ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※Jmol利用コンテンツはWindows 10でもInternet Explorer 11で閲覧できます。
※PDBsumデータでファイル名*_lpであるものはLigPlot+ v.2.2で取得したものです。
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4edw(β-神経成長因子が結合したモノクローナル抗体tanezumab) Chain L・H(tanezumabの軽鎖・重鎖)選択
バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
β-神経成長因子(β-NGF)が結合したモノクローナル抗体tanezumab 4edw
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6ntoのChain A(ノビチョク剤例A-230が結合したアセチルコリンエステラーゼ) L2Y(A-230)選択 同PDBsumデータ6nto_L2Y(A-230)$ | PDBsumデータ6ntl_L1M(A-234)$ ノビチョク剤構造例: A-230 A-234 [A-234 (nerve agent) - Wikipedia] バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 糖鎖別着色(#印のみ):Gal,α-Glc,β-Glc,Man,Fuc,Xyl,Sia,GalNAc,GlcNAc,GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
ノビチョク剤例A-230が結合したアセチルコリンエステラーゼ6ntoのChain AとPDBsumデータ(A-234結合の6ntlとの比較),およびA-230とA-234の構造比較
※PDBデータ・PDBsumデータにはA-230・A-234のF原子が含まれていない。
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サクビトリルバルサルタン(sacubitril valsartan) サクビトリル(sacubitril) [Sacubitril - Wikipedia] バルサルタン(valsartan) [Valsartan - Wikipedia] バックボーン 二次構造 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去 背景・黒 灰 白 紺 |
[左]サクビトリルバルサルタン(両分子のナトリウム塩水和物が医薬) [中・右]鈴木カップリングにより合成される分子例バルサルタンとクロスカップリング反応の概略図
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6x3uのChain A-E(フルマゼニルが結合したヒトGABAA受容体) FYP(フルマゼニル)選択 同PDBsumデータ6x3u_FYP(フルマゼニル)$ | PDBsumデータ6x3s_J94(ビククリンメトブロミド)$ PDBsumデータ6x3x_DZP[406(A)](ジアゼパム)$ PDBsumデータ6x40_RI5(ピクロトキシン)$ 7qne(Ro15-4513が結合したGABAA受容体) EIE(Ro15-4513)選択 同PDBsumデータ7qneD_lp$ [Ro15-4513 - Wikipedia] 8dd2のChain A(ゾルピデムが結合したGABAA受容体) 同PDBsumデータ8dd2A_lp$ [Zolpidem - Wikipedia] | ゾルピデム(zolpidem) 8g4nのChain C(ゾルピデム,アロプレグナノロン,GABAが結合したGABAA受容体;PDBx/mmCIF 変換サービスでCIF→PDB変換) R5R(ゾルピデム)選択 Y4B(アロプレグナノロン)選択 ABU(GABA)選択 同PDBsumデータ8g4nC_lp_R5R$ 同8g4nC_lp_Y4B$ 同8g4nC_lp_ABU$ [Allopregnanolone - Wikipedia] 8bhmのChain A(DMCMが結合したGABAA受容体) 同PDBsumデータ8bhm_lp$ [DMCM - Wikipedia] 8rh9のChain B(硫酸プレグネノロンが結合したGABAA受容体) 同PDBsumデータ8rh9_lp$ 9drxのChain D(ラモトリギン〈lamotrigine〉が結合したGABAA受容体) 同PDBsumデータ9drx_IYJ$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ) 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 糖鎖別着色(#印のみ):Gal,α-Glc,β-Glc,Man,Fuc,Xyl,Sia,GalNAc,GlcNAc,GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
[左・中]フルマゼニルが結合したヒトGABAA受容体6x3uのChain A-EとPDBsumデータ(ビククリンメトブロミド結合6x3s・ジアゼパム結合6x3x・ピクロトキシン結合6x40との比較)
[右]Nature論文中のExtended Data Fig. 4(□が上図PDBsumデータのリガンド4種)
※参考図: [上]GABAとフルマゼニルが結合したGABAA受容体6d6tのPDBsumデータ(6d6uとの比較) → 別トピック[1]
[下]ピクロトキシン(picrotoxin)が結合したGABAA受容体6hugのPDBsumデータ,およびピクロトキシン結合6huj・ビククリン結合6huk・アルプラゾラムとGABA結合6huoのPDBsumデータ → 別トピック[2]
Ro15-4513が結合したGABAA受容体7qneとPDBsumデータ
[左・中]ゾルピデムが結合したGABAA受容体8dd2のChain AとPDBsumデータ [右]ゾルピデム(zolpidem)
ゾルピデム,アロプレグナノロン,GABAが結合したGABAA受容体8g4nのChain CとPDBsumデータ
DMCMが結合したGABAA受容体8bhmのChain AとPDBsumデータ(H原子追加)
硫酸プレグネノロン(pregnenolone sulfate)が結合したGABAA受容体8rh9のChain BとPDBsumデータ
ラモトリギン(lamotrigine)が結合したGABAA受容体9drx(サブユニット構成β2-α1-β2-α1-γ2)のChain DとPDBsumデータ
