ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※本ページの分子モデルはInternet Explorerで参照できます。Microsoft EdgeではInternet Explorerモードにして。
※PDBsumデータでファイル名*_lpであるものはLigPlot+ v.2.2で取得したものです。
★旧Jmolトピックへの追記 → No.571(環境ホルモン) | No.979(カプサイシン受容体) | No.1046(ディールス・アルドラーゼ)
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4fyg(diC4-PI(3,4)P2が結合したレジオネラ菌のエフェクタータンパク質SidF,ホスホイノシチドホスファターゼ) 同PDBsumデータ4fyg_3PT$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ) 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
diC4-PI(3,4)P2が結合したレジオネラ菌のエフェクタータンパク質SidF(ホスホイノシチドホスファターゼ) 4fygとそのPDBsumデータ
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7xq0(3'3'-CDAが結合した溶質輸送体SLC19A1) 同PDBsumデータ7xq0_2BA[601(A)]$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
3'3'-CDAが結合した溶質輸送体SLC19A1 7xq0とそのPDBsumデータ
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7yi7(ナトリウムポンプ化されたP型ATPアーゼ) 同PDBsumデータ7yi7_lp$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ) 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
ヘパラナーゼ-1(HPSE1)7yi7とそのPDBsumデータ
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バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ) 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
ナトリウム/ヨウ化物共輸送体7uv0
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7vn2のChain A・E(DNAが結合したBIL1/BZR1) 同PDBsumデータ7vn2A_lp(α-マルトース)$ ※参考:α-マルトース(α-maltose;α-グルコース×2) → 甘味物質の秘密 バックボーン 二次構造 DNA/RNA(ATGCU,backbone) 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 DNA/RNA選択 DNA/RNA backbone選択 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 糖鎖別着色(#印のみ):Gal,α-Glc,β-Glc,Man,Fuc,Xyl,Sia,GalNAc,GlcNAc,GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
DNAが結合したBIL1/BZR1 7vn2のChain A・EとそのPDBsumデータ(α-マルトース)
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7zx2のChain A・B(チューブリンα-1B/β-2B) ligand K9I選択 同PDBsumデータ7zx2B_K9I_lp$
バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ) 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
チューブリンα-1B/β-2B 7zx2のChain A・BとそのPDBsumデータ(ligand K9I,ペロルシドA類縁体)
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7xshのChain A(β-L-グルコースが結合したα-L-グルコシダーゼ) 同PDBsumデータ7xshA_lp$ ※参考:α-D-グルコース(α-D-glucose) β-D-グルコース(β-D-glucose) バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ) 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
β-L-グルコースが結合したα-L-グルコシダーゼ 7xshのChain AとそのPDBsumデータ
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セレコキシブ(celecoxib) ※セレコキシブ結合タンパク質例(上掲プレスリリースのCOX-2の例):1oq5(セレコキシブが結合したCOX-2) 同PDBsumデータ1oq5_CEL$ ※他の鎮痛剤例(市販薬成分) アセチルサリチル酸(acetylsalicylic acid;商標名アスピリン Aspirin) → 「スパイス、爆薬、医薬品 世界史を変えた17の化学物質」を読むために(本サイト) [KEGG情報] アセトアミノフェン(acetaminophen;パラセタモール,paracetamol) → 別トピック [KEGG情報] イソプロピルアンチピリン(isopropylantipyrine;プロピフェナゾン,propyphenazone) [KEGG情報] イブプロフェン(ibuprofen;異性体あり) → 抗生物質分子データ集 [KEGG情報] インドメタシン(indomethacin) → 別トピック [KEGG情報] サリチルアミド(salicylamide) [KEGG情報] ロキソプロフェン(loxoprofen;異性体あり) → 別トピック [KEGG情報] バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ) 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
[左]セレコキシブ(celecoxib)
[中・右]セレコキシブが結合したCOX-2構造例1oq5とそのPDBsumデータ
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TDI-11861 ※可溶性アデニリルシクラーゼ(sAC)の構造例(上掲Nature Communications論文中のTDI-10229結合):7ovd(TDI-10229が結合した可溶性アデニリルシクラーゼ) TDI-10229選択 同PDBsumデータ7ovd_1S2$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ) 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
[左]TDI-11861
[中・右]別分子TDI-10229が結合した可溶性アデニリルシクラーゼ(sAC)7ovdとそのPDBsumデータ
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8fhqのChain A(ポリチアジドとNa+イオンが結合したNa-Cl共輸送体) 同PDBsumデータ8fhq_XZF$ 同PDBsumデータ8fhq_NA$
バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ) 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
ポリチアジド(polythiazide)とNa+イオンが結合したNa-Cl共輸送体)8fhqのChain AとそのPDBsumデータ