◆ Jmolで見るトピックス分子(16-5) ◆

No.151-200401-410 | 411-420(作成中) | 421-430431-440441-450451-460461-470471-480481-490491-500
No.501-510511-520521-530531-540541-550551-560561-570571-580581-590591-600
601-610611-620621-630631-640641-650651-660661-670671-680681-690691-700
701-710711-720721-730731-740741-750751-760761-770771-780781-790
→ 以下は今後改変: Vol.1235678データ名一覧
→ 最近の本サイトコンテンツから: ネオニコチノイド系農薬問題2014年にエボラ出血熱感染拡大危険ドラッグ

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※Jmol利用コンテンツはWindows 10でもInternet Explorer 11で閲覧できます。


  1. Structural basis of thalidomide enantiomer binding to cereblon(Scientific Reports,2018/01/22) [NEW!]

    DNA部分構造の例:PDBデータ5yizのChain A(ラセミ体由来の(S)-サリドマイドが結合したセレブロン)

    5yizのChain A(ラセミ体由来の(S)-サリドマイドが結合したセレブロン) EF2((S)-サリドマイド)選択 同PDBsumデータ5yiz_EF2[501(A)]$
    PDBsumデータ5yj0_EF2[501(A)]((S)-サリドマイドが結合したセレブロン)$
    PDBsumデータ5yj1_6EL[501(A)]((R)-サリドマイドが結合したセレブロン)$ 6EL((R)-サリドマイド)選択
    (S )-サリドマイド | (R )-サリドマイド | 両分子同時表示

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    [上](S)-サリドマイドと(R)-サリドマイドの同時表示
    [下]セレブロン5yizのChain A(ラセミ体由来の(S)-サリドマイドが結合)とそのPDBsumデータ,および5yj0((S)-サリドマイド結合)と5yj1((R)-サリドマイド結合)のPDBsumデータ


      ●アミノ色表示の凡例
      ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
      酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
      極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
      SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
      ●有機概念図I/O値順(特性基 R)
      ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
      ●等電点順
      ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


  2. RCSB PDB 2018/02/28 新規公開データより:5o5e Crystal structure of human UDP-N-acetylglucosamine-dolichyl-phosphate N-acetylglucosaminephosphotransferase (DPAGT1) (V264G mutant) in complex with tunicamycin [NEW!]

    PDBデータ 5o5e(ツニカマイシン類が結合したDPAGT1)
    Tunicamycin - WikipediaDPAGT1 - Wikipedia
    5o5e(ツニカマイシン類が結合したDPAGT1) 9LH選択 同PDBsumデータ5o5e_9LH$
    6bw5のChain A(異なるツニカマイシン類が結合したDPAGT1) TUM選択

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    異なるツニカマイシン類が結合したDPAGT1の構造 5o5e6bw5および前者のPDBsumデータ


  3. 今月の分子 219: 液胞型ATPアーゼ(Vacuolar ATPase)(PDBj,2018/03) [NEW!]Molecule of the Month(PDB)

    PDBデータ 5vox(V型ATPアーゼ)
    V-ATPase - Wikipedia
    5vox(V型ATPアーゼ)
    3j9t(V型ATPアーゼ)
    3vr3(V1-ATPアーゼ;A3B3複合体)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    V型ATPアーゼ 5voxおよび3j9t


  4. RCSB PDB 2018/03/07 新規公開データより:6b21 Crystal structure of AmtB from E. coli bound to TopFluor cardiolipin [NEW!]

    PDBデータ 6b21(アンモニアチャネル AmtB)
    Ammonia transporter - Wikipedia
    5o5e(アンモニアチャネル AmtB) 同PDBsumデータ6b21_C9V$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    アンモニアチャネル AmtB 6b21とそのPDBsumデータ(リガンドのI/O値はホウ素を除く)


  5. 塩野義製薬 インフルエンザ薬「ゾフルーザ」3月14日にも発売へ―申請からわずか5カ月 中医協が薬価了承(AnswersNews,2018/03/07) [NEW!] ※一般名:バロキサビルマルボキシル(baloxavir marboxil;エンドヌクレアーゼ阻害剤)

    バロキサビルマルボキシル
    Baloxavir marboxil - Wikipedia
    バロキサビルマルボキシル(baloxavir marboxil;エンドヌクレアーゼ阻害剤)
    ※他のインフルエンザ薬の例:オセルタミビル(oseltamivir) | GS4071(オセルタミビル由来) …リン酸オセルタミビルが抗インフルエンザウイルス薬(商品名タミフル;ノイラミニダーゼ阻害剤) ‖ GS4071結合PDBデータ例 3cl0(GS4071が結合したノイラミニダーゼ N1) 同PDBsumデータ3cl0_G39[301(B)]$ → インフルエンザ情報

    バックボーン 二次構造
    DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    バロキサビルマルボキシル(baloxavir marboxil;エンドヌクレアーゼ阻害剤)