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L-thyroxine (T4)・4OH-CB187・4OH-CB202の同時表示 L-チロキシン(L-thyroxine;レボチロキシン〈levothyroxine〉;T4) [Levothyroxine - Wikipedia] 4OH-CB187(4-hydroxy-2,2',3,4',5,5',6-heptachlorobiphenyl) 4OH-CB202(4-hydroxy-2,2',3,3',5,5',6,6'-octachlorobiphenyl) ※参考(L-チロキシンが結合したトランスサイレチンの例):5cr1のChain A(L-チロキシン〈レボチロキシン;T4〉が結合したヒトトランスサイレチン) 同PDBsumデータ5cr1_T44(L-チロキシン〈レボチロキシン;T4〉)$ → Journal of Biological Chemistry誌論文(2015/12/11) ※参考(水酸化PCBが結合したトランスサイレチンの例):2g5uのChain A(水酸化PCBが結合したヒトトランスサイレチン) 同PDBsumデータ2g5u_PCQ(3,3',5,5'-tetrachlorobiphenyl-4,4'-diol)$ → Cell Chemical Biology誌論文(2004/12/01) バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
L-チロキシン (L-thyroxine;レボチロキシン〈levothyroxine〉;T4)および水酸化PCB例の4OH-CB187と4OH-CB202
※参考:ヒトトランスサイレチン構造とPDBsumデータ例 [左]L-チロキシン(レボチロキシン;T4)結合の5cr1 [右]水酸化PCB例の3,3',5,5'-tetrachlorobiphenyl-4,4'-diolが結合した2g5u
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6z4iのChain AAA(スーパーオキシドディスムターゼ1〈SOD1〉) Q85(compound 3)選択 バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
化合物3が結合したスーパーオキシドディスムターゼ1(SOD1)6z4iのChain AAA
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7bqv(SALL4と5-ヒドロキシサリドマイド〈5HT〉が結合したセレブロン) F4U(5HT)選択 同PDBsmデータ7bqv_F4U$ | PDBsumデータ7bqu_EF2((S)-サリドマイド)$ (S)-サリドマイド | (R)-サリドマイド | 両分子同時表示 バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
SALL4と5-ヒドロキシサリドマイド(5HT)が結合したセレブロン7bqvとPDBsumデータ(S-サリドマイド結合の7bquとの比較)
(S)-サリドマイドと(R)-サリドマイドの同時表示
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7c7gのChain A(クロメン誘導体が結合したアルド・ケトレダクターゼ1C3〈AKR1C3〉) 同PDBsumデータ7c7g_FJR(chromene derivative 2j)$ FJR(クロメン誘導体2j)選択 | PDBsumデータ7c7h_FJU(chromene derivative 2l)$ FJU(クロメン誘導体2l)選択
バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
クロメン誘導体2jが結合したアルド・ケトレダクターゼ1C3(AKR1C3)7c7gのChain Aと同PDBsumデータ(クロメン誘導体2l結合の7c7hとの比較)
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7lpe(カプサイシンが結合したカプサイシン受容体TRPV1) 4DY(カプサイシン)選択 同PDBsmデータ7lpe_4DY[1003(C)]$ | PDBsmデータ7lpa_4DY[905(A)]$ PDBsmデータ7lpb_4DY[3000(A)]$ PDBsmデータ7lpd_4DY[904(A)]$ ∥ カプサイシン(capsaicin) 7lr0のChain A(カプサイシンが結合したTRPV1) 4DY(カプサイシン)選択 同PDBsmデータ7lr0_lp[903(A)]$ | 3j9j(リガンドなし) 5is0(カプサゼピンが結合したカプサイシン受容体TRPV1) 同PDBsmデータ5is0_6ET$ 8jqrのChain A(コレステロールと阻害剤SAF312が結合したカプサイシン受容体TRPV1) 同PDBsmデータ8jqr_lp$ 7rqwのChain A(レシニフェラトキシン〈resiniferatoxin〉が結合したバニロイド受容体TRPV1) 6EU(レシニフェラトキシン)選択 同PDBsmデータ7rqwA_lp$ ∥ レシニフェラトキシン(resiniferatoxin,RTX) → 辛さと熱さ/カプサイシン [Resiniferatoxin - Wikipedia] バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ) 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
カプサイシン(capsaicin)が結合したカプサイシン受容体TRPV1 7lpeと7lpa (TRPV14C,CAP)・7lpb(TRPV125C,CAP)・7lpd (TRPV148C,CAP,INT)・7lpe(TRPV148C,CAP,OPEN)のPDBsumデータ比較
[左・中]カプサイシン(capsaicin)が結合したカプサイシン受容体TRPV1 7lr0のChain AとPDBsumデータ [右]カプサイシン(capsaicin)
カプサゼピン(capsazepine)が結合したカプサイシン受容体TRPV1 5is0とPDBsumデータ
コレステロールと阻害剤SAF312が結合したカプサイシン受容体TRPV1 8jqrとPDBsumデータ
レシニフェラトキシン(resiniferatoxin)が結合したバニロイド受容体TRPV1 7rqwのChain AとPDBsumデータ
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7c94のChain A・B・C・G(糖ペプチドが結合した抗体Fabフラグメント) Chain C(ポドプラニン由来ペプチド)選択 Chain G(糖鎖)選択 同PDBsmデータ7c94_C_VAL~ASP(ポドプラニン由来ペプチド)$ 同PDBsmデータ7c94_G_A2G~SIA(糖鎖)$
バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 糖鎖別着色(#印のみ):Gal,α-Glc,β-Glc,Man,Fuc,Xyl,Sia,GalNAc,GlcNAc,GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
糖ペプチドが結合した抗体Fabフラグメント7c94のChain A・B・C・GとPDBsumデータ(ドット表示がリガンドでI'/O'値計算から除く)