023/02/15公開8fht・8fho・8fhn・8fhp・8fhq(下掲)・8fhr

    ポリチアジド(polythiazide)とNa+イオンが結合したNa-Cl共輸送体8fhqのChain A
    Sodium-chloride symporter - WikipediaPolythiazide - Wikipedia
    8fhqのChain A(ポリチアジドとNa+イオンが結合したNa-Cl共輸送体) 同PDBsumデータ8fhq_XZF$ 同PDBsumデータ8fhq_NA$
    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    ポリチアジド(polythiazide)とNa+イオンが結合したNa-Cl共輸送体)8fhqのChain AとそのPDBsumデータ


「生活環境化学の部屋」ホームページJmol版「分子の学習帳」