ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
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5yizのChain A(ラセミ体由来の(S)-サリドマイドが結合したセレブロン#) EF2((S)-サリドマイド)選択 同PDBsumデータ5yiz_EF2[501(A)]$ PDBsumデータ5yj0_EF2[501(A)]((S)-サリドマイドが結合したセレブロン#)$ PDBsumデータ5yj1_6EL[501(A)]((R)-サリドマイドが結合したセレブロン#)$ 6EL((R)-サリドマイド)選択 (S)-サリドマイド((S)-thalidomide) | (R)-サリドマイド((R)-thalidomide) | 両分子同時表示# ※以下参考データ(Nature Communications論文(2023/08/18)の引用データ) PDBsumデータ7bqu_EF2((S)-サリドマイド結合セレブロン)$ → 別トピック PDBsumデータ5fqd_LVY((S)-レナリドミドが結合したDDB1-CRBN〈CRL4CRBN E3ユビキチンリガーゼ構成成分〉-CK1α複合体)$ ※CRL4CRBNは# → 別トピック 8rq9のChain A・B(PROTAC#分解剤CFT-1297が結合したCRBNmidi-BRD4BD2複合体,cif→pdbデータ変換) H2F選択 同PDBsumデータ8rq9_lp$ → 別トピック ※上掲「現代化学」掲載分子例 オーキシン#の例(auxin;インドール-3-酢酸,indole-3-acetic acid,IAA) → 別トピック (S)-レナリドミド((S)-lenalidomide)# dBET1(低分子PROTAC)# ※分子糊(上掲書には出ていないデータ): 6vcbのChain P・R(GLP-1と“分子糊”LSN3160440が結合したGLP-1受容体,Kobilkaらによる) Chain P(GLP-1)選択 同PDBsumデータ6vcb_QW7$ → GPCR 6iqnのChain A(阻害剤が結合したトロポミオシン受容体キナーゼA〈TrkA〉) 同PDBsumデータ6iqn_AQ6[801(A)]$ → 別トピック 8vojのChain B・C(KBTBD4-UM171-HDAC1-CoREST複合体中のKBTBD4-B-UM171-HDAC1構造,cif→pdbデータ変換) 同PDBsumデータ8voj_lp$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ) 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) ヒトの必須・非必須区別 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
(S)-サリドマイドと(R)-サリドマイドの同時表示
左から オーキシン(auxin),(S)-レナリドミド((S)-lenalidomide),dBET1(低分子PROTAC)
セレブロン5yizのChain A(ラセミ体由来の(S)-サリドマイドが結合)とPDBsumデータ,
および5yj0((S)-サリドマイド結合)と5yj1((R)-サリドマイド結合)のPDBsumデータ
SALL4と5-ヒドロキシサリドマイド(5HT)結合7bqvおよびS-サリドマイド結合7bquのセレブロンのPDBsumデータ比較
→ 別トピック
(S )-レナリドミドが結合したDDB1-CRBN(CRL4CRBN E3ユビキチンリガーゼ構成成分)-CK1α複合体5fqdのChain A-CとPDBsumデータ
→ 別トピック
PROTAC分解剤CFT-1297が結合したCRBNmidi-BRD4BD2複合体8rq9のChain A・BとPDBsumデータ → 別トピック
[左]GLP-1と“分子糊”LSN3160440が結合したGLP-1受容体6vcbのChain P・RとPDBsumデータ → GPCR
[右]阻害剤(“分子糊”として作用)が結合したトロポミオシン受容体キナーゼA(TrkA)6iqnのChain AとPDBsumデータ → 別トピック
※両データは上掲書には出ていない
“分子糊”UM171結合データ:KBTBD4-UM171-HDAC1-CoREST複合体中のKBTBD4-B-UM171-HDAC1構造8vojのChain B・CとPDBsumデータ
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5o5e(ツニカマイシン類が結合したDPAGT1) 9LH選択 同PDBsumデータ5o5e_9LH$ 6bw5のChain A(異なるツニカマイシン類が結合したDPAGT1) TUM選択 バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
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5vox(V型ATPアーゼ) 3j9t(V型ATPアーゼ) 3vr3(V1-ATPアーゼ;A3B3複合体) バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ) 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
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5o5e(アンモニアチャネル AmtB) 同PDBsumデータ6b21_C9V$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
アンモニアチャネル AmtB 6b21とそのPDBsumデータ(リガンドのI/O値はホウ素を除く)
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バロキサビルマルボキシル(baloxavir marboxil;エンドヌクレアーゼ阻害剤) | バロキサビル(baloxavir; baloxavir acid) 6fs6のChain A(バロキサビルマルボキシルの活性代謝物バロキサビルが結合したA型インフルエンザウイルスのエンドヌクレアーゼ) 同PDBsumデータ6fs6_E4Z$ ∥ PDBsumデータ6fs7_E4Z$ | PDBsumデータ6fs8_E4Z[201(A)]$ | PDBsumデータ6fs9_E4Z$ ※他のインフルエンザ薬の例:オセルタミビル(oseltamivir) | GS4071(オセルタミビル由来) …リン酸オセルタミビルが抗インフルエンザウイルス薬(商品名タミフル;ノイラミニダーゼ阻害剤) ∥ GS4071結合PDBデータ例 3cl0(GS4071が結合したノイラミニダーゼ N1) 同PDBsumデータ3cl0_G39[301(B)]$ → インフルエンザ情報 バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ) 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