  6. 病原菌における抗菌ガス分解酵素の新機能 −キノール依存型NORは ATP合成につながる膜電位を形成する−(SPring-8,2018/02/27) [NEW!] ※2018/03/14新規公開データ6fwfを下掲

    PDBデータ 6fwf(キノール依存型一酸化窒素還元酵素)
    Nitric-oxide reductase - Wikipedia
    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    キノール依存型一酸化窒素還元酵素 6fwf


  7. RCSB PDB 2018/03/28 新規公開データより:6et4 HUMAN DIHYDROOROTATE DEHYDROGENASE IN COMPLEX WITH NOVEL INHIBITOR [NEW!]

    PDBデータ 6et4(テトラヒドロインダゾール系阻害剤HZ00が結合したジヒドロオロト酸デヒドロゲナーゼ)
    Dihydroorotate dehydrogenase - Wikipedia
    6et4(テトラヒドロインダゾール系阻害剤HZ00が結合したジヒドロオロト酸デヒドロゲナーゼ) SDV(HZ00)選択  同PDBsumデータ6et4_SDV

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    テトラヒドロインダゾール系阻害剤HZ00が結合したジヒドロオロト酸デヒドロゲナーゼ(DHODH) 6et4とそのPDBsumデータ


  8. 書籍紹介: 塚崎朝子,「世界を救った日本の薬 画期的新薬はいかにして生まれたのか?」,講談社ブルーバックス(2018) [NEW!]

    PDBデータ 5ggq(ニボルマブのFabフラグメント)
    p.16ほか エフェドリン:エフェドリン((-)-ephedrine) → 危険ドラッグ
    p.19ほか ペニシリン:ペニシリンG(penicillin G) → 抗生物質分子データ集
    p.21ほか イベルメクチン/p.40 エバーメクチン:イベルメクチンB1a(ivermectin B1a) | エバーメクチンB1a(アベルメクチンB1a,avermectin B1a) | エバーメクチンB1aとイベルメクチンB1aの同時表示 ‖ ※参考(イベルメクチンが結合したPDBデータ例): 3rif 同PDBsumデータ 3rif_IVM[A]$ IVM(イベルメクチン)選択 → 今月の分子 No.191(PDBj,2015/11)3rhw 同PDBsumデータ 3rhw_IVM[B]$ IVM(イベルメクチン)選択 → 別トピック
    p.26 フェブキソスタット:フェブキソスタット(febuxostat)
    p.47 スタウロスポリン:スタウロスポリン(staurosporine) → 別トピック
    p.68ほか ニボルマブ:5ggq(ニボルマブのFab) | 5ggrのChain A・B・Y(ニボルマブのFabが結合したPD-1〈p.69ほか〉) Chain Y(PD-1))選択 → 別トピック
    p.69ほか PD-1/p.80 PD-L1:3bik(PD-1/PD-L1複合体) Chain C(PD-1))選択
    p.136 HTLV-1:参考(HTLV-1由来PDBデータ例)2b7f*(HTLV-1プロテアーゼ) 同Chain A・B・I → HTLV-1情報
    p.220ほか アリピプラゾール:アリピプラゾール(aripiprazole)
     (今後も追加します)

    バックボーン 二次構造
    DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    [左]エバーメクチンB1aとイベルメクチンB1a部分が異なる;p.41参) [右]3rhw(イベルメクチンが結合したグルタミン酸作動性クロライドチャネル)

      
    [左]5ggr(ニボルマブのFabが結合したPD-1) [左]3bik(PD-L1が結合したPD-1) → 別トピック


  9. 今月の分子 220: 脱ハロゲン酵素(Dehalogenases)(PDBj,2018/04) [NEW!]Molecule of the Month(PDB)

    PDBデータ 4ur0(トリクロロエチレンが結合した還元性脱ハロゲン酵素;トリクロロエチレンは構造A・BのうちA)
    Dehalogenase - Wikipedia
    4ur0(トリクロロエチレンが結合した還元性脱ハロゲン酵素) TCV(トリクロロエチレン)選択 BVQ(ノルシュードB12)選択 SF4(鉄硫黄クラスター)選択 同PDBsumデータ4ur0_TCV$
    トリクロロエチレン(trichloroethylene)
    ビタミンB12(vitamin B12) → 水溶性ビタミンと脂溶性ビタミン

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    トリクロロエチレンが結合した還元性脱ハロゲン酵素 4ur0とそのPDBsumデータ


  10. 光合成細菌光捕集タンパク質複合体の正確な三次元原子構造を解明 −光エネルギーの高効率利用に前進−(SPring-8,2018/04/05) [NEW!] ※下掲5y5s(2018/04/11公開データ)

    PDBデータ 5y5s(光捕集タンパク質複合体LH1-RC)
    Photosynthetic reaction centre - Wikipedia
    5y5s(光捕集タンパク質複合体LH1-RC)
    ※他のLH1-RC構造例: 3wmm

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    Chain C・L・M・H(反応中心)選択
    BCL選択 BPH選択 HEM選択 
    HB選択($印のみ)

    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    光捕集タンパク質複合体LH1-RC 5y5s


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