バロキサビルマルボキシル(baloxavir marboxil;エンドヌクレアーゼ阻害剤)とその活性代謝物バロキサビル(baloxavir; baloxavir acid)
バロキサビルが結合したA型インフルエンザウイルスのエンドヌクレアーゼ6fs6(PA-FluA WT)のChain Aおよび同PDBsumデータと他データのPDBsumデータ比較(6fs7〈PA-FluA I38T〉, 6fs8〈PA-FluB WT〉,6fs9〈PA-FluB I38T〉)
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バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
キノール依存型一酸化窒素還元酵素 6fwf
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6et4(テトラヒドロインダゾール系阻害剤HZ00が結合したジヒドロオロト酸デヒドロゲナーゼ) SDV(HZ00)選択 同PDBsumデータ6et4_SDV ※参考(ブレキナール結合DHODH):1uuo(ブレキナールが結合したDHODH;クマネズミ由来) BRF(ブレキナール)選択 同PDBsumデータ1uuo_BRF$ ブレキナール(brequinar) コエンザイムQ10(coenzyme Q10,CoQ10) → 水溶性ビタミンと脂溶性ビタミン バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ) 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
テトラヒドロインダゾール系阻害剤HZ00が結合したジヒドロオロト酸デヒドロゲナーゼ(DHODH) 6et4とそのPDBsumデータ
ブレキナール(brequinar)が結合したDHODH 1uuoとそのPDBsumデータ
参考データ(フェロトーシス関連):共有結合阻害剤ML162が結合したグルタチオンペルオキシダーゼ 4(GPX4)の構造例6hkqとそのPDBsumデータ
→ 別トピック
[左]ブレキナール(brequinar) [右]コエンザイムQ10(coenzyme Q10,CoQ10)
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p.16ほか エフェドリン:エフェドリン((-)-ephedrine) → 危険ドラッグ p.19ほか ペニシリン:ペニシリンG(penicillin G) → 抗生物質分子データ集 p.21ほか イベルメクチン/p.40 エバーメクチン:イベルメクチンB1a(ivermectin B1a) | エバーメクチンB1a(アベルメクチンB1a,avermectin B1a) | エバーメクチンB1aとイベルメクチンB1aの同時表示 ∥ ※参考(イベルメクチンが結合したPDBデータ例): 3rif 同PDBsumデータ 3rif_IVM[A]$ IVM(イベルメクチン)選択 → 今月の分子 No.191(PDBj,2015/11) | 3rhw 同PDBsumデータ 3rhw_IVM[B]$ IVM(イベルメクチン)選択 → 別トピック|新型コロナウイルス(SARS-CoV-2|COVID-19)情報 p.26 フェブキソスタット:フェブキソスタット(febuxostat) p.47 スタウロスポリン:スタウロスポリン(staurosporine) → 別トピック p.57 ファビピラビル:ファビピラビル(favipiravir,T-705;商品名アビガン Avigan) → 新型コロナウイルス(SARS-CoV-2|COVID-19)情報 p.68ほか ニボルマブ:5ggq(ニボルマブのFab) | 5ggrのChain A・B・Y(ニボルマブのFabが結合したPD-1〈p.69ほか〉) Chain Y(PD-1))選択 → 別トピック[1]|[2](本庶佑さん2018年ノーベル医学生理学賞受賞) p.69ほか PD-1/p.80 PD-L1:3bik(PD-1/PD-L1複合体) Chain C(PD-1))選択 p.136 HTLV-1:参考(HTLV-1由来PDBデータ例)2b7f*(HTLV-1プロテアーゼ) 同Chain A・B・I → HTLV-1情報 p.220ほか アリピプラゾール:アリピプラゾール(aripiprazole) (今後も追加します) バックボーン 二次構造 DNA/RNA(ATGCU,backbone) 全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
[左]エバーメクチンB1aとイベルメクチンB1a(←部分が異なる;p.41参) [右]3rhw(イベルメクチンが結合したグルタミン酸作動性クロライドチャネル)
[左]ファビピラビル(favipiravir,T-705;商品名アビガン Avigan) [中]ファビピラビル三リン酸体T-705RTP(活性体)
[右]ファビピラビル活性体例が阻害作用を示す様子の4kn6(ヒトのヒポキサンチン-グアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ)のPDBsumデータ → 新型コロナウイルス(SARS-CoV-2|COVID-19)情報
[左]5ggr(ニボルマブ〈商品名 オプジーボ〉のFabが結合したPD-1) [右]3bik(PD-L1が結合したPD-1) → 別トピック[1]|[2](本庶佑さん2018年ノーベル医学生理学賞受賞)
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4ur0(トリクロロエチレンが結合した還元性脱ハロゲン酵素) TCV(トリクロロエチレン)選択 BVQ(ノルシュードB12)選択 SF4(鉄硫黄クラスター)選択 同PDBsumデータ4ur0_TCV$ トリクロロエチレン(trichloroethylene) ビタミンB12(vitamin B12) → 水溶性ビタミンと脂溶性ビタミン バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ) 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
トリクロロエチレンが結合した還元性脱ハロゲン酵素 4ur0とそのPDBsumデータ
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5y5s(光捕集タンパク質複合体LH1-RC) ※他のLH1-RC構造例: 3wmm バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ) Chain C・L・M・H(反応中心)選択 BCL選択 BPH選択 HEM選択 HB選択($印のみ) 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
光捕集タンパク質複合体LH1-RC 5y5s